不知何以为计。一日，师（傅斯年）召集同人会议，惨然曰：“研究所生命，恐遂如此告终矣！余之精力遂消亡，且宿疾未愈，虽欲再将研究所迁入适当地区，使国家学术中心维持得以不坠，然余竟不克荷此繁剧矣。今当筹商遣散。虽然如此，诸先生之工作，斯年仍愿尽最大努力，妥为介绍安置。”同人此时，以学术自由之环境已受威胁，于多年生命所寄托之研究所，亦不胜其依恋可惜。一时满座情绪，至严肃悲哀，有热泪盈眶者。师于是不觉大感动，毅然曰：“诸先生之贞志乃尔，则斯年之残年何足惜，当力命以付诸先生之望耳。”本所迁移之议，于是遂决。
1949年元旦之夜，胡适与傅斯年在南京共度岁末。是夜，师徒二人置酒对饮，相视凄然，两位书生不禁潸然泪下。午夜的钟声响过，二人打起精神，一边喝酒，一边背诵陶渊明《拟古》第九：“种桑长江边，三年望当采。枝条始欲茂，忽值山河改。柯叶自摧折，根株浮沧海。春蚕既无食，寒衣欲谁待。本不植高原，今日复何悔！”待把此诗吟过数遍，二人酒劲上来，倒在桌旁昏睡过去。
随着陈布雷自杀身亡，傅斯年也产生了继之而去的念头。这个念头存在他的心中已有时日，早在1932年他就说过：“国民党曾为民国之明星者若干年，而以自身组织紊乱之故，致有今日拿不起，放不下之形势。于是一切残余的旧势力蠢蠢思动，以为‘彼可取而代之’。”又说：“平情而论，果然共产党能解决中国问题，我们为阶级的缘故，丧其性命，有何不可。我们虽不曾榨取劳苦大众，而只是尽心竭力忠其所职者，一旦‘火炎昆冈，玉石俱焚’自然当与坏东西们同归于尽，犹之乎宋朝亡国时，若干好的士人，比贪官污吏还死得快些一样子。一从大处设想，即知如此命运真正天公地道，毫无可惜之处。”
陈槃回忆：“当首都仓皇之日，时有陈布雷、段锡朋二氏之殁，师（傅斯年）因精神上大受刺激，悲观之极，顿萌自杀之念。而师未于此时殉国者，赖傅夫人爱护防范之力也。”当时傅斯年的夫人俞大綵正准备陪母亲去广州、香港就医，傅斯年的弟弟傅斯严（孟博）暗中劝俞不要离开。俞大綵说：“我略整行装，准备隔日启程，当夜孟博赶来痛哭流涕，责备我不该离开孟真。他说：‘你难道不知道哥哥随身带着一大瓶安眠药，一旦匪军攻入，他便服毒自尽么？那时，你将何以自处？’骨肉情深，感人肺腑，我们相对涕泣，我便放弃了广州之行。”幸得夫人看护，傅斯年未自杀赴死。
在傅斯年徘徊不定之时，台湾有关人士函电催促其迅速到台大上任。陈诚也致电傅斯年说：“弟已于今日先行接事，介公深意及先生等善意，恐仍须有识者之共同努力，方能有济。弟一时不能离台，希先生速驾来台，共负钜艰。”接到电报后，傅斯年将自己关在一个房间，三日三夜未出房门，绕室踱步，反复吟咏、书写陶渊明《种桑长江边》的诗句，考虑去留问题，最后决定暂且去台湾就职。他原想带全家去台湾，并且已买好了机票，临时决定，把部分亲属留下，退掉了机票，对他们说：共产党对文人还是要用的，我可能很快就回来。临行又把许多图书、家产留了下来。
1949年1月19日，傅斯年飞赴台湾。这天晚上，在惨淡的星光照耀下，傅斯年携夫人走出了史语所大院中的家门，胡适与傅氏夫妇在前，秘书那廉君殿后，一行人在漆黑寒冷的夜色中悄无声息地走着。沉沉的夜幕中，看门的老工友接过傅斯年手中的行李，在送向汽车的同时，呜咽着道：“傅先生，今日一别，还能相见吗？”傅听罢，悲不自胜，热泪夺眶而出：“好兄弟，等着我，我会回来的。”傅说着，握住老工友的手作了最后道别，然后登车仓皇离去。当夜，傅斯年飞抵台北。
