只有五十海里或六十海里，遥遥相望，由同样的岩石组成，处于同样的气候里，并达到同样的高度，但可能住有不同的生物”。例如，在不同岛上可以见到不同的乌龟，不同种的鶫——反舌鸟，花鸡中的Geospiza属的分布是不一样的。虎克也观察了植物的这种类似的情景。达尔文用大量例子说明了所有这些结论。在这方面值得指出的是，观察到的差异并不大：同一个属的不同物种有着同样的习惯，生活在同样的地方，并在该群岛的自然经济中占有同样的地位。
达尔文在结尾时写道：“在一一查阅了这里引证的事实后，使人感到非常吃惊的是，在这些光秃秃的、岩石累累的小岛上，表现出来的创造力的数量，·如·果·可·以·使·用·这·一·说·法·的·话（着重点是我加的——作者注），但是，更使人感到吃惊的是，这一力量的作用却是多种多样的，虽然这些作用是在完全相同的情况下，在彼此相距很近的地方表现出来的。我说过，加拉帕戈斯群岛堪称为美洲的卫星，更正确地说，可以叫作美洲的卫星群，在体形方面是一样的，而在器官方面却是不同的，但彼此之间以及同美洲大陆之间却有近缘关系，不过同美洲大陆的近缘关系要少得多罢了……”。
但是，如果不把很久以前该群岛的博物学的总导言中的暗示算在内，那么达尔文在这里没有提出当时（他在一八四四年已经写好了他的选择理论的扩充概要）已经准备好了的说明。他说：“这个群岛完全是一个与世隔绝的地方；确切些说，它是美洲的一个卫星，它从美洲偶然得到几个移民，它用的是自己有的最普通的物产。如果你注意到这些岛屿的不大的地面，你就会不由地对岛上有很多（但分布的地区却很小）土著人感到吃惊。如果看到每个高地都有一个喷火口，并且熔岩流的界限迄今为止还清晰可辨，那么我们应当认为，在距今不远的地质时期，这个地方还被大洋覆盖着。从这里，就时间和空间而论，我们正在接近秘密中的秘密——·地·球·上·第·一·次·出·现·新·的·生·物”（着重点是我加的——作者注）
显然，达尔文认为，为了不使自己的理论过早地受到影响，在任何程度上公布自己的理论的时刻还没有到来。因此，上述的所有修改，只是对过去被各种事实和论断驳倒了的观点表示怀疑而已，达尔文在第二版里还认为，甚至象“创造”和“创造力”的说法都是不能触动的。
达尔文把他的《一个博物学家的日记》第二版献给了赖尔，承认他的《航海日记》以及其他著作的主要科学成果的取得，应归功于对众所周知的惊人的《地质学原理》的研究①。但是，这并不妨碍达尔文在那封告诉赖尔关于这个献礼的信以后，立刻在后来的一封信里提到，赖尔在他刚出版的美国旅行记一书中，对奴隶制的论断使他万分愤慨，以致他在极不愉快的数小时内不能入眠。显然，赖尔当时就急忙向达尔文证明自己对奴隶制的看法是正确的，因为达尔文在后来的一封信中写道，他对赖尔的回信感到非常高兴，但是他又做了一些温和的补充，他希望，赖尔对奴隶制所表述的厌恶情感，也在上面我们提到的他出版的那部著作中表现出来。
①在出版他的《南美地质考察》时，他早就想这样做，但他确信，这些专著得不到大量发行，于是他只好把非常普及的第二版《航海日记》献给赖尔。
