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四月三日，达尔文和菲茨·罗伊访问了马来亚人的一个村子，这个村子座落在一个岛屿的一角。他们在那里观看了一种在死人墓上跳的“木勺舞”，这是在望月时举行的一种半崇拜偶象的仪式。
四月六日，他同菲茨·罗伊访问了紧靠礁湖入口处的一个岛屿，并观看了居民们是怎样坐着两只小船捕捉海龟的情况。达尔文对猛烈的海水激浪在迎风的岸边碰得粉碎的情况为之惊讶。这位年轻的博物学家当时情感上究竟是如何激动，这可以从他在日记中谈论这一印象的那些富于表情的话中看出来。现在我们把这些话全部引证如下：“……我很难解释，为什么这些礁湖岛的外侧海岸的景象总是使我感到极其伟大。在这类似壁垒的岸边，在这绿色的灌木丛和高大的椰子树的边缘，在那大片坚实的，到处都散布着巨大碎块的死珊瑚岩上，最后还有在那从四面八方袭来的波涛汹涌的巨浪中，包含有多少纯朴之处。大洋把自己的波浪抛送到宽阔的珊瑚礁之外，好象是一个不可战胜的、强大无比的敌人似的；可是，我们看到，仍旧可以用一种方法去抵挡它，甚至去进攻它，虽然这种方法初看起来好象是软弱无力而又不中用似的。大洋并不宽恕珊瑚岩，因为这些散布在珊瑚礁上面而且堆积在这条生长着高大椰子树的海岸上的巨大碎块，清楚地表明了波流的威力。海洋从来没有过一段安静的时间。在广大的海洋表面上，永远吹拂着同一方向的风：这种微弱但却不停的信风所引起的巨大海浪，能够产生出一种十分强大的波涛，其力量几乎等于温带地区的一阵大风暴所发生的力量，而且这种波涛还是永不停息地在咆哮着，在看到这些波涛时，你会不得不相信：假定一个岛是由最坚硬的岩石构成的，譬如说是由班岩、花岗岩或者石英岩构成的，那它终究也是要被这种难以抵抗的力量所征服和毁灭的。可是这些低矮而微小的珊瑚小岛却依然站在那里，而且成为斗争中的胜利者，因为出现了另外一种对抗的力量在斗争中帮助了它们。一些有机体的力量从波涛汹涌、泡沫飞溅的波浪里，不断地分离出碳酸钙的原子来，而这种原子又逐渐地结合成为一种对称的结构。让飓风把它们撕裂成千万块碎片好了，因为如果同无数个建筑师夜以继日、成年累月所积累的劳动总合比较起来，这又有什么意义呢？我们从而看到，一个水螅虫的柔软而有粘液的身体，依靠生命规律的作用，正在战胜大洋波涛的巨大的机械力量；而这种力量，既不是人的技能，也不是自然界任何无生命的创造力所能制服得了的”。
第二天达尔文访问了西岛，这里的植物要比其它岛屿上的植物更加茂盛。这在里的干燥的陆地上，到处都可以看到一种吃食椰子的陆地椰蟹。达尔文根据当地一位居民的话，对蟹如何吃食椰子的情况作了记录。他还观察了两种蓝绿色的鱼经常咬破珊瑚并以吃珊瑚为生的情况，以及许多生活在珊瑚礁中的无脊椎动物。
在他的《航行日记》中，保留有四月十二日的笔记，他们在这一天离开了礁湖。在这一天的笔记中，有他关于珊瑚礁和环形珊瑚岛起源的著名理论的初稿。
他写道：“我很高兴我们访问了这些岛屿：这些形成物无疑是自然界最稀有的现象。这并不是一下子就能够使我们的肉眼感到惊讶的奇迹，而倒是在经过了一定的思考之后才使我们的理智为之惊讶的奇迹。
