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神宗得疏以后，御批“览卿所奏，具见忠爱，依拟行”。同时孙德秀、温泰、周海奉旨降三级，私家闲住，永不叙用，其司礼监及管事牌子等都着自陈。
这一次是一个小小的斗争。在这个斗争里，神宗在一边，李太后、冯保、张居正在一边。斗争底结果，神宗失败了，罪己手诏，只能增加失败者底惭愤，成为日后报复底张本。冯保利用自陈底机会，在宫廷内可以逐渐排斥异己。居正直言干涉皇上宫壸起居等事，权限非常扩大，久已超越大学士票拟谕旨的本分。一切的政局，正在转变的当中，直到万历十年居正死后，再来一次清算。
居正《清汰近习疏》底精神，完全是诸葛亮《出师表》底再现。居正底标准人物是伊尹、周公、诸葛亮。他当国十年的成绩，也处处摸拟三人，但是居正忘去了神宗不是太甲、成王、后主。关于太甲、成王的故事，因为古史方面的问题纠缠太多，姑不置论。后主底个性，在历史上留下不可磨灭的印象。他是一个平庸到无可奈何的人物，但是他知道自己平庸，一切都听诸葛亮指挥。诸葛亮死了，他秉承诸葛亮底遗言，用蒋琬、费祎、姜维。他没有主张，因此他也不作主张。蜀汉以全未开发的一隅之地，和中原抗衡四十年，委实不能说不是后主知人善任的成绩。神宗是另外一个形态的人物。神宗聪明，有主张，有决断，但是同时也是颓废，好利，不知上进。居正当国的时候，国势蒸蒸日上，但是居正殁后，神宗不能再用第一流的人物，申时行底才具，不是没有，但是在那个环境之下，只能优柔便辟，采取明哲保身的途径。后来明朝亡国之祸，其实都在神宗时代撒下种子。居正把神宗当后主看，这是居正认识的错误。我们把诸葛瞻底任用，和张敬修底自杀相比而论，便会知道认识错误，真是一个可怕的事件。
神宗罪己手诏既下以后，居正意识到他底放荡，完全是闲极无聊的结果，所以利用反省的时机，请求敷陈谟烈。他说：
先该臣等面奏，皇上春秋鼎盛，宜省览章奏，讲究治理，于字书、小学，不必求工，以后日讲，请暂免进字，容臣等将诸司题奏，紧要事情，至御前讲解，面请裁决。伏奉谕旨，臣等钦遵举行外，但数月以来，应奏事件，与日讲之期，多不相值，或系常行细务，又不敢烦凟圣聪，即恭侍讲读，须臾而毕，拱默而退，不得供奉燕闲，从容陈说，虽欲竭悃款之愚，效献替之益，其道无繇，非臣等面请奏事之初意也。顷奉圣谕，责臣等以尽心辅导，臣等夙夜思惟，图所以仰承德意，启沃圣心者，窃以为远稽古训，不若近事之可征，上嘉先王，不如家法之易守。昔伊尹、周公，矢漠作诰，撮其大指，不过两言：曰“明言烈祖之成德”，曰“觐扬文武之光烈”而已。唐宪宗读《贞观政要》竦慕不能终卷，宋仁宗命侍臣读《三朝宝训》及《祖宗圣政录》：前史书之，皆为盛事，良以羹墙如见，自不忘继志之事，耳目既真，又足为持循之地，守成业而致圣治，莫要于此。仰惟我二祖开创洪业，列圣纂绍丕图，奎章睿谟，则载之宝训，神功骏烈，则纪之实录，其意义精深，规模宏远，枢机周慎，品式详明，足以迈三、五之登闳，垂万亿之统绪，此正近事之可征，家法之易守者也。夫皇上所践者祖宗之宝位，所临者祖宗之臣民，所抚驭者祖宗之舆图，所凭借者祖宗之威德，则今日之保泰持盈，兴化致理，岂必他有所慕，称上古久远之事哉？惟在皇上监于成宪，能自得师而已矣。（奏疏九《请敷陈谟烈以裨圣学疏》）
