，日夜联系，在大庭广众之下公开商议逃跑的事，毫无顾忌。有一位宫女告诉萧后：“外面人人想造反。”萧后说：“由你去报告吧。”宫女便对炀帝说了，炀帝很生气，认为这不是宫女该过问的事，杀了这个宫女。后来又有人对萧后说起，萧后说：“天下局面到了今天这个地步，没法挽救了，不用说了，免得白让皇上担心！”从此以后，再也没人说起外面的情况。
赵行枢与将作少监宇文智及素厚，杨士览，智及之甥也，二人以谋告智及；智及大喜。德戡等期以三月望日结党西遁，智及曰：“主上虽无道，威令尚行，卿等亡去，正如窦贤取死耳。今天实丧隋，英雄并起，同心叛者已数万人，因行大事，此帝王之业也。”德戡等然之。行枢、薛世良请以智及兄右屯卫将军许公化及为主，结约既定，乃告化及。化及性驽怯，闻之，变色流汗，既而从之。
赵行枢与将作少监宇文智及历来很要好，杨士览是宇文智及的外甥，赵、杨二人把他们的计划告诉了宇文智及，智及很高兴。司马德戡等人定于三月月圆那天结伴西逃，宇文智及说：“皇上虽然无道，可是威令还在，你们逃跑，和窦贤一样是找死，现在实在是老天爷要隋灭亡，英雄并起，同样心思想反叛的已有数万人，乘此机会起大事，正是帝王之业。”司马德戡等人同意他的意见。赵行枢、薛世良要求由宇文智及的兄长右屯卫将军许公宇文化及为首领，协商定了，才告诉宇文化及。宇文化及性格怯懦，能力低下，听说后，脸色都变了，直冒冷汗，后来又听从了众人的安排。
德戡使许弘仁、张恺入备身府，告所识者云：“陛下闻骁果欲叛，多酝毒酒，欲因享会，尽鸩杀之，独与南人留此。”骁果皆惧，转相告语，反谋益急。乙卯，德戡悉召骁果军吏，谕以所为，皆曰：“唯将军命！”是日，风霾昼昏。晡后，德戡盗御厩马，潜厉兵刃。是夕，元礼、裴虔通直下，专主殿内；唐奉义主闭城门，与虔通相知，诸门皆不下键。至三更，德戡于东城集兵得数万人，举火与城外相应。帝望见火，且闻外喧嚣，问何事。虔通对曰：“草坊失火，外人共救之耳。”时内外隔绝，帝以为然。智及与孟秉于城外集千余人，劫候卫虎贲冯普乐布兵分守衢巷。燕王觉有变，夜，穿芳林门侧水窦而入，至玄武门，诡奏曰：“臣猝中风，命悬俄顷，请得面辞。”裴虔通等不以闻，执囚之。丙辰，天未明，德戡授虔通兵，以代诸门卫士。虔通自门将数百骑至成象殿，宿卫者传呼有贼，虔通乃还，闭诸门，独开东门，驱殿内宿卫者令出，皆投仗而走。右屯卫将军独孤盛谓虔通曰：“何物兵势太异！”虔通曰：“事势已然，不预将军事；将军慎毋动！”盛大骂曰：“老贼，是何物语！”不及被甲，与左右十余人拒战，为乱兵所杀。盛，楷之弟也。千牛独孤开远帅殿内兵数百人诣玄览门，叩请曰：“兵仗尚全，犹堪破贼。陛下若出临战，人情自定；不然，祸今至矣。”竟无应者，军士稍散。贼执开远，义而释之。先是，帝选骁健官奴数百人置玄武门，谓之给使，以备非常，待遇优厚，至以宫人赐之。司宫魏氏为帝所信，化及等结之使为内应。是日，魏氏矫诏悉听给使出外，仓猝际制无一人在者。
