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1904年以前，浙江的革命党是各自秘密活动的，互不统属。如徐锡麟、竺绍康、王金发等在绍兴、嵊县带，陶成章在金、严、处一带，敖嘉熊在嘉兴一带活动，龚宝拴在日本东京一带。群龙无首，力量涣散，既无严密的组织，又缺乏行动纲领。后龚宝拴等到达上海以后，与蔡元培治商，乃于1904年冬成立光复会，推蔡为会长。蔡元培先后特邀徐锡麟、陶成章两人加入光复会。1907年，徐锡麟在安庆壮烈牺牲，秋瑾因安庆事件株连也被捕就义，光复会实力受到挫折。1911年10月10日武昌起义后，上海、杭州相继光复，陶成章自南洋归来，不久为上海都督陈其美指派蒋介石、王祝卿暗杀于上海广德医院。陶成章死后，光复会中有号召力的实力派没有了。当时在上海都督陈其美势力范围之下，沪上各报对陶的被刺不加评论。唯《越蠌日报》曾发表评论略谓：陶之死，各方反应甚微，唯有光复会会长蔡元培在南京为陶举行之追悼会上致悼词，痛惜备至，甚至泣下沾襟。
1912年1月蔡元培出任南京临时政府教育总长。他在北京政府任职期间，对袁世凯的擅权专制日益不满，表示不能任此“伴食”之阁员。7月，他同宋教仁等一同退出内阁，不与袁世凯合作。袁世凯对他非常仇视和畏惧。
护法运动中，蔡元培虽然在反对军阀统治、争取民主共和政治上与孙中山并无分歧，但他并不赞成孙中山为护法而诉诸武力，主张应通过和平谈判实现国家的统一。1918年10月23日，蔡元培与熊希龄、张謇、王宠惠等人发起成立和平期成会，以超党派姿态，通电全国，呼吁结束南北分裂局面，减轻人民战乱之苦，痛陈“慨自国内构衅，忽已年余，强为畛域之分，酿成南北之局，驯至百政不修，土匪遍地，三军暴露，万姓流离，长此相持，何以立国。”他在致孙中山的信中也表达了同样的观点。
1922年4月底5月初，直系军阀吴佩孚、曹锟打败奉系军阀张作霖，成为北洋军阀的首要人物后，蔡元培又站在自由派知识分子的立场上，希望在吴佩孚的统治下，实现南北统一，建立一个好人政府。是年5月间，他与王宠惠、罗文干、汤化龙、陶行知、李大钊等16人，联名发表由胡适起草的《我们的政治主张》，认为“中国所以败坏到这步田地，虽然有种种原因，但好人自命清高是一个重要原因。”
与此同时，蔡元培反对孙中山的北伐主张，支持吴佩孚提出的恢复旧国会，请黎元洪复职的倡议。5月22日，他与梁启超、熊希龄、汪大燮、孙宝琦、王宠惠、林长民、梁善济、张耀曾等联名发表解决时局意见的通电，称吴佩孚“伟路硕望，举国所仰，倘荷合力促成，民国前途，实利赖之。”6月3日，在出席北京教育界举行的“六三”纪念会上，蔡元培与200余名代表致电孙中山和广东非常国会，认为非法总统徐世昌已去职，旧国会即将恢复，护法目的已达，要求孙中山“停止北伐，实行与非法总统同时下野之宣言”。6月8日，又与王家驹、李建勋、毛邦伟等10人代表教育界发表通电，欢迎黎元洪复职。甚至在胡适建议他不要发电催促黎元洪莅京情况下，蔡元培仍坚持己见，表示“西南方反对旧国会，揭一黎以与孙对待而开议和，似亦未为不可。”蔡元培此举受到南方国民党人的批评，但他依旧坚持自己的立场。
