“春生秋杀，天道之常，”居正说，“皇上即位以后，停刑已经不止一次：稂莠不去，反害嘉禾；凶恶不去，反害善良。愚臣看来，还是不必停。”
神宗听了以后，奏明太后，应处死刑的，一概准予执行。
这一点牵涉到古代统治阶级的政治思想问题。不负实际责任的人常常主张宽大，但是负担实际责任的人，便认为这是一个难题。郑子产临死的时候和子太叔说：“我死后，国家大政是你底事了。有德的人，也许能够以宽服民，其次莫如猛。火底威焰，人人看到都害怕，所以烧死的人不多；水性懦弱，人人都觉得可爱可近，偏偏死在水中的人多了。所以宽大不是一件容易的事。”
子产死后，政权落到子太叔手上，这是一位官僚主义的统治者。被压迫的人民大众得到这个机会，发动起来，争取他们的自由。子太叔懊恨极了，他认为早听于子的话，一定不至于此，这才调动军队，把起义的人民镇压下去，仍走上反动统治者的老路。
居正是主张猛的，他曾说过：“使吾为刽子手，吾亦不离法场而证菩提。”他看到元末的大动乱，完全因为当局的宽纵，以致演成不可收拾的惨剧。所以他认定“君子为国，务强其根本，振其纪纲，厚集而拊循之，勿使有衅，脱有不虞，乘其微细，急扑灭之，虽厚费不惜，勿使滋蔓，蔓难图矣。”（文集十一《杂著》）他又说过：“盗者必获，获而必诛，则人自不敢为矣。”（书牍八《答总宪吴公》）关于捕“盗”的事，在考成法也有明文规定。后来万历七年，因为“盗犯”中途脱逃的事，他说：张国用查系三月初间，已属顺天府着长解押发，乃至今尚未到，此必中途贿逃矣。顷已令该府捕长解家属监候，又行逐程挨查，于何处脱逃，务见下落，事系考成，期限已迫。若此时尚未到，执事亦宜上疏自白，请旨缉拿，务令得获正罪，庶足示惩。若已到，则照在京例，尽法处之，不可纵也。（书牍十一《答河漕姜按院》）
居正底主张是“盗”者必获，获则必“诛”，这是考成法底规定。但是如《明史》所载，居正当国之时，“大辟之刑，岁有定额，”（《明史》卷二二〇《赵世卿传》）又称“居正法严，决囚不如额者罪”，（《明史》卷—二九《艾穆传》）都难免有些以讹传讹。每年死刑，要有一定的名额，就在当时，也不能不算是一件不可思议的事。但是《艾穆传》称艾穆为刑部员外郎，到陕西复审的时候，艾穆决定只有两个人处死刑，同审的人惟恐太轻了，要受到政府底处分，艾穆慷慨地说：“我可不会拿别人底生命保障自己底地位。”
在居正大权在握的当中，地方官吏奉行过甚，也是不免的事。
二年十月辽东大捷，除了辽东总兵官李成梁进左都督以外，蓟辽督抚以及内阁诸臣一体加恩，居正具疏力辞，神宗亲笔下谕：敕谕元辅张少师：朕以幼冲嗣位，赖先生匡弼启沃，四方治安，九边宁靖。我祖宗列圣，亦鉴知先生之功，就加显爵不为过。乃屡辞恩命，惟一诚辅国。自古忠臣，如先生者罕。朕今知先生实心，不复强，特赐坐蟒衣一袭、银钱五十两，以示优眷，申成先生美德，其钦承之。（奏疏四《御札奖励疏》）
自从俺答封贡事定以后，战事底中心逐渐东移。东部的鞑靼，在土蛮底领导下，继续和朝廷作战，最困难的问题是“属夷”。喜峰口、宣化境外有朵颜卫，锦州、义州、广宁境外有泰宁卫，沈阳、铁岭、开原境外有福余卫，这是所谓大宁三卫；迤东还有建州卫。在名义上他们都服属中国，所以称为“属夷”，但是事实上泰宁部长速把亥、炒花，朵颜部长董狐狸、长昂，以及建州卫都指挥王杲都和土蛮相通，成为蓟辽一带的边患。要对付土蛮，第一便得对付“属夷”，所以万历元年，居正就认定处置“属夷”之策，为国家大事，急宜经理。（书牍五《与王敬所论大政》）这一次辽东大捷，李成梁斩建州部落一千一百余人，后来连王杲也杀了，当然是对付“属夷”的一次“成功”。
