和旧籍的史地知识，来证明东北原来是我们中国的郡县；我们的文化种族和这一块地方有着不可分离的关系。”此书曾经李济节译成英文送交国际联李顿调查团，后来李顿调查团的报告书中表示东北是中国的领土，显然接受了该书的观点。
1930年，西北科学考察团瑞典考古学家贝格曼（F。 Bergman）在额济纳河流域的黑城发现简牍1万余枚，即是“居延汉简”，次年运抵北平，藏于北平图书馆，由马衡等人整理释读。为了妥善保存这批历史文物，1933年经过胡适与傅斯年的协调，移到北大文科研究所，加速整理。北平沦陷后，傅斯年又将这批材料运往美国妥为保管，使之免于沦落日伪之手。
1932年，傅斯年与胡适、丁文江等在北平创办《独立评论》周刊，在该刊他发表《日寇与热河平津》、《“九一八”事变一年了》、《国联调查团报告书一瞥》等多篇时评，揭露日寇侵华野心，警醒国人不忘国耻。
1935年，傅斯年与俞大綵的爱子出生，当时日本侵略正在不断加深，傅斯年给刚出世的儿子取名为“傅仁轨”。傅解释，本应按“乐”字排行，之所以破例命名，是为纪念唐代朝鲜对日本打歼灭战的大将刘仁轨。
抗战前夕，傅斯年针对当局的退让政策，大声疾呼地号召学人“不南迁，不屈服，坚持到最后一分钟”。抗战初期他为故乡爱国民主人士聊城专员范筑先的殉国而写下“一死泰山重”的赞诗，以鼓舞民族斗志，并不断撰写《天朝——洋奴、万邦协和》、《我替倭奴占了一卦》、《第二战场的前瞻》等评论时局性的论文。
抗日战争爆发后，中央研究院南迁，决策既定，傅斯年立即指示中央研究院各所捆扎物资仪器，打点行装，准备起程。同时满怀豪情地写下了“莫谓书生空议论，头颅掷处血斑斑”的悲壮诗句，以此鞭策自己，激励同事。
抗日战争全面爆发22个月后，傅斯年再在《地利与胜利》一文中估计战争走势。他认定日本的总策略是用相应的代价换取最重要的交通枢纽，在一处呈胶着状态时，另从侧面进攻，或向另一很远的区域进攻，使中国感觉调动困难。傅斯年认为，日本人的这一战略同时决定了最终失败。“抗战的大业，决不能在最近期间结束，至少还有三年。三年以后，我们必偕英法美以全胜，倭国必随中欧的桀纣以灭亡。在我胜利而他灭亡之前，苦是要吃，人力是要尽的。”
傅斯年出任参政员时，积极阐述抗日救国的政见，还提笔为文，被称作有军事知识的文人。他在栗峰山庄的农舍里写成的《地利与胜利》《抗战两年之回顾》等篇文章，就颇具政治军事分析的深度与前瞻性。有人说傅斯年“对政治的兴趣，偏重于内政方面，尤其在澄清内政的空气”。
1945年8月15日，抗战胜利时，傅斯年在重庆。他写信给妻子俞大綵说：他一听到日本投降的消息，欣喜欲狂，冲出寓所，飞奔上街，手舞足蹈，见人便搂抱，狂呼大叫，直到声嘶力竭。等回到寓所，帽子没有了，鞋也丢掉一双。
1945年秋天，傅斯年的夫人俞大綵带着儿子傅仁轨离开李庄去重庆。那时，傅仁轨刚满10岁，傅斯年为儿子书写赞和文天祥的《正气歌》及几首爱国诗篇，写跋嘱其“日习数行，期以成诵”，告以“做人之道，发轨于是，立基于是，若不能看破生死，则必为生死所困，所以异乎禽兽者几希矣。”
