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1920年冬，蔡元培赴欧美考察教育，出国期间，由蒋梦麟代理其校长职务。当时，北洋政府久欠北平高校教育经费，各校教员领不到薪水，便向政府请愿，反被警卫殴打，因而宣布罢教。后经北平师生的努力斗争，北洋政府意识到事态严重，才为各校教员补发欠薪，并表示歉意。各校才开始复课。蔡元培回国后，听说此事，大为不满，召集北大教职员痛切地说：学校教育青年，教职员应为学生模范，岂可因索薪罢教，贻误后生？如果认为政府太坏，不能合作，尽可自动辞职，另谋他就。如大家都求去，亦可使政府惊觉反省。岂可既不离职，又不尽教学责任，贻误青年？他坚决要求把罢教期间未为学生上课，而领得的薪水，交出归公。教职员都接受了蔡的提议，请求将所领薪水分期扣除。
五四前若干时，北洋政府觉得不安，对蔡元培施加压力，甚至跟踪、恐吓。当时蔡元培有两个“谋客”，蔡经常和他们商量如何对付北洋政府之事。有一天，蔡元培在一个“谋客”家中与他们谈起此事。其中一个老谋客劝蔡元培解聘陈独秀，并制约胡适一下，这样才能保存机关，保存北方读书人。蔡元培一言不发。两人说了几个钟头以后，蔡先生站起来说：“这些事我都不怕，我忍辱至此，皆为学校，但忍辱是有止境的。北京大学一切的事，都在我蔡元培一人身上，与这些人毫不相干。”
蔡元培少年得志，曾中了举人，23岁会试联捷，中了进士，26岁（光绪壬辰科）补行殿试，点翰林庶吉士，散馆授编修。但他从不以此自满，他对乡前辈如謩年博学的名士李慈铭非常尊敬。蔡元培曾在李家北京寓居里教过李慈铭的儿子李孝费，可是蔡元培不以师宾自居，对李慈铭以师礼相待，执弟子礼甚恭。李慈铭去世以后，留下的著作很多，其中以《越缦堂日记》一部数十年从不间断的日记最为著名。蔡元培于1919年为刊印《越缦堂日记》募集垫印费用，用全浙公会的名义发起，交由商务印书馆印行。
李慈铭父子相继去世以后，李家家境非常拮据。便把越缦堂藏书130余箱、两万余册，抵押与本城开同兴酱园的陆姓，得款数千元，但每月须负担重息。蔡元培知道了这件事，觉得受人重利盘剥，不是办法，他就联系了北京图书馆，由北京图书馆把全部越缦堂藏书收买下来。这件事对学术界也有重大贡献。这批书经北图中人辑录李慈铭在书上批校的文字，编成《越缦堂读书记》、《越缦堂读史札记》等书。
刘师培曾是同盟会员，思想激进，为较早接触社会主义的中国人之一，但他后来叛变革命，竟投靠端方，转而恶毒地攻击革命党，并曾出卖陶成章、陈其美等旧日同志，转变之速令人侧目。民国建立后，孙中山等人皆惜其才，不忍加罪，蔡元培更将他聘为北大教授。在新文化运动中，他虽然托名旧派，事实上多少有点支持新派。他逝世时才36岁，蔡元培评论道：“向使君委身学术，不为外援所扰，以康强其身，而尽瘁于著作，其所成就岂可限量？惜哉！”
某次，蔡元培与汪精卫共语，汪说：“君在昔为名太史，于今为教育家，世以蔡、汪并列，自惭形秽。”蔡说：“敝屣利禄，我与你固志同道合。论学术精力，我远不如君。”
“四·一二”政变后，身在北京的周作人严厉谴责国民党的残暴行为，并对当时身在上海却“视若无睹”的蔡元培、胡适等人大为不满。但随着国民党变本加厉，周作人却日益噤若寒蝉，反倒是蔡元培、胡适等人颇救助了一些政治犯，其中也不乏中共地下党员。