司马德戡让许弘仁、张恺去备身府，对认识的人说：“陛下听说骁果想反叛，酿了很多毒酒，准备利用宴会，把骁果都毒死，只和南方人留在江都。”骁果都很恐慌，互相转告，更加速了反叛计划。乙卯（初十），司马德戡召集全体骁果军吏，宣布了计划，军吏们都说：“就听将军的吩咐！”当天，大风刮得天昏地暗，黄昏，司马德戡偷出御厩马，暗地磨快了武器。傍晚，元礼、裴虔通在下值班，专门负责大殿内；唐奉义负责关闭城门，唐奉义与裴虔通等商量好，各门都不上锁。到三更时分，司马德戡在东城集合数万人，点起火与城外相呼应，炀帝看到火光，又听到宫外面的喧嚣声，询问发生了什么事。裴虔通回答：“草坊失火，外面的人在一起救火呢。”当时宫城内外相隔绝，炀帝相信了。宇文智及和孟秉在宫城外面集合了一千多人，劫持了巡夜的候卫虎贲冯普乐，布署兵力分头把守街道。燕王杨发觉情况不对，晚上穿过芳林门边的水闸入宫，到玄武门假称：“臣突然中风，就要死了，请让我当面向皇上告别。”裴虔通等人不通报，而把杨关了起来。丙辰（十一日），天还没亮，司马德戡交给裴虔通兵马，用来替换各门的卫士。裴虔通由宫门率领数百骑兵到成象殿，值宿卫士高喊有贼，于是裴虔通又返回去，关闭各门，只开东门，驱赶殿内宿卫出门，宿卫纷纷放下武器往外走。右屯卫将军独孤盛对裴虔通说：“什么人的队伍，行动太奇怪了！”裴虔通说：“形势已经这样了，不关将军您的事，您小心些不要轻举妄动！”独孤盛大骂：“老贼，说的什么话！”顾不上披铠甲，就与身边十几个人一起拒战，被乱兵杀死。独孤盛是独孤楷的弟弟。千牛独孤开远带领数百殿内兵到玄览门，敲请求：“武器完备，足以破贼，陛下如能亲自临敌，人情自然安定；否则，祸事就在眼前。”竟然没有回答的人，军士逐渐散去。反叛者捉住独孤开远，又为他的忠义行为感动而放了他。早先，炀帝挑选了几百名勇猛矫健的官奴，安置在玄武门，称为“给使”，以防备突然发生的情况，待遇优厚，甚至把宫女赐给给使。司宫魏氏得炀帝信任，宇文化及等人勾结她作内应。这天，魏氏假称圣旨放全体给使出宫，致使仓促之际玄武门没有一个给使在场。
德戡等引兵自玄武门入，帝闻乱，易服逃于西。虔通与元礼进兵排左阁，魏氏启之，遂入永巷，问：“陛下安在？”有美人出，指之。校尉令狐行达拔刀直进，帝映窗扉谓行达曰：“汝欲杀我邪？”对曰：“臣不敢，但欲奉陛下西还耳。”因扶帝下阁。虔通，本帝为晋王时亲信左右也，帝见之，谓曰：“卿非我故人乎！何恨而反？”对曰：“臣不敢反，但将士思归，欲奉陛下还京师耳。”帝曰：“朕方欲归，正为上江米船未至，今与汝归耳！”虔通因勒兵守之。
司马德戡等人领兵从玄武门进入宫城，炀帝听到消息，换了衣服逃到西。裴虔通和元礼进兵推撞左门，魏氏开，乱兵进了永巷，问：“陛下在哪里？”有位美人出来指出了炀帝的所在。校尉令狐行达拔刀冲上去，炀帝躲在窗后对令狐行达说：“你想杀我吗？”令狐行达回答：“臣不敢，不过是想奉陛下西还长安罢了。”说完扶炀帝下。裴虔通本来是炀帝作晋王时的亲信，炀帝见到他，对他说：“你不是我的旧部吗！有什么仇要谋反？”裴虔通回答：“臣不敢谋反，但是将士想回家，我不过是想奉陛下回京师罢了。”炀帝说：“朕正打算回去，只为长江上游的运米船未到，现在和你们回去吧！”裴虔通于是领兵守住炀帝。
至旦，孟秉以甲骑迎化及，化及战栗不能言，人有来谒之者，但俯首据鞍称罪过。化及至城门，德戡迎谒，引入朝堂，号为丞相。裴虔通谓帝曰：“百官悉在朝堂，陛下须亲出慰劳。”进其从骑，逼帝乘之；帝嫌其鞍勒弊，更易新者，乃乘之。虔通执辔挟刀出宫门，贼徒喜噪动地。化及扬言曰：“何用持此物出，亟还与手。”帝问：“世基何在？”贼党马文举曰：“已枭首矣！”于是引帝还至寝殿，虔通、德戡等拔白刃侍立。帝叹曰：“我何罪至此？”文举曰：“陛下违弃宗庙，巡游不息，外勤征讨，内极奢淫，使丁壮尽于矢刃，女弱填于沟壑，四民丧业，盗贼蜂起；专任佞谀，饰非拒谏：何谓无罪！”