在英国同时出版了匿名作者标题为《创造的痕迹》一书，引起了达尔文极大的注意，这本书以新形式阐述了进化的思想。该书的第一卷在一八四三年出版，第二卷在一八四五年出版。作者在第一卷里综合了他按地质时期分别整理出来的古生物化石的大量资料，在第二卷里竭力提出有机界的自然发展，并根据《创造的痕迹》和古生物学、解剖学以及其他自然科学的事实的对比，来确定这一发展的规律。显然，作者感到，宗教界人士会多么仇视这本书，而他也不愿意让他们起来反对自己。他强调指出，他的书不反对上帝和上帝的意志，仅仅反对上帝“一切都是注定的”这一说法专门参与新物种的出现，“例如，在贝壳上多长了一个结节或一个沟的头足纲动物出现的情况下就是这样”。作者在承认上帝是第一个推动力时，捍卫了科学应把规律作为上帝提出来的主张而加以研究的权利。他说：“对我们来说，越来越清楚，有机界的发展（即在现有各纲中的各种变化和一些新的更高的纲的出现）……主要取决于时间”。
同拉马克一样，《创造的痕迹》的作者承认“事物普通的自然进程”。某一个动物区系越古老，它的各形态之间的差异就越显著。“现在的目在远古时代是科，更早是属和种”。可见，现在的分类法同从前的分类法是相联系的，两者都是“自然的”。作者反对那种旧的“用创造者的通盘计划”来解释过去形态的现在形态之间的相似。他试图提出自己的进化的解释。首先，他建立有机界和无机界的联系和相互依附关系。他还设想，这种联系是“按年代的”，即植物机体曾经是由无机物晶体演化而来的，因为晶体在电的帮助下，会成为象树一样的形状。正电所形成的图像象有枝叶的灌木一样，而负电形成的图像就象一束树根一样。如果地球充的是负电，而大气层充的是正电，那么“我们可以想象，植物就会是一种象电刷子一样的东西”。于是，作者认为，试验正在指出“万能者借以使各种形态的植物出现的那些手段的痕迹”。
作者的其他一些论断，同样也是不科学的和空想的。但是，为了证明动物界的发展，他也象现在任何一个进化论者一样，引证了胚胎学和古生物学的资料，引证了发育不全的器官；叙述了一种类似生物遗传学规律的东西：人经过了鞭毛虫、蠕虫、鱼、两栖动物、鸟（原文如此！）和低等哺乳动物等阶段。他认为，发展的情况是这样的：在蛋白质内借助于电就形成了（现在也可能形成）一个有核的小泡（小细胞），而这个小泡继续发展，产生许多动物的形态。这些形态是两种因素的结果：一、发展的愿望或动机，二、适应的动机。灵长目和人的始祖是……蛙，因为它的两只腿有小腿肚。
这就是对拉马克和他的理论采取鄙视态度的关于进化的新书，然而内容较肤浅（因为不是由博物学家写出的）。该书的作者詹博斯，是一个颇爱欢迎的苏格兰政论家。达尔文在地质学会会议上见过他，他在会上就达尔文研究的罗埃河谷的“平行阶地”发了言，这使他们建立了通信联系：《创造的痕迹》一书究竟出于谁手，这件事只是在四十年以后，达尔文的学说已经取得胜利时，才真相大白。但是达尔文当时已猜到该书的作者是谁。收到詹博斯寄来的一本新版《创造的痕迹》后，他给虎克写信道：“我确信詹博斯是作者”。这本书一方面引起了读者极大的兴趣（需要再版），另一方面又受到博物学家一致谴责。由此可见，进化思想的声誉在博物学家中间，被《痕迹》作者这样的维护者败坏了。使人以为，要真正成为“演变论者”，即成为物种变化、进化的拥护者，就要沉湎于荒诞怪离的空想，任何关于形态进化的思想都是不严肃的。同詹博斯搞在一起是不可能愉快的。达尔文当时应该提防学者们对他的学说进行最严厉的批评。他“怀着恐惧和颤抖的心情”读了几位学者的评论，例如象地质学家塞治威克对詹博斯这本书的评论，虽然他不认为塞治威克的评论是高水平的。所有这一切使他不再忙于写他的关于物种的书，并且推迟了最后付排和出版的准备工作。正如他给虎克信中所写的那样，“当时他正处于思维清醒的博物学家的舆论中，弄不好会声誉扫地”。况且，当时他的主要注意力放在新的著作上。
