正在布置底当中，高仪死了。内阁只剩居正一人。问题又到了面前，应当补怎样一个人呢？在不知明朝政体的人，也许以为既是杨博底资望最好，当然应补杨博。但是事实不是如此的。明朝的中枢，是二元制：吏部尚书底地位，本来在内阁大学士以上，即使到了内阁权重以后，吏部尚书，终于不曾落到内阁以下。当时的故事，吏部尚书在路上遇到大学士，照例不避道，便是显然的证据。（见《明史》卷二二四《孙鑨传》）孝宗弘治年间，吏部尚书王恕底声望，始终不受内阁底压制，更是实例。还有，由吏部尚书入阁的，不是没有，但是这是特旨。在推举的时候，通常是礼部尚书、吏部侍郎，或是翰林学士。因此，神宗吩咐居正推举阁员的时候，居正不能推举吏部尚书杨博，（推举吏部尚书入阁非故事，见《明史》卷二二四《陈有年传》）只能推举礼部尚书吕调阳。其实居正底经验多了，他知道内阁里除了自己，只需要一位忠厚老实，和衷共济的长者，并不需要一位雄才大略、器度恢宏的重臣。这是居正底私心，但是这是隆庆年间内阁混斗的经验。为国求贤，固然是对的，但是为内阁谋安定，也何尝不是为国家？居正对于调阳，在辛丑会试主考的时候，已经认识了，现在正准备和他长期合作。万历七年调阳死后，居正说过：余与公同政府，知公深。公为人，外温而心辨，中毅而貌和，于事呐呐不轻为可否，于人恂恂不苟为异同；尝曰：“大臣协心体国，苟利社稷，嫌怨共之，安事羯羠其间？无论彼己懻伎，即贤者各是所见，政本之地，龂龂而争，如国体何？世儒嘐嘐，猥小曹参而卑丙吉，然则，虞廷云‘寅恭’者非邪？”自余柄政，与公共事者六年，内奉冲圣，勤缉熙，外赞密勿，定计划，莫逆于心，莫违于口，六年如一日也。（文集五《豫所吕公墓志铭》）
吕调阳入阁，递遗礼部尚书，居正便起用陆树声。树声嘉靖二十年会试第一，嘉靖中，屡掌南京翰林院，南京国子祭酒，后来召为吏部右侍郎，称病不拜。隆庆中，再起故官，仍不就。这是一位声望隆重的大臣，现在居然来了，居正用后辈进见先辈之礼待遇他。
七月间户部尚书张守直、刑部尚书马自强致仕。守直在封贡的一件事，意见和居正不一致，自强也有些不满意，他们去了，居正便补进王国光、王之诰。王国光原来以户部尚书，总督仓场，现在调回管部，后来在任内完成《万历会计录》，是一部有关国计的著作。王之诰是居正底亲家，（居正第四子简修娶之诰女）但是之诰隆庆三年总督陕西三边军务，进南京兵部尚书，资望久已够了，而且卓然自守，并不附和居正，因此更得一般的推重。
诸人以外，工部尚书朱衡、左都御史葛守礼留任；朱衡在河工方面的成绩，和守礼底操守，都是当时物望所归。明朝的内阁，当然不是现代的内阁，对于阁中同僚和六部首长以及都察院的人选，首辅没有进退的大权，但是居正对于人选的布置，确曾费了一番苦心，而且也确曾达到自己底主张。后来他曾经自负地说：《书》曰：“无侮老成人，皤皤良士，膂力既愆，我尚多有之。”宓子贱治单父，孔子使人觇之，见与老者二十余人议政，孔子喜曰：“吾知不齐能办单父矣。”今以幼主当阳，而朝多长者，岂非盛事乎？（书牍六《与南台长言中贵不干外政》）
大政方针既经发表，中枢人选也分别确定，居正准备负起国家的重任。从隆庆六年六月起，到神宗万历十年六月为止，这整整的十年当中，他逐渐完成他底政治理想。在他掌握政权的期间，除了当前的政治问题以外，他还得应付三个重要的人物：第一，皇贵妃——后来的慈圣皇太后；第二，冯保；第三，神宗。这三个都是他底主人，三个人各有自己底立场，因此在应付方面，不时地发生困难，幸亏居正有他底政治天才，总算安稳度过了，但是毕竟因为没有应付完全得当，在他身后，发生意外的波折。
