傅斯年留学时生活极为艰苦，但他依旧买书，他在给罗家伦信中写道：现在“又有火炉子费，又交学费，故实是十分节省，每日吃饭在二马克与三马克之间，未曾看戏一次。书是买了一部文法，一部梵文法，一部Karlgren的语言学，上一是上课，下一是为写书用。”
赵元任的妻子杨步伟描述过傅斯年在柏林的日子。杨步伟说，她与赵元任到柏林的第一天“就有一些中国在德的留学生来看我们，也是现在很多的名人在内，我们多数是闻名没有见过面的，这些人以前是英美官费留学生，大战后因德国马克正低，这些书呆子就转到德国去，大买德国的各种书籍，有的终日连饭都不好好地吃，只想买书，傅斯年大约是其中的一个。”
傅斯年最终转向研究实证主义史学，并显示出了惊人的天赋，俞大维曾对人说：“搞文史的当中出了个傅胖子，我们便永远没有出头之日了。”
1928～1937年，傅斯年领导历史语言研究所排除阻力，对以安阳为中心的殷墟作了15次大规模的考古发掘，找到大批甲骨文和殷商文物，为殷商史和甲骨文研究奠定了坚实的基础。石璋如回忆说：“那时是殷墟第13次发掘，所用人力在三百人以上，为殷墟发掘以来规模最大的一次。也是中国的考古工作在国际间最煊赫的时期。约在五月中旬，气候已经相当的热了，他和法国的东方学者伯希和先生到达安阳……伯希和先生对着那样伟大的陵墓，那样排列整齐的小墓，那样大量并精美的灿烂的器物，在孟真所长面前，不断的惊讶和赞叹！”
抗日战争爆发后，史语所最终决定南迁，随同搬迁的还有傅斯年视为珍宝的21万册藏书。傅斯年亲自选择路径，并指定由图书管理员那廉君负责护送。
北京和台北的故宫博物馆都藏有大量明清档案。辛亥革命后，这批档案被日本的一家公司买下，打算运回日本。罗振玉、马衡等著名学者曾为保护这一无价之宝出了大力，傅斯年在陈寅恪和胡适的建议下，向中央研究院院长蔡元培申请拨款买下这批档案，最终让这批珍贵的内阁档案免遭劫难，直至今天，中国史学研究仍深受其惠。
傅斯年说：“凡一种学问能扩张他所研究的材料便进步，不能的便退步。”“一分材料出一分货，十分材料出十分货，没有材料便不出货。”他甚至直截了当地说：“史学便是史料学。”
傅斯年经常被引用的名言是：“上穷碧落下黄泉，动手动脚找东西。”
傅斯年严于律己，南京夏天燠热，他人胖，烟瘾又大，在阅读北宋刊的《史记》、《敦煌卷子》等珍贵资料时，坚持不开电扇，不抽烟，精心保护。
傅斯年坚决反对以伦理道德或政治等理由歪曲历史。他说：“对青年是不应该欺骗的，治史学是绝不当说谎的。”“把些传统的或自造的‘仁义礼智’和其他主观，同历史学和语言学混在一气的人，绝对不是我们的同志！”
傅斯年留学之初学习心理学。1940年初，傅斯年曾在西南联大作过一次学术讲演，题目是《汪贼与倭寇——一个心理的分解》，此文是用弗洛伊德的心理分析方法，解析汪精卫如何一步步走上了叛国之路。傅斯年先用汪精卫的出身和成长坏境分析汪精卫性格的形成，而后又说陈璧君的刚戾凶妄也是助因。这种“不度德量力”的要求，形成了他极度扭曲的心理状态，以及他一生人格上和心理上的变态，从而表现为他从事各种极端的政治上反复无常的投机和赌博。在傅斯年看来，倭寇与汪贼大有相同之处，日本小鬼最富于“卑贱疙瘩”，“看到自己那副猢猴形，更恨得非做‘人上人’不可”。傅斯年文中最后结论是：“汪贼有己无人，发了邪火，便欲断了同种；倭贼有己无人，动了狂念，便欲灭绝人类。二者都是一种犯罪心理，不过一个是孤兽，一个是狼群，有此差别罢了。”