达尔文写完南美地质学以后，正如给虎克写的信中说的那样，“出版一些动物学，以后就欢呼胜利！再出版关于物种的书。”当年在智利海岸时，他找到了一个非常值得注意的蔓足目类型的蟹，它钻进另一个蔓足目蟹的甲壳里。后来达尔文为这个被他称作Concholepas的新形态专门立了一个亚目，这个形态是很独特的。
蔓足类，或蔓足目蟹，是极为特殊的。这些大海生形态的幼虫，对于低级的甲壳纲来说，是所谓无节幼虫典型的六条腿浮游形态。这个无节幼虫后面长了很多小腿，后来变为蔓足目更为复杂的幼虫，幼虫增加了两片鳞，好象一个介形目的小蟹（“腺介”幼虫），这个幼虫用它的触须固定在任何一个培养基上，并再次蜕变为成年的“固定”动物，也就是牢牢地固定在培养基上的动物。躯体上的小腿长成触须一般（该类的名称“蔓足目”就是由此而来），并用这些小腿的划动把食物送进口里。鳞上覆盖几块甲壳，而有的类型则好象被小塔一般的石灰质薄片围绕起来。在激浪地带，被大量胶状物质固定在陡峭的海岸上的海中橡实就是这样。为了弄清他所发现的新蔓足动物的构造，为了作出比较，达尔文开始解剖和研究其它常见的蔓足目形态，这不知不觉地使他有必要重新去研究整个的一类。这部著作花费的时间不是预计的几个月，而是八年细致而顽强的劳动。
达尔文的孩子们当时习惯把父亲看作忙于制造海生橡实的人，以致有一个孩子问庄园的一位邻居：“您在哪里制造您的海生橡实呢？”因为他天真地认为，不仅他父亲，而且任何其他人都要研究这一类。
这部著作的结果表明，这是一部有充分根据的著作，达尔文占有许多详细的资料。两卷蔓足目著作，单是正文部分，用排得很密的铅字印刷就有一千多页，还没把关于蔓足目各种古生形态的补卷计算在内。在二十个表上都附有插图，每个表都有大量图象。索引有十四页。校对同物异名这一工作使达尔文有时感到苦恼，这一工作使他同动物学家司却克兰（为确立“命名规则”他作出了很多贡献，并主张“优先权法则”）进行了有趣的通信①。
①在上面引证的遗嘱中提到的司却克兰几乎是达尔文的同龄人（比达尔文小两岁）。在三十年代，他同汉密顿作为地质学家曾做了穿过欧洲到东方的环行，并在小亚细亚过冬。他的名声是同动物的命名问题相联系的，他竭力制定了命名规则和法则，他是雷伊学会的创始人之一，该学会曾出版过达尔文关于蔓足目的专题研究。
达尔文给司却克兰写道：“我发现，蔓足目的每个属有六个名称，任何一个种，一个属都没有被人着意描写过”。达尔文认为，分类学家的虚荣心导致了这种结果，他们关心的只是自己的名字能随着新的名称而流芳百世。“只有在完美而又仔细对一个物种进行描述的情况下，才应该提到名字，可优先权规则（根据这个规则，把第一个描述者所给的名称固定于动物，再把这个作者的姓也加到该名称的后面）会使好虚荣的人，关心的只是能把自己的名字，同两行没有价值的，其中只有两点引人注目的外部性状的文字一起披露出来”。
