利沃尼亚审判结束后，非洲统一组织于7月21日在开罗开了4天会，通过一项决议，要求34个成员国与南非和葡萄牙断绝贸易联系并禁止其飞机和船只在非洲国家的机场和港湾停泊，以抗议两国的种族主义政策。决议还呼吁非洲的产油国向两国实行石油禁运。随后于1964年11月30日，联合国就种族隔离问题任命的特别委员会建议，迫使南非放弃其种族隔离政策最有效的办法是对其实行全面的经济制裁。
泛非主义者大会领导人索布克韦在1960年反通行证法示威中被捕后，于1960年5月4日被判处3年徒刑。服满了违犯通行证法的刑期后，他本应在1963年5月3日释放，但是就在5月2日，南非总统斯沃特①签署了臭名昭著的《一般法修正案》，这项法律规定警察在没有逮捕令的情况下有权对政治嫌疑犯进行拘留审讯，审讯期间被捕者与外界隔离，不能请律师，不能见朋友家人，法庭不能干预，这一法案又被称为“90天法”，因为这一过程可持续90天！
①C·R斯沃特曾在1948年起任南非司法部长。1961年5月31日南非共和国成立，他当选为首任南非总统。
这一法案中的有一条款规定：政府有权对任何服满刑期的政治犯进行不定期监禁。由于这一条款的制定主要是针对索布克韦而来，因而后来简称为“索布克韦条款”。这一法案使得有的被告在拘押后（或服刑后）被法庭判决释放，但由于政府方面的一纸命令又立即入狱。这样的法律规定从根本上破坏了“国家是人权的保障者”的传统概念。这一法案亦引起了联合国的极大关注，因为90天预押条款直接违背1948年的《世界人权宣言）。
这样，1963年5月3日后，索布克韦被继续关押在罗本岛。曼德拉在1962年8月被捕关在监狱时，索布克韦给他写了封充满激情的信，鼓励他为人民的解放事业继续战斗。索布克韦在罗本岛被单独地监禁了7年以后，南非政府为平息世界舆论，假惺惺地将他转移到离他家乡约翰内斯堡300英里的金伯利，软禁在住所里。他住的房子是政府指定的，每天在户外的时间不许超过12小时，同时处于警察的严密监视之下。虽然他过去曾是大学讲师，但政府禁止他进入任何大学、学院、学校或者其他教育机关。他还被禁止发表或者联名发表任何东西，也不许参加政治集会或社交活动。同时，他还被命令不得与政府开列的一大串被查禁名单上的人通信。1970年初，政府拒不同意他离开南非接受美国威斯康辛大学的教职。
作为泛非主义者大会的创始人，索布克韦在狱中仍时刻关心黑人民族解放运动的进展，并经常鼓励自己的战友。被宣布为非法组织的泛非主义者大会也积极开展暴力活动。1962年11月21日夜间，一队武装的非洲人袭击了帕尔警察局，打死了附近的2名欧洲人，打伤了几个其他的人。5名非洲人在冲突中丧命，另有几百人被警察逮捕。人们将这些袭击者取名叫“波戈”。但据泛非主义者大会的领导人勒巴洛说，将这些人归于一个完全独立的组织是不对的。“波戈”一词实际上是泛非主义者大会的一个口号“乌姆阿非利加波戈”的一部分，意思是“纯粹的非洲民族主义者”。早在1960年，开普西区的泛非主义者大会就已用它作为一个暗号名称。帕尔暴动调查团曾认为“波戈”是泛非主义者大会的别名，勒巴洛对此说法表示赞同。
作为泛非主义者大会的缔造者之一，勒巴洛于1925年出生在巴苏陀兰（今莱索托）境内。①在第二次世界大战期间，他在陆军服役，并被派往北非。从部队退伍后，他回到学校，先后在莱达布兰德和比勒陀利亚教书，与曼德拉、西苏鲁等人一起创立了非洲人国民大会的青年联盟。由于积极参加1952年的蔑视运动，他被学校开除。后来，他与非洲人国民大会的宪章派分道扬镳，和索布克韦一起成立了泛非主义者大会，并被选为全国书记。他被捕后不久即被释放，便开始在巴苏陀兰指挥泛非主义者大会的地下活动，并负责波戈的破坏活动。
