然而，从20世纪90年代初起，许多大学就被悄悄改变成适应间谍机构新的更贪婪的需要。最显著的特征之一就是，建立了“国家安全教育工程项目（NSEP）”，它与传统的资助学生学习外国文化的项目争夺学生，直接为培养国际特工服务。传统项目仅资助每个学生数千美元，但是NSEP的资助额可达到每人每年2万多美元，让学生学习“国家急迫需要”的间谍技巧，因此每个接受资助的人必须事先与美国特工机构签约。
有些间谍机构是在一般师生不知道的情况下，通过特殊考试标准与方法，让他们的特工“入学”的；事实上这些人中有不少根本没有达到分数线。况且，当这些不够格的“人类学家”或“访问学者”到国外参加活动时，还会坍美国学术界的台。
令美国不少学术界人士不安的，还有一个理由，那就是这些秘密特工学生们，甚至还会秘密监视他们的老师、同学甚至校长。在美国《信息自由法令》公布的10余年间，各特工机构档案里就可看到这样的内容：“FBI学生特工揭发，人类学家诺曼·汉弗莱曾经在课堂里用恶毒言词辱骂美国总统。”“前美国小姐今学生特工玛丽琳·德伯尔报告说，社会学家霍华德·希格曼在讲课时嘲笑J。埃德加·胡佛。”因此，美国大学教授协会的生物学家雷·皮埃罗蒂指出：“当人们知道自己的校园甚至教室里，有着不知名的特工学生时，自由发言与学术讨论肯定会受到妨碍。而且这些特工监视师生的秘密活动，会使人联想起60年代特工监视反越战活动分子。”
学生毕业后，这些联邦调查局特工主要负责处理危及整个联邦的不法行为，即可能对美国所有的州造成影响的犯罪，如间谍、恐怖主义、全国性的有组织犯罪等，单个州内的犯罪不在其管辖范围之内。联邦调查局的报考者必须拥有大学文凭、年龄在２３—３７岁之间。其新成员的平均年龄在３０岁左右，因为这个“局子”（内部人员戏称）要求其新成员具有初步的工作经验。联邦调查局发言人厄尼·波特解释说：“以前我们主要是招聘一些受过大学教育的律师、会计和警察，如今则希望招一些会说波斯语或阿拉伯语的人，以及一些计算机专家。为了应对新的恐怖威胁，‘局子’近十年来发生的变化超过了其历史上的任何变化。”
联邦调查局现有探员１２１５６人，其中女性为２０００人，另外还有１６０００名职员，其中包括学者、法医和信息工程师。不过，同以往一样，军队服役的经历对于联邦调查局的报考者来说依然是一个加分点。负责训练新成员的罗兰·柯文顿解释说，近１／３的新人都来自军队，其中有些人还在伊拉克和阿富汗服过役，主要负责搜集军事情报。来到匡蒂科的新成员一般是５０人一组，他们将在这里受训１７周，其间不仅要进行不少于１２０小时的跟踪和射击训练，还要学习运用科技手段收集情报。接下来，就是在联邦调查局遍布全国的５６个分局之一接受两年的实地培训。２００３年大约有１２００名探员接受了培训，创下了历史纪录。
长期以来，联邦调查局一直被视为美国社会中享有特权的白人的领地，但是现在这一现象已经有所改善。组织扩大了招收新成员的范围，有更多的少数族裔的代表。
“9·11”事件后，经过强大的宣传，希望加入联邦调查局的人员增多。玛尔尼，３２岁，已婚，但无子女，有理科学士学位，在进入联邦调查局之前供职于一个基金会，收入颇丰。她说：“在这里，我的薪水只有从前的一半。”一个联邦调查局初级探员的年薪只有５．５万美元，虽说足够生活开支，但和其他高收入职业（如一个初级信息工程师的年薪为８万美元）却无法相比。今年３２岁的布赖恩是三个孩子的父亲，从前供职于一家电力公司，还曾在里昂的一所摩门教教堂当过两年牧师，说得一口流利的法语。他说：“不管是当探员还是牧师，我所尊重的价值观和‘局子’的价值观（联邦调查局的格言是：忠诚、勇敢、正直）都是一样的。这里的工作颇具冒险色彩，每一天都不一样。”