平津沦陷时期，敌伪在北京大学旧址继续办学，国人以“伪北大”视之。抗战胜利后，“伪北大”留有数千名师生无从处置。傅斯年认为文入尤其是教师，为人师表，更应保持个人名节，作为全国最高学府的北京大学尤其应做表率。因此，他于10月和12月两次在重庆声明，坚决不任用伪北大人员，认为：“专科以上学校，必须在礼义廉耻四字上，做一个榜样，给学生们下一代看。”“伪北大”教职员在国难当头之时为敌服务，于大节有亏，故不拟继续录用。北平报纸评论说他对伪职人员“有一种不共戴天的忿怒”。伪教职人员组织团体，四处游说、请愿，要求北大继续留用，不少政府官员和朋友也出面讲情，傅斯年顶住各方面压力，坚决辞退了这批伪教职人员。不独如此，他坚决主张严惩汉奸。伪北大校长鲍鉴清附敌有据，河北高等法院宣判他无罪，傅先生搜集鲍4项罪状，向有关机关继续抗告，表明了他对伪职人员的严正态度。
【壮怀】
傅斯年得知自己获得官费留学的名额时，在给好友的信众写道：“我向来胸中的问题多，答案少，这是你知道的。近二三年来，更蕴积和激出了许多问题。最近四五个月中，胸中的问题更大大加多，同时以前的一切囫囵吞枣答案一齐推翻。所以使得我求学的饥，饥得要死，恨不得在这一秒钟内，飞出中国去。”
一同赴英的俞平伯回国后，傅斯年下决心好好学习，他致力于研究实验心理学，同时选修化学、物理学、数学、医学等自然科学课程，不求速效，急名利。但傅斯年心中仍有忧虑，他在给友人的信中写道：“如此迂远，成功上实在讲不定。但我宁可弄成一个大没结果，也不苟且就于一个假结果。”
1928年傅斯年在给胡适信中报告史语所业已筹备时所说，为了“实现理想之奋斗，为中国而豪外国，必黾勉匍匐以赴之”。
傅斯年办史语所奉行“找新才”的原则，舍弃“浮华得名之士”。他坚信，天下之大，总会有读书种子，即使是战乱时期。许多青年学子就冲着傅斯年的激赏，跟着他流落荒野，在所不辞。江津学生王利器四川大学中文系毕业后，恰逢北京大学文科研究所在重庆招生，王利器接到考试通知时已误了考期。他奔赴重庆找到傅斯年。傅斯年对他进行了单独考试。当时敌机经常轰炸重庆，王利器第一场英语考试还没完，就躲避敌机轰炸七次。中午，傅斯年招待王利器吃饭时告诉他：“你明天回江津去吧。敌机滥炸重庆，很危险，不要考了，我告诉你，你旱就取了。还准备给你中英庚款奖学金。你去昆明，还是去李庄？随你选择。昆明有教师；李庄中央研究院历史语言研究所在那里，有书。”王利器选择去李庄，成了傅斯年的研究生。
【革新】
胡适到北大后，傅斯年日渐敬服胡适，经常去听他的课，甚至邀集一些同学去胡适家中“客客气气的请教受益”。在胡适的影响下，傅斯年对西方著作的阅读兴趣也益发浓厚。“当时在北京大学师生中，文言文写得不通或不好而赞成新文学的很多，文言文写得很通很好而赞成新文学的很少。傅先生便是后一类中的一个。”傅斯年住在校内西斋四号，同室者有精心钻研哲学和古史的顾颉刚，有专心研究词章的狄君武，有迷恋佛经的周烈亚，而傅斯年则“和他的一班不速之客的朋友罗志希等，在高谈文学革命和新文化运动”。以后文学革命的旗帜，“因得孟真而大张”。
顾颉刚说：“料想不到我竟把傅斯年引进了胡适的路子上去，后来竟办起《新潮》来，成为《新青年》的得力助手。”
1918年10月8日，《北京大学日刊》刊登了傅斯年给校长的投书——《论哲学门隶属文科之流弊》。文中认为，哲学研究的材料来源于自然科学，“凡自然科学作一大进步，即哲学发一异彩之日”，主张哲学应入理科。此文引起蔡元培的注意。他对这位高才生寄予厚望，题词赠曰：“山平水远苍茫外，地辟天开指顾中。”