当旅行家们告诉我们某些古迹的伟大结构和庞大体积时，我们是感到惊奇的，但是那些古迹中即使是最大的古迹，如果同这里的由各种最小的动物堆积起来的物质相比的话，那它们就是微不足道的了。在这些面积广大的岛屿上，每一个原子组成部分，不管（是从哪里弄来的）是最小的微粒还是巨大的岩石碎块，都带有曾经遭受过有机物方面的力量作用的痕迹。菲茨·罗伊舰长在离海岸一海里远的地方，用七千二百英尺长的一根绳索，测量了海的深度，但没有测到底。因此，我们应当把这个岛看作是一座陡峻的高山的顶峰。至于珊瑚虫工作的结果延伸到何种深度或厚度，这是根本无法知道的。
有一种意见认为，制造岩礁的水螅虫是随着岛的基底在火山力量的作用下经过一定的时间逐渐下沉的不断向上加高自己的建筑物。如果认为这种意见是正确的话，那就可以认为，珊瑚石灰石一定有很大的厚度。
在太平洋里，我们看到一些为珊瑚礁所包围的岛屿（比如我们在这本日记中提到的塔希提岛和埃伊梅奥岛），而许多海峡和静水区把这些珊瑚礁同海岸远远隔开。各种各样的原因都可能阻碍那些最能在这种条件下发生作用的珊瑚岩的增长。因此，如果我们设想：这样的岛屿经过很长时期之后，要象南美大陆那样，不过是向相反的方向①下沉若干英尺的话，那么珊瑚将从周围珊瑚礁的底部继续向上生长起来。将来中间的陆地将被海水所淹没。而珊瑚则将完成它那围墙式的建筑。那时我们不是将会得到一个环形珊瑚岛吗？从这个观点来看，我们应当把环形珊瑚岛看做是由无数小建筑师所建立起来的一座纪念碑，它标明从前的陆地是在什么地方被淹没在海洋深处的。“
①因为南美洲是逐渐上升的。——达尔文注
四月二十九日早晨，“贝格尔”号绕过了毛里求斯岛（即法兰西岛）的北端。沿岸是一片逐渐倾斜的平原，平原上有一些碧绿的甘蔗种植园，种植园的后面是一些稀稀落落的小房子。岛中心耸立着几座高山，尖尖的山顶，山上长满了树木，白云在山顶缭绕。风景非常和谐协调。第二天，达尔文访问了一个城市，这个城市给达尔文留下了良好的印象，它是一个文化中心，具有鲜明的法国特色。歌剧院、大书店——这一切都使达尔文很感兴趣。在路易港这个城市的大街上，有很多从印度流放来的印度人。
五月二日，达尔文立即登上了城外的姆指山，山高七百五十米。五月三日，达尔文同斯托克斯一块去劳合大尉的别墅，别墅离城市有六海里，那里是一个富丽堂皇的地方，他们在那里住了两天。有一段路他们是骑着大尉的象走过的。据达尔文说，象在走路时一点声音都没有，这使他感到惊讶。
“贝格尔”号从南边绕过马达加斯加后，在纳塔尔附近驶抵非洲海岸，接着在非洲海岸附近的颇为辽阔的地带航行。五月三十一日，“贝格尔”号停泊于四蒙士湾。次日，达尔文到了离四蒙士湾二十海里的卡普什塔德特。在距离卡普什塔德特七海里的地方，有许多幼小的苏格兰云杉林和低矮的叶子发黄了的橡树林，这些云杉林和橡树林“散发着一阵阵秋天英国树林的气味”，这些树林使怀念祖国的达尔文感到特别诱人。在卡普什塔德特一个“位于住有各族人民的大路上的很大的旅馆兼饭店”里，达尔文费了很大力气才在一所公寓里找到了一个房间。
六月二日，达尔文和通常一样，登上了邻近的一座山，以便观赏这个城市和它那些笔直的两旁栽有树木的街道。这座城市不久前还由荷兰人管辖，现在却越来越带有英国的特点。城里除了英国人和荷兰人而外，还有很多法国人和戴着圆锥帽或红头巾的马来亚人、黑人和“受到不良待遇的”果天托特人。引人注目的是有许多一前一后两个一列地套着犍牛（有十二对犍牛）的四轮车。很少看到也是一前一后、四个一列、六个一列和八个一列地套着犍牛的四轮车。紧靠城外有一座高两千米的桌子山，风景很独特。