帝曰：“我实负百姓；至于尔辈，荣禄兼极，何乃如是！今日之事，孰为首邪？”德戡曰：“溥天同怨，何止一人！”化及又使封德彝数帝罪，帝曰：“卿乃士人，何为亦尔？”德彝赧然而退。帝爱子赵王杲，年十二，在帝侧，号恸不已，虔通斩之，血溅御服。贼欲弑帝，帝曰：“天子死自有法，何得加以锋刃！取鸩酒来！”文举等不许，使令狐行达顿帝令坐。帝自解练巾授行达，缢杀之。初，帝自知必及于难，常以罂贮毒药自随，谓所幸诸姬曰：“若贼至，汝曹当先饮之，然后我饮。”及乱，顾索药，左右皆逃散，竟不能得。萧后与宫人撤漆床板为小棺，与赵王杲同殡于西院流珠堂。
天明后，孟秉派武装骑兵迎接宇文化及，宇文化及浑身颤抖说不出话，有人来参见，他只会低头靠在马鞍上连说：“罪过”表示感谢。宇文化及到宫城门前，司马德戡迎接他入朝堂，称丞相。裴虔通对炀帝说：“百官都在朝堂，需陛下亲自出去慰劳。”送上自己随从的坐骑，逼炀帝上马，炀帝嫌他的马鞍笼头破旧，换过新的才上马。裴虔通牵着马缰绳提着刀出宫城门，乱兵欢声动地。宇文化及扬言：“哪用让这家伙出来，赶快弄回去结果了。”炀帝问：“虞世基在哪儿？”乱党马文举说：“已经枭首了。”于是将炀帝带回寝殿，裴虔通、司马德戡等拔出兵刃站在边上。炀帝叹息道：“我有什么罪该当如此？”马文举说：“陛下抛下宗庙不顾，不停地巡游，对外频频作战，对内极尽奢侈荒淫。致使强壮的男人都死于刀兵之下，妇女弱者死于沟壑之中，民不聊生，盗贼蜂起；一味任用奸佞，文过饰非，拒不纳谏，怎么说没罪！”炀帝说：“我确实对不起老百姓，可你们这些人，荣华富贵都到了头，为什么还这样？今天这事，谁是主谋？”司马德戡说：“整个天下的人都怨恨，哪止一个人！”宇文化及又派封德彝宣布炀帝的罪状。炀帝说：“你可是士人，怎么也干这种事？”封德彝羞红了脸，退了下去。炀帝的爱子赵王杨杲才十二岁，在炀帝身边不停地嚎啕大哭，裴虔通杀了赵王，血溅到炀帝的衣服上。这些人要杀炀帝，炀帝说：“天子自有天子的死法，怎么能对天子动刀，取鸩酒来！”马文举等人不答应，让令狐行达按着炀帝坐下。炀帝自己解下练巾交给令狐行达，令狐行达绞死了炀帝。当初，炀帝料到有遇难的一天，经常用罂装毒酒带在身边，对宠幸的各位美女说：“如果贼人到了，你们要先喝，然后我喝。”等到乱事真的来到，找毒酒时，左右都逃掉，竟然找不到。萧后和宫女撤下漆床板，做成小棺材，把炀帝和赵王杨杲一起停柩在西院流珠堂。
帝每巡幸，常以蜀王秀自随，囚于骁果营。化及弑帝，欲奉秀立之，众议不可，乃杀秀及其七男。又杀齐王及其二子并燕王，隋氏宗室、外戚，无少长皆死。唯秦王浩素与智及往来，且以计全之。齐王素失爱于帝，恒相猜忌，帝闻乱，顾萧后曰：“得非阿孩邪？”化及使人就第诛，谓帝使收之，曰：“诏使且缓儿，儿不负国家！”贼曳至街中，斩之，竟不知杀者为谁，父子至死不相明。又杀内史侍郎虞世基、御史大夫裴蕴、左翊卫大将军来护儿、秘书监袁充、右翊卫将军宇文协、千牛字文、梁公萧钜等及其子。钜，琮之弟子也。
炀帝每次巡幸，常常将蜀王杨秀随行，囚禁在骁果营。宇文化及弑炀帝，准备奉杨秀为皇帝，众人舆论以为不行，于是杀了杨秀和他的七个儿子。又杀齐王杨及其两个儿子和燕王杨，隋朝的宗室、外戚，无论老幼一律杀死。只有秦王杨浩平时与宇文智及有来往，宇文智及想办法保全了他。齐王杨一向失宠于炀帝，父子一直相互猜忌，炀帝听说起乱事，对萧后说：“不会是阿孩（杨）吧？”宇文化及派人到杨府第杀人，杨以为是炀帝下令来捕他，还说：“诏使暂且放开孩儿，儿没有对不起国家！”乱兵将他曳到街当中，杀了他，杨最终也不知道要杀他的是谁，父子之间至死也没能消除隔阂。乱兵又杀了内史侍郎虞世基、御史大夫裴蕴、左翊卫大将军来护儿、秘书监袁充、右翊卫将军宇文协、千牛宇文、梁公萧钜等人及其儿子。萧钜是萧综弟弟的儿子。
