时公民自由协会洛杉矶分会询问爱娃，她是否能为一个刚从集中营获释、并应征赴歇尔贝军营人伍的日裔美国人提供几天短期的工作，爱娃表示乐于提供帮助，让那个人来家中当两天园丁。于是这个腼腆的日裔青年怀着感激之情来到梅德尔山的鲍林宅第，在院子里做些修剪和清洁工作。他只呆了星期五和星期六两天，随后便去了军营。
哪知星期一的早晨就出了事。鲍林14岁的儿子彼德跑进屋子，气喘吁吁地对着父母大声喊叫：“你们快出去看呀，车库被人涂得一塌糊涂！”鲍林出去一看，简直不能相信眼前的一切，有人在车库门上涂抹了这样的大字：“美国人该死，我们爱日本人，日本人在这里做工。鲍林。”上方胡乱画着一面日本旗，还在邮箱上涂写了“日本人”三字。
鲍林迅速查看了现场，马上打电话报警，并通知了新闻记者。他对记者说：“我不知道谁干了这种有失美国人体面的事情。然而，我怀疑有些心术不正的人认为美国公民也应该遭受迫害，就像德国犹太人遭受纳粹迫害一样。我想这次丑行就是这类人干的。”
报纸刊出鲍林将帕萨迪纳入比作纳粹的报道后，鲍林家就开始不断接到恐吓信和恐吓电话，威胁他们“立刻赶走那个日本人”。鲍林一概不予理睬。不久，一封打印得十分粗劣的短信寄到了鲍林的办公室：“除非你立即赶走那个日本人，我们将烧掉你的房屋，摆平你的身子！……日本人杀死了我的父亲，真可惜他们没有强奸你的亲人。假如你胆敢将此事在报上大肆宣扬，我们将马上收拾你广信的末尾署名”一个邻居“。
鲍林其时正准备去首都华盛顿进行一次例行访问。爱娃得知这封恐吓信后，认为不能在他离家期间毫不设防，于是打电话给当地治安官员寻求保护。接电话的官员却这样回答：“呢，关于这件事，这是你们雇佣了日本人的结果。”
爱娃感到震怒，她立即打电话给美国公民自由协会的朋友们商议对策。迫于律师的压力，治安部门给鲍林家派了一名武装岗哨，并保证将那封恐吓信送交联邦调查局进行调查。就在鲍林准备离家的时候，调查局派来了特工人员。他们向盛怒之中的爱娃查问她觉得谁可能写了这封恐吓信。爱娃向他们发表了一通义愤填膺的长篇讲话，控诉政府的拘留营政策及其对公民自由造成的威胁。特工们耐心地听着，并记下了她的结论性意见：“整个法制体系相当脆弱。”而轮到鲍林说话时，他则冷静地列出了那些可能知道他家雇佣了一个日本园丁的人的名字。
此后没有发生更多的事。两周后，武装岗哨被撤除了。联邦调查局一直未能查出恐吓信的作者，而且警察局也未彻底调查污损鲍林家车库的肇事者。
尽管事情这样过去了，但其影响十分深远。鲍林在东部逗留期间，整天为自己妻儿的安全担心。派武装岗哨站在家门口值勤，这在美国是极不寻常的一种做法；当地治安官员的反应更是使人气馁。鲍林从小受到的教育是要相信政府官员会采取正确的行为，而现实却是必须由律师出场才能维护法律。此外，鲍林还学到了重要的一课：通过像美国公民自由协会这样的志愿者组织在外部施加压力，是能够干成一些事的。
最重要的一点是，如果说，他过去还认为爱娃的政治活动有一点走极端，那么现在事实证明并非如此。那些出于狭隘和偏见对他家进行威胁的人才是真正的极端分子。
用后来通行的一个术语来说，这是一次使鲍林“激进化”的经历。而且，这仅仅是开始。
儿童十字军
五个月以后，随着广岛和长崎被原子弹所毁，鲍林的社会正义感更加提高了一步。鲍林对原子弹的出现从两个方面感到兴趣。开始时，他急于了解原子弹爆炸的物理和力学原理。他通过阅读一般性的介绍文章和一份非正式的名为《用于军事目的的原子能》的政府报告，再利用自己的直觉，终于弄清了有关原理。他惊讶地发现，原子弹相对说来是很简单的，至少在理论上是如此。‘