蔡元培并不一概反对学生参加政治活动，认为学生可以不关心国家和民族的命运，闭门读书。1923年他在欧游期间谈到对国内学生运动的态度时就曾明确表示：“学校当局的看法是，如果学生的行为不超出公民身份的范围，如果学生的行为怀有良好的爱国主义信念，那么，学生是无可指责的。学校当局对此应正确判断，不应干预学生运动，也不应把干预学生运动看成是自己对学生的责任。”
1932年蔡元培和宋庆龄、杨栓（杏佛）等在上海组织中国民权保障同盟，推宋庆龄为主席，蔡元培为副主席，杨铨为总干事，鲁迅也是执行委员。“九一八”事变和“一二八”事变以后，蒋介石先后在北平、上海等地逮捕了很多进步人士和爱国学生。如在北平逮捕了许德珩、侯外庐、范文澜等，在上海逮捕了陈独秀、丁玲和许多学生，还有外国人牛兰夫妇。蔡元培都以中国民权保障同盟的名义函电营救。1933年6月8日，杨杏佛，被国民党特务暗杀，蔡元培闻讯哭之甚痛。
【挂冠】
1917年7月3日，蔡元培在北大发表热情洋溢的就职演说的余热未散，就向黎元洪总统提出辞职了，措辞委婉，但动因沉郁，是为抗议张勋复辟。
1918年夏，北京各校学生，曾为“中日防敌军事协定”问题，结队游行，向总统府请愿。当北大学生出发时，蔡元培曾力阻，但未果。蔡元培因此引咎辞职，经慰留而罢。
1919年5月8日，五四运动爆发后，蔡元培为抗议政府逮捕学生，于5月8日提交了辞呈。并于9日悄然离京赴天津，随即南下上海、杭州。离京前，他曾留下一则《启事》，10日即在《北京大学日刊》刊出，他写道：“我倦矣！‘杀君马者道旁儿’，‘民亦劳止，汔可小休’，我欲小休矣。北京大学校长之职，已正式辞去，其他向有关系之各学校、各集会，自五月九日起，一切脱离关系。特此声明，惟知我者谅之。”这次辞职引发广大师生挽蔡大行动，而且鉴于政府对于留蔡无表示，5月13日，北京各大专学校校长于5月13日向政府齐上辞呈，支持蔡元培。
北京大学因提倡“新文化”、“兼容并蓄”，常招致“国务院”、“参议院”等衙门的横加干涉。蔡元培非常气愤：“思想自由，是世界大学的通例。……世界哪有这种不自由的大学么？还要我去充这种大学的校长么？”1919年6月15日，蔡元培发表《不肯再任北大校长的宣言》，宣称中国现代大学的三项基本原则：第一，大学应当是独立的和自主的；第二，大学应当具有思想自由和学术自由；第三，大学学术与思想自由需要相应的自由的社会政治环境。“我绝对不能再做不自由的大学校长。”读完乃挂冠而去。
1923年1月17日，蔡元培再度愤而辞职，次日他在《晨报》刊发的辞去北大校长职务声明，区区七十余字，却如洪钟大吕：“元培为保持人格起见，不能与主张干涉司法独立、蹂躏人权之教育当局再生关系，业已呈请总统辞去国立北京大学校长之职，自本日起，不再到校办事，特此声明。”
蔡元培这次愤而辞职，缘于“罗文干案”。罗文干清末留学英国，获牛津大学法学硕士学位，归国后长期任职于司法界，时任财政总长，是北大法科兼课讲师。当时的直系军阀和部分官僚政客们一手制造了“罗文干案”，控告罗文干贪污受贿，胁迫黎元洪下令逮捕罗文干；罗文干第一次被捕后因证据不足宣布无罪释放，但新任的教育总长彭允彝却在内阁会议上提议“再来过”，结果罗文干再次被捕入狱。于是蔡元培愤怒了，他尤其对“顶头上司”、教育总长彭允彝的卑污人格憎恶万分，于是毅然提交辞呈，以示耻于为伍，并毫不留情地抨击了军阀政客们的所作所为，说“数月以来，报章所记，耳目所及，举凡政治界所有最卑污之罪恶，最无耻之行为，无不呈现于中国”，“国人十年以来最希望之司法独立，乃行政中枢竟以威权干涉而推翻之”，“元培目击时艰，痛心于政治清明之无望，不忍为同流合污之苟安，尤不忍于此种教育当局之下支持教育残局，以招国人与天良之谴责”，言辞之激烈之痛切，是历次辞呈之最。在他的辞呈以及随后的声明中，关键词是很清楚的，那就是“蹂躏人权”。
