仑一人不以为然，他毫不起馁，沉着镇定，用自己钢铁般的意志稳定了部队，继续指挥战斗。奥军攻势越来越猛。由于浮桥被毁，法军失去后援，拿破仑不得不下令全军退往罗堡岛。
奥军乘势而进，夺占了阿斯佩恩和埃斯林。奥炮兵利用已占的两个村庄，对罗堡岛与左岸的舟桥交叉射击，法军且战且退，伤亡惨重。拉纳元帅也在退却中受了伤，他的双腿被炮弹打飞，被人用担架抬出战场。担任后卫的马塞纳顽强地阻击着奥军的追击。这位英勇的元帅看见士兵和军官成批地倒在自己的身旁，毫不畏惧，一直率领部队战斗到夜慕四垂，他不时地大声喊道：“只要有一点亮光，我就不愿撤走。否则，这些奥地利无赖傲气大盛。”马塞纳经过坚韧抗击，终于成功地掩护了最后一批法军撤上罗堡岛。
法军被困在罗堡岛，十分危险。如果查理大公乘胜猛攻，定能将法军全部赶下河。但是，查理大公虽是奥地利最杰出的军事指挥官，可他擅长的不是进攻而是防御，他过分拘泥于传统战略，他的目标不是歼灭敌人，而是要攻城略地。更为严重的是他为人优柔寡断，缺乏指挥官所具有的那种钢铁般的意志。虽然他才38岁，但健康状况不好，而且缺乏热情和主动精神。查理大公这一性格上的弱点，使他在具有火焰般性格的拿破仑面前相形见绌。在战争一开始时，他在巴伐利亚打了几次败仗就惊慌失措，赶紧给拿破仑写求和书。如今取得了第一次胜利之后，又表现出犹豫不决。他没有乘势扩大战果，他对法军仍心存畏惧，企图等待更为有利的时机再战。因此，他没有继续攻击困在岛上的法军，而是按兵不动，与法军隔河对峙。他甚至想象着拿破仑在此败局之下会与奥国谈判，他期待着谈判桌上取得更大胜利。可他万万没想到这正好给具有钢铁般意志的拿破仑以时间，拿破仑乘机整军再战，改变败局。
阿斯佩恩—埃斯林一战是拿破仑自统兵作战以来第一次惨败，法军死亡7000人，29753人负伤和被俘。从维也纳逃出的奥国王室和政府欣喜若狂，准备返回首都。德意志各地的反法运动也乘势发展起来：席尔少校带领自己的骠骑兵团从柏林出击；德恩贝格上校带领几百农民向卡塞尔进军；一个退休军官试图发动马尔堡起义；奥地利军队占领了萨克森，拿破仑的附庸萨克森国王逃走了；提罗尔的农民在群山之中展开了类似西班牙的游击战争。整个德意志因拿破仑的失败而骚动起来，构成了对拿破仑帝国的重大威胁。
失败中的拿破仑没有失去冷静态度和勇敢精神。在罗堡岛的军事会议上，拿破仑坚决反对退出罗堡岛的主张。他认为如果退出要地，则可能前功尽弃。他决定坚守罗堡岛，加强防御，征调援兵，伺机渡河再战。
这时，罗堡岛上发生了一件令人痛心疾首的事，即拉纳元帅的去世。拉纳元帅是拿破仑唯一能与之肺腑相见无话不谈的人。在拉纳濒临死亡的八天里，拿破仑每天都来看他，每次离去都心如刀绞。拉纳知道自己伤势严重，已无生还的希望，他强撑起精神，与拿破仑进行了一次长谈。他首先回顾了自己跟随皇帝所完成的业绩，然后用坚定的嗓音高声说道：“我跟您说这些话，不是想让您为我的家庭费心。无需由我来把妻子儿女托付给您，因为我为您而捐躯，您的荣誉会命令您保护他们的。我最后要向您说些充满友情的逆耳话，我并不害怕您会因此而改变对他们的态度。您刚刚做了一件很大的错事，尽管这个错误夺走了您的最好朋友，您仍然不会改过，因为你欲壑难填。这种欲望会使您失败的；您毫不留情地无谓地牺牲那些最能为您效劳的人，他们死去时，您毫无惋惜之情。您被阿谀献媚者包围；我看不到哪一个朋友能向您直言相谏。人们将背叛您，遗弃您；尽快结束这场战争吧。这是民意和众望，您的力量永远也不会超过现在；但您可以更孚众望，受人爱戴。原谅一位濒死者的这番直言……这位濒死者爱戴您……”
