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在封贡、互市的争论中，居正占据主要的地位。这次决策的大功，当然应由高拱、王崇古，和居正平分，但是居正却尽了最大的努力。在郭乾徬徨歧路的时间，向皇帝请旨召集廷议的是他。封俺答一事尚未决定的时间，检出成祖敕封和宁、太平、贤义三王的故事以为前例的是他。决定以后，拟旨敕行的也是他。他正在和王崇古计议四件事：（一）开市之初，民间不愿和鞑靼交易，所以最初必须由官中布置，使人知有利，自易乐从。（二）鞑靼要求买锅，锅是铁铸的，日后便是武器底来源，轻易卖不得。广锅不能铸造兵器，不妨出卖广锅，但是买的时候要拿破旧的铁锅掉换。（三）鞑靼使者一概不许入朝，也不许入城，只许在边堡逗留。（四）朝廷和鞑靼休战，沿边将士失去掳掠的机会，不免生怨，应当加意防备。种种方面，他都顾虑到了。讲和也罢，封贡也罢，这是一个名称；居正只认为是停战。停战是继续战争的准备，他要修城堡，开边荒；他要消灭赵全这一群汉奸底余党，他要训练将士以防鞑靼底进攻。（参书牍三《与王鉴川计四事四要》）
居正对于国事的筹措，没有使他忘去对于老师的维护。徐阶是一位有能力，有办法的首辅，但是对于自己的三个儿子，竟是毫无办法。隆庆三年应天巡抚海瑞到了，这是有名的铁面御史，他对于属内的大绅巨室，一概不买账。最先感觉威胁的便是徐阶底三位少君。他们写信给居正，居正一边诰诫，一边安慰他们说：辱翰贶，深荷远情。近来人情风俗，诚为可骇，俟海公人至，当作一书善譬之。太翁老师年高，恐不能堪此，望公朝夕保护。事有可了者，宜即自了之，勿致贻戚可也。恃在通家，敢尔妄及。（书读十四《与符卿徐仰斋》）
这一阵风波过去以后，高拱再相，徐阶更感觉不安，居正和应天巡抚朱大器说：存斋老先生，以故相家居，近闻中翁再相，意颇不安，愿公一慰藉之。至于海刚峰（瑞）之在吴，其施虽若过当，而心则出于为民。霜雪之后，少加和煦，人即怀春，亦不必尽变其法以徇人也。惟公虚心剂量之，地方幸甚。（同卷《答应天巡抚朱东园》）
隆庆五年，事态更加严重。这年，徐阶生日，居正去信，自称“不敢走介，畏行多露”。又说，“鄙怀种种，亦噤不敢言，临楮惆怅而已。”（同卷《答上师相徐存斋九》）内阁的大权，完全在高拱手里，言官们又听他指挥，一步走错不得，一句说错不得，这是隆庆五年居正所处的地位。徐阶底地位更坏了。三个儿子同时被逮，田产充公了，两个儿子也问了充军的大罪，只留得徐阶慢慢地回味会不会得到和严嵩一样的结果。在严重的局势下面，居正还是苦心调护。他不愿得罪高拱，但是他要保障徐阶；集中留着下列几封信：忆公昔在姑苏，有惠政，士民所仰，故再借宪节以临之。乃近闻之道路云，“存翁相公家居，三子皆被重逮”，且云，“吴中上司揣知中元相公，（高拱）有憾于徐，故为之甘心焉。”此非义所宜出也。夫古人敌惠、敌怨，不及其子。中元公光明正大，宅心平恕，仆素所深谅，即有怨于人，可一言立解。且中元公曾有手书奉公，乃其由中之语，必不藏怒，而过为已甚者也。且存翁以故相终老，未有显过闻于天下，而使其子皆骈首就逮，脱不幸有伤雾露之疾，至于颠陨，其无乃亏朝廷所以优礼旧臣之意乎！亦非中元公所乐闻也。仆上惜国家体面，下欲为朋友消怨业，知公有道君子也，故敢以闻，惟执事其审图之。（书牍十四《答松江兵宪蔡春台讳国熙》按国熙承高拱旨，穷治徐阶事，见王世贞《首辅传》卷六）
