慕峁梗缓笤诖嘶∩显倨醋俺龃蠓肿咏峁梗欢氪讼喾矗⒐说姆椒ㄈ词谴由隙拢捶治鐾暾鞍字史至说腦射线衍射图。鲍林曾经以为蛋白质分子太大，它们的X射线衍射图过于复杂，因此在可预见的将来，从上到下的研究方法不可能奏效。但是在与伯纳尔和霍奇金交谈之后，鲍林意识到，英国人正接近于攻克某些蛋白质分子的结构问题，这使他感到很大的压力。
在这样的情况下，他又一次考虑从理论上解决蛋白质的母体——角蛋白链的结构问题，这是他在1937年曾经尝试过的事。当时他试图构造一条与阿斯特贝里的X射线数据相匹配的蛋白质链，但没有成功。于是他怀疑自己关于氨基酸结构或键的想法是错误的。但这些年来的研究成果，包括科里所做的关于氨基酸的具体研究，都告诉他自己并没有错。分子尺度与他的假设大致吻合。他还曾预言，肽分子的键具有双键特征，两侧的原子固定在一个平面上，这一猜测也被科里关于二酮哌嗪的研究结果所证实。他当时其实已十分接近于成功，不可思议的是，他竟然没有坚持下去。
1948年春天，他重新研究这个问题，不过这一次采用了新的指导原则。在30年代，化学家曾提出长链淀粉分子具有像螺旋转梯那样的结构，鲍林早年的合作伙伴哈金斯（鲍林曾与他一起做过一些早期的研究工作，最后得出了肽键的平面性结论）曾从理论上论证这种螺旋结构也是蛋白质分子的主要结构形式。按照哈金斯模型，氨基酸链的形状不是阿斯特贝里模型假设的扁平、扭结的带状，而是螺旋上升的梯状，像床垫弹簧那样；哈金斯还假设链的圈与圈之间由氢键固定，从而能保持结构的稳定性。
这是一个非常富于启发性的假设，并早已在英国晶体学家中间引起热烈讨论。这些假设有助于解释一些现象。按照阿斯特贝里的扁平带模型，蛋白质的化学性质应该反映出带了的双面性特点，然而，蛋白质链实际上似乎是各向同性的，这恰与螺旋线形成的圆柱体整体形状相吻合。此外，理论的推断结果也有利于螺旋线假设。正如克里克①——他当时是佩鲁茨和肯德鲁实验室里的一个研究生——所说，“众所周知，如果一条链由完全相同的环以完全一致的方式折叠并联结起来，且每个环与相邻环的关系也完全一致，那么这样的链就形成螺旋结构。”叫它螺旋结构也好，螺旋线也好，反正哈金斯的假设对卡文迪什的研究者产生了重要影响。很快地，似乎英国的每一个蛋白质研究者都在寻找螺旋结构了。比如霍奇金（鲍林访问牛津大学时曾与她进行过几次长谈）就在她的胰岛素分子的研究中密切注意寻找螺旋结构的证据。
①克里克（Franis Crick，1916—）英国生物物理学家和遗传学家，因参与制成脱氧核糖核酸（DNA）的分子结构模型，为分于遗传学奠定了基础，而与沃森（J。Watson）和威尔金斯（M。Wilkins）共获1962年诺贝尔医学奖。
在皇家科学研究院报告后一个多星期，鲍林病倒了。由于英国潮湿的天气，他患上了严重的骨窦炎，只得卧床休息了。他记得：“第一天我阅读侦探小说以便使自己不想倒霉的事，第二天依然如此。但第三天我就厌烦了，我于是想，”我为什么不能想想蛋白质的结构问题呢？“这样，他决定对角蛋白链的结构再进行一次研究的尝试。不过这次采用了螺旋模型的设想。他准备好铅笔、直尺和一些纸，然后开始描绘氨基酸链的草图。根据记忆，他勾画出原子键的长度和夹角。他采用了三步工作法：第一步，根据氨基酸的已知尺度把链画出来；第二步，把元素在空间按这样的方式排列出来，使氢键易于生成并使钛键处在同一平面内；第三步，检验这样得出的模型能否解释X射线衍射数据。他画出了每个氨基酸分子的基本碳一碳一氮骨架，然后用粗线表示肽键，将它们连结起来，这些肽键在纸页内保持平直。他又将那些区别不同类型的氨基酸分子的侧键画成由螺旋线中心指向外面的线段。通过这种表示法，这些侧键将不会对存在于中心部位的重复结构产牛干扰，