皇贵妃是一个有办法的人。居正还记得穆宗病重，冯保宣读遗嘱的时候，皇妃在帷中的口谕：
江山社稷要紧，先生每要尽忠为国。（参奏疏六《谢皇太后慈谕疏》）
这是一个有决断的呼声。神宗即位以后，不久召居正至平台面谕：
皇后是朕嫡母，皇贵妃是朕生母，尊号上先生可多加几字。
问题立刻提出了，皇后当然尊为皇太后，但是皇贵妃也要称皇太后！这个还不要紧，以往还可以对一位皇太后加上尊号，以示分别，但是现在办不到了。居正疏称：仰稽我祖宗旧典，惟天顺八年宪宗皇帝尊嫡母为慈懿皇太后，生母皇贵妃为皇太后，则与今日事体，正为相同，但于嫡母特加二宇，而于生母止称皇太后，则尊尊亲亲之别也。然今恩德之隆，既为无间，则尊崇之礼，岂宜有殊？且臣居正恭奉面谕，欲兼隆重其礼，各官仰体孝思，亦皆乐为将顺。今拟两宫尊号，于皇太后之上，各加二字，并示尊崇，庶于祖制无愆，而于圣心亦慰。（见奏疏二《看详礼部议两宫尊号疏》）
就这样决定了，皇后陈氏尊称仁圣皇太后，皇贵妃李氏尊称慈圣皇太后，一切透露居正迁就事实的心理。居正是一个干练的政治人才，但是他在政治方面所受的训练，还是世宗嘉靖年间的训练，对于皇室，永远是那样诚惶诚恐，有时竟不免有些阿谀附和。万历元年翰林院产生白燕，居正把它和内阁所开并蒂莲花一并进献。神宗随即下一道手渝：白燕、莲花俱进献圣母，甚是喜悦，却独产翰林院中，先开于密勿之地，上天正假此以见先生为社稷祥瑞，花中君子。朕赖先生启沃，固不敢颠纵，何德之有！（见奏疏三《谢宸翰疏》）
《明史（卷二三五）余懋学传》称居正进《白燕、白莲颂》。《白莲颂》不可考，《白燕颂》大致即是《白燕曲》：
白燕飞，两两玉交辉，生商传帝命，送喜傍慈闱。有时红药阶前过，带得清香拂绣帏。（诗四《白燕曲》四首之一）
这是一篇贡谀慈圣太后的诗句。诗集中如《恭颂母德诗》：
猗钦我圣母，世德宜重光，扶天致升平，毓圣纂灵昌，履盛弥勤烙，秉礼日矜庄。内庭政无哗，外家恩有常，明达信如此，马邓岂足望？（诗一）
如《皇上祝圣母诗》：
女中颂德称尧舜，膝下承欢有帝王。（诗四）
文集中如《神母授图万年永赖颂》、（文集二）《圣母图赞》，（文集二）都是同样的作品。居正受的训练太久了，他自己无法摆脱这个形态，然而也正凭这种训练，博得慈圣太后底好感。
冯保是司礼掌印太监，在内廷他只是一个奴才，但是正因为掌握章奏的大权，他也成为居正底主人。冯保底大权，全靠慈圣太后，所以居正更不能不结好太后，借此减轻冯保底压迫。李太后要做功德，建涿州二桥，冯保主持，居正便有一篇《敕建涿州二桥碑文》，李太后建承恩寺、海会寺、东岳庙、慈寿寺、万寿寺，又是冯保主持，居正又是每一处来一篇碑文。（皆见文集四）他甚至说：臣以是益信佛氏之教，有以阴翊皇度，而我圣母慈光所烛，无远弗被，其功德广大，虽尽恒河沙数，不足以喻其万分也。（文集四《建五台山大宝塔寺记》）
居正不是不晓得这是胡诳，但是他只有胡诳。隆庆初年，江西龙虎山张真人底道号革去了；万历五年张国祥入京，透过冯保，走通李太后的路线，复封张真人，居正无可如何，只说：张真人事，委为过举，初时发自慈闱，不谷未敢骤谏。（书牍十二《答南科吴公琯》）