松江事，高老先生业已寝之，似不必深究。仲尼不为已甚，报怨亦自有当。牵牛以蹊人之田，而夺之牛。蹊者固有罪矣，而夺之牛，无乃过乎？今全吴亦所以爱郑也，公有道者，故敢以此言告，幸惟裁之。（同卷《答河南巡抚梁鸣泉》）
往者奉书云云，盖推元翁之意以告公也。辱回示，业已施行，自难停寝，但望明示宽假，使问官不敢深求，早与归结，则讼端从此可绝，而存老之体面，元翁之美意，两得之矣。仆于此亦有微嫌，然而不敢避者，所谓“老婆心切”也，望公亮之。辱教，有欲告我者，此仆之所欲闻也，倾耳以承，幸勿终靳！（同卷《答应天巡抚》）
这三封信，都很闪铄，尤其是后面的两函。高拱和徐阶结怨，急图报复，久已成为公开的秘密。所指高拱给蔡国熙的信，大致是解释仇怨的话，这是表面文章，居正认为“宅心平恕”，“必不藏怒蓄恨”，只是顺水难舟，一种无可奈何的办法。《答梁鸣泉函》，不知是否误题，梁梦龙（即鸣泉）为居正门下士，函中语气，似不类。徐阶、松江人，高拱、新郑人，所谓“全吴”“爱郑”者指此。答应天巡抚函所谓“辱回示业已施行”，正指来函“无可挽回”的表示，至于“有欲告我者”一句，是不是对于居正的一种谣言，正取一种欲说不说的姿势？现在不管他，但对于居正，还是一种威胁。“是仆之所乐闻也”，是一句挣扎的话。
高拱入阁以后，居正所处的是一个最困难的地位，一步一步都需要最大的审慎。热中的人不肯轻易放弃政权，但是要想维持政权，便不是一件容易的事。隆庆五年居正还遇到一个问题，然而也居然被他度过了，这是胶莱河的问题。
隆庆四年九月，黄河在邳州决口，从睢宁到宿迁一百八十里河水骤浅，江南来的粮船，一概不能北上。在明代这是一个异常重大的问题。明代的政治中心在北京，但是明代的经济中心却在南京。一切的资源出在南方，尤其是四百万石粮食，全赖南方的接济。从南方到北方，惟一的生命线是运河，运河发生了问题，南方和北方失去联络，整个的国家，立刻受到影响。偏偏运河不是我们所想象到的那一条安全的水道，从瓜洲渡江，要经过邵伯湖、高邮湖、氾光湖、宝应湖、白马湖，这些地方还好；再上去便是洪泽湖，淮水从安徽来，在清口和黄河交汇，这是最大的难关。再上去，从清口到徐州茶城，黄河就是运河，运河要靠黄河底接济。水量太大了，南方来的粮船随时有漂没底危险；可是水量太小了，粮船便要胶搁半途。国家底前途，完全寄顿在这一条毫无办法、不可捉摸的水道上面，真是太危险了。因此明代一面重视河道总督和漕运总督底职责，一面仍是不时提出海运底问题。海运是从太仓、嘉定沿东海绕成山角，入天津的一条航线。在现代当然是一条很简单、很安全的航线，但是十六世纪的中国，航海和造船底技术不比现代，所以一路的危险还是很多。有了危险，便不免要牺牲。牺牲人命，不是一件简单的事，在明代，连皇帝杀一个罪犯，还要经过法司五次底执奏，何况是平常的官吏！隆庆年间，漕运总督王宗沐运米十二万石，自淮入海，直抵天津，不能不算很大的成功，但是因为八舟漂没，失米三千二百石，引起南京给事中张焕底弹劾。三千二百石只是不足百分之三的损失，本来不算太大，但是张焕质问，“米可补，人命可补乎？”便无从答复了。运河既然时常发生困难，海运又危险太大，因此便有缩短海程、避免成山角的提议。这便是胶莱河。