1938年2月9日，蔡元培70寿，沪上各界在国际饭店为其祝寿。蔡在答辞中说：“诸位来为我祝寿，总不外要我再做几件事。我到了70岁，就觉得过去69年都错了，要我再活几年，无非要我再做几年错事。”
【和煦】
蔡元第一次踏入北大时，就给人以深刻的印象。当时工友们在校门口排队迎接，行礼欢迎身穿长袍马褂的校长“大人”，蔡元培急忙下车，脱下礼帽，恭恭敬敬地还礼。这是工友们从来也没有遇到过的“怪事”。此后，他每天经过校门，都脱帽鞠躬，向校警还礼。蔡元培对于所有北大中人，都能一视同仁，从无尊卑之分。老北大的人，不论师生员工，都称蔡元培为“蔡先生”，几十年来一直如此，从不称他的名号和职称。这反映了老北大的人对蔡先生的景仰和热爱。
1928年南京政府成立五院，蔡元培谢绝监察院院长之职：“我是好好先生，怎么可以做监察事情？”
蔡元培当年住南京成贤街中央研究院办公厅的时候，他房间的外间为某君所住。他出进时必经过此处。一日，蔡元培先生起身较早，欲到外面去，可是外间的某君却酣眠未醒，他恐惊扰了该君的好梦，竟一声不响地度回自己的房间看书，直到某君起床后，才走出去漱洗。
冯友兰回忆蔡元培：1921年，我在纽约哥伦比亚大学的时候，他（蔡元培）到美国访问，到了纽约。北大的同学组织了一个随从班子，轮流着陪同他到各地方去。有几天，我们常在一起。有一天，在旅馆里，每人都拿出一张纸，请他写字。我恰好有一把折扇，也请他写。他给每人都写了几句，各不相同。又一天晚上，在纽约的中国学生开会欢迎他，人到的很多。蔡元培一进会场，所有的人都不约而同地站起来了，好像有人在那里指挥一样。当时的留学生杨荫榆说：“我在中国教育界多年，还没有看见校长和学生间的关系这样好的。北大的学生向来自命甚高，可是见了老校长，这样地恭敬，我现在真是佩服蔡先生了。”
冯友兰还曾讲过一件蔡元培的小事：我在北大当学生的时候，只到蔡元培的校长室去过两次。那时我的弟弟景兰在北京大学预科上学，河南省政府招考留学生，他要往开封去应考，需要一张北京大学的肄业证明书。时间紧迫，照普通的手续，已经来不及了。我写了一封信，直接跑到校长室。校长室是单独一所房子，设在景山东街校舍的一个旧式院子里。门口也没有传达的人，我就推门进去，房子里中间挂了一个大幔子，我掀开幔子，看见蔡元培正坐在办公桌后面看文件。我走上去，他欠了一欠身，问有什么事。我把信交给他，他看了，笑笑说：“好哇，好哇，能够出去看看好哇。”我说：“那就请校长批几个字吧。”他提起笔来就写了两个字：“照发”。我拿着他的批示到文书科，看着他们办好证明书，我拿着证明书就走了。
【介直】
五四后期，蔡元培鉴于“读书不忘救国”引发的某种偏颇，重新号召“救国不忘读书”。此后北大校园还是发生了一起“讲义风潮”，令人不快。有次，一群学生涌进红楼，要求校方免收讲义费，并要找主张这条“可恶”规定的人算帐。蔡氏告诉他们，自己单独负责。争辩过久，怒不可遏。“你们这班懦夫！”他挥举双拳，怒目喊道：“有胆的就请站出来与我决斗。如果你们哪一个敢碰一碰教员，我就揍他。”学生们在他面前围成半圆。蔡先生向他们逼近几步，他们就退后几步，始终保持着相当的距离：“这位平常驯如绵羊、静如处子的学者，忽然之间变为正义之狮了。”