傅斯年主持史语所时，曾去北大教课，他附带的任务就是选拔尖子，充实史语所研究队伍，时在北大读书的邓广铭先生回忆：“傅斯年、董作宾、李济、梁思永诸先生都在北大讲课，想发现选拔人才。后来，北大毕业生到史学语所去的很多，我的同学中就有胡厚宣、张政烺、傅乐焕、王崇武等人。”
【教育】
1922年，北大教务长蒋梦麟到欧洲考察，与正就读于伦敦大学的傅斯年作了一次深谈。二人分别不久，蒋梦麟在德国接到傅的一封信，信中劝蒋此次考察要特别注意两个问题：第一是比较各国大学行政制度，第二是各国大学学术的重心和学生的训练。蒋阅毕，不仅惊叹傅氏在学业上的精湛造诣，同时还发现他有极强的视事与处事能力。
据蒋梦麟回忆：“九·一八事变后，北平正在多事之秋，我的参谋就是适之（胡适）和孟真（傅斯年）两位。事无大小，都就商于两位。他们两位代北大请了好多位国内著名教授。北大在北伐成功以后之复兴，他们两位的功劳，实在太大了。”蒋还称赞傅为人处事的两大特征：“办事十分细心”和“说一是一，说二是二”的果断精神。
北京大学、清华大学、南开大学合并为西南联合大学的建议来源于傅斯年。1936年春，史语所南迁，傅斯年辞去北大兼职，随所南下。不久，日寇大举进攻华北。为了保护文教设施，傅斯年提出将北京大学、清华大学和南开大学南迁合组的建议，被国民政府采纳。三所大学后迁至昆明组建成著名的西南联合大学。
傅斯年担任台湾大学校长后，做的第一件事就是给每位教师发了一份通知，说本校长说不一定哪天就要听课，请不要见怪。教师们对听课不会见怪的，可是傅斯年听完课之后有的人就没了工作。当时台湾工作机会极少，失去教职就得饿肚子。傅斯年仅用此一招，就令台大的教风学风为之一变。
傅斯年在台大任校长两年间，因学术水准低或教学业务不合格而被解聘的教授、副教授很多。他对一般任课教师的选聘也持严肃认真态度，有次为了一名助教是否合乎选聘条件的问题，教员聘任资格审查委员会开了四次会，经过几度激烈的辩论，最后投票表决才决定下来。
傅斯年当台大校长后，对进行了一番大刀阔斧的改革。凡不合学术水准，滥竽充数的教授，全部驱逐出校门；校内职员，特别是原“帝大”时遗留的医务人员，凡无医疗常识，不知救死扶伤为何事，只想自己的薪水待遇者，一律解聘。几个月时间，傅斯年就解聘了70余名不合格教授与职工。自此，台大面貌为之一新，形成了一个蓬勃向上的局面。
傅斯年的侄子傅乐成回忆说：“他（傅斯年）经常每日在校办公6小时以上，一进办公室，便无一分钟的休息，有时还须参加校外的集会……他那希望台大赶快办好的意念，竟使他坐卧不安。”
在台大时，傅斯年曾破格聘用殷海光。当时殷海光在《中央日报》被排挤，他直接找傅斯年表示想入台大。傅斯年考虑他是逻辑学泰斗金岳霖的得意弟子，台大又正好缺逻辑教师，所以接受殷海光来台大教书，但特别说明按规定只能从讲师做起，并要求殷以后不许参与任何实际政治，殷海光立即答应。此后在台大的殷海光虽论政却不参政，积极宣扬五四的传统，使得台大成为自由主义的堡垒。
台大讲师殷海光上课因为评分标准严格，期末大批学生逻辑课程不及格，家长跑到傅斯年这告状，傅斯年高声重复了殷海光的理由：这是西南联大的标准！
1950年新生入学考试，国文卷由傅斯年亲自命题，其最重要的一题摘自《孟子·滕文公下》中一段：居天下之广居，立天下之正位，行天下之大道。得志，与民由之；不得志，独行其道。富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈，此之谓大丈夫。此题可视作傅斯年赴台后“虽千万人吾往矣”的心志独白，也是对台大学生在精神层面上的殷切寄望。