【孝道】
傅斯年事母至孝。他早年丧父，是母亲和祖父将他抚养长大。号称“大炮”的傅斯年平日霸气十足，不把任何人放在眼里，但每当母亲发脾气，他就立即长跪不起，听任母亲斥责，直到母亲发完脾气，让他起来方才站起。
因傅斯年的母亲患高血压病，忌吃猪肉，俞大綵为婆母健康，不敢给她食肉。但傅母却偏极爱吃肥肉，于是矛盾不可避免。俞大綵曾回忆说：孟真侍母至孝，对子侄辈，也无不爱护备至。太夫人体胖，因患高血压症，不宜吃肥肉。记得有几次因我不敢进肥肉触怒阿姑，太夫人发怒时，孟真辄长跪不起。他窃语我云：“以后你给母亲吃少许肥肉好了。你要知道，对患高血压症的人，控制情绪，比忌饮食更重要，母亲年纪大了，别无嗜好，只爱吃肉，让她吃少许，不比惹她生气好么？我不是责备你，但念及母亲，茹苦含辛，抚育我兄弟二人，我只是想让老人家高兴，尽孝道而已。”
傅斯年的母亲后跟随儿子在南京居住。抗日战争全面爆发后，傅斯年由于领导中央研究院各所搬迁事宜，无暇顾及家庭，特委托一位下属和两个侄儿负责保护母亲转移至安徽和县暂住。南京沦陷后，傅斯年辗转来到重庆后。不久两个侄儿来见，傅斯年以为家人顺利脱险，十分高兴，当侄儿述说祖母没有逃出来时，傅斯年大怒，当场打了侄儿两个耳光，又各自踹了两脚。随后，他千方百计令人把母亲于战祸连绵的安徽接了出来，辗转20余天由陆路逃至汉口，最后抵达长沙。当时老太太年已七十余岁高龄，傅斯年每言及老母逃难事，总怀歉疚之情，他曾对同事说：“老母幸能平安至后方，否则将何以面对祖先？”后来，史语所由长沙迁昆明，傅斯年把母亲接到重庆，安置在歌乐山下一个较为安全的地方，与弟弟傅斯严（孟博）一起生活，费用全部由傅斯年负担。
傅母体胖，加之年事已高，为躲避战火舟车劳顿，一旦安定反生病恙，时好时重，最后在医院病逝。据一直在病房服侍的朱仲辉说，傅家老太太病逝后，傅斯年因不知病情，医院方面的专家又拿不出一个确切的结论，为此双方吵吵嚷嚷，争论不休，最后院方提出解剖，以验证病症之要害。傅斯年犹豫再三，最后同意解剖，其结果确为胆结石所致。由此可见当时中国头号医院医药设备及医疗技术是怎样的落后与糟糕。
傅母去世时，傅斯年还在病中，只能由妻子俞大綵出面请其兄、时任国民政府兵工署署长的俞大维派人料理安葬事宜。墓地选在歌乐山附近中研院数学所办公处旁的一个小山顶上，由兵工署人员在岩石中钻一洞穴，下葬时用吊车将棺木放入，用水泥制成七八寸厚预制板三块，用吊车吊起盖在墓穴上方，整体看上去如同一个应用于战争的碉堡，极为坚固。傅斯年致信胡适说：“家母葬于歌乐山风景绝佳处，作成一水泥之圹，甚坚。”但是，傅斯年万万没有想到得是，在他去世后的1966年，他母亲的坟墓作为“地主妖婆”和“蒋帮特务的后台老板”之窝点，被红卫兵和造反派用炸药炸开，抛骨扬尸。据说傅母的人头骨被一革命小将拿去作为辉煌战果公开展览后，倒上洋油，挂于一棵大树之上点了天灯。
【家庭】
傅斯年一生有过两次婚姻，第一次是父母之命、媒妁之言的旧式婚姻。傅斯年父亲早逝，16岁在天津读中学时，由祖父和母亲做主，与山东聊城县绅士丁理臣之女丁蘸萃拜堂成亲。
丁蘸萃略通文墨，号称聊城第一美女，但由于长期生活在乡下，处世态度和生活方式与傅斯年反差极大。随着年龄增长和西学的影响，傅斯年对自己的婚姻越来越不满意。
