便增加新的意义，不能再当具文看待。关于书院一方面，到万历七年诏毁天下书院，局势的推演，更加积极：在学额方面，因为考成底关系，有司奉行，也是非常严格。《明史》（卷六十九）《选举志》言：“嘉靖十年，尝下沙汰生员之命，御史杨宜争之而止。万历时张居正当国，遂核减天下生员，督学官奉行太过，童生入学，有一州县仅录一人者。”大致这不是一句诬蔑的话。
假如居正为自己底政治前途打算，关于整顿学风的事，也许还要重行考虑。各个时代有各个时代的领导阶层，得罪这个阶层，往往会发生极大的风波。周武帝灭高齐，统一北方，对于南方的陈国，随时可加扑灭，只因为沙汰沙门，得罪当时的领导阶层，这一群僧侣消极反抗，武帝死后，不过数年，整个的国家移转到一个委琐平庸的杨坚手里，智识阶层，不曾提出一句反抗的呼声。明朝以来，秀才成为当时的领导阶层，政府的官吏，出身于这个阶层，地方的舆论，也操纵在这个阶层底手里。他们固然压迫一般民众；然而一般民众没有机会也没有能力喊出反抗的呼声，民众中的优秀分子，又往往因为知识发展的关系，随时为当时的领导阶层所吸收；因此秀才们不但没有受到民众底反对，反而出乎意外地受到民众底拥护。人民大众的认识没有提高以前，有时会把骑在头上的恶霸，看作领导的人物，何况在居正的时代！居正以前，世宗主张沙汰生员，但是毕竟没有沙汰。居正以后，思宗时，大学土温体仁又提出同样的主张，刑科都给事中傅朝祐立即提出弹劾，疏言体仁“又议裁减茂才（即秀才），国家三百年取士之经，一旦坏于体仁之手，此谓得罪于圣贤。”（《明史》卷二五八《傅朝祐传》）温体仁固然是一个庸人，但是主张裁减生员，何尝得罪于圣贤？孔子尝为乘田、委吏，盂子也说“往役、义也”。孔子、孟子没有造成特权阶层，也没有提出领米免役的要求，为什么主张裁减生员，为民众减轻负担，为公家平均劳役，就算是得罪圣贤呢？傅朝祐底议论，只是拥护特权阶层底既得权利，不肯放弃。
居正提出整顿学风的计划，正是抱了最大的决心。万历八年，他曾经说起：
秉公执法，乃不谷所望于执事者，欲称厥职，但力行此四字足矣。至于浮言私议，人情必不能免。虽然，不容何病！不容然后见君子。不谷弃家忘躯，以徇国家之事，而议者犹或非之，然不谷持之愈力，略不少回，故得少有建立。得失毁誉关头，若打不破，天下事无一可为者，愿吾贤勉之而已。（书牍十二《答南学院李公言得失毁誉》）
这封信中，大致也是关于整顿学政的事，居正抱定宗旨，打破得失毁誉关头，所以能有当日的成功，也正因为他不顾人情物议，所以不免招致身后的诋毁。
万历三年五月，还有一次辽东报警的事。“属夷”传来的消息，鞑靼武士又出动了。这一次的主谋是土蛮，他纠集青把都，率同二十余万骑土，准备向辽东开发。消息紧张的了不得。辽东巡抚立刻申报兵部，敌人已经开到大宁，所以请兵请粮，一刻也缓不得。兵部尚书谭纶随即上奏。神宗虽然只有十三岁，但是对于国家大事，不容他不关心。惊惶极了，他问居正怎样办。
“请皇上宽心，”居正说。“暑天不是敌人猖狂的时候，大致不会有什么大事。”