居正对李太后是将顺，对冯保是敷衍。正因为在太后方面，居正也得到信任，所以在居正当国的十年之中，内阁和司礼监没有任何的冲突。冯保不是一个安分守己的人，他在北郊郊祭的时候，甚至传呼直入，北面拈香。（《明史》卷二一〇《邹应龙传》）在当时委实有些骇人听闻，但是居正不管，他只要冯保不干政，就满足了；他曾说：主上虽在冲年，天挺睿哲，宫府之事，无大无小，咸虚己而属之于仆，中贵人无敢以一毫干预，此公在北时所亲见也。仆虽不肖，而入养君德，出理庶务，咸独秉虚公以运之，中贵人无敢有一毫阻挠，此亦公在北时所亲见也。（书牍六《与南台长言中贵不干外政》）
在大体上把握住了，居正在其他方面都可以迁就。冯保引用锦衣指挥同知徐爵入宫，代阅章奏，拟诏旨；居正吩咐仆人游七和徐爵结为兄弟，以资联络。徐爵、游七，后来都成为炙手可热的人物。冯保要在故乡深州建坊，居正甚至吩咐保定巡抚孙丕扬代建。冯保自建生圹，居正便有一篇《冯公寿藏记》，称为仁智忠远。在记中他又说：语日：“人貌荣名，岂有既乎？”今以公建立，视古巷伯之伦何让焉？诚由此永肩一心，始终弗替，虽与霄壤俱存可也，又奚俟于寿藏而后永乎？（文集九《司礼监太监冯公寿藏记》）
这里在推许以外，便有一层期望。他期望冯保继续努力，永保令名。居正身后，他底儿子懋修收集居正遗著底时候说起：
懋修谨案先父之与冯司礼处也，亦宫府相关，不得不然，谢世之后，言者用为罪端。今观其于豫藏文，惓惓勉以令名，固非阿私贿结者。……可见先父当主少之时，于左右侍近，其调处之术，可谓深矣。不然，以先父之严毅，使左右不服其调处，亦将奈之何哉！苦心国事者，自当有推谅其衷者矣。
居正当国的时候，他要应付三个重要的人物，——李太后、冯保、神宗。从表面看，当然是十岁的神宗，最容易应付了，但是事实上这是最大的困难。居正身后发生种种的波折，完全因为这一方面的失败。
神宗这时只有十岁，无论高拱当时在内阁里怎样说的，“十岁太子”毕竟只是“十岁孩子”。但是神宗年龄虽小，已经开始明了政治；他知道他是主人，然而他也知道在他没有支配实际政治的时候，他还得受人支配，甚至对于他底支配者，还得博取应有的好感。在当国的十年之中，居正是首辅，是独裁者，是皇帝底师傅，实际上他是神宗底支配者；神宗当然时时感到博取居正好感的必要，但是同时他也知道他是居正底主人。他对于自己底地位，正感到一种不平，他甚至要希图报复；所以他对于居正的好感，因为自卑心理底缺陷，日后突变为对于居正的恶感。居正是一个精明不过的人，但是正因为神宗年纪太小，一切都被瞒过了。假如历史底重演可信，我们不妨说居正和明神宗的关系，很有一些与霍光和汉宣帝的关系类似，但是正因为重演不会是完全的重演，所以还有许许多多的不同。
穆宗和他底父亲世宗全不一样，但是神宗和他底祖父便有许多类似的地方。这是所谓“隔代遗传”。世宗十六岁即位，享国四十五年，神宗十岁即位，享国四十八年；世宗是一个全权的统治者，神宗亲政以后，也是如此；世宗自嘉靖二十年以后，不亲朝政，神宗中年以后，也是怠于国政。在这些方面，神宗正和他底祖父一样，然而他也是李太后底儿子。他从母亲那里所得的是谨慎小心，是胆怯，是恭顺，但是在政权到手的时候，他便知道怎样运用。他一步不肯退让，甚至因为满足自己的欲望，他可以打破惯例，给对方以不必要的难堪。母亲不是曾领导自己，在清晨的雨道上，走到嫡母皇后那里去请安吗？但是现在母亲和嫡母还不是同样的皇太后？这小小的心灵，正在遗传的本能以外，又加上一些习得的经验。