每年还有大约一百名外国警察到这里来参加由联邦调查局国家学院组织的进修，这种培训每年举行４次，每次为期１０周，培训对象是２２５名美国高级警察和２５名外国警察，内容是最先进的警用技术。已经有来自１５０个国家的２５００名外国警察接受过此类培训，其中就包括戴高乐将军的贴身保镖雷蒙·萨西亚。后者于上世纪６０年代学习了联邦调查局的射击技术，此技术随后被法国警方广泛采用。魁北克保安局犯罪调查部主管利诺·毛里西奥目前也在这里进修，他认为这种培训“不仅能交流信息，还能构建一些对未来而言相当有用的关系网”。
联邦调查局在打击罪犯的斗争中享有其他警察机构所不具备的独特优势：
第一，联邦调查局作为全国唯一对外公布有关犯罪活动统计数据的机关，可以人为地夸大联邦调查局在破获绑架案和劫匪案中的战果；
第二，联邦调查局可以自由选择打击目标和“全民公敌”。为了稳妥起见，联邦调查局选择的往往是便于追捕、知名度又大的亡命之徒，而不是规模庞大的有组织的犯罪集团。这样，联邦调查局就可以取得可观的破案率，形成巨大的轰动效应。
从富兰克林·罗斯福开始，几乎每一任总统都离不开联邦调查局秘密情报的帮助，而这些秘密情报的来源是：窃听。窃听使得总统获得了对付政敌的有效工具，但也同样成为令他们胆战心惊的一种秘密手段。美国法律并不允许窃听，这一切只是“狐狸和狮子之间”的某种秘密的交易。
2002年5月30日，美国政府宣布取消对联邦调查局原定的一些限制，扩大这个机构在国内调查和监视公众的权力，以进一步防范和打击恐怖活动。根据政府新的授权，联邦调查局特工以后可以对国内任何因特网站、图书馆、教堂、公众###甚至政治组织进行监视。同时，联邦调查局在国内的各分支机构可以不必经过总部同意就启动有关调查程序。
迄今，联邦调查局的年度预算经费每年高达43亿美元以上。联邦调查局除在华盛顿设立总部之外，还设有56个地方分部和400个卫星办公室（常驻派出所），在国际上设有45个办事处。
在联邦调查局内部，每个人都让自己尽可能隐蔽起来或沉默不语、不动声色，用联邦调查局特有的方式，干着世界上最为神秘的事情。
2002年10月24日，来中国访问的美国司法部长阿什克罗夫特在美国驻华使馆召开新闻发布会，向外界宣布联邦调查局（FBI）北京办事处成立。
如果说FBI是个谜，那么在北京开设办事处是个更大的谜。不过，有一点可以确定的是，FBI中国办事处设在美国使馆内，对外名义是法律参事。
随着FBI驻北京办事处成立，一个神秘人物托尼·劳进入了人们的视线。他是美籍华人，是一个已经为FBI工作了20多个年头的老特工，知识丰富，尤其精通中国文化。他是FBI首任驻华法律参事；换句话说，是第一个以公开身份在中国大陆露面的美国特工。
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2联邦调查局的体制和任务
联邦调查局设有局长、副局长职位，并设有主管国家安全事务的助理局长、主管犯罪调查事务的助理局长、主管执法事务的助理局长、主管行政管理事务的助理局长，在四个助理局长之下有十几个处，主要包括情报指导处、反恐处、反情报处、犯罪调查处、网络（犯罪）处、行动技术处、实验室处、国际行动处、培训和发展处、安全处、财务处等等。