①巴苏陀兰当时是英国的领地。
按照泛非主义者大会的计划，1963年将是南非自由年。为实现这一计划，波戈决定增加破坏和暴力行动。1963年2月2日，一批约50名的非洲人在特兰斯凯攻打了靠近巴希河桥的路边营房，打死了5名欧洲人。2月8日，一个白人商人在兰加被人打死。同时，在昆斯敦、卡马塔和克鲁格斯多普还进行了其他袭击。
南非政府已经注意到从巴苏陀兰边境地区过来的影响，它要求英国政府在其统治的领地内采取行动予以配合。1963年4月2日，英国警察在南非便衣警察协助下，搜查了泛非主义者大会的马塞卢总部，逮捕了13名成员，并抄走了全部文件。但是，泛非主义者大会的领导人勒巴洛却机智地逃脱了。从这以后，这一组织的领导权开始由驻在达累斯萨拉姆的国外代表团行使。命令从这里送往迁到巴苏陀兰偏远山区的总部，再设法躲过南非警察的封锁输入国内。
到1964年中期，司法部长确认共有202名波戈成员被判处谋杀罪，12名成员被判为企图谋杀罪，395名成员被判为破坏罪，126名因非法离境而判刑，另有820名波戈成员因参与地下组织的活动而被判罪。波戈是南非黑人运动中第一个采取针对个人的暴力行动的政治组织，同时也是60年代最活跃的地下组织。正是由于采取了这种激进的策略和积极的行动，泛非主义者大会在60年代初受到更多的非洲人支持。“南非种族关系研究所”在非洲人中举行民意测验，发现泛非主义者大会得到57％的非洲人的支持，而支持非洲人国民大会的只有39％。
由于指挥机构先后遭到严重破坏，非洲人国民大会和泛非主义者大会的军事组织除小股仍在国内开展破坏活动外，领导机构和主要力量多转移到国外，准备长期的游击战争。从60年代中期到70年代中期，由于镇压的加剧、领导人的被捕和指挥机构的转移，南非国内的黑人群众运动处于低潮。
在罗本岛，曼德拉被关在一个7英尺见方的单人牢房，牢房里惟一的摆设是地板上的一床草垫和两条毯子。由于曼德拉是受世界舆论关注的知名人物，监狱当局总想装模作样，以“讨好”曼德拉。如他刚到岛上时，监狱当局提出要给他特殊伙食，但曼德拉严词拒绝，一直与难友们同甘共苦。直到1973年他患高血压以后，他的伙食才改为无盐食物和牛奶。在监狱里，曼德拉还通过国际社会与红十字会向国际舆论揭露狱吏折磨摧残政治犯的罪行，要求国际社会向南非当局施加压力，以改善南非政治犯的条件。因为他是国际上有影响的人物，如果提出个人要求会很快满足并得到照顾，但曼德拉每次总是为全体政治犯说话，在会见外国来访者的时候，总是要求他们注意全体政治犯的非人道待遇。
曼德拉的入狱对温妮来说是一个极大的考验。她不得不忍受数不尽的诽谤和污辱，经历各种苦难和危险，生活在孤独和寂寞之中，同时还要想尽方法抚养两个未成年的孩子。她至今还不能忘怀那最难受的开始时间：
纳尔逊入狱后的头几周和头几个月，我简直像生活在地狱里。孤独、寂寞比担惊受怕更糟糕，它是人的肉体和心灵所能承受的最痛苦的灾难。当你突然意识到，一个如此超众不凡的人——你只是这个人的影子——从你身边被夺走时，你会感到自己孤身无援。他是我力量的支柱。我摸索着前进，试图适应这种生活。那是极其困难的。在那段时间，对我帮助最大的是那些充满友爱的信。我六个月没有看到他，而这期间，他只被允许写一封信。我反复阅读这封信，直到这最初的半年终于熬到了头。
