＇4＇丙申（初八），明帝任命征虏司马申令孙为徐州刺史。申令孙是申坦的儿子。在义阳建立司州府，提升义阳内史庞孟虬为司州刺史。
徐州刺史薛安都、冀州刺史清河崔道固皆举兵应寻阳。上征兵于青州刺史沈文秀，文秀遣其将刘弥之等将兵赴建康。会薛安都遣使邀文秀，文秀更令弥之等应安都。济阴太守申阐据睢陵应建康，安都遣其从子直将军索儿、太原太守清河傅灵越等攻之。阐，令孙之弟也。安都婿裴祖隆守下邳，刘弥之至下邳，更以所领应建康，袭击祖隆。祖隆兵败，与征北参军垣崇祖奔彭城。崇祖，护之之从子也。弥之族人北海太守怀恭、从子善明皆举兵以应弥之，薛索儿闻之，释睢陵，引兵击弥之。弥之战败，走保北海。申令孙进据淮阳，请降于索儿。庞孟虬亦不受命，举兵应寻阳。
徐州刺史薛安都，冀州刺史清河人崔道固，都起兵响应寻阳的刘子勋。明帝向青州刺史沈文秀征兵，沈文秀派遣他的将领刘弥之等率军南下，增援建康。正巧，薛安都派人邀请沈文秀拥护刘子勋，沈文秀于是改命刘弥之中途去薛安都那里待命。济阴太守申阐据守睢陵，效忠建康朝廷。薛安都派遣他的侄儿直将军薛索儿和太原太守清河人傅灵越等攻打申阐。申阐是申令孙的弟弟。薛安都的女婿裴祖隆驻守下邳，刘弥之到达下邳后，带着他的部众，效忠于建康朝廷，袭击裴祖隆。裴祖隆战败，会同征北参军垣崇祖逃到彭城。垣崇祖是垣护之的侄儿。刘弥之的同族人北海太守刘怀恭、侄儿刘善明都起兵响应刘弥之。薛索儿知道后，放弃对睢陵的攻击，发兵转攻刘弥之。刘弥之战败，逃到北海据守。申令孙进据淮阳，请求薛索儿允许他投降。庞孟虬也背叛了朝廷，起兵响应寻阳刘子勋。
帝召寻阳王长史行会稽郡事孔觊为太子詹事，以平西司马庾业代之；又遣都水使者孔入东慰劳。说觊以“建康虚弱，不如拥五郡以应袁、邓。”觊崐遂发兵，驰檄奉寻阳。吴郡太守顾琛、吴兴太守王昙生、义兴守刘延熙、晋陵太守袁标皆据郡应之。上又以庾业代延熙为义兴，业至长塘湖，即与延熙合。
明帝征召寻阳王长史、代理会稽郡事孔觊为太子詹事，另派平西司马庾业接替孔觊的职位，又派都水使者孔到东方各郡慰劳。孔反而游说孔觊：“建康力量虚弱，不如以所管辖的东方五个郡来响应袁、邓琬。”孔觊遂下令起兵，宣布拥护刘子勋。一时间，吴郡太守顾琛、吴兴太守王昙生、义兴太守刘延熙、晋陵太守袁标都占据郡城响应孔觊，拥护寻阳政权。明帝又命庾业接替刘延熙为义兴太守，庾业走至长塘湖，却与刘延熙联合，反叛朝廷。
益州刺史萧惠开，闻晋安王子勋举兵，集将佐谓之曰：“湘东，太祖之昭；晋安，世祖之穆；其于当璧，并无不可。但景和虽昏，本是世祖之嗣；不任社稷，其次犹多。吾荷世祖之眷，当推奉九江。”乃遣巴郡太守费欣寿将五千人东下。于是湘州行事何慧文、广州刺史袁昙远、梁州刺史柳元怙、山阳太守程天祚皆附于子勋。无怙，元景之从兄也。
益州刺史萧惠开，听到晋安王刘子勋起兵，召集将领，对他们说：“湘东王是太祖的儿子，晋安王是世祖的儿子，无论哪一个继承皇位，都没什么不合法的。刘子业虽然昏暴，却是世祖的后嗣，他虽不能继续主持国事，却还有很多弟弟。我受世祖的恩宠，应当遵奉晋安王刘子勋。”于是就派遣巴郡太守费欣寿带领五千人顺江东下。这时，湘州行事何慧文、广州刺史袁昙远、梁州刺史柳元怙、山阳太守程天祚都起兵拥护刘子勋。柳元怙是柳元景的堂兄。