胶莱河出自山东高密县，分南北二流：南流至胶州麻湾口入海，北流至掖县海仓入海，这是天然的水道。单凭这一条水道，当然谈不上漕运，因此便有人提议在中间另凿新水道，沟通南端的胶河，北端的莱河，这便是所谓胶莱新河。胶莱新河始终不曾完成，但是却不断地涌现在明人底脑际。隆庆五年，给事中李贵和旧事重提，上疏请开胶莱新河。恰恰在隆庆四年黄河再决，高家堰大溃，运河水量不足，漕运中断以后，这一个问题，重新引起很大的注意。高拱极力主张重开胶莱河，这不是他底好大喜功，而是他底公忠体国。有了胶莱河，漕运便可以由淮入海，由胶州湾入胶莱河，再由海仓口出海直入天津，漕运便利了，北边底粮饷有了把握，国防问题、经济问题、跟着胶莱河一同解决，为什么不要开！居正底公忠体国，和高拱一样，但是他不能不顾虑到水源的问题。胶河和莱河的分水岭要凿，已经够困难了，还不算是困难的中心；有了水道，便要有水，水从哪里来？山中不是没有水，但是不够行船，更谈不到刷沙；在河水不能刷沙的时候，海沙侵入河身，那又怎样办？这些问题，居正都顾虑到，但是他更不能不顾虑自己的问题。他底境遇已经困难，他不愿意和高拱冲突，最后他想起胡槚。胡槚也是给事中，是高拱底一系，不过他是一个有定见、不随声附和的人。居正提议派胡槚查勘，高拱当然同意。胡槚到了山东以后，事情看清楚，他也主张不开胶莱河。居正又安稳地度过一次难关。他和胡槚说起：新河之议，原为国计耳。今既灼见其不可，则亦何必罄有用之财，为无益之费，持固必之见，期难图之功哉！幸早以疏闻，亟从寝阁。始者建议之人，意盖甚美，其说虽不售，固亦无罪也。（书牍三《答河道按院胡玉吾》）
始虑新河水泉难济，臆度之见，不意偶中。辱别揭所云，剀切洞达，深切事理。自胜国以来，二百余年，纷纷之议，今日始决，非执事之卓见高识，不能剖此大疑，了此公案。后之好事者，可以息喙矣。书至，即过元翁，言其不可成之状，元翁亦慨然请罢。盖其初意，但忧运道艰阻，为国家久远计耳，今既有不可，自难胶执成心。盖天下事，非一人一家之事，以为可行而行之，固所以利国家，以为不可行而止之，亦所以利国家也。此翁之高爽虚豁，可与同心共济，正在于此，诚社稷之福也。（同卷《又答河道按院胡玉吾》）
李贵和提议的时候，梁梦龙尚在山东巡抚任内。地方官当然有地方官底立场，照例是不愿多事，他曾经上疏反对。现在事情是决定打销了，居正给他一函，因为这是自己底门生，所以把政治上的秘密，一齐告诉他。
胶莱新河，始即测知其难成，然以其意出于元翁，未敢速行阻阁，故借胡掌科（槚为给事中，故称掌科）一勘，盖以胡固元翁所亲信，又其人有识见，不随众以为是非，且躬履其地，又非臆料遥度者，取信尤易也。昨观胡掌科揭呈，明白洞切，元翁见之，亦慨然请停，不必阻止而自罢。以是知执事向者之言，虽极痛切，未免预发其机也。区区今处天下事，大率类此，虽竭尽心力，不过小补而已，终无能有所建明，此易所谓“屯其膏，施未光”者也。王敬所在齐中，政事何如？两司及诸郡长吏，孰为可用？统希见教，不悉。（同卷《答河南巡抚梁鸣泉》）
“河南巡抚”四字误题。王敬所即王宗沐，时为山东左布政使，也是反对开胶莱新河的一个。
隆庆五年的冬天，内阁中又是一次风浪，这一次却发在殷士儋身上，土儋入阁，完全倚仗内监底力量，因此和高拱形成对立。高拱正要提携张四维，偏偏御史郜永春给四维一次弹劾。是谁主使的？高拱计算到士儋。于是他底部下动员了，御史赵应龙弹劾士儋由陈洪进用，不可以参国政。士儋正在答辩，高拱部下第一员大将都给事中韩楫出动。韩楫还没有提出弹劾，他先行扬言威胁。士儋忍耐不住了，终于在一个适当的机会，任情暴发了一次。