当时，曼德拉等人为重犯，只允许亲属每半年探望一次，每次30分钟，探监者与犯人不能有任何接触（包括拉手、亲吻）。此外，犯人每半年才能给家人写一封500字以下的短信。1965年，温妮受到一个更为严厉的5年管制禁令的约束，不许离开奥兰多镇。因此她失去了儿童福利社的工作。此后，她不得不到家具店当推销员，在洗衣店、修鞋店做工。1966年，当局禁止她“准备、编辑、出版、印刷或传播任何文件、书籍、小册子、记录、标语和照片”等。这一年，当她去罗本岛访问曼德拉时，为了在许可证到期之前赶到那里，她没有坐火车而改乘飞机。为此，她被指控违反了探监规定。
1967年7月9日，温妮到罗本岛探望曼德拉。上岸后，她径直走到候见室。这里气氛阴森，而且很压抑，有三个军官来回巡逻，另有一位守在门口。窗台上有个很大的烟灰缸，是用贝壳做的，里面扔满了烟蒂，旁边的两个厕所又脏又臭。那位军衔高一点的军官像以前一样警告她：“你只能谈家务事和孩子，不能谈别的，不能谈政治问题。如果你们说些我们听不懂的话，你的探视就要被打断。”过了一会儿，他喊道：“曼德拉夫人，你可以进来了。”
然后，在3名看守的陪同下，他们开始通过耳机对话。中间隔着一块厚厚的玻璃，双方都难以看清对方。曼德拉仍是那么开朗，对孩子们的成长特别关心。那一年，津荠7岁，津妮8岁。温妮为了让孩子上学，找了纳尔逊的一位亲戚。但这位亲戚属有色人种，因而不能在黑人学校里为她们注册。最后，她只好将她们带到有色人种学校，以她的名义为两位女孩注册。谁知，安全部门很快获悉了这事，竟派人把学校校长拘留起来。在无计可施的情况下，温妮借助朋友们的安排，只好将她们送去斯威士兰读书。问了孩子的情况，曼德拉又嘱咐温妮要坚强：“对我来说，生活和幸福就是你的爱和支持。”随后，他又要温妮靠近一点，“这样，我才看得清你穿着什么衣服呀！”在曼德拉的眼里，温妮永远是一个逗人喜欢的小姑娘。
温妮含情脉脉地看着自己心爱的丈夫。她多么希望有一个自己的家，一个温馨的家。每天早上，为他准备一杯水果汁，等他洗完澡后给他擦身子。和他一起带着津妮和津荠去野餐，去郊游，‘到家乡去饱览那田园风光。她看着曼德拉那模糊的轮廓，多么想冲过去和他拥抱啊。45分钟很快就过去了，“时间到了！”透过玻璃隔板，他们相互吻别了。
离开罗本岛，温妮登上了回开普敦的船。像每次探监后一样，她感到充满希望。用她自己的话来说，“到那儿去是令人振奋的，有一种像蓄电池被重新充电一样的感觉。我想，这是因为他们给了我们那样多的鼓舞，那么多的勇气。他们当然会回来，回来后在一个黑人执政的南非扮演自己合法的角色。纳尔逊将成为我们的总理。”45分钟后，船靠岸了。她一上岸，就碰到了麻烦事。
一个名叫塞科姆的警察挡住了她，审问她：“你在开普敦住在什么地方？”当时，温妮打算在开普敦的尼扬加住两天，但她对这位警官很讨厌，可以说是一种本能的反感。“问这干什么？你的责任就是了解曼德拉夫人的行踪。如果你是个警察，你应该知道我的住处。我是不把自己的地址告诉陌生人的。”塞科姆仍要求温妮说出她的地址，温妮生气地说，“那你就靠跟踪我来赚钱吧。走开，别挡着我的路。”说完，她坐上自己的汽车，朝开普敦开去。