李太后对于神宗，正是一个最能干，最负责任的母亲。穆宗逝世以后，皇上所住的乾清宫，照理只能由皇帝住了。仁圣太后本来是住在别宫的，现在退居慈庆宫；但是慈圣太后因为神宗年幼的关系，仍旧陪着儿子住在乾清宫，直到神宗大婚为止。平时她督责儿子读书，在书没有读熟的时候，便罚在地下长跪。皇帝跪在地下，还象什么皇帝，但是这是太后底懿旨，所以他还是跪下了。在讲官们讲书以后，神宗回到宫中，李太后又得下令复讲，当然还得复讲。三、六、九这几天，是早朝的日期，天亮还远得很呢，一听到五更柝、柝的声音，李太后自己来了，把十岁的孩子，从睡梦朦胧中喊起，宫娥给洗过脸以后，便得赶紧坐上肩舆上朝。做皇帝真不是一份好差使，但是神宗也明白，“谁敢违背母亲底意旨呢”？
居正在神宗即位以后，随即请御日讲，他和吕调阳疏称：
臣等谬以菲陋，职叨辅弼，伏思培养君德，开导圣学，乃当今第一要务。臣居正又亲受先帝顾托，追惟凭几之言，亦惓惓以讲学亲贤为嘱，用敢冒昧上请。今一应大典礼，俱已次第修举，时值秋凉，简编可亲。（奏疏二《乞崇圣学以隆圣治疏》）
明代皇帝底教育，一种是经筵，一种是日讲。经筵是最隆重的，每月逢二的日期举行。照例盛暑和严寒的时候都停止经筵，用现代术语，就是放寒假、暑假。举行经筵的时候，勋臣、大学士、六部尚书、都御史、翰林学士等都要到齐，由翰林院春坊等官及国子监祭酒进讲经史。一切的典礼很隆重，不过皇帝不御经筵，自动放假的事，不是没有。但是神宗的最初十年，谈不到自动放假。由万历元年规定以后，每年春讲以二月十二日起，至五月初二日止；秋讲以八月十二日起，至十月初二日止，不必题请。简单说，就是上学期九讲，下学期九讲，都有固定的日期。
神宗底经筵，虽自万历元年二月起，但是隆庆六年八月间，日讲就开始了。日讲在文华殿举行，不用侍卫、侍仪、执事等官，只用讲读官、内阁学士待班。开始日讲的功课，居正给神宗规定如次：一、伏睹皇上在东宫讲读，《大学》至传之五章，《尚书》至《尧典》之终篇。今各于每日接续讲读，先读《大学》十遍，次读《尚书》十遍，讲官各随即进讲毕，各退。
一、讲读毕，皇上进暖阁少憇，司礼监将备衙门章奏，进上御览，臣等退在西厢房伺候。皇上若有所谘问，乞即召臣等至御前，将本中事情，一一明白敷奏，庶皇上睿明日开，国家政务，久之自然练熟。
一、览本后，臣等率领正字官恭侍皇上，进字毕。若皇上不欲再进，暖阁少憇，臣等仍退至西厢房伺候。若皇上不进暖阁，臣等即率讲官再进午讲。（按正字官“掌缮写、装潢、诠其讹谬而调其音切”，见万历本《明会典》卷五十二）
一、近午初时，进讲《通鉴节要》，讲官务将前代兴亡事实，直解明白，讲毕各退，皇上还宫。
一、每日各官讲读毕，或圣心于书义有疑，乞即下问，臣等再用俗说讲解，务求明白。
一、每月三、六、九，视朝之日，暂免讲读。仍望皇上于宫中有暇，将讲读过经书，从容温习。或看字体法帖，随意写字一幅，不拘多少，工夫不致间断。
一、每日定以日出时，请皇上早膳毕，出御讲读；午膳毕，还宫。
一、查得先朝事例，非遇大寒大暑，不辍讲读。本日若遇风雨，传旨暂免。（奏疏二《拟日讲仪注疏》）
这是神宗底课程表。后来《通鉴节要》讲完，续讲《贞观政要》。
神宗这时还不足十岁，但是居然担负这样繁重的课程。他对于张居正，真是十分亲近和尊崇。在这一年，居正曾经屡次说到神宗和自己的关系：