天，老二和宋紫佩同来，我心里已猜到不是好兆头，心想，大约老大的病更加严重了。及至得知老大已经逝世，我精神上受到沉重的打击，悲痛到了极点。只觉得全身颤抖，两腿抖得厉害，站都站不起来，只好靠在床上说话，但头脑还是清楚的。我说：‘老二，以后我全要靠你了。’老二说：‘我苦哉，我苦哉……’太师母接着对俞藻说：‘老二实在不会说话，在这种场合，他应该说，大哥不幸去世，今后家里一切事，理应由我承担，请母亲放心。这样说既安慰了我，又表明了他的责任。’太师母气愤地说：‘难道他说苦哉苦哉，就能摆脱他养活我的责任吗？’”
“七七事变”前后，鲁老太太心情沉重地堆俞藻说：“我真为老二担心，现在报纸上登载教育界开会的消息，很少有他的名字，恐怕他对抗战的态度不坚决……”
中岛长文认为，从周作人与母亲的关系有某种缺欠，因而他对母性有所希求，这是“他成为中国第一个女权主义者（真正的称呼应是‘母性主义者’），在家庭中却唯唯诺诺”的原因；也是周作人迷上这个“有着圆脸，毫无特征的最普通的女人”羽太信子的原因，因为信子身上有着“母性爱”。
另有研究者认为，鲁迅兄弟反目大概也是周作人称呼自己的母亲为“鲁迅的母亲”的原因之一。鲁老太太较为喜欢鲁迅，鲁迅搬出八道湾，她也跟随大儿子搬出去。鲁迅逝世前，母亲一直是他养活；鲁迅去厦门任教前，母亲一直是他照应。母亲对鲁迅的态度，大概也是原因之一吧。
【自由】
五四运动爆发时，周作人正在日本探亲。5月12日，他得知消息后，立即匆匆回国。6月3日，他和刘半农等人以北大代表的名义去北大第三院法科慰问因声援学生运动被捕的中小学生，为军警所阻。次日下午，他参加北大教职员回忆，讨论营救被捕学生之事。5日，他路遇大队军警包围学生演讲，是夜，写下《前门遇马队记》，对军警的行为进行谴责。14日，得知陈独秀被捕后，他和李辛白、王星拱等人以北大代表的名义到警察厅探望。
1921年，北京发生教育风潮，周作人发表《碰伤》一文，说教职员学生“这次碰伤的缘故由于请愿。……请愿的事，只有在现今的立宪国里，还暂时勉强应用，其余的地方都不通用的了。例如俄国，在一千九百零几年，曾因此而有军警在冬宫前开炮之举，碰的更厉害了。我希望中国请愿也从此停止，各自去努力吧。”
1922年3月，李大钊、陈独秀、蔡元培、汪精卫、邓中夏等人成立“非宗教大同盟”，号召反对宗教，特别是基督教。随后，周作人、钱玄同、沈兼士、马裕藻等人发表《主张信教自由者的宣言》，主张：“我们不拥护任何宗教，也不赞成挑战的反对任何宗教。我们认为人们的信仰，应当有绝对的自由，不受任何人的干涉，除去法律的制裁以外，信教自由，载在约法，知识阶级的人应首先遵守，至少也不应首先破坏。我们因此对于现在非基督教同盟的运动表示反对。”此后，周作人多次重申自己维护“信教自由”的立场。
自五四以来，周作人一直提倡思想自由。1924年，他与鲁迅、孙伏园、钱玄同、林语堂等人创办《语丝》，周作人在发刊词中说：“我们个人的思想尽自不同，但对于一切专断和卑劣之反抗则没有差异。”“我们这个周刊的主张是提倡自由思想，独立判断，和美的生活。”
1924年，周作人的《自己的园地》，与《独秀文存》、《胡适文存》等书一起被北洋政府查封。