在结束这番话时，元帅向皇帝伸过手，皇帝紧紧地把他搂在怀里，默默地流着眼泪。1809年5月31日清晨5点，拉纳终于与世长辞，享年仅40岁。
拉纳之死虽让拿破仑痛苦不已，可并没有动摇他要把战争打下去的决心，此时萦绕于他脑际的只有战争，他要用战争为自己增添荣誉和权力。他命令法军加紧在罗堡岛环筑工事。为了防止奥军进攻，岛上配备了攻城炮100余门。接着大力修复和加固罗堡岛与右岸的桥梁。在修复桥梁的三天里，拿破仑每天夜晚冒着风雨亲临现场视察、督修，以鼓舞低落的士气。鉴于上次的教训，法军在浮桥上设立木栅，并以轻舟作哨艇巡逻，防止奥军借水势流放重物冲毁桥梁。岛上还筹集了舟桥、浮桥等渡河器材，以应急需。为了表明坚守罗堡岛的决心，法军将此岛改名为“拿破仑岛”。与此同时，拿破仑下急令调动驻意大利法军赴奥增援。
拿破仑在维也纳和罗堡岛两地间来回奔波着，他一面重新部署军队和制定以后的作战计划，一面仔细阅读着从他庞大帝国的各个地方送来的报告。他获悉教皇庇护七世和红衣主教都在宣传埃斯林一战是上帝对世界压迫者、暴君、迫害教会者的惩罚时，怒火中烧，他牢牢地记住了教皇的一切行为。6月中旬，法军得到了休息和增援，在罗堡岛、维也纳附近已集结了17万人的兵力和584门大炮，拿破仑决定发动攻势。但在决战前，拿破仑觉得有必要解决一下教皇的问题。他宣布罗马城和教皇领地完全并入法兰西帝国。于是，罗马被法军占领，教皇掌握了将近1500年的所有一切全失去了，教皇本人也被解往法国南部的萨沃纳监禁起来。
制服了教皇之后，拿破仑立即着手进行最后的军事准备工作。此时的查理大公也在整顿部队，调集兵力，准备等法军再次渡河时转取攻势。查理大公精心选择了防御阵地。奥军左翼从瓦格拉姆向东南延伸，在大约7公里的地段上部署了三个军和大部分骑兵。奥军右翼也以瓦格拉姆为起点，沿高地向西南延伸，一直伸到多瑙河岸边，其正面约13公里，部署了4个军。同时，查理大公还派出了部分兵力前进到阿斯佩恩地区，占领前哨阵地。查理大公之所以如此部署，其目的是想依托高地与河流，构成一个形同聚能罩的弧形防线，等待法国主动来攻。一旦法军落入他的弧形防线，他就可以挥动大军，从两翼向法军侧后出击，将敌军歼灭。可是，如此部署产生了一个致命弱点，那就是平分了兵力，留不出可供急用的预备队。为了弥补这一缺陷，查理大公急令其弟弟约翰大公尽快赶到战场参加战斗。当时，约翰大公率领15000人驻守在维也纳以东的布拉迪斯拉发，离战场约有三天的行程。这时，查理大公还有一个判断错误，即认为法军仍像上次那样，从罗堡岛上北渡多瑙河，因此，他把奥军的主要防御方向仍定在阿斯佩恩。
然而，久经战阵的拿破仑是不会按查理大公的设想去采取行动的。这位欧洲杰出的统帅在作战中早已形成了一条坚定不移的原则，即决不做敌人可能料到的事情。为了使10万大军秘密而迅速地渡过河去，并且在敌人预料不到的地点打击敌人，拿破仑与马塞纳元帅换上士兵服装，沿着罗堡岛进行仔细的勘察。他们亲自查看了多瑙河的河床、流速、沿岸地形，以及敌人部署等情况，为选择渡河地点费尽了心机。最后，拿破仑决定将渡河地点选在下游，即离上次渡河点约4公里的地方。