是岁，四方贡计皆归寻阳，朝廷所保，唯丹杨、淮南等数郡，其间诸县或应子勋，东兵已至永世，宫省危惧。上集群臣以谋成败。蔡兴宗曰：“今普天同叛，宜镇之以静，至信待人。叛者亲戚布在宫省，若绳之以法，则土崩立至，宜明罪不相及之义。物情既定，人有战心，六军精勇，器甲犀利，以待不习之兵，其势相万耳。愿陛下勿忧。”上善之。
这一年，各地的贡品和报告都送往寻阳。建康朝廷的势力范围，只剩下丹杨、淮南等几个郡，而这几个郡中又有很多县起兵响应刘子勋，东线的反朝廷军队已到达永世。建康朝廷惊恐危急。明帝召集群臣讨论国家的安危。蔡兴宗说：“当今之时，几乎举国一起反叛，我们应该镇静，以诚待人。叛臣的亲戚，很多在宫廷或朝廷任职，如果绳之以法，我们就会立刻土崩瓦解。应该强调父子兄弟之间，犯罪互不株连的大义，民心安定之后，将士才能有斗志。朝廷的六军精练勇猛，武器犀利，用来对付那些没有经过训练的叛乱部队，形势相差很多，请陛下不要忧虑。”明帝认为他的分析有理。
＇5＇建武司马刘顺说豫州刺史殷琰使应寻阳；琰以家在建康，未许。右卫将军柳光世自省内出奔彭城，过寿阳，言建康必不能守。琰信之，且素无部曲，为土豪前右军参军杜叔宝等所制，不得已而从之。琰以叔宝为长史，内外军事，皆叔宝专之。上谓蔡兴宗曰：“诸处未平，殷琰已复同逆；顷日人情云何？事当济不？”兴宗曰：“逆之与顺，臣无以辨。今商旅断绝，米甚丰贱，四方云合，而人情更安，以此卜之，清荡可必。但臣之所忧，更在事后，犹羊公言：‘既平之后，方当劳圣虑耳。’”上曰：“诚如卿言。”上知琰附寻阳非本意，乃厚抚其家以招之。
＇5＇建武司马刘顺劝说豫州刺史殷琰，让他响应寻阳政权。殷琰因家人都在建康，没有答应。右卫将军柳光世从朝廷逃出来，投奔彭城，路过寿阳，他说建康一定保不住。殷琰相信他的判断，而且，殷琰一向没有自己的部曲，受到当地的豪族、前任右军参军杜叔宝等人的挟持，不得已归顺刘子勋。殷琰任命杜叔宝为长史，里里外外一切军事要事，都由杜叔宝独断专行。明帝对蔡兴宗说：“各地的叛乱，还没有平息，殷琰又起兵附逆，近日来民心如何？事情能够成功吗？”蔡兴宗说：“谁是叛逆，谁是正统，我不必分辨。现在，交通中断，商旅绝迹。可是粮食积存丰富，米价便宜。四面八方风起云涌，而民心反而更加安定。由此看来，动乱一定可以平息。我所担忧的不是眼前，而是未来，正象羊祜所说的：‘夺取胜利之后，才更要劳烦陛下多多思虑。’”明帝说：“正像你所说的！”明帝知道殷琰归附寻阳政权，并非本意，于是对殷琰留在建康的家人特别安抚厚待，招引他重新归顺。
＇6＇汝南、新蔡二郡太守周矜起兵于悬瓠以应建康。袁诱矜司马汝南常珍奇执矜，斩之，以珍奇代为太守。
＇6＇汝南、新蔡二郡太守周矜，在悬瓠起兵宣布效忠建康。袁引诱周矜崐的司马、汝南人常珍奇活捉周矜，将其斩首。于是任命常珍奇接任太守。
＇7＇上使冗从仆射垣荣祖还徐州说薛安都，安都曰：“今京都无百里地，不论攻围取胜，自可拍手笑杀；且我不欲负孝武。”荣祖曰：“孝武之行，足致余殃。今虽天下雷同，正是速死，无能为也。”安都不从，因留荣祖使为将。荣祖，崇祖之从父兄也。
＇7＇明帝派冗从仆射垣荣祖回徐州游说薛安都。薛安都说：“如今，建康势力范围，不到百里地，无论攻城还是野战，我们都可以在拍手大笑中取胜。并且，我不想辜负孝武皇帝。”垣荣祖说：“孝武皇帝的行为，足以为他的后代留下祸殃。现在虽然天下响应，不过是加快灭亡的速度，不可能有什么作为。”薛安都不接受，反而留下垣荣祖任职。垣荣祖是垣崇祖的堂哥。