明朝的故事，每月初一、十五，给事中都到内阁和大学士们见面，大家作一个揖，称为“会揖”，原是一个沟通声气的办法。这一次都给事中韩楫到了，会揖以后，士儋对韩楫说：听说科长对于我不满意，不满意是不妨的，可是犯不着给别人利用！
真想不到大学士会在内阁里发出这样的议论，韩楫倒有些楞住了。高拱看看不象话，只是忿忿地说：“这算什么体统！”
高拱一发言，事态立刻单纯化，不成体统的体统多着呢！少保、武英殿大学士殷士儋撩起袖子，一手指着少师、建极殿大学士、兼署吏部尚书高拱，痛痛快快地大骂：驱逐陈阁老的是你，驱逐赵阁老的是你，驱逐李阁老的也是你；如今因为要提拔张四维，又来驱逐我！内阁永远是你一个人的！
就在内阁里面，少保撩起双拳，准备给少师一顿毒打，少傅、建极殿大学士张居正看不下了，正要替他们劝解，冷不防少保也给少傅迎头一顿痛骂。真热闹，堂堂的内阁变成全武行底战场。幸亏穆宗是一个懈怠而且宽大的君主，假使他在文华殿，看到少师、少傅、少保们底活剧，不知道会给怎样一个处分。
经过这一次的武斗，御史侯居良对于士儋又提出一次弹劾。士儋也厌倦了，一再上疏请求致仕，终于在十一月间，这位山东来的大学士，悄然离开内阁。
士儋一去，内阁便成为高拱、张居正二人底联立内阁，一直维持到六年四月高仪入阁为止。“周、召夹辅”，真正只剩周公、召公了！高拱一连驱逐了四位大学士，气概正是逐日发扬。居正单凭那套谨慎小心的作风，还是时时感觉到不安于位。殷士儋这一场痛骂真冤枉，高拱手下这一群人底目光，正在转移到居正底身上。
居正和高拱的私交，本来不错，但是现在他们底地位太逼近了。逼近便是一种威胁，高拱当然不会愉快，而且高拱有他底一群人，他们要立功，便要先替高拱制造敌人，然后再把敌人打倒。政治的主张，是由黑暗走向光明，但是政客的阴谋，是由光明走向黑暗。高拱死后，居正和高拱底亲戚说：“不榖与元老为生死交，所以疏附后先，虽子弟父兄，未能过也。叵耐中遭俭人，交构其间，使之致疑于我，又波及于丈，悠悠之谈，诚难户晓。”（书牍十四《答司马曹傅川》）黑暗中的动物，永远在黑暗中蠢动。
高拱对于居正，固然感到威胁，但是居正对于高拱，也时时感到危险。“尔诈我虞”，成为高、张联立内阁的标语。最容易引起误会的，还是徐阶底家事。居正已经是一路提心吊胆，“畏行多露”了，但是，“不行，为什么他要帮助徐阶说话呢？”黑暗中的声音要问。黑暗中的动物没有道义，没有感情；他们也不相信人类还有道义和感情。“势利呀！”他们要说，“一切都是势利，在朝的首辅便捧他一把，在野的首辅便踢他一脚：这是人情。再不然，便有另外的动机！”黑暗中的动物又动员了，他们要报效高阁老，便得搜求居正帮助徐阶的动机。他们把发明当做发现，终于认定已经发现居正底动机。
很顺利地这个消息传达到高拱。事情是这样说的。徐阶底儿子送三万两银子给居正，于是居正承认替他们维持。在大学士底朝房里，高拱看见居正，便半真半假地讥刺了一顿。这一个刺激太大了，居正变了色，指天誓日地否认这件事。经过这样剖白以后，高拱承认误会，事情勉强结束。
内阁的政潮，正在准备着新的发展。隆庆六年三日尚宝卿刘奋庸上疏条陈五事：（一）保圣躬，（二）总大权，（三）慎俭德，（四）览章奏，（五）用忠直。第二条和第四条都很活跃。奋庸说：“今政府所拟议，百司所承行，非不奉诏旨，而其间从违之故，陛下曾独断否乎？国事之更张，人才之用舍，未必尽出忠谋，协公论。臣愿陛下躬揽大权，凡庶府建白，阁臣拟旨，特留清览，时出独断