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第一件要实行的，还是清丈的事，这是一件有关当时国计民生的大事，自从五年提议以后，到六年才实行，又因为原案有限三载竣事的规定，清丈的大事，在不慌不忙的状态中继续前进；大家对于实行开始的时间，反而有些茫昧了。居正死后，敬修作《文忠公行实》说起在劳堪为福建巡抚实行度田以后，居正才和张四维、申时行、张学颜等上疏提议清丈。其实这是错的。清丈固然从福建开始，但是在耿定向的时期，不在劳堪的时期。六年定向为福建巡抚，八年始去，劳堪继任，中间便差了两年。居正曾和定向说起：丈田一事，按之人情，必云不便，但此中未闻有阻议者，或有之，亦不敢闻之于仆耳。“苟利社稷，死生以之，”仆比来唯守此二言，虽以此蒙垢致怨，而于国家实为少裨，愿公之自信，而无畏于浮言也。（书牍十一《答福建巡抚耿楚侗谈王霸之辩》）
同卷又与定向言及“丈地亩，清浮粮，为闽人立经久计，须详细精核，不宜草草。”（答福建巡抚耿楚侗》）这是万历七年之事。
到万历九年，限期将满，照例给事中可以按限彻查，指名提劾；但是居正还是吩咐各省慎重将事，一面叮嘱科臣从缓提劾。他屡次说起：清丈之议，在小民实被其惠，而于官豪之家，殊为未便。况齐俗最称顽梗，今仗公威重，业已就绪，但恐代者，或意见不同，摇于众论，则良法终不可行，有初鲜终，殊可惜也。今虽借重冬曹，愿公少需，以毕此举，慰主上子惠元元之心。（书牍十三《答山东巡抚何来山》）
清丈事，实百年旷举，宜及仆在位，务为一了百当，若但草草了事，可惜此时徒为虚文耳。已属该部、科有违限者，俱不查参，使诸公得便宜从事。昨杨二山公书，谓此事只宜论当否，不必论迟速，诚格言也。（同卷《答山东巡抚何来山》）
临川丈田事，偶有闻，即以告，今事己竣，法无阻滞，则其人亦不必深究矣。此举实均天下大政，然积弊丛冠之余，非精核详审，末能妥当。诸公宜及仆在位，做个一了百当，不宜草草速完也。前已属该科老成查参，将此件不必入参，正欲其从容求精耳。江右事已就理，独五县未完，谅数月之内，即可了结，俟通完之后，具奏未晚。人旋，贱恙尚未全愈，力此草草，统惟鉴存。（同卷《答江西巡抚王又池》）
万历九年九月，居正抱病，答王宗载（即王又池）书，大致在九月以后，江西全省清丈通完具奏，大致已在十年之初，不及半年，居正即逝世了。居正对于清丈之事，屡称宜及自己在位，做个一了百当，这里流露他对于此事的热心，同时也流露内阁其他诸人对此的缺乏认识。当他把考成法搁置，吩咐科臣不必提参的时候，我们很可看出他对于此事寄与最大的期望。
孟子说过，“夫仁政必自经界始”，在田亩没有清丈以前，人民底负担不能公允，便是最大的不平。居正认为“小民实被其惠”，认为“慰主上子惠元元之心”，确是不错，但是这一次的清丈，和弘治十五年的清丈一样，还是一次失败。
居正对于清丈，曾经发动政治力量，但是结果没有成功，最大的原因，还是当时的官吏，对于政治的认识不够。有的主张只和旧额一样，无须多报；有的看到清丈条例对于田地，有分列上、中、下三等的规定，索性一例填报下田，认为清丈是一种爱民的政策，不当填报上田，以致加重民众的负担。（息县知县鹿久徵事，见《明纪》卷四十）这些官吏在当时都认为是爱民的好官，而居正所得的声名是“掊克”，是“以溢额为功”，再加以嘉靖间计算数字底错误，于是误认弘治十五年清丈只有四百余万顷，万历六年清丈，得七百零一万三千九百七十六顷，三百万顷底增加，证实居正底掊克。数字的错误，更增加他底罪状。