六月四日，达尔文到内地作了一次路途更长的旅行，他雇了两匹马和一个年轻的侍从马夫（是果天托特人）作向导。这次旅行使达尔文了解了非洲南部的植物、土壤、地质构造和动物化石群的某些标本。下一周达尔文是在卡普什塔德特度过的，在这里他结识了一些英国人，使他感到非常满意的是，他结识了约翰·赫瑟尔①，因为约翰·赫瑟尔的著作在他少年时代就给他留上了深刻的印象。
①约翰·赫瑟尔（1792——1871年）是英国天文学家，曾编南、北天星云和双星表，测定了太阳放射的热量。——译者注六月十八日，“贝格尔”号驶离四蒙士湾（达尔文已于前一天回到了这里），向大海航行。达尔文在《航行日记》中写道：“我们老是遇到通常那种不愉快的事：起初是大风暴，后来则一点风也没有。”接着他在六月二十九日这一天作了这样的记载：“‘贝格尔’”号第六次也是最后一次穿过了摩羯座回归线。当我们在通常总是刮贸易风的地方遇到了微弱的北风时，我们感到惊讶，也感到不快。“
七月八日，“贝格尔”号到达圣赫勒拿岛，这个岛“好象一座巨大的黑色城堡一样，陡峭地耸立着。”
达尔文住在距拿破仑墓不远的一个城市里，但他住在这里“不是出于对这位伟大统帅感兴趣，也不是出于对他的敬仰”，而是由于“这个地方正处在岛的中心，从这里出发到任何地方去游览都方便”。在他住宿的两千英尺高的地方，气候寒冷而且有暴风雨，经常下着大雨。他从这里写给自己的朋友和保护者汉斯罗的信中说，他住在白云之间的一个小屋子里，距拿破仑墓近在咫尺。他接着说：“这里出现的是真正的暴风骤雨，如果拿破仑的灵魂在他被俘的那个可悲的地方游荡的话，那么这种情况对他那徘徊游荡着的灵魂来说，倒的确是个十分合适的夜晚。”他在悉尼时写给同一位汉斯罗的前一封信中说，以后对英属殖民地那些更文明的地方的旅行，只能对自然史提供一些很有限的研究资料，而如果作不到这一点，那对新的地方的游览就得不到任何满足了。他在从圣赫勒拿岛发生的这封信中表现出对祖国的深切怀念。五年的航海生活使所有的人都疲劳过度了，因此他们大家都期待着能回到英国，然而这一天他们还没有等到。他请汉斯罗在塞治威克的帮助下能使他成为地质学会的会员，并请汉斯罗先为此事采取一些措施。
但是，如果我们认为达尔文因此而削弱了他这个博物学家的活动的话，那就错了。在圣赫勒拿岛停留的四天中，每天从早到晚他都在岛上漫游，研究这个岛的地质构造。为他当向导的是一个上了年纪的头发斑白的混血种人，从前是个奴隶，和一切黑人一样，他也是在圣赫勒拿岛从东印度公司转归英国过程中从奴隶制下获得解放的。达尔文即使在这里也注意到，这里十分之九以上的植物都是从英国运到这个岛上来的。这里鸟和昆虫少得很。英国人只运进了一些鹧鸪和野鸡。达尔文愤怒地指出，关于保护野鸟的法令没有考虑到当地究人的利益。他们常常从悬崖峭壁上采集一种草，把这种草燃烧后从草灰中提取苏打。可是这种副业却遭到禁止，其借口是：那样的话，鹧鸪就要没有地方筑巢了！
这里曾经生长过的森林被十六世纪初运到这个岛上来的并且繁殖得很快的山羊和野猪彻底毁灭了。这种情况也影响到了陆生软体动物，达尔文发现有八种陆生软体动物只剩下了空壳，埋藏在土壤中；这种活的软体动物已经看不到了，它们是同森林的被毁灭而一起被灭绝的。
达尔文本来很想到圣赫勒拿岛的各个山上和悬崖峭壁处去漫游一番，但是他却不得不在七月十四日回到舰上，并且“贝格尔”是又向前开动了，这使达尔文很不愉快。