傅斯年与丁蘸萃长期分居，没有共同的志趣，感情更是无从谈起。傅斯年苦恼之极，愤然道：“我们现在已经掉在网里，没法办了。想个不得已的办法，只有力减家庭的负累，尽力发挥个性。不管父母、兄弟、妻子的责难，总是得一意孤行，服从良心上的支配，其余都不可顾虑，并且可以牺牲的。”
傅斯年留学欧洲归来后，下定决心要与丁蘸萃离婚。1934年，傅斯年终于与丁蘸萃在济南协议离婚。
同年8月5日，在同学俞大维的撮合下，傅斯年与俞大维最小的妹妹、陈寅恪的表妹、比自己年轻10岁俞大綵在北平共结百年之好。
俞大綵出身名门，幼年即受新式教育，后求学于上海沪江大学，长于文学，尤擅英文，且写得一笔好字，作得一手绝妙的小品文章。1935年9月，儿子傅仁轨出生。
俞大綵这样说自己的婚姻：“如果比学问，我真不敢在他（傅斯年）面前抬起头，所以我愿意牺牲自己一切的嗜好和享受，追随他，陪伴他，帮助他。结婚之后他没有阻止我任何社交活动，但我完全自动放弃了，十几年来我们的经济状况一直非常困苦，但我们仍然过得很美满很快乐。”
傅斯年爱吃肉包子，他的夫人俞大綵女士出身名门，又是南方人，对他这种习惯印象极深。傅先生讨厌狗，恰有朋友送给他儿子仁轨一条狗，一天午睡时，那狗舐他的手，醒而怒打，狗逃掉了，却打碎了自己的眼镜。夫人与之辩，三天不与交一言。然而三天之后，他起床，长揖到地，面有愧色，对夫人说：“我无条件投降了，做了三天哑吧，闷煞我也。”夫人取笑说：“用配眼镜片的钱，买几个肉包子吃，岂不更好？”
俞大綵一生追随傅斯年。在李庄时，由于没有小学，俞大綵就在家中教导傅仁轨和李方桂的女儿。
1947年，傅斯年赴美国治病，后傅斯年夫妇回国，把13岁的儿子傅仁轨留在美国读中学，托付友人和门生照顾。岱峻曾向人打听傅斯年先生的这一血脉的下落。知情者说，傅仁轨在美国再也没有回来过。与台湾和大陆都没有任何联系。他在美国缺少教管，书也没好好念，学嬉皮士，穷愁潦倒，荒芜一生。他的母亲台湾大学教员俞大綵为此终生后悔。
后来傅仁轨先生读了岱峻的《发现李庄》给他写了一封信。信的全文不足百字：“尊敬的岱峻先生：我幸运地读到了《发现李庄》，这是一本十分有趣的书，它仿佛把我带回了过去的时光。愿好运赐给你。”信是英语写的，只有签名是用的中文。“傅仁轨”3个大字，歪歪扭扭，实在不敢恭维。岱峻始信了人们的传言，傅斯年先生之子已不会使用中文。
【谶语】
1949年1月20日，傅斯年正式就任台湾大学校长。时台大中文系教授黄得时仰慕傅的声名，请其写几个字作为留念。傅斯年挥毫写下了“归骨于田横之岛”短幅相赠。众人见之，顿生凄怆之感，更想不到竟一语成谶。
1950年夏天，傅斯年身患胆结石，不得不到医院做手术。出院时医生劝他至少要在家中休养一周，但台大的事务纷乱如麻，根本无法办到。对此，随国民党赴台的朱家骅曾以十分伤感的心情回忆道：“在他（傅斯年）去世的前几天，闲谈之中，他忽然对我说：‘你把我害苦了，台大的事真是多，我吃不消，恐怕我的命欲断送在台大了。’当时我只以为他因感觉办事的辛苦，而出此苦语。不意数日之后，便成谶言。”
俞大綵回忆丈夫傅斯年去世前的一个冬夜：“一九五○年十二月十九日，他去世的前夕，是一个寒冷的冬夜，我为他在小书室中升炭盆取暖。他穿着一件厚棉袍伏案写作。我坐在对面，缝补他的衣袜。因为他次日要参加两个会议，我催他早些休息，他搁下笔抬头对我说，他正在为董作宾先生刊行的《大陆杂志》赶写文章，想急于拿到稿费，做一条棉裤。他又说：‘你不对我哭穷，我也深知你的困苦，稿费到手后，你快去买几尺粗布，一捆棉花，为我缝一条棉裤，我的腿怕冷，西装裤太薄，不足以御寒。’我一阵心酸，欲哭无泪。”