其实这一年比弘治十五年的数字，只增加八十一万顷，而比之洪武二十六年清丈的数字，即连后开的云南、贵州在内，尚差一百四十九万顷，这又算什么“掊克”呢？民间的田地，逐年集中到勋爵、官吏和大地主底手里，大地主又倚仗他们的社会地位，对于国家逃避赋税的负担，以致造成国穷民困的现象。居正原有的计划，是要大地主同样尽国民底义务，他自认“于官豪之家，殊多未便，”其故在此。
假如我们把万历六年清丈的成绩，加以分析，我们更可看出这里没有什么“掊克”底气息。万历六年的数字，比之弘治十五年的数字，在总数上，固然增加了，但是十三省中，增加的只有七省，减少的也有六省；南、北两京直隶二十八府、州之中，增加的只有十六府、州，如故的两州，减少的也有十府、州：可见居正没有“以溢额为功”的成见，否则在他大权在握的时候，决没有这许多敢和居正抵抗的地方长官。其次如福建巡抚耿定向、劳堪，江西巡抚王宗载，算是和居正接近的了，居正对于福建、江西两省的清丈，也显见特别关心，但是这一次清丈底结果，福建从十三万五千余顷，减到十三万四千余顷，江西从四十万二千余顷，减至四十万一千余顷，差额固然是很小，但是差额究竟是差额，证实居正没有“掊克”的存心。至如苏州田土从一十五万五千余顷，减至九万二千余顷；更是很大的差额。
这次清丈之后，田额增加最大的是北京府、州，河南和山东三处；全国增加八十一万顷，单这三处，便增加五十一万余顷。弘治十五年，清丈北京十府、州，共计田土二十六万九千余顷，现在是四十九万三千余顷；河南旧系四十一万六千余顷，现在是七十四万一千余顷；山东旧系五十四万二千余顷，现在是六十一万七千余顷。除这三处以外，广东旧系七万二千余顷，现在增至二十五万六千余顷，也是一个很大的数字，在百分比上更加显著。
广东方面，主要的还是“治安”问题。中央力量加强，地方秩序良好，担负赋税的民众和田土，当然会逐渐增加，事情本来简单。北京、山东、河南，都是畿辅之地，除去建文年间，曾经发生一度的内战，以及长城一带，偶然遭受敌人底破坏以外，从开国以来，始终保持良好的秩序，现在的增加，当然与“治安”无关。那么这是怎样的呢？
北京、山东、河南都是辎辅，三处的田土，不断地被勋戚、权贵吸收了，一经集中以后，他们提出许多似是而非的理由，躲避纳税的义务。居正底政策，是要打击他们底特权，使他们对于国家，有同样的负担。阳武侯便是一个好例。成祖时代，薛禄从征有功封侯，传到万历年间，已是第七代了，除了公田以外，还有自置田土，是否应当纳税，这是一个问题。居正决然地说：承询阳武优免事，查律、功臣家除拨赐公田外。但有田土，尽数报官，纳粮当差。是功臣田土，系钦赐者，粮且不纳，而况于差？锡之土田，恩数已渥，岂文武官论品优免者可比？若自置田土，自当与齐民一体办纳粮差，不在优免之数也。近据南直隶册开诸勋臣地土，除赐田外，其余尽数查出，不准优免，似与律意相合。幸惟尊裁。（书牍十三《答山东巡抚杨本庵》）