1月21日，蔡元培起草了《关于不合作宣言》，刊发在1月25日的《申报》上，其中说到：“止见他们一天一天的堕落：议员的投票，看津贴有无；阁员的位置，禀军阀意旨；法律是舞文的工具；选举是金钱的决赛；不计是非，止计利害；不要人格，止要权利。这种恶浊的空气，一天一天的浓厚起来，我实在不能再受了。”“国务员匆匆的提出再议的请求，又立刻再剥夺未曾证明有罪的人的自由，重行逮捕。而提出者又并非司法当局，而为我的职务上天天有关系的教育当局，我不管他们打官话打得怎么圆滑，我总觉得提出者的人格，是我不能再与为伍的。”
蔡元培的“不合作主义”曾引起胡适的感慨，认为“在这混浊黑暗无耻的国家里，在这怯儒不爱自由的民族里，蔡先生的不合作主义是不会成功的”。
【明论】
蔡元培说：“大学者，‘囊括大典，网罗众家’之学府也。”
蔡氏在中国近代史上，第一个提出以美学代替宗教，第一个倡导以白话文取代文言文。蔡元培在1919年北京女子高等师范学校发表的演讲中说：“我敢断定白话派一定占优胜。但文言是否绝对的被排斥，尚是一个问题。照我的观察，将来应用文，一定用白话，但美术文，或者有一部分仍用文言。”
为五四新文化运动护法的蔡元培说：“道德之精神在于思想自由。”
蔡元培对留学的同学说：不要失去“我”性，作为中国人的个性，不要被同化。
蔡元培给北大毕业生的赠言是：各勉曰新志，共证岁寒心。
第一次世界大战结束了，蔡元培满怀信心地说：“现在世界大战正的结束，协约国占了胜利，定要把国际间一切不平等的黑暗注意都消灭了，必用光明注意来代替他。”
蔡先生说：“自五四运动以来，不过十五年，但是我国历史，现代环境，督促我人，不得不奔轶绝尘的猛进，吾人自期，至少应以十年的工作，抵欧洲的百年。”他接着希望“在第二个十年和第三个十年时，有中国的拉飞尔和中国的莎士比亚应运而生”。
1918年11月16日，民国七年蔡元培51岁时，“一战”刚结束，在天安门前组织集会庆祝，发表题为《劳工神圣》的演讲，鲜明提出要“认识劳工的价值”，并喊出了“劳工神圣”的口号。
【逸事】
蔡元培的第一位启蒙老师姓周，最初所读的是《百家姓》、《千字文》、《神童诗》三本小书，然后再读儒家经典的“四书”、“五经”。在读这些传统教材时，这位周老夫子强调熟读背诵，而不作讲解。少年蔡元培对所读的内容似懂非懂，但读得遍数多了，居然也能背出来。
11岁那年，蔡元培的父亲去世了，此后家境一天不如一天，他无力购书，但这并没有影响到他的读书与求学。先是他的六叔铭恩铭恩是清末的廪生，每月国家都会发给一定的银子和粮食补助。将自己的所有藏书向他开放，使他读到了《史记》、《汉书》、《文史通义》、《说文通训定声》等书。在叔父的指导下，蔡元培较早地由启蒙进入到了研究经史之学的天地。
13岁时，蔡元培拜经学名宿王子庄为师，学八股文及宋儒之学。这位王先生是位老童生，终生不仕，却以精研八股文闻名遐迩。王子庄的教学方法有别于一般的塾师，蔡元培文章中有什么不对之处，王子庄并不马上就改，而是当面指出错在哪里，叫学生回去自改。正是在王子庄的这种启发式的教导下，蔡元培学问大进，形成了自己独特的“怪八股”风格。以后他就是凭借这一手“怪八股”，在科场青云直上的。