联邦调查局的任务是，以忠于美国宪法、满足公众需要的态度履行职责，保护和防止美国免遭恐怖分子和外国情报的威胁；维护和执行美国的刑法，为联邦、州、市和国际机构及其合作伙伴提供刑事司法服务和领导。
美国联邦调查局的主要职责是：
（1） 开展专业调查，授权进行情报搜集，以鉴别和应对国内外的恐怖分子及其支持者对美国的威胁；开展超国界的调查；将恐怖主义活动罪犯绳之以法。为推进这项工作；联邦调查局设计、拓展、实施反恐行动；以增强联邦调查局最大限度地减少恐怖分子威胁的能力。
（2） 开展反情报活动，并协调美国境内其他情报机构的反情报活动。
（3） 协调美国政府各部门和机构保护美国重要基础设施的安全，识别、调查恐怖分子和犯罪团伙对基础设施的物理和网络攻击。
（4） 对侵犯美国利益的违法行为进行调查取证（除去法律明确授权或指定其他机构处理的之外）。
（5） 追查和逮捕违反联邦法律的逃犯，以及应地方当局的请求；追查和逮捕地方的逃犯。
（6） 开展专业调查，以查明、瓦解和摧毁那些已经存在和出现的影响美国利益的犯罪企业；根据法律授权和行政命令，开展国际联络和跨国行动，以调查那些威胁美国人民及其财产的国际犯罪组织和恐怖组织。
（7） 搜集、分析和评估有关犯罪活动和犯罪计划的情报信息。
（8） 建立和实施素质拓展计划；以确保社区伙伴与联邦调查局密切合作。
（9） 根据司法部的要求，以及无论何时根据法律等的要求，展开人力调查。
（10） 建立和开展执法培训项目，加强研究，为州和地方执法人员提供援助；参与联邦、州、当地机构之间着力解决共同面临的犯罪问题的执法行动。
（11） 开发新方法、技术、系统、装备和器材；以改善和加强执法工作；并协助开展州、当地和国际执法方面的培训。
（12） 为联邦调查局和社会各界提供及时和相关的刑事司法信息和鉴定服务。
（13） 维持和管理联邦调查局实验室，不仅为联邦调查局服务；而且为所有法定的执法机构、司法部的其他单位和其他联邦机构免费提供技术和科学援助；为灾难事件和其他人道主义目的而提供鉴定援助服务。
（14） 考察、评估行动和工作表现；确保遵守法律、法规，确保行动的效率、效力和经济节约。
（15） 就联邦调查局的任务、价值观、行动和工作成绩，与国会、媒体、公众进行有效而恰当的沟通和信息披露。
1991年，国际形势急剧变化，苏联解体之后政府不需要再全力以赴地对付共产主义威胁了，联邦调查局也随之调整了它的力量部署。它的斗争重点从反间谍行动转向日益严峻的恐怖主义。为了加强反恐怖活动的力量，它把原来专门对付苏联及东欧在美国进行情报活动的300多名特工人员，分到各州去专门对付恐怖分子。时至今日，可以说，反恐怖主义已经成为联邦调查局的头等重任，当然这并不排除它在反间谍和国内刑事侦破以及搜集外国情报等方面的使命。
当前，联邦调查局的主要工作有十项：保护美国免遭恐怖袭击；防控针对美国的外国情报渗透和间谍活动；保护美国免遭网络攻击和高科技犯罪；打击所有层面的公共腐败；保障公民权利；打击跨国的犯罪组织和企业；打击主要的白领犯罪；打击重大的暴力犯罪；支持联邦、州、县、市和国际合作；推进技术升级以保障成功履行联邦调查局的使命。
其中，防患于未然是联邦调查局有效抗击恐怖主义的核心战略。美国司法部长阿尔贝托·冈萨雷斯说：“为了抗击恐怖主义，预防是重点的重点，我们绝不能也绝不会等到这类罪恶行动发生后再采取行动。”