居正尽管这样地宽慰神宗，但是言官们已经惊动了。一位给事中上疏，主张防守京城，浚濠堑，掘战坑：他恨不得立刻宣布戒严。居正悠悠地回想到隆庆四年李春芳、赵贞吉那一番仓皇失措的情形。他叹了一口气，但是同时也吩咐蓟镇戚继光和宣府巡抚吴兑打听虚实。不久，继光底报告来了，据说鞑靼诸部“酋长”，久已解散，没有集合的行动。吴兑更说青把都始终没有出动，更谈不到进兵辽东。居正底估计没有错，一切只是虚报。但是北京城里的空气，从五月以来，已经紧张了好久。秋天到了，又是准备秋防的时候。居正上《论边事疏》：夫兵家之要，必知彼己，审虚实，而后可以待敌，可以取胜。今无端听一讹传之言，遽尔仓皇失措，至上动九重之忧，下骇四方之听，则是彼己虚实，茫然不知，徒借听于传闻耳，其与风声鹤唳、草木皆兵者何异？似此举措，岂能应敌？且近日虏情狡诈，万一彼尝以虚声恐我，使我惊惶，疲于奔命，久之懈弛不备，然后卒然而至，措手不及，是在彼反得“先声后实，多方以误之”之策，而在我顾犯不知彼己，百战百败之道，他日边臣失事，必由于此。故臣等不以虏之不来为喜，而深以边臣之不知虏情为虑也。兵部以居中调度为职，尤贵审察机宜，沈谋果断，乃能折冲樽俎，坐而制胜。今一闻奏报，遂尔张皇，事已之后，又寂无一语，徒使君父日焦劳于上，以忧四方，而该部以题复公牍，谓足以了本部之事耳。臣等谓宜特谕该部，诘以虏情虚实之由，使之知警。且秋防在迩，蓟、辽之间，近日既为虚声所动，征调疲困，恐因而懈怠，或至疏虞，尤不可不一儆戒之也。（奏疏四《论边事疏》）
万历三年六月命各省巡抚及巡按御史，对于有司贤否，一体荐、劾，不得偏重甲科。这也是整顿吏治的一个表现。明初用人的制度，分为三途；第一是进士，第二是举人、贡生，第三是吏员。这是所谓“三途并用”。后来因为长官都是进士出身，进土出身的官员，特别蒙到关切，举人、贡生出身的，已受歧视，更谈不到吏员出身了。于是吏员上进无门，自甘暴弃，就是举贡也决不轻易就职，他们惟一的目标，是考进土，考中了便是甲科出身，日后自有合理的发展，考不中，他们准备三年以后重考。如此一科又一科，精神才力，完全消在故纸堆中。浪费精力，埋没人材，科举制遂成为大害。隆庆年间，高拱提议，明初举人为名臣者甚众，以后偏重进士，轻视举人，积弊日甚，请求自今以后，惟论政绩，不论出身。这是一个有见地的提议，但是没有实行。隆庆四年，吏科给事中贾三近上言：“抚、按诸臣遇州、县长吏，率重甲科而轻乡举：同一宽也，在进士则为‘抚字’，在举人则为‘姑息’；同一严也，在进士则为‘精明’，在举人则为‘苛戾’。是以为举人者，非华颠豁齿，不就选人，或裹足毁裳，息心仕进。夫乡举岂乏才良，宜令勉就是途，因行激劝。（《明史》卷二二七《贾三近传》）贾三近底奏疏，穆宗也曾批准，但是实际上这个计划没有实现。这两件事，居正都在大学士任内看到，现在自己当国，更积极地要想实现，但是即在居正任内，并没有显著的效果，居正身后，当然更谈不到。科举的制度，永远成为整顿吏治的障碍。
隆庆六年六月以后，内阁只有居正和吕调阳两人，到现在三年了。万历三年八月，居正疏请增加阁员。御批，“卿等推堪是任的来看。”居正推荐吏部左侍郎张四维及马自强、申时行二人入阁。御批“张四维升礼部尚书兼东阁大学士，著随元辅等在内阁办事”，因此四维在内阁中，名为居正底同僚，其实只是居正底属员。首辅底权力，无形中又提高一层。