1925年，女师大风潮爆发，周作人明确支持学生。他发表文章，批评女师大校长杨荫榆“只想开除几个学生，或用别的高压手段消除风潮，整顿学风，是所谓南辕北辙，适得其反。”他明确要求杨“能够因教育前途之棘而引咎辞职”。8月19日，教育部专门教育司司长刘百昭率武装巡警强行接收女师大，学生代表与警察发生冲突，7名学生受伤，各校、各团体声援代表14人被捕，周作人在给友人的信中愤怒地说：“北京教育部的总长司长动不动就以保安队及打手从事，……我的沉默之期或者也不很远了罢。”
“三·一八”惨案发生后，周作人撰文痛斥北洋政府，他说：“这是北京城中破天荒的大残杀，比五卅上海事件更为野蛮，其责任除政府当局段祺瑞、章士钊、贾德耀诸人直接负担，我们要求依法惩办外，对于国民军的首领也不能屈为谅解。”他对牺牲的女学生给予极高评价，称她们为“新中国的女子”。他为遇害的刘和珍、杨德群送殡，并送去挽联：“死了倒也罢了，若不想到二位有老母倚闾，亲朋盼信；活着又怎么着，无非多经几番的枪声震耳，弹雨淋头。”他挽“三·一八”惨案中遇难者的另一联云：“赤化赤化，有些学界名流和新闻记者，还在那里诬陷；白死白死，所谓革命政府与帝国主义，原是一样东西。”
周作人挽“三·一八”惨案中遇害的中法大学学生胡锡爵：“什么世界，还讲爱国？如此死法，抵得成仙！”
在女师大的复校典礼上，周作人说：“这一次本校死了两位同学，我看见她们的遗体，看见她们入殓，我很受一点感动，使我对于死有一点了解。”
“五卅惨案”发生后，周作人愤然写下《对于上海事件之感言》，随后又写下《吃烈士》一文，讽刺“五卅惨案”中镇压工人有功而“加官进爵”的官僚和借“五卅”“博得蝇头之名利”的商贾是在“吃烈士”。
“四·一二”政变发生后，周作人发表《吴公如何？——致荣甫先生》，明确表示：“要不要清党，我们局外人无从说起，但是那种割鸡似地杀人的残虐手段我总不敢赞成，白色恐怖绝不会比赤色的更好。”他在文中质问胡适道：“以我贫弱的记忆所及，《青天白日报》记者二名与逃兵一同斩决，清党委员到甬斩决共党二名，上海枪决五名姓名不宣布，又枪决十名内有共党六名，广州捕共党一百十二人其中十三名即枪决……清法着实不少，枪毙之外还有斩首，不知胡先生以为文明否？”9月，他又一次批评蔡元培、胡适二人身在上海，却对清党运动“视若无睹”。
1933年，周作人致函许寿裳，请蔡元培营救以“共产党”名义被捕的女师大学生郑德音。
【言论】
周作人在《谈虎集·北沟沿通信》中说：“我是不相信群众的，群众就只是暴君和顺民的平均罢了。”
周作人说自己的头脑像一间“杂货铺”：“托尔斯泰的无我爱与尼采的超人，共产主义与善种学，耶佛孔老的教训与科学的例证，我都一样的喜欢尊重，却又不能调和统一起来，造成一条可以行的大路。我只将各种思想，凌乱的堆在头里……”
周作人写《乾隆的恶诗》讽刺乾隆不通诗文，他在《山中杂信》中挖苦他“实在是旧诗的难做，怪不得皇帝”，“倘若他生在此刻，抛了七绝五律不做，专做较为自由的新体诗，即便做不好，也总不至于被人认为‘哥罐闻焉嫂棒伤’的蓝本罢。”
周作人曾翻译《贞操论》，他在《译者前言》中赞扬作者及谢野晶子“是现今日本第一流女批评家，极进步，极自由，极真实，极平正的大妇人”，他表示：“我确信这篇文中，纯是健全的思想”，是“治病的药”。此文发表后，胡适在《新青年》发表《贞操问题》一文，赞扬《贞操论》的发表是“东方文明史上一件极可贺的事”。鲁迅也发表《我之节烈观》声援周。