当时很多美国人像鲍林一样渴望了解原子弹的技术原理。作为一种比过去的任何武器都要强大几百倍的新式武器，原子弹也点燃了公众兴趣的火球。每个人都想了解科学家是怎样把它制造出来的。广岛爆炸后的几个星期，一个了解鲍林兴趣的人邀请他去扶轮社的午餐会上作一次关于原子弹的科普讲座，要求他用外国人也能听懂的语言解释原子弹的爆炸机理。鲍林既不是原子物理学家，又不是实际参加曼哈顿计划的众多工作人员之一，因此他对自已被邀请作这方面的报告有点惊讶，但是他觉得自己有足够的知识作好这件事。除了他过去作过的美国现状系列讲座外，他还很少面对非科技工作者作过演讲。他觉得最好要带一些教具。
鲍林将一只木球锯成两半，并挖成空心，然后用力把它们拍到一起，发生很大的声响。这个教具管用！报告时，鲍林借助黑板图文并茂地解释核裂变的过程。诸如铀、钅不这样一些不稳定的大原子的核里面含有大量的质子和中子。这些不稳定的原子遭到中子轰击时就会发生分裂，同时释放出巨大能量，并使更多的中子解脱出来。这些解脱出来的中子又使更多的原子发生分裂，从而形成了连锁反应。鲍林告诉听众，如果能够控制反应进程，减缓反应速度，那末原子能产生的巨大热量就可用于驱动燃汽轮机。这就是廉价而取之不尽的原子能的理论基础。
如果反应进行得很快而又不受控制，其结果就是一枚炸弹。炸弹的中心是几磅铀或钅不的某种同位素，做成空心球的形状，就像他带来的木球模型一样。关键技术是如何起动核的连锁裂变，使得几乎所有的原子核同时分裂。而曼哈顿计划的工程师们成功地解决了这个问题。他们围绕炸弹的中心部位放置了常规炸药，炸药点燃后，就从各个方向快速地压缩中间的空心球。鲍林把带来的两个木质半球用力地拍打在一起，连锁反应就此起动，巨大的能量一下子释放出来——轰！
讲座给扶轮社成员留下了深刻印象。消息一下子传开了：这里有一个报告作得很棒的大学问家。于是到处有人请他去作关于原子能的报告，鲍林成了南加州最受欢迎的演讲者之一。
但是不久之后，他对原子弹技术方面的兴趣很快就被其他方面更重要的关注取代了。早在原子弹袭击广岛之前，芝加哥、洛斯阿拉莫斯和田纳西州奥克里奇等地的原子弹实验室里的研究者们就已经开始组成讨论小组，研讨他们所做工作的社会和政治含意。这些原子能科学家比任何人更清楚原子弹的实际威力。他们深知，美国对这种威力强大的武器的控制将会改变世界地缘政治的平衡。广岛大爆炸以后，其他的大学和政府实验室也相继组织起讨论小组，原子弹造成的巨大破坏以及被烧焦的妇女儿童的惨象引起普遍的憎恶和义愤。科学家们因为创造了“这种炸弹”而增添了一种特别的责任感。他们在一起议论科学家的责任，并探讨在未来年月里如何控制这种新的能源。
随着讨论的深入，鲍林愈来越深刻地认识到，在新的原子能时代，科学家承担着前所未有的社会和政治责任。他在广岛爆炸一个多月后写给友人一封信，里面写道：“毫无疑问，由原子能的巨大破坏力给世界带来的问题压倒了其他任何问题。我认为，我们除了进行原子能的专业研究外，还要让世人了解科学活动的政治含义。”