张四维字子维，蒲州人，嘉靖三十二年进士。他是杨博底同乡，王崇古底外甥，和居正也有相当的关系。这是一个有办法，能忍耐，而且舍得化钱的人，因此在宦途上，得到许多意外的方便。隆庆年间，是一个盛谈边务的时期，四维当然很清楚，以后俺答封贡事起，朝议未定，奔走关说，主张封贡的便是四维，因此深得高拱底器重。高拱准备引进四维入阁，以致引起高拱、殷士儋间的冲突。其后四维也因为言官弹劾，乞假家居。但他和当道要人，还是不断地连络。隆庆六年，高拱失败，这是四维潜伏的时期了，但是因为王崇古底关系，不久他和居正又发生联系。四维知道政治中枢，还有冯保和慈圣太后，于是他再连络冯保和李太后底父亲、武清伯李伟。万历二年，四维入京，以翰林学土掌詹事府，不久改吏部左待郎，三年八月，改礼部尚书兼东阁大学士，入阁办事。做官的欲望，当然满足了。至于争权，四维很清楚，在居正当国的时候，谈不到争权。吕调阳入阁三年了，除在内阁公本照例署名，以及每逢庆典，照例进官、蒙赏以外，还有什么？四维知道自己只是“随元辅办事”。这是圣旨，也不妨说是一个条件。大学士固然名为大学士，其实只是居正底一条尾巴。在这一点，居正和四维成立一种默契。但是居正没有看清忠厚的人和才华的人究竟有些不同。忠厚的人如吕调阳，也许可以遵守这个默契，并不感觉痛苦；才华的人如张四维，便完全两样了。他遵守这个默契，但是心里却充满怨愤。他不甘做尾巴，然而他只能做尾巴。他底恭谨，只能增加他底仇视。这便成为居正身后，四维极力报复底张本。万历十年，居正逝世；十一年抄家，他底长子敬修自杀，在他底血书后面写着：“有便，告知山西蒲州相公张凤盘，（四维别号）今张家事（敬修自指）已完结矣，愿他辅佐圣明天子于亿万年也。”到了这时，敬修才知道四维是自己一家底大仇，但是在居正生前，居正只觉得四维是一个恭谨的同僚。
万历三年，在江浙海外，发生一次小规模的国际战事。嘉靖中年，是倭寇猖獗的时代。经过谭纶、俞大猷、戚继光、刘显这一群人戡定以后，大局稍为安静，但是小股的倭寇，还是不断地扰乱，隆庆年间，广东方面的动乱，也有倭寇参加的踪迹。中国和日本是接近的邻国，本来应当好好相处，为国际争取和平，为人民争取幸福，但是那时双方的统治阶级，都没有认识这个道理。远在北京的皇帝，高高在上，没有贯彻保卫祖国的职责；而日本方面，无数的封建主，一边率领虏掠成性的武士，一边勾结中国沿海的汉奸，不断向大陆进攻。这是当时中国和日本相处的情势。居正也曾说到中国和日本的关系：倭奴自元以来，为中国患。元尝以十万人，从海征之，舟泊其境，值海风大作，十万人没于海。本朝有天下，四夷君长，靡不向风，独倭王良怀不奉朝贡，寇掠直、浙，至遣某某等募兵船以御之，沿海诸郡俱罹其苦。洪武十四年，高皇帝命礼部移书，责其国王，亦只言天道祸福之理以导之耳，终不能一加兵于其国。是以其人骄悍狡诈，谓中国无如之何。侵侮之渐，有自来也。（文集十一《杂著》）
居正看到日本底祸害，但是居正认识当时国家底敌人，还是北方的鞑靼，所以在“北边第一”的口号下面，对于倭寇，谈不到根本解决，只能对于沿海督抚，尤其苏、浙、闽、广诸省，加以不断的戒饬。他底计划是用兵船巡弋近海，随时和倭寇在海面决战。万历三年，倭寇又到江浙海外黑水洋一带了。应天巡抚宋仪望调兵船和他开战，打了一个胜仗，居正一边奏请加官，一边致书奖励，同时警戒浙江巡抚谢鹏举。他说：近年海寇息警，人心颇懈，仆窃以为忧，故昨年拟旨申饬。赖公伟略，起而振之。今果能一战而胜之，不俟登岸而遏之于外洋，功尤奇矣。天下事岂不贵豫哉！慰甚。彼前锋既折，必不敢窥吴，祸当中于浙矣。（书牍七《答应天抚院宋阳山言防倭》）
浙无倭患久矣，一旦联舟突犯，必有勾引之好。且地方安恬日久，骤寻干戈，恐无以待寇，幸折以忠义，鼓以赏罚，悉力一创之，庶将来不敢再窥。亟剿此寇，然后徐究其祸本而除之，可也。浙人咸云：“谢公非用武之才，恐不能了此事。”仆日，“不然，谢公沈毅有远虑，贼不足患也。”愿公勉就勋庸，以副鄙望。（同卷《答浙抚谢松屏言防倭》）