七月十九日，“贝格尔”号到达亚森松岛。在那高低不平的黑色熔岩的表面的上，耸立着一个个鲜红色的被切断的圆锥形山丘，这些山丘围绕着一个中心，即一个最大的“绿色”山丘。达尔文第二天早晨的第一个行动，当然就是登上这个海拔八百米的山丘。在所有这些荒漠的山丘上，只有个别地方长了点青草，一些绵羊、山羊、牛和马便在这些青草上放牧。达尔文注意到，这里有很多家鼠，它们比普通的玄鼠要小一些。为了消灭各种老鼠，这里运来了一些猫，但是它们由于繁殖得太快，本身反而成了一种真正的灾祸。
在亚森松岛，达尔文接到了由施鲁斯伯里寄来的一封家信，这封信使他非常高兴。他的妹妹凯瑟琳在信中说，在施鲁斯伯里，有一位地质学家塞治威克来到父亲那里。他对父亲说，查理将在科学家中间占居显要的地位。达尔文并没有与塞治威克通过信，因此一开始他不能了解，塞治威克是从哪里知道他所从事的事业和他旅行期间的工作情况的，但是我们在前面已经谈到了剑桥哲学学会和伦敦地质学会开会的情况，在那些会上，曾几次摘要宣读了达尔文给汉斯罗的信。此外，达尔文对南美古生物化石所作的那些了不起的收集工作，也不能不引起古生物学家们对他的注意。不管怎样，象塞治威克这样一个人、这样一个大地质学家的赞扬，确使达尔文感到愉快，因为在达尔文的性格中，无疑有过一种虚荣心，尽管这种虚荣心后来受到他的清醒头脑的克制。这种清醒头脑使他很少关心公众的意见。而只重视他所尊重的那些人的意见。但是这时候他还相当年轻，因此在读了这封信之后，他便“跳跃着登上了亚森松岛的各座山”，而他的小锤子“也就敲打在火山的峭壁上并发出了胜利的响声”。在地质的发现方面，使他特别感兴趣的是他在这里找到的大量“火山弹”和这种“火山弹”的多孔构造及其形成的方法。
现在剩下来要作的就是经过佛得角群岛直接驶往英国。然而，当舰长菲茨·罗伊下令向西、向南、向西又向巴西驶去时，军官们和达尔文感到多么失望啊！原来，在“贝格尔”号的材料中，对确定经度存在着一些矛盾，菲茨·罗伊认为，在回到英国之前应该把这些矛盾弄清楚。
八月一日，“贝格尔”号又在巴伊亚停泊下来，达尔文过去怎么也没有估计到什么时候还能再到这里来。这个美丽的城市及其近郊，在旅行开始时曾使达尔文十分赞赏，而现在却完全失去其新奇的魅力了，况且那些曾经使风景变得更加鲜艳的美丽的红树林已被砍光了。他写给姐姐苏桑娜的信中说：“最近四年来，一个人的宝贵的热情消失了很多。现在我能十分冷静地走过巴西树林，这不是说它并不很美丽，但我不再去寻找出色的对比了，我现在倒是在把匀称的红树林同英国的七叶树加以比较”。尽管如此，热带风景的那些因素依然未变，所以达尔文在巴伊亚停留的四天中，进行一些长途的游玩时，要想不考虑用什么样的话去表达一个旅行家对热带风景的印象和感受，那是做不到的。
“我反复推敲着一个又一个的形容词，我认为用这些形容词来把我所感受的愉快心情传达给那些没有到过热带的人，那它们就显得过分无力了。整个这个国家是一个巨大的、野生的、没有修整过的、五彩缤纷的暖花房，这个暖花房是大自然为自己创造的，但却被人所占有……任何一个热爱大自然的人都有一个愿望，那就是，如果可能的话，想去看看另一个行星上的风景，这个愿望该是多么伟大呵！但是实际上可以这么说，对于每一个欧洲人说来，在离他的家乡只有几个经度远的地方，就有另一个世界的美丽景色”。
八月六日，“贝格尔”号向海上出发，以便直接驶向佛得角群岛，可是逆风又阻碍了它的前进。到了八月十二日，“贝格尔”号