周作人说：“但是假如有干净的厕所，上厕时看点书却还是可以的，想作文则不必，书也无须分经史子集，随便看看都成。”
周作人说：“科学其实也很道德！”
周作人说，人生的季节是不能颠倒的，在青少年时期一定要为对真善美的追求打下底子。这种教育是以后任何时期的教育所无法补偿的。现在的学生是过于懂得显示，过早面对世俗丑恶，过早学会世故，这是很可怕的事。
周作人说：“我最为佩服的中国思想家只有三人：一是汉王充，二是明李贽，三是清俞正燮。”
周作人对韩愈之类的道学家怀有恶感，他说：“我对于韩退之整个的觉得不喜欢，器识文章都无可取，他可以算是古今读书人的模型，而中国的事情有许多却就坏在这班读书人手里。他们只会做文章，谈道统，虚骄顽固，而又鄙陋势利，虽然不能成大奸雄闹大乱子，而营营扰扰最是害事。”
周作人曾于1935年10月、1936年9月，两次撰文为秦桧翻案，他认为秦桧主和并不是不忠，而是“爱国”。他在文中说：和比战难，战败仍不失为民族英雄，（古时自己要牺牲性命，现在还有地方可逃）和成则是万世罪人，故主和实在更需要有政治的定见与道德的毅力也。
【立场】
章太炎反满革命，被俞樾詈为“不忠不孝”，章遂作《谢本师》一文，与俞断绝师生关系。周作人在日本听章讲学，对章执弟子之礼，后章依附孙传芳，周亦作《谢本师》与章断绝师生关系。抗战时期，周作人与其学生沈启无反目，沈作《谢本师》与周绝交。
周作人思想左倾，他拥护无政府主义思潮，并倾向社会主义。1927年，国民党清党时，周作人撰文明确表示反对国民党屠杀共产党人。他对国民党、蒋介石一向轻蔑、厌恶，认为蒋其人一无可取，不可信任。
周作人在《我最》一文中说：“我最不喜欢谈政治”，“《新青年》的同人最初相约不谈政治”，“政治我是不喜欢谈的，但也有要谈的东西。我所顶看不入眼而想批评的，是那些假道学、伪君子”。
抗战爆发前，周作人坚决反日。他抨击日本在北平办的汉文报纸《顺天时报》是日本侵略者在中国的一张机关报。他撰文批判日本帝国主义说：“日本人爱美，这在文学艺术以及衣食住行的形式上都可看出，不知道为什么在对中国的行动，却显得那么不怕丑……”
蒋梦麟回忆，一次，某日本人到北大讲演中日文化合作，周作人对其说：“谈到中日文化合作，我没有看见日本人的文化，我倒看见他们的武化，你们都是带着枪炮来的，那里有文化，只有武化。”
因为留日和妻子的缘故，周作人对日本一直存有好感，但到晚年，他说：“日本民族所喜欢的是明净直，那么这些例（指藏本失踪事件、河北自治请愿事件、成都北海上海汕头诸事件、走私事件、白面吗啡事件）使即可以证明其对中国的行动都是黑暗污秽歪曲，总之所表示出来的全是反面。日本人尽有他的好处，埘于中国却总不拿什么出来。所有只是恶意，而且又是出乎情理的离奇。这是什么缘故呢？”
“九·一八”事变后，周作人在《关于征兵》中写道：“吴公稚晖说过，他用机关枪打过来，我就用机关枪打过去，这是世界上可悲的现象，但这却是生存竞争上惟一的出路。修武备，这是现在中国最要紧的事，而其中最要紧的事则是征兵。”
耿传明在《周作人的最后22年》中写道：“抗战之前，他（周作人）对郑振铎说过这样的话：‘和日本作战是不可能的。人家有海军。没有打，人家已经登岸来了。我们的门户是洞开的，如何能抵抗人家？’……中日开战之后，他不相信退守大后方的国民党，会有有朝一日收复中原的可能。”
【附逆】