战事中心到了蓟辽，但是蓟辽最大的遗憾，便是地形的缺陷。整个三卫，盘据在热河和辽宁底西边，蓟州和辽东两镇，失去应有的联系。居正底计划，是遵守杨博固守边墙的遗策，一面整理蓟州一带的边墙，（书牍六《答蓟辽督抚吴环洲言虏情》）以备鞑靼底进攻；同时也计划反攻。他联络辽东、宣府、蓟州三镇，主张由蓟州坚守，由辽东、宣府双方夹击。他给方逢时说起：比者辽左之功，固为奇绝，朝廷赏功之典，亦极其隆厚，然仆于此，蓄意甚深，谨密以告公。今九边之地，蓟门为重，以其为国之堂奥也。自嘉靖庚戌以来，虏祸日中于蓟，至罢九边之力以奉之，而内地亦且困敝。然所以酿此祸者，皆属夷为之也。国初弃大宁之地与之，冀其为吾藩屏，而今乃如此！故属夷不处，则边患无已时。然欲处之非加之以威，彼固未肯俯首而服从也。今西虏为贡市所羁，必不敢动，独土蛮一枝，力弱寡援，制之为易。今拟于上谷练得战士二万，辽东二万，多备火器，却令蓟人平时将内地各城堡，修令坚固。视三镇士气已振，度其可用，则属夷求抚赏者，一切以正理处之；凡额外求讨，及捉军要赏者，悉正以军法。彼不遂所欲，必结虏来犯，我则据台以守，遏之边外，使之一骑不入，在我虽无所获，而在彼已为失利，亦策之上也。如其贼众溃墙而入，则亦勿遽为仓皇，但令蓟将敛各路之兵四、五万人，屯据要害，令诸县邑村落，皆清野入保，勿与之战。而上谷、辽左，不必俟命，即各出万人，遣骁将，从边外将诸属夷老小尽歼之，令大将领一万人入关，不必卫京师，径趋蓟地，伏于贼所出路。彼虽已入内地，见我不动，必不敢散抢，不过四五日，虏气衰矣。衰则必遁，然后令蓟人整阵以逐之，而宣、辽两军合而蹙击。彼既饥疲，又各护其获，败不相救，而吾以三镇全力击其惰归，破之必矣。一战而胜，则蓟镇士气既倍，土、苏诸酋，不敢复窥，而属夷亦皆可胁而抚之以为我用。蓟事举则西虏之贡市愈坚，而入援之兵，可以渐减，九边安枕无事矣。愚计如此，今先试之于辽左，盖辽人素称敢战，而李将军亦忠勇可用，故厚赏以劝之，悬利以待之，亦致士从隗始之意也。（书牍六《答方金湖计服三卫属夷》）
万历元年，居正和蓟辽总督刘应节说过，要“虚心商量，思一长策，著实整顿一番，庶为经久之计。”（见前）这便是居正底长策了。但是这一条计策，在居正手里，始终没有用过。战事底中心逐渐东移，辽东成为中国底重镇，这是后事。万历最初十年，戚继光坐镇蓟门，是当时的一重保障，土蛮不敢南侵，未必不由于此。居正对于三卫，始终设法羁縻。他用底方法，自己说过：“要在当事者随宜处置。譬之于犬，摇尾则投之以骨，狂吠则击之以棰，既棰而复服，则复投之，投而复吠则击之：而可与之较曲直，论法守乎？前有书与方公，方答书云：”耐烦二字，边臣宜书诸绅。‘诚然。“（书牍八《答吴环洲》）居正手上有的是大棒和骨头，这是他”羁縻’属夷‘“的方法。对于”抚赏’属夷‘“的段布，正和对于赏赐俺答的段布一样，居正逐件看过，都要美好经用，这是骨头。朵颜部长董狐狸、长昂，和青把都是亲戚，居正吩咐宣府巡抚吴兑：”幸公示意青酋，令其传意长昂，勿复作歹，自取灭亡。“（书牍六《答蓟镇吴环洲》。蓟镇误题，吴环洲即吴兑。）这是大棒。这一年他又说过：辱示蓟镇虏情，渊哉其言之也。已即密语彼中当事诸公，俾知所从事。属夷处置适宜，则土虏之真情可得，而两镇之贡市愈坚，当今边务，莫要于此矣。公在上谷，内修战守，外探虏情，东制西怀，自有妙用，仆复何忧。（书牍六《答吴环洲》）
