何进部下的军官吴匡、张璋在皇宫外，听到何进被杀害，打算率军入宫，但宫门已关闭。虎贲中郎将袁术与吴匡等共同进攻皇宫，用刀劈砍宫门，中黄门等则手持武器，防住宫门。适逢黄昏，袁术于是纵火烧南宫的青琐门，想以此威胁宫中交出张让等人。张让等人到后宫禀告何太后，说：“大将军何进的部下谋反，纵火烧宫，并进攻尚书门。”他们裹胁着何太后、少帝、陈留王刘协，劫持宫内的其他官员从天桥阁道逃向北宫。尚书卢植手持长戈站在阁道的窗下，仰头斥责段，段惊恐害怕，于是放开何太后，何太后从窗口跳下，得以幸免。袁绍与他叔父袁隗假传圣旨，召来樊陵、许相，把他们处斩。袁绍与何苗等率兵驻扎在朱誉门下，捉住赵忠等人处斩。吴匡等人一向就怨恨何苗不与何进同心，而且怀疑他与宦官有勾结，于是号令军中说：“杀死大将军的人就是车骑将军何苗，将士们能为大将军报仇吗？何进部下都流着泪说：”愿拼死为大将军报仇！“于是吴匡就率兵与董卓的弟弟奉车都尉董一起攻杀何苗，把他的尸体扔在宫苑里。于是袁绍关上北宫门，派兵捉拿宦官，不论老少，一律杀死，共二千余人毙命，有人因为未长胡须而被误杀。袁绍乘势率军进攻，扫荡宫禁，有的士兵爬上端门屋，向宫内冲击。
庚午，张让、段等困迫，遂将帝与陈留王数十人步出门，夜，至小平津，六玺不自随，公卿无得从者，唯尚书卢植、河南中部掾闵贡夜至河上。贡厉声质责让等，且曰：“今不速死，吾将杀汝！”因手剑斩数人。让等惶怖，叉手再拜，叩头向帝辞曰：“臣等死，陛下自爱！”遂投河而死。
庚午（二十七日），张让、段等被困宫中，无计可施，只好带着少帝、陈留王刘协等数十人步行出门。夜里，到达小平津。皇帝所用的六颗御玺没有随身带上，没有公卿跟随，只有尚书卢植、河南中部掾闵贡夜里到达黄河岸边。闵贡厉声斥责张让等人，而且说：“你们如今还不快死，我就要来杀你们！”于是用手中的剑砍死数名宦官，张让等又惊又怕，拱手再拜，又向少帝叩头辞别说：“我们死了，请陛下自己保重！”于是投河而死。
贡扶帝与陈留王夜步逐萤光南行，欲还宫，行数里，得民家露车，共乘之，至雒舍止。辛未，帝独乘一马，陈留王与贡共乘一马，从雒舍南行，公卿稍有至者。董卓至显阳苑，远见火起，知有变，引兵急进；未明，到城西，闻帝在北，因与公卿往奉迎于北芒阪下。帝见卓将兵卒至，恐怖涕泣。群公谓卓曰：“有诏却兵。”卓曰：“公诸人为国大臣，不能匡正王室，至使国家播荡，何却兵之有！”卓与帝语，语不可了；乃更与陈留王语，问祸乱由起，王答，自初至终，无所遗失。卓大喜，以王为贤，且为董太后所养，卓自以与太后同族，遂有废立之意。
闵贡扶着少帝与陈留王刘协，在夜里追着萤火虫的微光徒步向南走，想回到宫中。走了几里地，得到百姓家一辆板车，大家一齐上车，到达洛舍歇息。辛未（二十八日），找到马匹，少帝独自骑一匹，陈留王刘协和闵贡合骑一匹，从洛舍向南走，这时才逐渐有公卿赶来。董卓率军到显阳苑，远远望见起火，知道发生变故，便统军急速前进。天还没亮，来到城西，听说少帝在北边，就与大臣们一齐到北芒阪下奉迎少帝。少帝见董卓突然率大军前来，吓得哭泣。大臣们对董卓说：“皇帝下诏，要军队后撤。”董卓说：“你们这些人身为国家大臣，不能辅佐王室，致使皇帝在外流亡，为什么要军队后撤！”董卓上前参见少帝，少帝说起话来语无伦次。于是董卓又与陈留王刘协交谈问起事变经过，刘协一一回答，从始至终，毫无遗漏。董卓十分高兴，觉得刘协贤能，而且又是由董太后养大的，他认为自己与董太后同族，于是心里有了废黜少帝，改立刘协为皇帝的念头。