抗战爆发后，友人纷纷劝周作人南下，从日本逃回国的郭沫若发表《国难声中怀知堂》说：“我自回国以来所时时怀念着的，却是北平苦雨斋中我们的知堂。……知堂如真的可以飞到南边来，比如就像我这样的人，为了掉换他，就死上几千百个都是不算一回事的。”
但周作人还是留在了沦陷的北平，他在给陶亢德的信中说：“有同事将南行，曾嘱其向王教长蒋校长代为同人致一言，请勿视留北诸人为李陵，却当作苏武看为宜。”谈到郭沫若的之文，他说：“鼎堂先生文得读，且感且愧，但不敢不勉耳。”
1938年春夏，周作人和寺内寿一的合照在香港的报纸上刊发后，文协便开除了周的会籍。
同年8月，胡适从伦敦寄给周作人一封信，信中附白话诗一首：“臧晖先生昨夜做一个梦，梦见苦雨斋中吃茶的老僧，忽然放下茶盅出门去，飘然一杖天南行。天南万里岂不太辛苦？只为智者识得重与轻。梦醒我自披衣开窗坐，有谁知我此时一点相思情。”意在劝其南下，周作人亦回诗一首，诉说自己不南下的理由：“我谢谢你很厚的情意，可惜我行脚却不能做到，并不是出了家特别忙，因为庵里住的好些老小。我还只能关门敲木鱼念经，出门托钵募化些米面——老僧始终是老僧，希望将来见得居士的面。”
周作人拒绝南下的托词为“上有老、下有小、家累重”，俞芳认为，这只不过是他的托词，鲁老太太根本不是他的负担，而当时八道湾的孩子们都已经长大，最小的是周作人女儿静子的两个孩子，“但但是八个青壮年，带两个小孩子，问题应该是不大的”。
卢沟桥事变后，北大南迁，指定年迈且患高血压的马裕藻，以及董康、周作人三人留守，保管校产。日本人占领北平后，多次命周作人请马裕藻出山任教，马裕藻让幼子马泰将周拒之门外。次数多了，马裕藻便让马泰对周说：“我父亲说了，他不认识你。”从此，周才不再登门。
周作人并非开始就有附逆之心，张铁荣在《周作人平议》中说：“北平沦陷后不久，据一位最后逃出虎穴的北大同学透露，一天，周作人从东安市场回家，路经北大二院，下车看看学校的情形，当时任翻译的日本人小林过来用日语打招呼，此人有一种大和民族的优越感，平日对教职员毫无礼貌，周作人给他一个冷面孔，毫不理会，昂首直入，小林立即改用中国话向周致意，并连连道歉，周作人还斥责了他对教职员语势之不当云云。……人们还不知道，周作人曾和马幼渔一起痛骂过当时已附逆的原北大日文教授徐某，时间是日本侵略军占据北平之后大约半年……”
1939年元旦早晨，有人冒充学生到八道湾拜访周作人，进门便抬手给了周作人一枪，子弹打中周腹部。刺客还打上了当时在周家作客的周作人弟子沈启无，在逃走时，又打死了周家的一名车夫。
周当天穿的是新棉袍，子弹穿过棉袍打在他穿的毛衣的衣扣上，只是划伤了他的皮肤，但周坚持说子弹打进肚子里了。事后到医院做了检查，并没有发现子弹，后来周在穿毛衣时发现了变形的衣扣，又在客厅找到了子弹。但周却极为惶恐，他同意由日本人安排警署派三名便衣警卫进驻其家中。出于安全考虑，他辞去了郊区的燕京大学教席，随后出任伪北大文学院院长一职。
周作人说刺客是日本人，有人说是“抗日锄奸团”，也有人说是爱国青年学生，又有人说是周作人的侄儿周丰三因无法阻止伯父当汉奸而决定干脆杀了他，与几个志同道合的同学所为。但无论哪种说法，都没有得到证实，至今是个疑案。
鲍文蔚曾问周作人为何有人要加害于他时，周轻描淡写地说：“可能有人觉得我可恶吧。”
周作人任伪职后，文化界