在帕萨迪纳，由加州理工学院、亨廷顿图书馆和威尔逊山天文台的一些成员组成的小组也开始讨论原子弹的后果。鲍林是成员之一，参加讨论的还有奥本海默，他在密立根退休后刚刚回到理工学院。奥本海默给世界带来了原子弹，现在他十分关注如何控制这种武器。小组成员经过讨论达成了这样的共识：原子弹的出现改变了战争的本质，使其后果难以想象；而控制这种武器的唯一可行的办法就是成立某种形式的全球政府。在给芝加哥大学校长哈钦斯的一封信中，鲍林写道，为了保护世界免受原子战争的“难以想象的巨大破坏”，“有赖于成立一个民主的世界政府——全世界人民自己的政府，就像美利坚合众国的政府一样。”
在美国各地自动组织起来的几十个科学家讨论小组也在相当程度上达到了同样的共识。这种现象发生在传统上脱离政治的科学界里，是前所未有的。这些科学家以及他们的助手突然议论起政治来了，他们三三两两地聚集到客厅和教师俱乐部里，坐到会议桌和餐桌旁，剖析原子弹的政治含义，怀着负罪的心情寻找恰当的方法，以保证他们的发明创造能够造福而不是毁灭人类。几乎在一夜之间，这些多数还很年轻、很理想主义的青年科学家发现了共同肩负的社会责任，而这在以前是他们没有意识到的。他们还为解决原子弹问题开出了相同的药方。科学家是启蒙运动中的儿童。他们都像鲍林一样，相信人类的理智、进步和善良的本性，相信科学方法的价值，信仰民主。他们本身的生活经历验证了这些东西的价值。在战后的最初几年里，科学家对原子弹的认识达到了高度的一致。这个事实说明，只要接受适当的教育，任何理智的人都能得出与他们相同的结论。
于是，接下来的重要任务就是对科技界以外的人士进行教育，使他们认识原子弹带来的各种新问题，并让公众懂得，只有进行理智的思维才是正确处理原子弹问题的最好方法。帕萨迪纳讨论小组计划写一本书，目的是“指导科技界以外的有识人士认清当前形势，向他们解释问题的由来以及解决问题的出路”。书中将突出科学方法的重要性：“用科学武装起来的头脑能够抵御欺骗性宣传的侵袭，”并使人摆脱“狭隘和偏见，伪善和空想”，而这些人类缺陷正是战争的根源。书中还要强调对原子能实施国际监控的重要性。分配给鲍林写的那部分内容是，阐述实现世界和平的重要性，说明在一个没有战争的世界里，科学家可以自由创造出大量的新药和各种节省劳力的机械。他们还计划在书正式出版后，举办系列讲座以传播“和平的福音”。
科学家一旦从政治休眠中醒来，一旦意识到他们拥有共同的信念，他们就力图传播自己的思想以改造世界。原子弹这个科技罪恶的最高象征似乎为科学家提供了一个机遇，使他们能够宣传事物的另一个方面——科学思维带来的最高福祉。
然而可悲的是，他们完全脱离了当时的政治现实。就在科学家宣传共享原子技术秘密的时候，政府和军方却在对共产党的扩张主义感到忧心忡忡。奇怪的是，科学家对这个问题好像没有丝毫的担心。在这方面鲍林仍然是一个典型。鲍林并不是人民阵线那类组织的成员，他并未因经济大萧条而认为必须仿效苏联以拯救全世界的工人阶级；但同时他也不认为共产主义是罪恶的化身。他认为苏联是击败希特勒的重要盟友，但又是一个内部纷争十分专制的国家；改造苏联的最好办法是向它大量灌输新思想。
在第二次世界大战的中期，鲍林与其他一些名人，例如爱因斯坦。麻省理工学院院长康普顿、古根海姆基金会的爱迪洛脱莱等人，一起参加了美苏友好全国委员会，这个组织致力于推进两国间的科技交流。“让我们展望这样的美好前景：大批美国科学家到苏联的实验室去讲学和工作，美国学生到苏联的大学去学习，而同等数量的苏联科学家和学生也来到美国，大家把各自最先进的东西教给对方，”鲍林在1943年致这一团体的科学代表大会的一封信中这么写道。然而鲍林设想的前景只能在和平环境中才能实现，而且这种和平必须建立在世界范围的全面合作和公开交流的基础之上，是科学家心目中的一种基于理性的和平。