作为司法部长，冈萨雷斯是美国执法部门级别最高的官员，负责向美国总统提出法律建议，并主管美国司法部和联邦调查局的工作。
冈萨雷斯指出，反恐怖主义战争突出地显示出在开放、自由的社会打击敌人所面临的种种挑战，因为敌人妄图利用确保社会运行的法律和司法保障。因此，建立协调统一的国际伙伴关系并以此侦破、挫败攻击民主制度的恐怖主义活动具有至关重要的意义。
在飞往美国的客机上引爆液体爆炸物的阴谋于2006年8月10日遭到挫败以来，200多名联邦调查局特工人员与英国有关人员共同努力，使20多名嫌疑人落网。部分美国特工人员仍在积极参与正在展开的调查。
冈萨雷斯说：“美国与外国有关机构之间的合作极为出色，确实是反恐怖战争中不为人知的事迹。”
冈萨雷斯表示，司法部的防范战略有四大支柱。
首先是展开密集的、有针对性的国家安全调查，利用美国法律提供的一切手段制止恐怖主义活动。
冈萨雷斯说，自2001年9月11日美国遭受恐怖主义袭击以来，美国政府一直在根据《对外情报监控法》等原有法律来监督恐怖主义嫌疑人，并根据《爱国法》等新法律来加强美国联邦、州和地方执法及情报机构之间的协作，帮助他们更有效地交换信息，使恐怖主义袭击胎死腹中。
冈萨雷斯指出，联邦调查局还为抗击恐怖主义威胁进行了大规模改组，成立了情报总部，补充了人手，并为帮助该局特工人员侦破恐怖主义阴谋设置了新的培训项目。分析人员、语言专家和情报专家还被编入联邦调查局设在美国各地的全部56个地区分部内的特别情报小组。这些情报小组还与103个协同州和地方警察部门监督恐怖主义嫌疑人的联合反恐怖主义行动组结成网络。
冈萨雷斯说：“我们现在能利用看似无关紧要、毫不相关的信息，按图索骥，侦破狡诈的恐怖主义阴谋，就如同用一块块虽小但很重要的拼图片拼出一个复杂的图案。”
冈萨雷斯指出，由于国内和国际协作对于击溃恐怖主义网络具有同等重要的意义，发展合作是美国反恐怖主义战略的第二个关键因素。伦敦事件说明了检察人员共同接受培训以及交换情报和信息的重要意义。
冈萨雷斯表示，第三大支柱是逮捕并起诉恐怖主义嫌疑人，这项工作必须审慎地把握分寸，既让调查人员能够收集足够的证据，同时又绝不能让嫌疑人的袭击阴谋得逞。
冈萨雷斯强调，尽管每个案例的情况不尽相同，但所有调查工作都严格遵守法治以及美国保护公民自由的规定。他说：“我们抗击恐怖主义分子的行动符合我国宪法。”
冈萨雷斯最后指出，司法部防范战略的第四大支柱是努力遏制激进化倾向。他说，尽管国际社会通过捣毁“基地”组织的培训营地，冻结其资产并将其头目绳之以法，极大地削弱了这个组织，但恐怖主义分子现已转向因特网，进行恐怖主义宣传并教唆人们联合策划在当地发动恐怖主义袭击的网站多达6000个。其他妄图煽动暴力的人还渗入清真寺、社区中心和监狱，试图招兵买马。
冈萨雷斯说，美国正在同友邦和盟国共同“增强我们在合作伙伴的帮助下调查（恐怖主义分子）的活动和意图所需的手段，并检举那些选择激进路线的人”。
他说：“对于我们这些承担着保护国家并防范恐怖主义的责任的政府官员而言，每一天都好像是9月12日。”
在2005年，美国中央情报局和联邦调查局就如何在“９·１１”事件后协调其情报活动达成了秘密协议，这是２０年来的第一次。
协议重新定义了两个机构的关系，并“明确了两个机构在美国本土和海外征召和管理