万历六年清丈，除云南、贵州因系新辟地方本应增加，及陕西、四川和南京所属八府、州所加无多，不待研讨外，其余河南、山东、广东三省，和北京所属八府，共增七十万顷，占去增加额的百分之八十九。居正从政令不易贯彻的广东，夺获担负国税的田土，这一点也许人还了解；但是他从勋贵盘据的畿辅，夺回担负国税的田土，便引起莫大的物议。他们不说他得罪勋贵，而说他掊克小民；正和他在沙汰生员的时候，一般人不说他整顿学政，而怀疑他得罪圣贤一样。孟子说：“为政不难，不得罪于巨室：巨室之所慕，一国慕之；一国之所慕，天下慕之。”在一般人民觉悟没有提高的时候，他们对于大地主阶级的危害，认识不够，甚至还会受到大地主阶级的利用。张居正主张清丈，和大地主阶级的利益，直接发生冲突，他在身后，招致不少的诋毁，也许这也是一个原因。但是居正说过，“得失毁誉关头若打不破，天下事无一可为者。”（书牍十二《答南学院李公》）居正对于一般的毁誉，根本不曾放在心上。
居正抱定“苟利社稷，死生以之”；这一次的清丈，无意中代表一个政治上的基本要求，——全国人民，对于国家的义务，要求公允的负担。但是事实上的成绩还是很小，畿辅的田土，比之弘治十五年，固然增加不少，但是比之洪武二十六年的清丈，北平五十八万二千余顷，山东七十二万四千余顷，河南一百四十四万九千余顷，其实只剩百分之六十七。其余的百分之三十三，依然在勋戚权贵手里，居正无如之何。二百年来积累的政治势力，在当时不是片时可以铲除的事物。
万历六年十二月，命纂宗藩事例。明朝的宗室滋生太繁，成为国家底大害。嘉靖四十四年，纂定《宗藩条例》，对于宗室，大加裁损，减少国家支出，当然是一种补偏救弊的方策。但是减削太甚，立法太严，出乎情理之外的条例，徒然增加执行的困难，于事实无所裨益。居正列举九条未妥的地方，他说：夫令所以布信，数易则疑，法所以防奸，二、三则玩。现今该部处置宗藩事情，悉用此为准，因时救弊，似亦未为大害，但欲勒成简册，昭示将来，则必考求国体，审察人情，上不亏展亲睦族之仁，下不失酌盈剂虚之术，使情法允协，裒益适宜，乃足为经常可久之规，垂万世不刊之典。（奏疏八《请裁定宗藩事例疏》）
万历七年正月诏毁天下书院，自应天府已下，凡六十四处，明朝讲学的风气甚盛，上自达官贵人，下至诸生布衣，到处召集徒众，号称讲学。所讲的最初是圣经贤传，以后转到明心见性，这还是好的；有的成为一哄之市，书院讲学只增加号召徒众的机会；最下的甚至借此敛财，斯文扫地。居正在万历六年就说：“若今之谈学者，则利而已矣，乌足道哉？”（书牍十《答郑藩伯》）这里已经透露他鄙视讲学的意见。次年他又说起：吾所恶者，恶紫之夺朱也，莠之乱苗也，郑声之乱雅也，作伪之乱学也。夫学乃吾人本分内事，不可须臾离者。言喜道学者妄也；言不喜者亦妄也；于中横计去取，言不宜有不喜道学者之名，又妄之妄也。以指喻指之非指，不若以非指喻指之非指也；以马喻马之非马，不若以非马喻马之非马也。言不宜不喜道学之为学，不若离是非，绝取舍，而直认本真之为学也。孔子自言，人不如己之好学。三千之徒，日闻其论说，而独以好学归之颜子。今不谷亦妄自称曰，凡今之人，不如正之实好学者矣。承教，敢直吐其愚，幸惟鉴亮。（书牍十一《答宪长周友山讲学》）
同卷居正又有《与友山论学书》自称“不谷生平，于学未有闻，惟是信心任真，求本元一念，则诚自信而不疑者。”居正论学，直认本真，这是在阳明学派的空气中所得的认识，但是居正不爱空谈，欲求实际。他说：“今人妄谓孤不喜讲学者，实为大诬。孤今所以上佐明主者，何有一语一事，背于尧、舜、周、孔之道？但孤所为，皆欲身体力行，以是虚谈者无容耳。”（书牍十《答宪长周友山明讲学》）在这个情形之下，居正对于讲学，当然只觉得空言无补，徒资叫嚣。万历七年罢天下书院，是从这一点出发的。