1950年1月，台大“校外校内传言斯年将去国，将辞职”。面对传言，傅斯年在23日的校刊上发表了《致台大同事同学》的公开信，信中说：“半年多来，校外攻击斯年者，实不无人，彼等深以不能以台大为殖民地为憾。然彼等原不知大义为何物，故如遂其志，实陷本校于崩溃。鉴于一年来同事同学对斯年之好意，值此困难之时，决不辞职，决不迁就，决倍加努力，为学校之进步而奋斗！”
傅斯年就任台湾大学校长时说：“第一流的大学，不能徒然是一个教育机关，必须有它的重要学术贡献；但是，也没有一个第一流的大学，把它的教育忽略了的。”又说：“大学是一个教授集团，不是一个衙门，按大学法，校长虽然权力甚大，然我为学校前途记，决不能有极权主义的作风。”
傅斯年为了保持大学的独立性和学术的尊严，坚决拒绝三民主义入校，坚持不让台大在校园内升国民党党旗。
自傅斯年任台大校长来，无论是炎炎酷暑还是刺骨寒冬，台大校长办公室的灯总是最后熄灭。楼道锁门的大爷在每次不耐烦中逐渐习惯了校长的“生物钟”，而傅斯年的司机自从跟了他后，晚餐都包在福利社了，因为总是饿着肚皮等还不如吃点快餐。这样的日子自傅斯年任校长来已持续了一年多了，几乎每天晚上他都要熬到12点才能休息。金耀回忆道：“每次跑到傅先生家里，老是看到他孜孜不倦在定稿、看书，不是处理学校内事情，就是自己研究学问，傅先生所写的文章以及答复各方面的询问，都是他亲自动笔。”自来台湾，傅斯年几乎把全部的精力都花在校务上，唯一一次陪夫人娱乐就是一起看了场哈孟特电影，以后逢人谈到娱乐就说这部电影。他给李书华的信中说：“几次信都收到，我忙得要死，而写信则懒得要命！”他对李在法国专心做学问，连连说“真是幸福！不胜羡慕”！
有段时间傅斯年左眼血管破裂，读书写作都受到很大限制，他就捂住左眼写字。在读书写字已非常吃力之下，他不得不与秘书那廉君合作。由他来口述成句，那廉君记下话语大意。傅斯年有时为了加强语势，手就拿着烟斗作指挥，而那廉君则埋头伏案挥笔不停地记录。一个出口成章地滔滔不绝，一个不断地奋笔疾书，不知不觉几个小时过去了。后来为了工作方便，傅斯年干脆让那廉君搬到自己家里客房住下。那廉君时常半夜被傅斯年叫来写东西，因为一旦有创作欲望，傅斯年就坐卧不安。他们合作的最后一篇文章是傅斯年为台大大一学生国文课本写的序，这篇文章很特别，全是用菜肴作的比喻，红烧肉、炸丸子……好多让人垂涎的美味都写在文章里，乍一看犹如一个花样翻新的菜单。
傅斯年在台大时，罗家伦经常去看他，每次看老朋友都是一身疲惫地忙着干不完的活，就劝老朋友不要那么卖命。罗家伦反对他的坏脾气，便用傅斯年自己过去的话讽刺刺激他说：“不要和蟋蟀一样，被人一引就鼓起翅膀，摆出一副搏斗的架势，小心遭人反攻。”
早在主持北大工作期间，傅斯年对中国高等教育制度所存在的种种流弊有了深切的体验，从而产生了改革教育体制的一些想法，离开北大前他发表了一篇《漫谈办学》。后来他去台湾担任台大校长，又提笔写了《几个教育的理想》、《一个问题——中国的学校教育制度》、《中国学校制度之批评》等文，将自己在办教育中所经受的苦痛和盘托出，特别提到“改革教育制度，不可不有新风气，若风气不改？一切事无从改，不止教育而已。”