拿破仑提出了新的计划：以一部分兵力在阿斯佩恩和埃斯林正面进行佯攻，把奥军主力吸引到这个方向，而以主力在新选的渡口渡河。6月30日黄昏，拿破仑下令马塞纳的一个师在阿斯佩恩正面的浮桥旧址开始渡河，进行佯攻，佯攻行动进展顺利，法军几乎没遇到抵抗就渡过了多瑙河。随后，大张声势地在此地架设浮桥，开辟渡口。驻守阿斯佩恩前哨阵地的奥军没有积极进行反击，只是不断加固工事，因为他们遵照查理大公的计划，要把法军引诱到奥军的弧形防线内，使其落入陷阱。
7月4日夜，法军决定渡河。21时，罗堡岛炮台万炮齐发，乌迪诺军和马塞纳军各约15000人，先后由罗堡岛东南乘船渡至左岸，抢占阵地，赶架6座浮桥。这天夜里，电闪雷鸣，风雨交加，法军顶着风雨架桥，甚为困难。然而，也正是这恶劣天气帮了法军的大忙，奥军怎么也没料到法军会选择如此恶劣的天气渡河，因而没有严加防范。法军偷渡成功。翌日拂晓，达武第三军团和第二、三、四军团的大部骑兵均已渡河。奥将罗尔多前卫军团虽在此地有所设防，但兵力分散，工事也不如阿斯佩恩一带坚固。面对从天而降的法军，惊慌失措，打了几个回合，便仓皇退却。两个小时后，即5日8时，法军有9万人渡过了河。
查理大公得知法军渡河和罗尔多战败的消息，非常震惊。这时他的左翼已面临渡河法军的严重威胁，他本想率主力驰援左翼，可考虑到若倾主力离阵地攻击前进，恐无胜算，不易压退法军；即使将法军压退到桥头，奥军也将受罗堡岛炮火轰击，蒙受损失。考虑再三，他决定主力仍在原阵取守势防御，按原计划诱使法军继续接近，以便将其拖入陷阱。
法军顺利渡河，渐次前进，分左中右三路成扇状展开。傍晚6时左右，法右翼部队终于推进到了奥军防御阵地前沿。有人向拿破仑建议，由于天色快黑，应待第二天再发起攻击。可拿破仑认为约翰大公的15000名奥军随时都可能前来增援，应不失时机马上发起攻击。于是，法军仓促发起攻击，可进展不大，且伤亡惨重。最后，贝尔纳多特军中的萨克森师首先坚持不住，向后溃退。他们一溃退，立即使侧翼的达武军和乌迪诺军暴露无遗，拿破仑见一下难以取胜，再加上天色已完全昏暗，不得不下令停止攻击。
经过这一天几个小时的战斗，奥军顽强地坚守阵地，并使法军蒙受极大损失，查理大公心中窃喜，以为拿破仑又要重蹈阿斯佩恩和埃斯林战役的覆辙。
7月6日拂晓，双方激战重新开始。拿破仑命法军再次向奥军左翼发起猛攻，结果又败下阵来。拿破仑亲临战场观察，发现奥军两翼力量较强，且造成了有利之势，但正面过广，中央稍形薄弱，于是，他立即改变作战计划，不以主力攻击奥军左翼，而将所有兵力调向敌中央部位瓦格拉姆，实施中央突破。为使进攻瓦格拉姆的部队没有后顾之忧，拿破仑命达武军继续进攻奥军左翼防线，以牵制奥军。若有进展，则从右侧向瓦格拉姆发展进攻，配合主力行动，对敌形成钳形攻击态势。
1809年7月6日上午，法军进攻瓦格拉姆的号角吹响了。数百门大炮一起开火，猛轰奥军中央阵地。各军团在炮火的掩护下奋勇前进。这时，达武军已突入敌军左翼阵地，并开始向瓦格拉姆方向进击。左翼奥军顽强抵抗，终因伤亡过重，放弃阵地溃逃。左翼溃败使得中央奥军处于不利状态，法军中央和右翼部队乘势猛攻。中央麦克唐纳军团的26营人排成每边长达一公里的方阵，率先向敌军中央阵地席卷而去。尽管损失重大，最终还是突破了奥军中心，后面的部队随之而来。奥军被迫全线后退。下午4时，查理大公得知他望眼欲穿的援军即他弟弟约翰大公的部队还在十多公里之外，不觉大失所望。至此，他那用弧形防线围歼法军的计划已基本失败，他虽把法军已诱进他的网里，但他已没有力量拉起网来，反倒让法军打穿了网底。傍晚时分，查理大公见取胜无望，便下令全线撤退。奥军有秩序地撤出战场，留给法军的战利品只不过是9门火炮和一面军旗。