居正曾经自称别无他长，但能耐烦，这是一句谦虚的话，但是耐烦确是能使居正成功的品德。耐烦的人，对于一切事务，有布置，有步骤。他不会一暴十寒，然而他也不求一劳永逸，只是一步一步，脚踏实地去干。我们所不能满意的是居正对于起义的人民，没有正确的认识，因此止知道如何去镇压；同样地他对于沿边的少数民族，除了利诱威服以外，没有采取进一步靠拢和争取的方法。
对于用人行政方面，他也是一步一步干著。万历二年四月，实行久任之法，这是他在隆庆二年《陈六事疏》中已经说过的。十二月内阁进职官书屏。居正上疏：仰惟皇上天挺睿明，励精图治，今春朝觐考察，亲奖廉能；顷者吏部奏除，躬临铨选，其加意于吏治人才如此。顾今天下疆里，尚末悉知，诸司职务，尚未尽熟，虽欲审别，其道无由。臣等思所以推广德意，发达圣聪者，谨属吏部尚书张瀚，兵部尚书谭纶，备查两京及在外文武职官，府、部而下，知府以上，各姓名籍贯，及出身资格。造为御屏一座，中三扇绘天下疆域之图：左六扇，列文官职名；右六扇，列武官职名；各为浮帖，以便更换。每十日，该部将升迁调改各官，开送内阁，臣等令中书官写换一遍。其屏即张设于文华殿后，皇上讲读进字之所，以便朝夕省览。如某衙门缺某官，该部推举某人，即知其人原系某官，今果堪此任否？某地方有事，即知某人见任此地，今能办此事否？臣等日侍左右，皇上即可亲赐询问，细加商榷，臣等若有所知，亦得面尽其愚，以俟圣断。一指顾间，而四方道里险、易，百司职务繁、简，一时官员贤、否，举莫逃于圣鉴之下。不惟提纲掌要，便于观览，且使居官守职者，皆知其名常在朝廷左右，所行之事皆得达于高聪：其贤者将兢兢焉争自淬励以求见知于上，不才者亦将凛凛焉畏上之知而不敢为非。皇上独运神智，坐以照之，垂拱而天下治矣。（奏疏三《进职官书屏疏》）
在职官方面，明代定都北京以后，南京六部诸寺，实际成为赘疣。嘉靖、隆庆间已经开始裁革了。万历三年二月裁南京官，以后再经过九年的裁革，除了养望的大官和必需的属官以外，差不多已经调整，这都是居正任内的成绩。
三年四、五月间，居正上《请饬学政疏》，这是一个极大的改革。明朝的学制，两京国子监是直辖中央的国立大学，与地方无干。各府、州、县有府学，州学，县学，都有一定学额，归各省提学官管辖。乡村之中又有社学，民间子弟自由入学，不受学额底限制，但是没有强迫入学的规定。当时的问题，集中在地方学制的府、州、县学。
太祖洪武年间规定，府学四十人，州学三十人，县学二十人，日给廪膳，称为廪膳生员。洪武十五年定令，廪膳生每人每月领米一石，鱼肉盐醯，由官供给。宣宗宣德三年规定，府、州、县学各设增广生员，学额与廪膳生员相同，他们没有领米的权利，但是和廪膳生员一样，一家之内，除本身外，优免二丁差役。换一句话，就是家中只要一人入学，可以三人免役。以后增广生员以外，又添附学生员，现代术语称为特别生，他们当然更谈不到廪米，但是免役的权利，还是一样。廪膳生员，增广生员，附学生员，简称廪生、增生、附生；有时只称廪、增、附。通常人用汉朝科日秀才异等底名称，称为秀才。这些秀才，有米可领，遇役可免：文理通顺，学问优长的，当然还可以考取举人、进士底出身，为国家做事；但是大多数永远只是秀才，做一世的府、州、县学主员，领米免役，成为地方的特权阶级。这一群特权阶级人物多了，发生连带关系，在地方上隐隐成为一种势力，可以欺侮一般民众，同样地也可压迫地方官吏。他们尽管满口孔子、孟子，圣经、贤传，讲道德，说仁义，但是事实上只是地方的祸害。这便是所谓学霸。嘉靖十年题准：“生员内有刁泼无耻之徒，号称学霸，恣意非为，及被提学考校，或访察黜退，妄行讪毁，赴京奏扰者，奏词立案不行，仍行巡按御史拿问。”（万历本《明会典》卷七十八）便指的这些人。