1918年，傅斯年与毛子水、罗家伦、顾颉刚、康白情、俞平伯等20人成立了北大学生中第一个倾向于新文化的团体——新潮社，并开始筹办《新潮》杂志。蔡元培、陈独秀从北大每年4万元的经费中拨款给傅斯年办（新潮），胡适则担任他们的学术顾问。1919年元旦，由傅斯年主编的《新潮》创刊号问世。在《新潮》发刊旨趣书中，傅斯年强调该刊是为了帮助同学们“去遗传的科举思想，进于现世的科学思想；去主观的武断思想，进于客观的怀疑思想；为未来社会之人，不为现实社会之人；造成战胜社会之人格，不为社会战胜之人格”。傅斯年还豪迈地宣告：“期之以十年，则今日之大学固来日中国一切新学术之策源地。”
【情谊】
胡适是傅斯年的老师，但二人却一直保持亦师亦友的关系，胡适推崇并敬佩自己的这位学生，在评价傅斯年时，胡适在短短200多字的评论中用了14个最，可见对这位学生的爱护和肯定。
1917年，胡适受蔡元培先生邀请到北大任教，在哲学系开设中国哲学史课程。原来担任此课的是陈汉章老先生，他讲了半年才讲到周公，而胡适径直从周宣王讲起，这种处理中国哲学史的做法，颇使学生们震动，“骇得一堂中舌桥而不能下”。一些学生认为这是思想造反，不配登堂讲授。傅斯年在学生中有一定威信，他曾率学生将一不学无术的教师赶下讲台。此次同学们又请他来听课，听了几次课以后，他告诉同学们说：“这个人书虽然读得不多，但他走的这一条路是对的，你们不能闹。”这样才平息了一场风波。傅斯年去世后，胡适在文章中写道：“（当年）我这个二十几岁的留学生，在北京大学教书，面对着一班思想成熟的学生，没有引起风波；过了十几年之后，才晓得是孟真暗地里做了我的保护人。”
傅斯年是北大教授黄侃的得意门生。其时，黄侃等几位国学大师都赏识傅斯年，想让他继承衣钵。可是傅斯年自从结识胡适后，被“新文化阵营”吸引，不时趋访胡适。心直口快的陈独秀表示怀疑，在《新青年》编辑部对胡适和其他同仁说：“这‘黄门侍郎’傅斯年，可不是细作么？我们不能接纳他，不能理他！”胡适反对：“凡用人，即使有疑，也不用怀疑，何况孟真这种人！”
“五四”以后，不怀好意的人在社会上散布“‘新潮社’社员傅斯年、罗家伦被‘安福俱乐部’收买”的传闻，还说每月领取多少薪金。这“安福俱乐部”是皖系军阀争权夺利的一个派别集团。谣言传出后，对傅斯年十分不利，傅斯年、罗家伦也因此沮丧。胡适见此，写了《他也配》的文章发表。他用一生中罕见的语言辟谣：“‘安福部’是个什么东西？他也配收买得动这两个高洁的青年！”胡适还撰文提高傅斯年在知识界的影响，说“他（傅斯年）的学业根基比我深，读的中国古书比我多的多。”
胡适、傅斯年和叶公超三人关系密切，同为中国近代史的风云人物。在北大时，曾被称为“三驾马车”。有人打比方说，凡事以胡为领袖，傅、叶则是哼哈二将。
作为学生和朋友，傅斯年对胡适这样忠告：“与其入政府，不如组党；与其组党，不如办报。”
胡适面临国府委员兼考试院长的要职犹豫不决，傅斯年写信给胡适说：“借重先生，全为大粪上插一朵花。”劝胡一定不要动摇。于是胡适打定主意，拒官不做。
抗战胜利，北平光复，大家推选傅斯年作北大校长，傅先生坚决不干，说北大校长只有胡适才能干。不过他坚决要求作一段代理校长。傅斯年做代理校长，只为了做一件事。抗战期间北大有很多教授留在沦陷区，颇有些人加入了日军开办的“伪北大”。傅斯年知道胡适这个人性格温和，恐怕不能下决心惩戒他们。于是傅斯年代理北大校长，把这些人全部开除，无论多大的名气，多高的学问一律不客气，铁面无私。1947年1月7日傅斯年致夫人俞大綵信中云：“北京大学可以说两头着火，昆明情形已如上述，究竟如何自联大脱离，大费事，正想中。而北平方面，又弄得很糟，大批伪教职员进来。这是暑假后北大开办的大障碍，但我决心扫荡之，决不为北大留此劣迹。实在说这样局面之下，胡先生办远不如我，我在这几月给他打平天下，他好办下去。”