蔡元培上学时，老师要求严格，那时所作的八股文，有不对的地方，老师并不就改，往往指出错误后由自己改正。学校做不完，回家晚饭后在灯下再构思。此时，蔡母常常陪着，也不去睡。蔡元培讲：有一次，母亲觉得夜太深了，人太倦了，思路不能开展了，叫我索性睡了。第二天黎明叫起，此时竟一挥而就。从此，终身觉得熬夜不如起早，是被母亲养成的。
18岁之后，蔡元培开始给别人当塾师，也就是做家教，一边教书，一边自学。这时，他看书越来越杂，也不再练习八股文，而是开始了自由阅读。
蔡先生早年写过许多才华横溢、见解精辟的文章，与当时四平八稳、言之无物的科举八股，适成强烈的对照。蔡元培写过一篇怪文，一开头就引用礼记里的“饮食男女，人之大欲存焉”一句。交卷时间到时，他就把这篇文章呈缴给考官。蔡先生就在这场乡试里中了举人。
蔡元培从小接受的是旧式文人的教育。光绪年间，他先中了举人，后点了翰林。中举的这一年，他奉父母之命迎娶了从未谋面的王昭女士为妻。然而，这样一位受旧式教育的文人却倡导民主和平等。他从“我”做起，以“我”为例，改革社会风气，冲破封建陋俗，提倡男女平权，打破中国传统在婚姻问题上对妇女的束缚，之后的两次婚姻及两次征婚启事正是他这种思想的体现。
蔡元培主持绍兴府学堂时，师生逐渐分化为新旧两派，常发生争辩，每在午餐晚餐时最为集中。盖学堂餐厅放多张方桌，每桌教员一位，学生六位，凡不与学生同桌的教员同坐中间圆桌，随意争论也。
1912年1月4日，中华民国临时政府在南京成立，蔡元培就任南京临时政府教育总长。教育部在蔡元培之下对公众征求可能的国歌，后来颁布了中华民国临时国歌，由沈恩孚作词、沈彭年谱曲的国歌拟稿，歌名《五旗共和歌》。
蔡元培潜心学问，对吃饭一事却十分随便。他的夫人说他：“稀饭也吃，干饭也吃，焦饭也吃。”
蔡元培赴德国莱比锡游学，因听李石曾谈及食肉有害，正好他又读了列夫·托尔斯泰著作中关于打猎的惨状描写，于是宣布此后不再食肉，还劝告朋友寿孝天说：“蔬食有三义：一卫生；二戒杀；三节用。”并表明自己蔬食就是因为戒杀。
一次，蔡元培和学生开座谈会，问在场的学生们：“一加一等于几？”在座的学生们个个百思不得其解，以为蔡元培此问有什么高深的学问，于是都不敢贸然回答。过了很久才由一个学生鼓足勇气说：“先生，一加一等于二。”蔡元培当即大笑说：“对嘛。一加一就等于二。你们这样崇拜甚至迷信偶像，竟然连真理都不要了。”
1924年初，蔡元培在法国里昂北京饭店宴请法国中法大学董事长欧乐，欧乐见席上放有筷子和汤勺，说：“你们不用刀叉，未免不方便吧。”蔡答：“早在3000年前，我们祖先也用刀叉；不过，我们中国人是一个爱好和平的民族，觉得刀叉皆是可以杀人的凶器，吃饭时用它太不文雅。所以从商周时期就改用‘匕’（就是刀）和箸（就是筷子），以‘匕’割肉，用‘箸’夹菜。后来，由于烹饪技术改进了，用筷子了。”欧乐说：“真是的，难怪你们中国人这样爱好和平。”
蔡元培通常就餐是喝酒不吃饭的，据程沧波回忆，在南京中央研究院时，他们一起就餐，蔡先生是不吃饭的，在饭桌上，蔡先生席位上是一暖壶绍兴酒，大概是六两。蔡先生一个人独酌，他们陪他吃饭。蔡先生酒吃完，接着吃几块烤面包。
蔡元培近古稀之年曾和同乡周