蔡元培任中央研究院院长时，虽然辞去了几十个兼职，然而请他题字、作序、写文章、谋职位的人仍是络绎不绝，他不胜其烦，遂在报上登出“三不启事”：一不兼职，二不写稿，三不介绍职业。
北京大学在蔡元培未当校长以前，开校务会议多半讲英语，特别是预科的校务会议，全部讲英语。不懂英语的教授，只好像聋子一样坐在那里，痛苦万分。蔡接任校长以后，特别提议校务会议一律改用国语，这引起了外国教授的反对。他们用英语表示“我们不懂国语”。蔡先生针锋相对，回答说：“假如我在贵国大学教书，是不是因为我是中国人，开会时你们就说中国话！”洋教授哑口无言。从那时起，任何会议发言，一律用中国话，不再讲英语。
对于没有真才实学的人，不论是什么背景，蔡元培都力主一律解聘，有两名英国教授依旧我行我素，带领学生逛八大胡同。聘约期满时，蔡元培不再续聘。那时外籍教授多由公使馆介绍而来。英国驻北京公使朱尔典找蔡求情，遭拒绝。那位公使大怒，扬言：“我看你蔡鹤卿还能做几天校长？！”外籍教授告到法庭，蔡元培请王宠惠作代理人，最后校方胜诉。
五四前后，北洋军阀及其御用文人指责新士风为“洪水猛兽”。蔡元培发表《洪水与猛兽》一文，勇敢宣称：“今日之士风，可以算是洪水；而今日之军阀，正是猛兽，非用洪水淹此猛兽不可。”二十多年后，傅斯年先生回顾旧事，犹自感慨不已：“这话在当年是何等勇敢，何等切实！”
蔡元培先生担任中央研究院院长后，因应酬较多，开销亦大。他的部属眼见院长的开销快超出薪水了，就在原来的薪水之外，多加了200元。蔡元培领到薪水后一算，发现多了200元，很奇怪，就去问主管发薪水的人到底是怎么回事。他知道原因后，当场就把多加的钱如数退了回去，并召集部署开会说：“一切要按照规定办理，生活清苦些不要紧，但守法必须要严格做到。”
唐绍仪辞职后，蔡元培亦呈请辞职：“敬乞大总统速任教育总长，俾元培得早一日去职，即尸位之咎早一日解免。”当他到总统府向袁世凯当面辞职时，袁对他说：“我代表四万万人留君。”蔡元培说：“元培亦对四万万人之代表而辞职。”
1930年秋，国民党某省政府改组，一个北大学生请蔡元培先生向蒋介石推荐他，并托老同学联名致电蔡先生促成。郑天挺记得，蔡先生很快给了回电，只有一句话：“我不长朕即国家者之焰。”
【治学】
蔡元培为刘海粟创办的上海美专礼堂落成，题了四个大字：“宏约深美”。刘海粟说，这四个字是先生研究过古今中外许多大学问家后得出的科学结论。
蔡元培先生的治学成才四字要诀：“宏、约、深、美”，“宏”指在学习、汲取知识的过程中不要过于死板，知识结构狭窄，而是要把知识结构铺开、铺广，做到博大宏伟，兼收并蓄，融会贯通，为以后工作、学习打下坚实基础。“约”指在基础已成的前提下，由博趋约，突出个人专长，突出风格，自成一家。“深”意指在“约”的前提下敢于突破，究本穷源，深化知识。“美”则是一种至高思想境界，一种宽大无垠的境界，永无止境。
徐树兰是绍城的首富，曾于光绪六年捐银10万两建屋购书，创立“古越藏书楼”，藏经史子集四部书籍15万卷，编有《古越藏书楼书目》6册，石印行世。他和弟弟徐又兰编刻《绍兴先生遗书》4辑，凡12种计158卷。蔡元培因叔父曾在徐家教过书，通过这点关系，进入徐家“古越藏书楼”校勘《绍兴先生遗书》，他一边校书，一边读书，自1886年至1889年，达4年之久。他遍读了楼中的万余卷藏书，其中重要的书籍均经他亲笔批注。有人曾见过经蔡批注的一部《管子》和一部《墨子》。有用红笔的，也有用墨笔的，蝇头小槽，书的每页上面、下面批注得密密麻麻，一点空隙也没有。据徐家的人说，像这样批注过的书不止这两部。他4年来锲而不舍的治学精神，为以后博大精深的学问打下了基础。