瓦格拉姆一战，奥军死伤32000余人，被俘7500余人，其损失不亚于奥斯特里茨战役。然而，法军付出的代价也是极其高昂的，法军损失了27000人。麦克唐纳因在这次战斗中表现突出，荣获殊荣，拿破仑在战场上授给他元帅节杖。
此后整整一个星期内，法军都在继续追击退却中的奥军。7月11日，奥皇弗兰西斯派出使者，请求休战，拿破仑欣然同意，但提出了苛刻条件：凡是法军在休战时刻已经到达的地方，哪怕只有几名法军到达，奥军都要撤走，而且在最后和约签订之前，这些奥军应留在法军手里作为人质。奥皇不得不对这些条件表示同意。
谈判开始了，泄了气的奥皇准备忍受一切。他现在开始咒骂那些促使他进行这场战争的人。他清楚地记得在瓦格拉姆战斗之前拿破仑是怎样惩罚教皇的，那么瓦格拉姆战斗之后的奥地利又将是什么命运呢？他实在不敢想下去。
双方在肖恩布鲁恩宫开始订约谈判。拿破仑开出的条件是：奥地利必须割让一部分土地给法兰西帝国，割让另一部分土地给华沙大公国和俄国，同时付出13400万法郎的战争赔款，将军队的人数限制在15万人以内，继续执行抵制英国商品的大陆封锁政策。奥地利不甘心作出如此巨大的牺牲，他们与拿破仑讨价还价，反复恳求放宽一点条件，但胜利者毫不让步。谈判一直拖延下去，奥国认为一旦拿破仑在西班牙有新的失败，他们就会有个谈判的好机会，所以他们在等待时机。而拿破仑呢？尽管他希望尽快缔结和约，以便把全部力量指向西班牙和英国，但他不能轻易放过奥地利，他要给他的帝国树立威信，要让整个德意志对他俯首贴耳。因此，不管奥国怎样恳求，或施展诡计，都无济于事。谈判的结局似乎一天比一天远，然而，一件意想不到的事情的发生促使了这个条约的尽快签订。
拿破仑每天清晨6点钟都在肖恩布鲁恩宫前检阅军队。每逢这种场合，总是有许多人前来一睹拿破仑的风采。1809年10月13日这一天，阅兵仪式刚要结束，一位穿着整齐的年轻人穿过随从人员乘坐的马匹，朝骑在马上的拿破仑走去。贝尔蒂埃发现这位年轻人形迹可疑，便拦住了他，这位年轻人说要亲自向拿破仑呈交一份请愿书。贝尔蒂埃从他的眼神里看到了一种特别的表情，一种似乎是下了某种决心的表情，当即警觉起来。当这位年轻人不顾劝阻再次向拿破仑走去时，贝尔蒂埃示意一名近卫军军官上去逮捕他。年轻人未加抵抗就束手就擒了，从他的身上搜出了一把大餐刀。由于这一切都是在瞬间发生的，大家又都专心致志地注视着阅兵式，谁也不曾注意到这一幕。
检阅完毕后，拿破仑命人将刺客带到面前。这位年轻人大约只有19岁，脸色白皙，看上去文静柔弱。他供认自己是从瑙姆堡来的一位大学生。拿破仑岂不及待地想知道这个受过良好教育的青年为什么这么干，他急切地问道：“你为什么要杀我？”“因为你毁灭了我的国家。”“我伤害了你吗？”“同对所有德国人的伤害一样。”“你是第一次见到我吗？”“我在爱尔富特见过你，你同俄国皇帝会晤的时候。”“那时候你想杀我吗？”“不，我以为你不会再对我们的国家进行战争。我曾对你万分崇拜。一星期前我来到肖恩布鲁恩，目的是杀死你。可我到达时，阅兵式刚刚结束。所以，我推迟到今天来实行我的意图。”“在我的士兵中间杀死我，你打算怎样逃跑？”“我知道面临的是怎样的危险，我甚至吃惊自己还活着。”拿破仑被青年人这种镇定的态度触动了，他沉默片刻后，又