达尔文指出，得到新物质的化学家，或者描述新矿物的矿物学家，不象生物学家那样，把自己的名字放在新名称后面。诚然，最后他也不再鼓动人们起来反对在起新名称时加上作者名字这一作法和优先权规则了，也许，这是部分相信了司却克兰提出的理由的原故。司却克兰并不否认达尔文意见是合理的，加上作者的名字往往会鼓励虚荣心，助长浮在表面上的工作作风。但是，他认为，必须采取其它手段——通过对这样的著作的批评来进行斗争。司却克兰给达尔文的信中写道：“把一个人的名字附加在物种名称上，目的并不是要满足那个人的虚荣心，而是要更准确地指出这个物种。有时，两个人凑巧会把同一个名称给予（互不相让）同一个属的两个物种。更常见的是，后来的作者误用了以前作者的种名”。他在举出这种情况的例子后作结论说：“所以，如果不提第一个作者的名字，我怕（至少是最终解决我们的命名法以前）以合乎科学的准确方式来指明物种是不可能的”。
不管怎样，从事蔓足目的写作使达尔文觉得非常疲倦，虽然这部著作也使他感到特殊的高兴。例如，他在致虎克的一封信中写道：“正如您说的一样，观察的本身就含有一种不寻常的巨大的愉快。但是，我把什么当作愉快呢？这就是我们在自己的头脑中把相近的事实进行对比。当我长期从事我以前所做的地质考察的写作之后，再度使用我的眼睛和手指，却是一件令人愉快的事”。但是，对物种的描写，确是一件比他的想象还要厌烦得多、困难得多的事情。有时为了找到两个特征之间是否有过渡形态，换句话说，在他面前是否有两个不同的物种或两个变种，不得不花费一个星期或两个星期的时间。他特别抱怨，为了给物种命名，就要寻找有无前人已优先命名，因而浪费了时间。他给虎克写道：“我刚刚整理好了两个物种，它们有七个属名和二十四个种名”。
除了几乎是重新加以整理的一大批有趣的蔓足目动物外，还弄清了蔓足目动物异常复杂的饶有兴趣的多型性。
蔓足目中的绝大多数是真正的两性动物，也就是说，同一种动物既有雌性生殖器官，又有雄性生殖器官，而这些动物可以一会儿发挥雄性的作用，一会儿发挥雌性的作用。但是，象显花植物那样的自花受粉只是一种例外，而经常观察到的是靠昆虫把花粉从一朵花传到另一朵花的异花受粉，或者靠风力传粉，动物雌雄同体也经常是异体受精。蔓足目的固定形态异体受精之所以容易，是由于浮动的幼虫固定在培养基上，一个挨着一个，这样，由固定的幼虫形成的成年形态，例如海生橡实，象一层厚厚的白色覆盖物一样，也用自身覆盖着岩石，而所谓“海鸭”则是成群地坐在飘浮的木片或其他东西的上面。
当达尔文发现一些微小的生物体，它们位于套膜腔里，经常固定在成年动物上因而很容易把它们看作寄生物，原来就是退化了的雄体时，他感到多么惊奇。有些蔓足目已长成动物，其中那些异常矮小的雄体，却原来是雌体，也就是经常出现具有严重退化的雄体的两性异形现象。其它物种的固定形态（其中有矮小的雄体），仍然是雌雄同体（达尔文第一个发现动物界中的这种现象）。他称这些形态具有的矮小的雄体，是“附加的”雄体，因为这样的物种，象其他雌雄同体物种一样，也可以通过异体受精（没有雄体参加）而得到繁殖，而雄体的作用，显然在于使雌雄同体形态，在正常的异体受精时，由于某种原因而遇到困难，才用来受精。
原来，蔓足目其他形态和雄性退化，在程度上也是不同的。但是，不管雄性如何退化，可还是有雄性，几乎常常可以看到同一物种的雌性，或同一物种的雌雄同体动物的个体，有相似的特征。例如，达尔文发现同一种“蛹（他称蔓足目幼虫的最后的”腺介“阶段为”蛹“）的触角，不管雌的和雄的，全都一个样，而不象其他种的触角。此外，易勃拉（Ibla）属的”寄生虫“的嘴，很象雌的易勃拉的嘴，所以雄体属于这个属是毫无疑问的。其次，长有软毛的Icalpellum，无论是雄体还是雌体，都没有该属其他种所具有