1906年，蔡元培得知北京翰林院有“公派”出国留学的机会，急忙赶到首都，但这个计划搁浅了。蔡元培不甘心，再三联络，向驻德国公使孙宝琦申请，欲随同前往德国在使馆兼任“半职”差事、半日在柏林大学听课，以遂赴欧洲留学的心愿。但是公使馆只应允照顾食宿，不提供职务和薪金。蔡元培通过张元济向上海商务印书馆商洽，特约蔡元培在欧洲为该馆著文或编译，以赚取留学及养家的费用。
1907年5月，39岁的蔡元培在驻德公使孙宝琦的帮助下前往德国柏林，入莱比锡大学听课和研究心理学、美学、哲学诸学科。一面学习，一面担任唐绍仪（后任民国政府第一任内阁总理）4个侄子的中文教师，已近不惑之年的蔡元培开始了4年海外留学的生活。在德4年，他编著了《中国伦理学史》等一批学术书籍。
蔡元培是我国第一个采取“爬格子”半工半读方式而获得成功的人。从1907到1915年，蔡元培旅欧留学期间，撰写了《世界观与人生观》、《文明之消化》等论文，寄给商务印行的《东方杂志》、《教育杂志》发表，还根据在德、法进修得到的新知识，结合国情编著了《哲学大纲》、《伦理学原理》、《中国伦理学史》、《中学修身》、《艺术谈概（欧洲美术小史）》等由商务印书馆在上海出版。
黄炎培在《吾师蔡孑民先生哀悼辞》中有这样一段回忆：蔡元培有一天对我说，救中国必定要从学术着手，世界学术以德国为最尊，我一定要去德国求学，所以要先去青岛学习德文。以四十之龄，仍有此坚定向学之心，殊为不易。更何况是曾为翰林，任过京官的进士老爷？蔡元培在德国期间甚为刻苦，此点从他选修课程之多就可以看出。在莱比锡大学三年多的时间里，他选课达几十门，涉及哲学、哲学史、伦理学、心理学、文学、文化史、欧洲史、美学、美学史都有涉猎；当时的名家的课程，他都去听。不管是谈大学的独立性，还是所谓仿照世界通例设立研究所，蔡元培或则直接引用德国为范，或则强调世界各国之通例，但其心中仍是以德国为其根本，毕竟是在那里学习生活多年，影响深入其心其行。
1913年，因不愿与袁世凯政府合作而辞职的蔡元培，再次赴法国从事学术研究，此时他已经46岁。在留欧的三年时间里，蔡元培又编撰了不少哲学美学著作。
蔡元培提倡学习外语是从与汉语比较接近的日语开始的，以自己不会读日文照样能看懂日文书籍的经验，教学生如何看懂和翻译日文，为学生易于接受，“不数日，人人能读日文，且有译书者。”之后，蔡元培还和学生一起向马相伯学习拉丁语。蔡元培主动带头，每天一早就从他的住宿地南洋公学中院三楼步行到徐家汇土山湾马相伯住处，甚至有时清晨五点马相伯还未起床就开始敲门。马先生只好高挂“免战”，“太早了，太早了，八九点钟再来吧。”一时传为佳话。
蔡元培书房中挂有自己画像，上面题有：“其为人也，发愤忘食，乐以忘忧，亦不知老之将至。”在书桌上放有自己写的“学不厌，教不倦”数字。
蔡元培先生年届七十时写的《假如我的年纪回到二十岁》一文。自述平生读书兴趣及遗憾：所以我若能回到二十岁，我一定要多学几种外国语。自英语、意大利语而外，希腊文与梵文，