万历三年，居正决心整顿驿递，这也是居正招怨的一件大事。
明代从北京到各省的交通干线都有驿站，驿站是当时的惟一交通制度。驿站有主管官吏，有马，有驴，有夫役；水驿有红船，有水夫：都很完备。马、驴从哪里来？马、驴来自民间。船只从哪里来？船只也来自民间。马、驴底草料，船只底装备，莫不来自民间。民间还要按粮出夫，马夫、水夫当然也来自民间，自备工食，三年一轮，周而复始。除开马夫、水夫以外，各驿还有馆户，专为过往人等，治造饭食，不许片刻稽留：当然馆户也是来自民间，自备工食。最初的时候，夫役还享到免粮的特权，从嘉靖二十七年议准以后，连这一点特权也取消，于是夫役不仅没有权利，只有义务，而且还要供给马、驴、红船以及其他必要的配备。交通干线附近的人民，实际成为国家底奴役，他们底地位，甚至落到清代的乌拉娃子以下。
对于交通干线附近的人民，这不能不算一种虐政，但是国家如此庞大，为维持中央和各省的交通起见，在交通工具尚未发达以前，驿站制度，纵是需要合理的调整，不是没有存在的理由。一切全看这个制度底运用。太祖时代，关于使用驿站的规定，非常严密，非有军国大事，没有使用的权利，即是公、侯、驸马、都督奉命出差的时候，也只许随带从人一名。所以驿站制度虽然存在，人民的痛苦，还得到一些缓和。有一次，吉安侯陆仲亨从陕西回京，擅行使用驿站车马，给太祖知道了，太祖痛责道：中原兵燹以后，百姓开始复业，买马出丁，非常艰苦。倘使大家和你一样，民间卖儿鬻女，也供给不起啊！
太祖时代究竟是老远的过去了。以后的条例，便逐日地宽大！太祖时代，给驿条例只有六条：到嘉靖三十七年，便扩充到五十一条。五十一条的使用者，都有勘合，现代称为护照。勘合分为五等：温、良、恭、俭、让。北京的勘合由兵部发出，各省的勘合由巡抚和巡按发出。填发的机关，总算还有相当的限制；但是在填发的时候，便来一个宽大的作风！兵部可以填发勘合送人，各省也可填发勘合送人。领用勘合的人，没有缴还的限期，一张勘合，成为终身的护照，而且自己不用，还可转赠旁人，姓名不合，更不妨洗去重填。宽大之外，还有宽大！交通干线附近的人民，真是民不聊生。领用勘合的官员，大都既不温良，也不恭俭，更谈不到让；勘合底五个号码，只成为刻骨的讽刺。官员到了驿站以后，百般需索。他们要粮食，要柴炭，要酒席，要疏菜，要夫，要马。有时在拉到夫马以后，人民也可按照道路远近，讲明价值，经过一番磋商，索性缴纳银两，放走了事。于是官员们在沿站滋扰以外，连带也成为掳人勒赎的强盗。这一点，官员们久已视为他们应有的特权。在宽大的政体之下，没有人敢于侵犯他们底特权，以至引起自身底不利。
直到万历三年，居正提出整顿驿递的计划：
凡官员人等非奉公差，不许借行勘合；非系军务，不许擅用金鼓旗号。虽系公差人员，若轿扛夫马过溢本数者，不问是何衙门，俱不许应付。抚、按有违明旨，不行清查，兵部该科指实参治。若部、科相率欺隐，一体治罪。
抚、按、司、府各衙门所属官员，不许托故远行参谒，经扰驿递；违者抚、按参究。
有驿州、县，过往使客，该驿供送应得廪粮蔬莱，州、县止送油烛柴炭，不许重送下程纸札，如有借此科敛者，听抚、按官参究。
凡经过官员有勘合者，夫马中火，止令驿递应付，有司不许擅派里甲。其州、县、司、府