【铁腕】
傅斯年向来最痛恨不讲民族气节的儒生，对他的聊城先祖傅以渐当年不参加抗清复明运动，反而参加清朝入关后首次乡试，直到殿试得中顺治朝状元，一直耿耿于怀。300年后的今日，他对不顾气节和民族大义，甘愿为日本人驱使的知识分子更是深恶痛绝。当傅就任北大代理校长后，曾于重庆报刊发表声明：“为保持北京大学的纯洁，坚决不录用伪北京大学的教职员，但学生经过甄别和补习，可以接受。”
1945年11月中旬，傅斯年到达北平，陈雪屏等人到机场迎接。傅走下飞机的第一句话就问陈与伪北大的教员有无交往，陈回答说仅限一些必要的场合。傅闻听，大怒道：“汉贼不两立，连握手都不应该。”当场表示伪校教职员坚决不予录用，不但不请他们任教，还当场表示要请司法部门将罪大恶极的儒林败类捉拿归案，严加惩处。
北平的伪教员们一看傅斯年的姿态，既惊又怕又怒，他们私下联合起来以罢课相要挟，不承认“征调”，并向北平行营主任李宗仁请愿，强烈要求入主复员后的北大。为此，伪北大教授、古器物学家容庚还发表了致傅斯年的“万言书”，以示抗议和辩护。对此，傅斯年毫不妥协，以答记者问的形式再次声明，对纠缠与诡辩者予以坚决的回击。
傅斯年对伪北大的教员极为愤怒，但对青年学生甚是宽容。在答记者问时，当记者提到青年学生，傅说道：“青年何辜，现在二十岁的大学生，抗战爆发时还不过是十二岁的孩子，我是主张善为待之，予以就学便利。”并要“想习一切办法让北大保持一个干干净净的身子，正是非，辨忠奸”。最后，傅斯年特别强调“这个话就是打死我我也是要说的”。
就在傅斯年的声明于1945年12月2日在北平《世界日报》刊出之时，伪北大文学院院长周作人写了一篇《石板路》的散文小品。文中极具感情色彩地回忆了他的故乡绍兴石板路与石桥的优美。文章结尾的日期处写道：（民国）三十四年十二月二日记，时正闻驴鸣。文末所谓的“驴鸣”，是对傅斯年发表声明的回应。周作人在当天的日记中写道：“见报载傅斯年谈话，又闻巷中驴鸣，正是恰好，因记入文末。”周作人写罢此文的第四天，即1945年12月6日，就因汉奸罪被捕入狱。
与周作人的嘲讽与谩骂大不同的是，容庚见傅斯年一意孤行，毫无通融的余地，便以中央研究院通信研究员的身份，尾随傅斯年从北平重庆继续纠缠。当容庚来到中央研究院总办事处找到傅斯年欲当面理论时，傅拍案而起，指着容的鼻子大骂曰：“你这个民族败类，无耻汉奸，快滚，快滚，不用见我！”当场命人将容架了出去，扔到了泥泞遍布的马路上。第二天，《新民报》登载此事，标题曰《傅孟真拍案大骂文化汉奸，声震屋瓦》。后来，容再度拜访，表示要谢罪改过，重新做人，傅斯年才勉强作了接见，但仍不允其到北大任教。灰头土脸的容庚只好托李宗仁的关系准备到广西大学任教，后未成行，转聘于岭南大学，终其一生，再也没能迈进北京大学的门槛。
【爱国】
“九一八”事变后，日本帝国主义侵占东北。日本京都大学教授矢野仁一发表一篇《满蒙藏本来并非中国领土》的论文，为满洲国提供依据。傅斯年马上组织方壮猷、徐中舒、萧一山、蒋廷黻一起编写《东北史纲》，专门驳斥日本人“满蒙藏在历史上非中国领土”的谬论。该书第一卷于1932年10月在北平出版。陈槃曾评论此书：“这部用民族学，语言学的眼光和旧籍的史地知识，来证明东北原来是我们中国的郡县；我们的文化种族和这一块地方有着不可分�
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