万历六、七年间，藏僧锁南坚错致书居正，居正答谢；在对藏交通上，是一件有兴趣的文件。此事的关节，却在俺答。万历六年，俺答纠合青把都一部，大队西行，当时盛传土蛮部下，同时出发，声势浩大。北边顿时感觉紧张。居正一面吩咐宣大总督吴兑劝导俺答，早日回巢，一面吩咐三边总督郜光先，甘肃巡抚侯东莱，妥为布置。俺答到了甘肃境外，遇到瓦刺部下，吃了一个败仗，但是依然直到青海，见过活佛。在这次遇面以后，俺答上书，请求中国代为建寺供佛，御赐名额；同时又代西藏僧人，请求补贡。“补贡”二宇，当然只是译文底好看，其实是请求增加对藏贸易额，俾西藏得到需要的资源。时间已经是万历七年了。居正底策略，是在可能的情形下面，酌量许可，但是决不给他要挟的机会。建寺供佛，是可以的，但是朝廷只能资助物料，谈不到代为兴建。居正对于鞑靼的控制，始终不曾疏忽。
六年十二月，甘肃巡抚侯东莱，差人把锁南坚错底书信寄来了，原书是西藏文，译文如次：
释迦摩尼比丘锁南坚错贤吉祥，合掌顶礼朝廷钦封干大国事阁下张：知道你的名显如日月。天下皆知有你，身体甚好。我保祐循皇上，昼夜念经。有甘州二堂地方上，我到城中，为地方事，先与朝廷进本。马匹物件到了，我和阐化王执事赏赐，乞照以前好例与我。与皇上和大臣昼夜念经，祝赞天下太平，是我的好心。压书礼物：四臂观世音一尊、氆氇二段、金刚结子一方。有阁下分付顺义王早早回家，我就分付他回去。虎年十二月初头写。（见奏疏八《番夷求贡疏》）
这封书到达以后，居正具奏，已经是万历七年了。他说：
臣看得乌思藏僧人锁南坚错，即虏酋俺答所称活佛者也。去年虏酋西行，以迎见活佛为名，实欲西抢瓦刺。比时臣窃料虏酋此行必致败衄，待其既败而后抚之，则彼之感德愈深，而款贡乃可坚久，乃授策边臣，使之随宜操纵，因机劝诱，阴修内治，以待其变。今闻套虏连遭丧败，俺答部下番夷悉皆离叛，势甚穷蹙，遂托言活佛教以作善戒杀，阻其西掠，劝之回巢；又因而连合西僧向风慕义，交臂请贡，献琛来王。自此虏款必当益坚，边患可以永息，此皆天地祖宗洪庇，皇上威德所及，而臣以浅薄，谬当枢轴，躬逢太平有道之盛，诚不胜欣庆，不胜仰戴。（奏疏八《番夷求贡疏》）
疏中又称锁南坚错所致礼物，不敢私受，“仰乞圣明俯赐裁夺，敕下臣愚遵行，庶不孤远夷归向之诚，亦以见人臣不敢自专之义。”随奉圣旨：卿轴理勋献，宣播遐迩，戎狄咸宾，朕得以垂拱受成，深用嘉悦。览奏，具见忠慎，宜勉纳所馈，以慰远人向风慕义之诚。（《见前疏》）
据敬修《文忠公行实》，锁南坚错即阐化王答赖剌麻。敬修以阐化王与达赖喇嘛，并为一人，这是观念的混淆，居正本人对于其中的分别，看得清楚。《明史·西域传》记锁南坚错事，又言“由是中国亦知有活佛，此僧有异术，能服人，诸番莫不从其教。即大宝法王及阐化诸王，亦皆俯首称弟子，自是西方止知奉此僧，诸番王徒拥虚位，不复能施其号令矣。”大致作者认定锁南坚错即达赖喇嘛，亦知其与阐化王为二人。
居正虽知锁南坚错非阐化王，但是对于他在宗教上的地位，似乎不很清楚。他所注意的，只是锁南坚错底政治作用。他和侯东莱说：