＇8＇兖州刺史殷孝祖之甥司法参军葛僧韶请征孝祖入朝，上遣之。时薛索儿屯据津迳。僧韶间行得至，说孝祖曰：“景和凶狂，开辟未有；朝野危极，假命漏刻。主上夷凶翦暴，更造天地，国乱朝危，宜立长君。而群迷相煽，构造无端，贪利幼弱，竞怀希望。使天道助逆，群凶事申，则主幼时艰，权柄不一，兵难互起，岂有自容之地！舅少有立功之志，若能控济义勇，还奉朝廷，非唯匡主静乱，乃可以垂名竹帛。”孝祖具问朝廷消息，僧韶随方譬，并陈兵甲精强，主上欲委以前驱之任。孝祖即日委妻子于瑕丘，帅文武二千人，随僧诏还建康。时四方皆附寻阳，朝廷唯保丹杨一郡；而永世令孔景宣复叛，义兴兵垂至延陵，内外忧危，咸欲奔散。孝祖忽至，众力不少，并伧楚壮士；人情大安。甲辰，进孝祖号抚军将军，假节、都督前锋诸军事，遣向虎槛，宠赉甚厚。
＇8＇兖州刺史殷孝祖的外甥任司法参军的葛僧韶，请求明帝征召殷孝祖来京朝见，明帝派葛僧韶前往。当时，薛索儿驻军各渡口和各要道，葛僧韶绕小路北上，才得以到达，游说殷孝祖说：“刘子业凶暴疯狂，自从开天辟地以来，从未有过。朝野面临崩溃，人人生命危在旦夕。主上翦险凶暴，重建天下。国家沸混乱，朝廷危急，应该拥护年长者为君王。想不到一群糊涂虫互相煽动，无缘无故地制造事端，利用晋安王的年幼无知，各人有各人的打算。假使上天帮助叛逆，这些坏蛋如愿以偿，而主上年幼，时势艰难，权柄不能集中，兵变事变不断发生，天下之大，岂有容身之地！舅父自小就有建功立业的大志，如能率领济水一带的义勇将士，回京保卫朝廷，不但可以扶助君王平定叛乱，而且可以名垂青史。”殷孝祖详细询问了朝廷的情况，葛僧韶随机应变，陈述士卒强壮，武器精良，明帝准备任命他为前锋总领。殷孝祖当天就把妻子儿女留在瑕丘，率文武官员及士卒两千人，随同葛僧韶返回建康。此时，所有的郡县都归附寻阳政权，朝廷所保留的仅丹杨一郡。而永世县令孔景宜，也在这时背叛。义兴叛军将到达延陵，建康内外忧虑惊恐，民心瓦解，大家都想逃走。正在此时，殷孝祖忽然到达，部队浩浩荡荡，而且都是北方及荆州的精壮战士，人心大为安定。甲辰（十六日），明帝提升殷孝祖为抚军将军、持节、都督前锋诸军事。派他进驻虎槛，恩庞赏赐十分优厚。
初，上遣东平毕众敬诣兖州募人，至彭城，薛安都以利害说之，矫上命以众敬行兖州事，众敬从之，殷孝祖使司马刘文石守瑕丘，众敬引兵击杀之。安都素与孝祖有隙，使众敬尽杀孝祖诸子。州境皆附之，唯东平太守申纂据无盐，不从。纂，钟之曾孙也。
当初，明帝派遣东平人毕众敬到兖州招兵买马，经过彭城时，薛安都以利害关系说服毕众敬，还假造明帝的诏书，任命毕众敬管理兖州事务，毕众敬接受。殷孝祖让司马刘文石据守瑕丘，毕众敬率军袭击，杀了刘文石，薛安都一向与殷孝祖有矛盾，他命毕众敬把殷孝祖所有儿子全部杀掉，兖州全境全部归附毕众敬。只有东平太守申纂据守无盐，不肯投降。申纂是申钟的曾孙。
＇9＇丙午，上亲总兵，出顿中堂。辛亥，以山阳王休为豫州刺史，督辅国将军彭城刘、宁朔将军广陵吕安国等诸军西讨殷琰。巴陵王休若督建威将军吴兴沈怀明、尚书张永、辅国将军萧道成等诸军东讨孔觊。时将士多东方人，父兄子弟皆已附觊。上因送军，普加宣示曰：“朕方务德简刑，使父子兄弟罪不相及，将顺同逆者，一以所从为断。卿等当深达此怀，勿以亲戚为虑也。”众于是大悦，凡叛者亲党在建康者，皆使居职如故。