然后，他将纸张进行折叠。折叠时将肽键平直地保持在纸页上，而只在氨基酸骨架中与肽键相连的单个碳原子处折角，这是他认为可能发生旋转的地方。他设法将角度折得与四面体角大致相等，这样大小的折角对碳键来说是最自然的。他对纸张采用各种不同的折叠方法，力图把元素排成恰当的形式，以便形成尽可能多的氢键。没隔多久，他就得出了一种形状优美的螺旋结构。这使他大喜过望。这个结构具有平面性的肽键，大致正确的键角和长度，并可在拐弯处形成适当数量的氢键。“我一下子忘记了自己正患着感冒，我实在是太兴奋了，”他说。
这是一个典型的例子，能够很好地说明鲍林的随机方法的特点：采用少数几个起关键作用的限定性化学规则去构作合理的结构模式。然而，当鲍林意识到从他的模型所得出的X射线衍射图形很可能与阿斯特贝里和其他人得出的图形不相符时，他的兴奋情绪减退了。自然界的角蛋白分子显示出5。1埃的强反射，这一长度被认为是在链的轴向上两个重复单元之间的距离——在螺旋结构中，就是链的两个相邻螺圈之间的距离。为了在螺旋模式中验证这个可能的结果，需要花几个月的时间仔细地构作模型，但从他的简略草图似乎已可看出，他的螺旋模式将产生出不同的周期性间距。通过应用他自己提出的关于肽键和氢键的规则进行推算，鲍林发现：“我无法将我的结构伸长或压缩。”
鲍林又回到了床上。他并没有张扬自己涂抹的草图，甚至没有写信告诉科里。他只是把螺旋型构想存放起来，留待回到加州理工学院后作进一步探索。正如他所说，他所拥有的全部成果暂时“还只是一张纸片”。
龟兔赛跑
鲍林的骨窦炎持续了好几个星期，当他携家人到巴黎进行学术访问时仍未痊愈，鲍林安置好住处后，随即说服美国大使馆的医生给他配了一些青霉素，服用后炎症果然就很快消失了。爱娃和孩子们抓紧时间外出逛公园，参观博物馆和大教堂，到食品店购物，而鲍林则忙于参加法国科学界的各种社交活动。
在鲍林参加的一次科学研讨会上，会议组织者专门留出一整天时间来讨论、比较鲍林的分子价键理论和芝加哥大学马利肯①的分子轨道理论的优缺点。这次讨论成为与会者关注的热点。
①马利肯（Robert Mulliken，1896—1986），美国化学家，物理学家，提出不同原子结合成分子时电子轨道行为的量子力学理论，获1966年诺贝尔化学奖。
在人数日趋众多的量子化学界内，人们把这两种理论的争论看得有点类似于马丁·路德①教皇的挑战。从同一本“圣经”即公认的量子力学原理出发，两位科学家在近20年的时间里对它的化学意义作了迥然不同的解释。
①马丁·路德（Martin Luther，1483—1546），德国人，16世纪欧洲宗教改革运动发起者，基督教新教路德宗创始人，曾公布《九十五条论纲》（1517），抨击教廷发售赎罪卷，否定教皇权威，将圣经译成德文。
从德国化学家海特勒和伦敦的电子交换思想导出的鲍林理论认为，分子是不同原子的叠合体。原子与原子之间通过键联结，而键是由定位于两个原子核之间的若干个电子形成的。键的数目等于元素的价数，也就是元素的键容量，由此鲍林学派就被人们称为价键学派或VB学派。从理论上说，将每个键的波函数叠加起来，就可计算出总的量子力学状态。当然对计算结果还需根据每个健对相邻键的作用情况进行适当的修正。