是日，帝还宫，赦天下，改光熹为昭宁。失传国玺，尔玺皆得之。以丁原为执金吾。骑都尉鲍信自泰山募兵适至，说袁绍曰：“董卓拥强兵，将有异志，今不早图，必为所制；及其新至疲劳，袭之，可禽也！”绍畏卓，不敢发，信乃引兵还泰山。
当天，少帝回到宫中，大赦天下，改后号将光熹元年改为昭宁元年。传国御玺丢失了，皇帝六玺中的其他五玺全都找到。任命丁原为执金吾。骑都尉鲍信到泰山郡募兵，恰到这时归来，他劝说袁绍：“董卓统率强兵，将有不轨的打算。现在不早作打算，必然会被他控制。应该乘他刚到，兵马都很疲惫，发动袭击，可以生擒董卓！”袁绍畏惧董卓，不敢发动进攻。于是鲍信率领部队返回泰山郡。
董卓之入也，步骑不过三千，自嫌兵少，恐不为远近所服，率四五日辄夜潜出军近营，明旦，乃大陈旌鼓而还，以为西兵复至，雒中无知者。俄而进及弟苗部曲皆归于卓，卓又阴使丁原部曲司马五原吕布杀原而并其众，卓兵于是大盛。乃讽朝廷，以久雨，策免司空刘弘而代之。
董卓到洛阳，手下只有步、骑兵三千人。嫌自己兵力单薄，担心不能使远近慑服。于是，每隔四五天，就派军队夜里悄悄出发到军营附近处，第二天早上，再严整军容，大张旗鼓地返回，让人以为西方凉州又派来了援军，而洛阳城中没有人知道他的底细。不久，何进与何苗的部下都投靠董卓，董卓又暗中指使丁原部下的司马、五原人吕布杀死丁原而吞并了他的部队，从此董卓兵力大增。于是他暗示朝廷，以下雨不停止为理由，让皇帝颁策罢免司空刘弘的职务，由自己接任。
初，蔡邕徒朔方，会赦得还。五原太守王智，甫之弟也，奏邕谤讪朝廷；邕遂亡命江海，积十二年。董卓闻其名而辟之，称疾不就。卓怒，詈曰：“我能族人！”邕惧而应命，到，署祭酒，甚见敬重，举高第，三日之间，周历三台，迁为侍中。
起初，蔡邕被流放到朔方郡，遇到大赦后，得以返回家乡。五原郡太守王智是中常侍王甫的弟弟，指控蔡邕诽谤朝廷，于是蔡邕流亡江湖，前后达十二年。董卓听说了蔡邕的名声，便征召他做自己的僚属。蔡邕自称有病，不肯接受征召。董卓大怒，骂道：“我能把蔡邕全族杀得一个不剩！”蔡邕感到恐惧，只得接受命令。他到洛阳后，被任命为司空祭酒。董卓对蔡邕十分敬重，以考绩优秀为理由举荐他，使他在三日内连续升迁三次，在三个不同的官署任职，最后被任命为侍中。
＇12＇董卓谓袁绍曰：“天下之主，宜得贤明，每念灵帝，令人愤毒！董侯似可，今欲立之，为能胜史侯否？人有小智大痴，亦知复何如？为当且尔，刘氏种不足复遗！”绍曰：“汉家君天下四百许年，恩泽深渥，兆民戴之。今上富于春秋，未有不善宣于天下。公欲废嫡立庶，恐众不从公议也！”卓按剑叱绍曰：“竖子敢然！天下之事，岂不在我！我欲为之，谁敢不从！尔谓董卓刀为不利乎！”绍勃然曰：“天下健者岂惟董公！”引佩刀，横揖，径出。卓以新至，见绍大家，故不敢害。绍县节于上东门，逃奔冀州。
＇12＇董卓对袁绍说：“天下的君主，应该由贤明的人来担任。每当想起灵帝，就使人愤恨。‘董侯’看似不错，现在我打算改立他为皇帝，不知他是否能胜过‘史侯’？有的人小事聪明，大事糊涂，谁知道他又会怎样？如果他也不行，刘氏就不值得再留种了！”袁绍说：“汉朝统治天下约四百年，恩德深厚，万民拥戴。如今皇上年龄尚幼，没有什么过失传布天下。您想废嫡立庶，恐怕众人不会赞同您的提议！”董卓手按剑柄，呵叱袁绍说：“小子，你胆敢这样放肆！天下大事，难道不由我决定！我要想这样做，谁敢不服从？你以为董卓的刀不锋利吗！”袁绍勃然大怒，说：“天下的英雄豪杰，难道只有你董公一个人！”袁绍把佩刀横过来，向众人作了一个揖，径直而出。董卓因新到洛阳，见袁绍是累代高官的大家，所以没敢害他。袁绍把司隶校尉的符节悬挂在上东门，离开洛阳逃奔冀州。