＇9＇丙午（十八日），明帝亲自统率全军到中堂驻扎。辛亥（二十三日），任命山阳王刘休为豫州刺史，指挥辅国将军彭城人刘、宁朔将军广陵人崐吕安国等各路人马，向西讨伐殷琰。命令巴陵王刘休若指挥建威将军吴兴人沈怀明、尚书张永、辅国将军萧道成等各路人马，向东讨伐孔觊。当时，建康的许多将领是东方各郡人士，父子兄弟全都投靠了孔觊。明帝因此在送他们出征时，向全军宣布说：“朕正在推行皇家恩德，减轻刑罚，使父子兄弟之间的罪行，互不株连，无论顺从或叛逆者，都以他自己的行为作判断标准。你们要深刻理解朕的用意，不要替亲戚担忧。”军心为此欢欣鼓舞，凡是叛党留在建康的亲属，都让他们像过去那样，保持原来的官职。
＇10＇壬子，路太后殂。
＇10＇壬子（二十四日），路太后去世。
＇11＇孔觊遣其将孙昙等军于晋陵九里，部陈甚盛。沈怀明至奔牛，所领寡弱，乃筑垒自固。张永至曲阿，未知怀明安否；百姓惊扰，永退还延陵，就巴陵王休若，诸将帅咸劝休若退保破冈。其日，大寒，风雪甚猛，塘埭决坏，众无固心。休若宣令：“敢有言退者斩！”众小定，乃筑垒息甲。寻得怀明书，贼定未进，军主刘亮又至，兵力转盛，人情乃安。亮，怀慎之从孙也。
＇11＇孔觊派他的将领孙昙等驻军晋陵九里，军容盛大。建康将领沈怀明抵达奔牛，率领的军队人数既少，战斗力又不强，只好修筑堡垒固守。尚书张永前进到曲阿，不知道前方的沈怀明胜败如何，不敢再进，而民心又惶恐，张永于是便退回延陵，与巴陵王刘休若会师，所有将领都劝刘休若撤退到破冈据守。这天，天气严寒，狂风卷起大雪，很多池塘堤岸崩裂，军心动摇。刘休若下令：“有敢说撤退者，斩首。”军心才稍稍安定，于是开始兴筑营垒，士卒得以解甲休息。不久，接到沈怀明报告，知道敌人仍然停止不前，而带兵将领刘亮又前来增援，兵力转强，人心终于安定。刘亮是刘怀慎的侄孙。
殿中御史吴喜以主书事世祖，稍迁河东太守。至是，请得精兵三百，致死于东。上假喜建武将军，简羽林勇士配之。议者以“喜刀笔主者，未尝为将，不可遣。”中书舍人巢尚之曰：“喜昔随沈庆之，屡经军旅，性既勇决，又习战陈；若能任之，必有成绩。诸人纷纭，皆是不别才耳。”乃遣之。喜先时数奉使东吴，性宽厚，所至人并怀之。百姓闻吴河东来，皆望风降散，故喜所至克捷。
殿中御史吴喜，原来是世祖孝武帝的主书，逐渐升到河东太守之职。到了这时，请求调给他精锐部队三百人，到东战场去效命。明帝暂时任命吴喜为建 武将军，在羽林禁卫军中挑选勇士配备给他。有人认为：“吴喜是个拿笔杆子的文官，从来没有当过将领，不可派他作战。”中书舍人巢尚之说：“当年，吴喜曾跟随沈庆之，屡次出征，性情勇敢果决，见惯疆场阵战，如果能起用他，一定会有战绩，大家议论纷纷，都是由于不识人才。”于是命吴喜出发。吴喜过去曾任过朝廷的使节，多次去过东方吴地。他性情宽厚，所到过的地方，人民对他都很怀念，因此，老百姓听到他来，都闻风归顺或者逃散，所以吴喜所到之处，总能战胜，传出捷报。
永世人徐崇之攻孔景宣，斩之，喜版崇之领县事。喜至国山，遇东军，进击，大破之。自国山进屯吴城，刘延熙遣其将杨玄等拒战。喜兵力甚弱，玄等众盛，喜奋击，斩之，进逼义兴。延熙栅断长桥，保郡自守，喜筑垒与之相持。
永世人徐崇之攻打孔景宣，并杀了他，吴喜任命徐崇之代理永世县令。吴喜抵达国山，遇到东战场的叛军，进攻并把敌人打得大败。吴喜于是又从国山推进到吴城驻扎，叛军刘延熙派他的将领杨玄等抵抗，吴喜兵力较弱，杨玄兵力强大，吴喜奋勇攻击，杀了杨玄，进逼义兴。刘延熙立木栅拒马，阻断长桥，自保郡城。