随后，她被控违反禁令，没有向开普敦的治安警察提供自己的姓名和地址。在法庭上，塞科姆坚持说，他曾告诉曼德拉夫人他是警察。而温妮则坚持，他没有公开自己的身份，她认为他是个记者，初级法院的法官接受了塞科姆的证词，曼德拉夫人被判12个月监禁。但12个月除4天之外，其余刑期全部缓期3年执行。温妮不服判决，向高级法院上诉。辩护律师认为，鉴于曼德拉夫人在开普敦只住了两天，不能说她在开普敦有什么“住址”。但国家方面的律师反驳说，她有“住所”，因为“住所”的定义是“可以找到某人并与之进行联系的地方”。曼德拉夫人是故意拒绝将住址告诉那位警官。她的上诉被驳回，维持原判。她只好在监狱里呆上4天。
1967年6月21日，一个新的“一般法修正案”，或称为“恐怖主义法”正式生效。这一法令使南非警察有权逮捕他们认为有危及法律和秩序行为的人或图谋煽动他人如此行为的人。该法定义含混，几乎每一个反对南非政权的人都可以在没有搜捕证的情况下被逮捕、拘留、审讯，甚至无限期地单独关押。正是基于这一法令，温妮·曼德拉与其他21名男女于1969年在一次全国范围的搜捕中被关进监狱。
1969年5月21日深夜，温妮被一阵剧烈的敲门声惊醒。门被踢开后，治安分局的警察蜂拥而入，翻箱倒柜，他们把熟睡中的孩子拖起来，然后搜查床单下面。最后，在孩子们的哭喊声中把温妮带走了。随后，她被关进了比勒陀利亚中央监狱。
监狱的条件极其恶劣，被捕的21人中一人当夜身亡，另一人19天以后死亡。温妮被单独监禁在一间牢房里，她并不知道这是一次全国范围内的大搜捕，以为就她一个人关在这间死牢里。一关几个月，她被这样监禁着，陪伴她的只有一只马桶，一个塑料瓶子和一只杯子。她后来是这样回忆的：
在监狱里，我们每天都受到检查。两个女看守走进来，命令你站起来，脱掉衣服。等我脱得一丝不挂的时候，她们从鞋子开始，然后是内裤、乳罩，以至衣服的每一条缝。接着是检查头发——当然，在我身上，她们永远不能得到什么。对于女犯人，按常规还要检查阴道。我想，她们对和我住同一监狱的其他五位同志不会这样。再没有比这更污辱人格的事了。而且在那间房子里，你是孤单一人。
……
对我的审讯是星期一开始的，而我被送回牢房时，已经是星期六夜间了。他们对我连续审讯了五个昼夜。我蒙蒙眬眬己得当时的情景。第五个夜晚，我不时地昏过去，每昏过去一次，也就轻松一次。我第一次认识到，大自然会有这样奇异的办法来补偿疲惫不堪的身体。我就那样一次又一次长时间地昏死过去，我一定是在这种时刻被送回牢房的。审讯一直没有中断。我全身肿得很厉害，而且还尿血。虽然有时候允许上厕所，但时间不长，实际上女看守也跟着一起去。
在监狱里，温妮仍十分担心津荠和津妮的下落。她们当时是因为学校放假才回家休息。临被捕之前，温妮要求把她们送到她姐姐尼基韦·克萨巴那里，但被粗暴地拒绝了。温妮不时地想：“她们现在怎么样了？”
审讯是由野蛮的斯旺波尔少校指挥的。他为了使温妮屈服，可以说是无所不用其极。除了疲劳轰炸外，他还使用一些卑劣的手法。在审讯中，他不止一次地侮辱温妮：“你会被完全驯服，你会被彻底摧垮，你是个不可救药的女人。”“你还反抗什么？你在政治上已毫无本钱。我们已经告诉大家，你想为我们工作，不管你想与不想都无所谓。”他还在监狱内外散布“曼德拉夫人是叛徒”的谣言，以恶意中伤这位坚强的女性。
当这些手法都无济于事时，他又从人格上低毁温妮。有一次他对温妮说：“你知道吗，人们认为纳尔逊是个伟大的人，认为他入狱是因为他想为人民作出牺牲。如果我有个像你这样的老婆，我也会像纳尔逊一样，到监狱去寻求保护。他为了躲开你而跑掉了。什么样的女