难将作，江阳长张惠绍驰告裴蕴，与惠绍谋矫诏发郭下兵收化及等，扣门援帝。议定，遣报虞世基；世基疑告反者不实，抑而不许。须臾，难作，蕴叹曰：“谋及播郎，竟误人事！”虞世基宗人谓世基子符玺郎熙曰：“事势已然，吾将济卿南渡，同死何益！”熙曰：“弃父背君，求生何地！感尊之怀，自此决矣！”世基弟世南抱世基号泣请代，化及不许。黄门侍郎裴钜知必将有乱，虽厮役皆厚遇之，又建策为骁果娶妇；及乱作，贼皆曰：“非裴黄门之罪。”既而化及至，钜迎拜马首，故得免。化及以苏威不预朝政，亦免之。威名位素重，往参化及；化及集众而见之，曲加殊礼。百官悉诣朝堂贺，给事郎许善心独不至。许弘仁驰告之曰：“天子已崩，宇文将军摄政，阖朝文武咸集，天道人事自有代终，何预于叔而低回若此！”善心怒，不肯行。弘仁反走上马，泣而去。化及遣人就家擒至朝堂，既而释之。善心不舞蹈而出，化及怒曰：“此人大负气！”复命擒还，杀之。其母范氏，年九十二，抚柩不哭，曰：“能死国难，吾有子矣！”因卧不食，十余日而卒。唐王之入关也，张季之弟仲琰为上洛令，帅吏民拒守，部下杀之以降。宇文化及之乱，仲琰弟琮为千牛左右，化及杀之，兄弟三人皆死国难，时人愧之。
动乱就要发生时，江阳县长张惠绍飞驰去通告了裴蕴，裴蕴与张惠绍商量假称圣旨调江都城外的军队逮捕宇文化及等人，敲开城门援救炀帝。二人商量好后，派人报告虞世基，虞世基怀疑谋反的事不真实，压下来没有答复。一会儿，发难，裴蕴叹息道：“和播郎（虞世基）商量，竟然误了事！”虞世基的同宗虞对世基的儿子符玺郎虞熙说：“事情已经这样了，我打算送你过长江去南边，一起死了又有什么用！”虞熙说：“扔下父亲背叛君主，又有什么脸活着！感谢您的关心，从此永别了！”虞世基的弟弟虞世南抱着世基大哭，请求代替他赴死，宇文化及不准。黄门侍郎裴矩知道肯定要发生动乱，因此对待作贱役的人也很优厚，又建议为骁果娶妇；待乱事发生后，乱兵都说：“不是裴黄门的错。”不久，宇文化及到了，裴矩迎到马前行礼，因此得以免去了祸事。宇文化及因为苏威不参与朝政，也放过了他。苏威名声、地位历来显赫，他去参见宇文化及，宇文化及集合众人来见他，对他格外尊重。百官都到朝堂祝贺宇文化及，只有给事郎许善心不到。许弘仁骑马跑去告诉他说：“天子已经驾崩了，宇文将军代理朝政，满朝文武都集于朝堂，天道人事自有它相互代替终结的道理，又与叔叔您有什么相干，何至于这样流连不舍！”善心很生气，不肯去。弘仁回身上马，哭着走了。宇文化及派人到家里把许善心捉到朝堂上，一会儿又放了他。许善心不按朝见的规矩行礼就走出朝堂，宇文化及生气地说：“这人真不知好歹！”重新下令把许善心捉回朝堂，杀了。许善心的母亲范氏九十二岁了，抚摸着灵柩但并不哭泣，说：“能死国难，真是我的儿子！”躺着不吃东西，十几天后去世。唐王李渊入关时，张季的弟弟张仲琰是上洛令，带领部下、百姓占据城池抵抗，部下杀了他投降唐王。宇文化及之乱，仲琰的弟弟张琮为千牛左右，宇文化及杀了张琮，兄弟三人都死于国难，令当时的人感到羞愧。
化及