【大炮】
傅斯年人称“傅大炮”，一生直言不讳，炮轰要人。
傅斯年的老友程沧波说：忽一日，傅论及当时国民政府五院院长。论孙科，说：“犹吾君之子也。”论于佑老，乃是“老党人且是读书人”。论戴季陶，说：“阿弥陀佛。”论到孔祥熙，高声作义愤状：“他凭哪一点？”
1932年6月19日，傅斯年在《独立评论》上发表著名的《中国现在要有政府》一文。傅斯年在文中指出，中国已面临有史以来最大的危机，社会与文化已步趋总崩溃，因为总失业的缘故，国民皆成了叫花子，各路军阀手下的官兵几乎全部由叫花子组成，可谓要多少有多少，军阀自然成了叫花子的头目，故南北政府被一群流氓苦力与叫花子所平分。“照这样形势，虽有一个最好的政府，中国未必不亡；若根本没有了政府，必成亡种之亡。”因而，傅斯年呼吁“一切不顾亡种灭国的人，幸勿此时兴风作浪，这不是可以苟且为之的”。
1936年12月12日，“西安事变”爆发，傅斯年得知后极为震怒，高呼“国家元首岂容为贼所扣乎”？于是极力主张南京国民党高层立即出动大军讨伐张、杨，同时连续在《中央日报》发表《论张贼叛变》等言辞激烈的檄文予以声讨。傅斯年言称张学良的老子就是胡子出身，“张贼天生的是一个犯上作乱的土匪种”。蒋介石“在此时中国是无可比拟的重要，他的安危关系中国国运比任何事都切紧”。再次疾呼尽速派中央军西进，对西安呈扇形包围，只要将西安围住，“张贼学良”除投奔共产党，将是死路一条。针对有人认为出兵西进，会激怒张学良并危及蒋介石的安全，傅斯年坚称愈是大军压境，张学良愈不敢加害蒋，并预言性地指出，待中央军包围西安，张只有束手就范，屈膝投降，而张投降后，“只有蒋能救他一条性命”。
1941年珍珠港事件爆发时，重庆国府于12月18日派出的最后一架飞机抵达香港机场，抢救困于香港的政府大员和学界名流。然而孔祥熙的夫人宋霭龄、二小姐孔令俊率领几十名保镖竟然阻止他人登机，却把自己的仆人、洋狗、马桶、香料和床板等通通运上飞机！陈济棠、何香凝、许崇智、茅盾、郭沫若、陈寅恪等人均被拦截不能登机而滞留香港。当时皆以为陈寅恪已离开人世，傅斯年因此高呼“杀孔祥熙以谢天下”！
傅斯年一直对孔祥熙深恶痛绝。1938年，傅斯年就上书蒋介石，抨击孔祥熙的才能、用人，揭露他纵容夫人、儿子与不法商人勾结发国难财的恶行。蒋介石却不予理睬。从此之后，傅斯年千方百计搜集孔氏贪赃枉法、以权谋私的材料，准备在参政会上弹劾孔祥熙。当时胡适在美国，得知此事后立即写信劝傅不要贸然行事，免得惹火烧身。但傅斯年并不理会，他开始着手调查孔的美金公债一案。
1940年8月14日，傅斯年给胡适的信中列举了自己倒孔的六条理由，谓孔氏“贪赃枉法，有钱愈要钱，纵容其亲党无恶不作，有此人当局，政府决无希望”，“一旦国家到了更危急的阶段，不定出何岔子”。因而，为“爱昔介公，不容不反对他”。并进一步表示“我一读书人，既不能上阵，则读圣贤书所学何事哉？我于此事，行之至今，自分无惭于前贤典型，大难不在后来参政会中，而在最初之一人批逆鳞也。若说（倒孔）有无