鲍林关于和平的设想未免失之天真。1945年初，他被提名参加由20名平民和20名高级军官组成的国家安全研究委员会，到首都华盛顿开会研讨战后世界局势。鲍林将此作为自己的莫大荣誉。他怀着急迫的心情出席委员会第一次会议，并期望会议期间军民双方可以相互学习，取得重要成果。
然而会议一开始就出现了使人不安的事态。加州理工学院火箭计划的负责人洛里岑向将军们建议，我们必须弄清战争是怎样爆发的，又怎样才能避免战争，委员会应该支持这方面的调查研究。军方对这项建议的反应是一阵难堪的沉默，他们中一位代表指出和平问题不属委员会的议事日程。鲍林站起来对洛里岑表示附议，他说：“主席先生，这是一个极端重要的问题，我们现在就决”定将此问题排除出委员会的职责范围是很不明智的。“鲍林觉得自己的话很重要，因此当会议结束时在自己的笔记本上记下了这句话。
很明显，军人和科学家的想法不一致，因此会议也没有取得任何重要的成果。双方的不同态度集中反映了指导思想的差异。在将军们的眼里，原子弹就是一种武器，它的研制由军方领导，其秘密由军方控制，其使用服务于军事目的。苏联红军是世界上规模最大的一支军队，它决不会放弃从德国人手中解放出来的那些东欧国家。面对苏联的侵略，世界各国共享原子秘密是不可能的。世界也许正在走向另一场战争——资本主义与共产主义之战，脱离这样的大背景认识原子弹的意义是愚蠢的。而在科学家的眼里，原子弹的威力是科学家应用新技术的一大成果，如果这一技术能够加以公开，并供各国共享，则将造福人类。他们通过讨论感到最不安的是，军方将继续单独控制原子弹及其相关技术，并继续对研究工作实施严格保密，这就彻底扼杀了共享技术、造福人类的任何可能性。
争执的舞台已经搭就，而争夺的对象是对原子技术的控制权。
当全国还在欢庆对日作战胜利的时候，脾气暴躁的格罗夫斯将军——军队工程部门的负责人，曾监管过五角大楼的建设以及曼哈顿计划的实施——却已着手为军方控制原子弹技术进行立法。他为国防部起草了一个精心构思的法案，其内容能满足军方和科技界双方的要求。法案建议成立一个包括军方人员在内的九人小组来管理原子能的开发工作，再由这个小组向一个常设的专职部长作出报告。表面看来，这个法案提供了一个军民共同控制原子能的组织机构，内容温和，因此获得了一大批有影响的科学家的支持，包括奥本海默、布什科学研究与发展局的一些负责人以及参与曼哈顿计划的一些重要人物。这项以提案人的名字命名的海—约翰逊法案于1945年10月4日向议会提出。5天以后，在没有事先通知的情况下，就在议会的军事委员会举行了简短而又敷衍了事的听证会。发言者众口一词，均持肯定态度。
某些当事方明显表现出来的急于通过梅—约翰逊法案的举动在科技界迅速引起了反响。各地的讨论小组纷纷指出，该法案仅由国防部一家起草，并获军方的完全支持。尽管支持者口头上赞成非军方控制，而根据法案，陆海军完全可以、甚至能更加容易地对拟议中的九人小组实施有效控制，而且看起来格罗夫斯本人已瞄准了部长这一职务。不过过了几个星期，各地的讨论小组就开始集会反对梅—约翰逊法案。
由加州理工学院的学生和博士后组成的讨