在鲍林大力宣传VB理论的近20年时间里，马利肯却耐心研究自己的分子轨道（MO）理论，他坚信：分子并不是像VB理论鼓吹者所设想的那种情况。在马利肯看来，分子并不是由不同的原子通过不同的键联结起来的聚集体，而是一个不可分割的整体，其特有的性态只能从分子本身来加以解释。他研究过分子吸收和发射光谱的现象，这方面的研究经历使他相信不应把键接电子看作是固定在某个位置上的，而应看作分布在整个表面上，这样才能更好地解释分子的性态。虽然这个理论对多数化学家来说不那么直观，但马利肯经过20年的研究后坚信这个理论是正确的。马利肯认为，分子应该是它们自身实际表现出来的那个样子，而不是如19世纪的化学家所设想的它们应该具有的那种样子。他借用美国女作家斯泰因①话来概括自己的观点：“分子的定义是：分子就是分子。”
①斯泰因（Gertrude Stein，1874—1946），美国女作家，移居巴黎（1903），提倡先锋派艺术，运用重复或片断化、简单化手法写作，作品有小说《三个女人的一生》、《艾百斯·B·托克拉斯自传》等。
在价键理论和分子轨道理论的争论中，绝大多数化学家赞同和接受价键理论，出现这个结果的一个主要原因是鲍林的才智和人格所发挥的重要作用。鲍林懂得怎样解释他的价键理论使化学家乐于接受。原子通过不同的键每次一个地与其他原子联接起来，这种情况可以在纸上用联接元素符号的一根根虚线表示出来，这与化学家们关于化学键的看法相吻合。同样重要的是，鲍林善于找出捷径来简化数学运算。尽管从理论上讲，可以通过将不同的波函数叠加从而得出分子的量子力学刻画，但在当时尚无电子计算机的情况下，除了一些最简单的分子外，一般分子的有关数学计算非常困难，实际上根本不可行。鲍林提出一些半经验性的变通办法来避开这种困难，诸如共振能和电子负电等级的计算方法，这些变通办法符合量子力学的精神，但其基础除了依赖于薛定谔波动方程外，还依赖于鲍林的直观想象力。化学家在应用鲍林的理论时，并不需要懂得怎样叠加波函数。这种简化方法使鲍林理论在30年代和40年代早期越来越流行。特别在鲍林的专着《化学键的本质》正式出版后，情况更是如此。化学家应用鲍林方法意味着已经涉足于最新的物理理论，而实际上又根本用不到学习物理；他们不费吹灰之力就带上了应用量子物理的光环，
鲍林本人的能力，他的才智和人格，在推广价键理论的过程中发挥了决定性的也可说是最重要的作用。他是一个杰出的教师，是一个极富性格魅力的演说家。他能吸引人们信仰他的理论。受他本人或他的著作的影响，研究者纷纷转而接受他的方法。到了40年代，价键理论似乎已经征服了整个化学界。
马利肯根本无法与鲍林竞争。不仅是因为他的基本概念过于深奥而使很多化学家望而却步，也不仅是因为他把这些概念包装得过于生僻而使人难以读懂（他用希腊字母来表示分子轨道，还带着复杂的上标和下标），而且还因为他是一个蹩脚的信息传播者——太精确，太数学化，太多的严格性，以致使他的理论变得十分枯燥乏味。在芝加哥大学，他讲课的效果极差，使化学系的学生感到厌倦。他的深邃的洞察力被笼罩在艰涩阴沉的理论迷雾中，使人摸不着头脑。他的论文大多数发表在与物理有关的杂志上，是很难读懂的。