万历二年，特敕吏部“慎选提学官，有不称者，令其奏请改黜。”去今已经一年了，但是还没有看到成绩。居正认定惟有控制各省提学官，才可以控制生员，疏称：臣等幼时，犹及见提学官，多海内名流，类能以道自重，不苟徇人，人亦无敢干以私者，士习儒风，犹为近古。近年以来，视此官稍稍轻矣，而人亦罕能有以自重。既无卓行实学，以压服多士之心，则务为虚谭贾誉，卖法养交；甚者公开幸门，明招请托；又惮于巡历，苦于校阅，高座会城，计日待转。以故士习日敝，民伪日滋，以驰骛奔趋为良图，以剽窃渔猎为捷径，居常则德业无称，从仕则功能鲜效，祖宗专官造士之意，骎以沦失，几具员耳。去年仰荷圣明，特敕吏部，慎选提学官，有不称者，令其奏请改黜。其所以敦崇教化，加意人才，意义甚盛。今且一年矣，臣等体访各官，卒未能改于其故，吏部亦未见改黜一人。良以积习日久，振蛊为艰，冷面难施，浮言可畏，奉公守法者，上未必即知，而已被伤于众口，因循颓靡者，上不必即黜，而且博誉于一时：故宁抗朝廷之明诏，而不敢挂流俗之谤议，宁坏公家之法纪，而不敢违私门之请托。盖今之从政者大抵皆然，又不独学校一事而已。（奏疏四《申旧章饬学政以振兴人才疏》）
疏后附列十八款，日标都在振饬当时的学风，列四款于次：
一、圣贤以经术垂训，国家以经术作人，若能体认经书，便是讲明学问，又何必别标门户，聚党空谭！今后各提学官督率教官生儒，务将平日所习经书义理，著实讲求，躬行实践，以需他日之用；不许别创书院，群聚徒党，及号召地方游食无行之徒，空谭废业，因而启奔竞之门，开请托之路。违者：提学御史，听吏部、都察院考察奏黜；提学、按察司官，听巡按御史劾奏；游士人等，许各抚、按衙门，访拿解发。
一、我圣祖设立卧碑，天下利病，诸人皆许直言，惟生员不许。今后生员务遵明禁，除本身切己事情，许家人抱告，有司从公审问，倘有冤抑，即为昭雪，其事不干己，辄便出入衙门，陈说民情，议论官员贤否者，许该管有司申呈提学官，以行止有亏革退。若纠众扛帮，聚至十人以上，骂詈官长，肆行无礼；为首者照例问遣；其余不分人数多少，尽行黜退为民。
一、廪膳、增广，旧有定额，迨后增置附学名色，冒滥居多。今后岁考，务须严加校阅。如有荒疏庸耄，不堪作养者，即行黜退，不许姑息；有捏造流言，思逞报复者，访实拿问，照例发遣。童生必择三场俱通者，始行入学，大府不得过二十人，大州县不得过十五人，如地方乏才，即四、五名亦不为少。若乡宦势豪，干托不遂，暗行中伤者，许径自奏闻处治。
一、生员考试，不谙文理者：廪膳十年以上，发附近去处充吏，六年以上，发本处充吏；增广十年以上，发本处充吏，六年以上，罢黜为民。
这是居正整饬学风的计划；他要打倒游谈之士，所以不许创建书院；他要肃清学霸之源，所以裁减学额；至于禁止纠众，考验文理，固然是明初以来的遗规，但是居正有考成法在手，一切都得实行，因此尽管只是旧话重提，但是重提的旧话，到了万历初年，便增加新的意