九月，癸酉、卓大会百僚、奋首而言曰：“皇帝暗弱，不可以奉宗庙，为天下主。今欲依伊尹、霍光故事，更立陈留王，何如？”公卿以下皆惶恐，莫敢对。卓又抗言曰：“昔霍光定策，延年按剑。有敢沮大议，皆以军法从事！”坐者震动。尚书卢植独曰：“昔太甲既立不明，昌邑罪过千余，故有废立之事。今上富于春秋，行无失德，非前事之比也。”卓大怒，罢坐。将杀植，蔡邕为之请，议郎彭伯亦谏卓曰：“卢尚书海内大儒，人之望也；今先害之，天下震怖。”卓乃止，但免植官，植遂逃隐于上谷。卓以废立议示太傅袁隗，隗报如议。
九月，癸酉（疑误），董卓召集文武百官，蛮横地说：“皇帝没有能力，不可以奉承宗庙，做统治天下的君主。如今，我想依照伊尹、霍光的前例，改立陈留王为皇帝，你们觉得怎样？”公卿及以下官员都十分惶恐，没有人敢回答。董卓又高声说：“从前霍光定下废立的大计后，田延年手握剑柄，准备诛杀反对的人。现在有谁胆敢反对这项计划，都以军法从事！”在座的人无不震骇。只有尚书卢植说：“从前太甲继位后昏庸不明，昌邑王有千余条罪状，所以有废立之事发生。现在的皇帝年龄尚幼，行为没有过失，不能与前例相比。”董卓大怒，离座而去。他准备杀卢植，蔡邕为卢植求情，议郎彭伯也劝阻董卓，说：“卢尚书是全国有名的大儒，受人尊敬。现在先杀了他，将使全国都陷入恐怖之中。”董卓这才停止动手，只是免去卢植的官职。于是，卢植逃到上谷郡隐居起来。董卓派人把废立皇帝的计划送到太傅袁隗看，袁隗回报同意。
甲戌，卓复会群僚于崇德前殿，遂胁太后策废少帝，曰：“皇帝在丧，无人子之心，威仪不类人君，今废为弘农王，立陈留王协为帝。”袁隗解帝玺绶，以奉陈留王，扶弘农王下殿，北面称臣。太后鲠涕，群臣含悲，莫敢言者。
九月甲戌（初一），董卓又在崇德前殿召集百官，威胁何太后下诏废黜少帝刘辩，诏书说：“皇帝为先帝守丧期间，没有尽到作儿子的孝心，而且仪表缺乏君王应有的威严。如今，废他为弘农王，立陈留王为皇帝。”袁隗把少帝刘辩身上佩带的玺绶解下来，进奉给陈留王刘协。然后扶弘农王刘辩下殿，向坐在北面的刘协称臣。何太后哽咽流涕，群臣都心中悲伤，但没有一个人敢说话。
卓又议：“太后迫永乐宫，至令忧死，逆妇姑之礼。”乃迁太后于永安宫。赦天下，改昭宁为永汉。丙子，卓鸩杀何太后，公卿以下不布服，会葬，素衣而已。卓又发何苗棺，出其尸，支解节断，弃于道边，杀苗母舞阳君，弃尸于苑枳落中。
董卓又提出：“何太后曾经逼迫婆母董太皇太后，使她忧虑而死，违背了儿媳孝敬婆母的礼制。”于是，把何太后迁到永安宫。大赦天下，把年号昭宁改为永汉。丙子（初三），董卓用毒药害死何太后。公卿及以下官员不穿丧服，在参加丧礼时，只穿白衣而已。董卓又把何苗的棺木掘出来，取出尸体，肢解后砍为节段，扔在道边。还杀死何苗的母亲舞阳君，把尸体扔在御树篱墙的枳苑中。
＇13＇诏除公卿以下子弟为郎，以补宦官之职，侍于殿上。
＇13＇下诏，任命朝中公卿及以下官员的子弟为郎官，以填补原来由宦官担任的职务，在宫殿侍侯皇帝。