在许多年里，马利肯只能眼巴巴地看着那么多荣誉和奖励落到鲍林的头上。他看到，鲍林发表于30年代的一系列关于“化学键的本质”的论文被盛赞为革命性成果，而他自己于同一时期发表的14篇系列文章“多原子分子的电子结构与价”却无人问津。他看到，鲍林讲课时教室里人满为患，而学生们对他却避而远之。他看到，给鲍林的邀请和荣誉一个接一个，而他自己却只能呆在芝加哥大学做一个辛辛苦苦的教书匠。
使马利肯感到特别恼怒的是，鲍林蔑视他的理论。鲍林倒并不认为他的理论是错误的——斯莱特和鲍林早在1931年就肯定价键理论和分子轨道理论都是对波动方程的很好的近似，假如深入研究下去，将推导出同样的结论；而且鲍林本人在自己早期的几篇论文里还采用了分子轨道理论的有关概念——但是鲍林却坚持主张，他的价键理论对化学家更实用且更适合于教学。“有一种理论已经足够了，”鲍林写道，“分子轨道只能把学生搞糊涂。”在他1935年出版的《量子力学导论》一书中，他用了相当大的篇幅论述价键理论，而只写了一小段文字把分子轨道理论一带而过。在《化学键的本质》一书中，他对马利肯的理论更只是顺便提了一句。
而马利肯却发现，风行一时的鲍林价键理论正在起着破坏作用。“鲍林是个演员，”他说，“他千方百计把每样事情都讲得通俗简单，这使他的理论在化学家中倍受欢迎；殊不知这样做的结果是使人们放弃了对事物的深入理解……他教给化学家非常粗略的概念并使他们自我满足，从而阻碍他们去做出更好的结果。”
在整个30年代，鲍林利用自己出色的演技将价键理论推上了唯我独尊的地位。但是到了40年代后期，越来越多的化学家开始学习马利肯的理论。主要由于鲍林的工作，这时量子化学已经走出了初期的普及阶段，在名牌大学学习的化学系高年级学生希望学习量子力学基础和更多的数学知识，以便在未来的化学研究中取得更好的成果。新一代化学家学到的知识越多，他们就越不需要鲍林的简化方法。他们渴望掌握这一领域中更加定量化的、不依赖于直观的理论。他们在马利肯的分子轨道理论中找到了所需的东西。
有些事情真像风水轮回，成败难料。举例说，在30年代，对氢分子用分子轨道方法进行分析时，比用价键方法可得出更精确的键长，却只能得出较差的离解常数。但现在人们逐渐看清，经过改进的分子轨道方法是研究复杂分子的更加有效的工具。人们开始公开批评鲍林的价键理论的某些概念，比如电子负电能级的概念。有些批评者说，这一概念虽然在很多场合是一种实用的工具，但是它缺乏坚实的理论基础，用来处理矿物元素时更不可靠。他们还批评鲍林用共振体来解释分子性质的方法。在实践中，这种方法依赖于选取若干个恰当的初始结构——即所谓的正则结构——在它们之间形成共振，然后再恰当地权衡每个共振体的贡献得出最后的结果。一般来说，分子越大，包含的原子越多，那么解释分子性质所需要的正则结构的数量就越多。鲍林具有超常的化学直觉能力，常常能得到恰当的共振体，但其他化学家就得不出，鲍林的一个学生韦兰特（他曾成功地应用价键理论进行有机化学的研究）走得更远，他引入一种所谓的“受激态”结构——纯粹想象出来的在自然界不可能现实存在的结构——作为共振体的构件，使事情更加复杂化了。一些化学家认为，这种做法无异于鼓励人们胡思乱想，把各种怪东西都塞到正则混合体中去，价键理论的任意性太大了。越来越多的化学家产生了这样的感觉：鲍林和他的追随者为了解释某种分子的性质，可随时从他们的帽子里变出所需的共振混合体。
到1947年，甚至韦兰特也承认，尽管共振概念从总体上看对解释化学现象很有用，但确定正则结构的数值时，“带有很大的随意性，很不可靠……然而我并不认为这种方法是完全没有价值的。