傅斯年到台大后，生活较为清苦，儿子傅仁轨在美国读书，他和时任台大英语系副教授的夫人俞大綵两个人的收入，仅能维持最低限度的生活。此前傅斯年拿到一笔报刊文章的稿费，想托卫生署的官员刘瑞恒出差到香港时买一套现成的西服，但把稿费和家里的存款加起来一算，只能买一件上衣。傅斯年只好说：“幸亏我还有没破的裤子，那就只买件上衣吧。”
这天晚上，傅斯年指着壁上的书架对俞大綵说：“这些书，还有存于史语所一房间的书，我死后留给儿子。我要请董作宾先生制一颗图章，上刻孟真遗子之书几个字。”言毕，长叹一声，一反常态地对俞大綵说道：“你嫁给我这个穷书生，十余年来，没有过几天舒服的日子，而我死后，竟无半文钱留给你们母子，我对不起你们。”
后来俞大綵回忆这个夜晚时说：“我一向不迷信，难道这几句话就是他的遗言？夜深了，窗外吹起一阵寒风，室内盆中的炭已化成灰，我猛然感到一阵透骨的寒冷。”
不数日，当董作宾含泪把稿费送到傅家时，俞大綵双手捧着装钱的信封，悲痛欲绝，泣不成声。用心血换取的稿费到了，但此时的傅斯年已命归黄泉，不再需要为自己的双腿做御寒的棉裤了。
【长辞】
1950年12月20日上午，傅斯年出席由蒋梦麟召集的农复会一次会议，讨论农业教育改进和保送台大学生出国深造问题。据在现场的人回忆说，傅斯年一会儿用汉语讲话，一会儿用英语和美国人交谈，一会儿汉英交杂，滔滔不绝地大发宏论。两个多小时的会议，他讲的话比任何人都多。
午饭后稍事休息，傅斯年又赶往省议会厅，列席台湾省参议会第五次会议。这一天，参议会上所质询的问题全是有关教育行政方面的事务。大约到了5点40分左右，参议员郭国基起来质询有关台大的问题。
据在场者事后透露，郭的发难主要是国民党教育部从大陆抢运来台并存放于台湾大学的器材如何处理，以及放宽台大招生尺度等问题。傅斯年遇事再次上台回答郭的提问。在回答郭提出的台大应多聘台籍教授，多取台湾土著学生问题时，傅斯年说：“奖学金制度，不应废止，对于那些资质好、肯用功的学生，仅仅因为没有钱而不能就学的青年，我是万分同情的，我不能把他们摒弃于校门之外。……我们办学，应该先替学生解决困难，使他们有安定的生活环境，然后再要求他们用心勤学。如果我们不先替他们解决困难，不让他们有求学的安定环境，而只要求他们用功读书，那是不近人情的……”讲完话时，大约是6时10分，傅斯年走下讲坛，就在即将回到座位时，他突然脸色苍白，步履踉跄，坐在台下的陈雪屏见状，赶紧上前搀扶，傅只说了一句“不好！”便倒在陈雪屏怀中昏厥过去。从此傅斯年陷入昏迷，再也没有醒来。
医生迅速赶到现场，经诊断傅斯年是脑溢血。此时，陈诚、何应钦、王世杰、程天放、罗家伦、朱家骅等政界要人，以及学术界人士李济、董作宾、毛子水、萨孟武、英千里、劳幹等纷纷赶来。蒋介石闻讯后，立即指令陈诚动员台湾所有名医，不惜代价抢救，并要陈诚每过半个小时报告一次傅斯年的病情。
是夜11时23分，傅斯年突然睁开了眼睛，床前众人惊喜交加，以为傅氏终于醒了过来。但医师急忙走过来按了按脉，抬手合上了傅斯年的眼皮，一声不吭地退后低下了头，傅斯年就此与世长辞。
第二天，台湾省议会副议