＇14＇乙酉，以太尉刘虞为大司马，封襄贲侯。董卓自为太尉，领前将军事，加节传、斧钺、虎贲，更封侯。
＇14＇乙酉（十二日），任命太尉刘虞为大司马，封襄贲侯。董卓自己担任太尉，兼前将军，并加赐代表皇帝权力的符节，以及作为仪仗的斧钺和虎贲卫士，进封为侯。
＇15＇丙戌，以太中大夫杨彪为司空。
＇15＇丙戌（十三日），任命太中大夫杨彪为司空。
＇16＇甲午，以豫州牧黄琬为司徒。
＇16＇甲午（二十一日），任命豫州牧黄琬为司徒。
＇17＇董卓率诸公上书，追理陈蕃、窦武及诸党人，悉复其爵位，遣使吊祠，擢用其子孙。
＇17＇董卓率领三公等大臣上书，请求重新审理陈蕃、窦武以及党人的案件，一律恢复爵位，派使者去祭悼他们的坟墓，并擢用他们的子孙为官。
＇18＇自六月雨至于是月。
＇18＇自六月到九月，大雨连绵不断。
＇19＇冬，十月，乙巳，葬灵思皇后。
＇19＇冬季，十月，乙巳（初三），安葬何太后。
＇20＇白波贼寇河东，董卓遣其将牛辅击之。
＇20＇白波叛军进攻河东郡，董卓派部下将领牛辅率军讨伐。
初，南单于于扶罗既立，国人杀其父者遂叛，共立须卜骨都侯为单于。于扶罗指阙自讼。会灵帝崩，天下大乱，于扶罗将数千骑与白波贼合兵寇郡县。时民皆保聚，钞掠无利，而兵遂挫伤。复欲归国，国人不受，乃卡河东平阳。须卜骨都侯为单于一年而死，南庭遂虚其位，以老王行国事。
当初，南匈奴单于于扶罗继位后，谋杀他父亲的南匈奴人于是叛变，共同拥立须卜骨都侯为单于。于扶罗到洛阳向朝廷控告他们。正赶上灵帝驾崩，天下大乱，于扶罗便率领数千骑兵联合白波叛军共同攻击郡、县。当时百姓都聚集在坞堡里自守，于扶罗没有抢掠到什么东西，自己的部队却有不少伤亡。他想再回到自己的领地去，但南匈奴人不接纳他，他便停留在河东郡的平阳县。须卜骨都侯做了一年单于后就去世了，南匈奴于是空下王位，而由须卜骨都侯的父亲代行单于职权。
＇21＇十一月，以董卓为相国，赞拜不名，入朝不趋，剑履上殿。
＇21＇十一月，任命董卓为相国。允许他在参拜皇帝时不唱名，上朝不趋行，佩剑穿鞋上殿。
＇22＇十二月，戊戌，以司徒黄琬为太尉，司空杨彪为司徒，光禄勋荀爽为司空。
＇22＇十二月，戊戌（疑误），任命司徒黄琬为太尉，司空杨彪为司徒，光禄勋荀爽为司空。
初，尚书武威周毖，城门校尉汝南伍琼，说董卓矫桓、灵之政，擢用天下名士以收众望，卓从之，命毖、琼与尚书郑泰、长史何等沙汰秽恶，显拔幽滞。于是征处士荀爽、陈纪、韩融、申屠蟠。复就拜爽平原相，行至宛陵，迁光禄勋，视事三日，进拜司空。自被微命及登台司，凡九十三日。又以纪为五官中郎将，融为大鸿胪。纪，之子；融，韶之子也。爽等皆畏卓之暴，无敢不至。独申屠蟠得微书，人劝之行，蟠笑而不答，卓终不能屈，年七十余，以寿终。卓又以尚书韩为冀州牧，侍中刘岱为兖州刺史，陈留孔为豫州刺史，东平张邈为陈留太守，颖川张咨为南阳太守。卓所亲爱，并不处显职，但将校而已。
起初，尚书、武威人周毖，城门校尉、汝南人伍琼劝说董卓矫正桓帝、灵帝时的弊政，征召天下有名望的士人，以争取民心。董卓采纳了这个建议，命令周毖、伍琼与尚书郑泰、长史何等淘汰贪脏枉法与不称职的官员，选拔被压抑的人才。于是，征召未作过官的士人荀爽、陈纪、韩融、申屠蟠入朝任职。又派使者到荀爽家乡去任命他为平原国相，荀爽赴任途中走到宛陵，又被任命为光禄勋。荀爽到任办公三天，又升任司空。从他被征召，到升任三公，一共九十三天。又任