居正吩咐翰林院诸臣，就列朝宝训、实录，撰为《谟训类编》。共分四十款，排日进讲。他底心理还是隆庆六年十二月进《帝鉴图说》的心理。疏中又言“但使工夫接续，时日从容，自可以开发聪明，亦因以练习政事。伏望皇上留神听览，黾勉力行，视训录之在前，如祖宗之在上，念念警惕，事事率由，且诵法有常，缉熙无间，即燕息深宫之日，犹出御讲幄之时，则圣德愈进于高明，圣治益跻于光大，而臣等区区芹曝之忠，亦庶几少效万分之一矣‘。
万历九年正月初五日，神宗在文华殿斋宿，这一天大风来了，黄尘蔽天，神宗吩咐文书官和居正说：“今日风气不详，恐有边事，与先生说，可申饬边臣，加意警备。”居正听到以后，立刻传谕边镇，准备应付。
一直到现在，北方的边事还时时萦绕君臣的怀抱。比较松一点的是河套。在那里的鞑靼已经衰弱，正如居正在万历八年和三边总督郜光先所说的“精兵健马，消耗过半，东借助于顺义不获，西修怨于瓦刺不能，其衰弱无能为之状亦见矣”。（书牍四《答三边总督》）
最成为威胁的是土蛮。土蛮向东可以进攻辽东，向南可以进攻蓟州，所以双方都时时在警戒的当中。辽东的李成梁，和土蛮交战几次，在战事方面有相当的把握。蓟州的戚继光，正以威名太大，土蛮远去，因此没有立功的机会。万历八年秋间，传闻土蛮南下，居正连忙去信说起：前顺义部下酋长，密报土蛮入犯消息，即驰语蓟辽军门戒备，数日以来，警息沓至，西虏所报不虚矣。不谷料此贼必窥滦东。今日之事，但当以拒守为主，贼不得入，即为上功，蓟门无事，则足下之事已毕，援辽非其所急也。贼若得入，则合诸路之兵坚壁以待之，毋轻与战。我兵不动，贼亦不敢开营散抢，待之数日，贼气衰堕，然后微示利以诱之，乘其乱而击之，庶万全而有功。足下经营蓟事十年，今乃得一当单于，勉之勉之。辱示以破虏为己任，具见许国之忠，但古之论战者，亦不全恃甲兵精锐，尤贵将士辑和，和则一可当百，不和虽有众弗能用也。窃闻北人积谈于南兵久矣，今见敌则必推之使先，胜则欲分其功，败则必不相救，则足下之士，能战者无几耳。军情乖离，人自为心，鼓之而弗进，禁之而弗止，虽有严刑峻法，将安所施？羊羹之事，可为明戒，足下宜深思之！时时查军情向背，布大公，昭大信，毋信谗言，毋徇私情，毋以喜行赏，毋以怒用罚，部署诸将，宜以食多而养厚者当先，毋令失职怨望者当剧处。虚心受善，慎毋偏听，察军中如有隐郁，亟与宣达。平日号令，如有未妥，不妨改图。士卒毋分南北，一体煦育而拊循之，与最下者同甘苦，务使指臂相使，万众一心，知爱护主将如卫头目，则不待两军相遇，而决胜之机在我矣。如是，乃可以一战望成功也。惟足下豫图之。不谷平生料事，往往幸中，凡所与足下言者，须句句体认，不可忽也。（书牍十二《答总兵戚南塘授击土蛮之策》）
鞑靼诸部之中，势力最大的当然是俺答。自从俺答封为顺义壬以后，实际上成为朝廷底附庸，接受朝廷底命令，约束部下。但是俺答对于部下，时时感觉不易驾驭。俺答底长子黄台吉，便是一个不易驾驭的人。大致是万历八年吧，黄台吉看见土蛮出兵虏掠，羡慕的了不得。他坦白地和父亲说，自己准备向朝廷开战。
“宣大是我买卖地方，汝不可胡做，别处我亦不管，”俺答说。除黄台吉外，其次是青台吉。他是老把都底儿于，俺答底侄儿。青台吉和土蛮取得联络，因此在北边成为威胁，居正对他，永远不能放心。
在俺答精力充沛的时候，当然他可以统制一切，但是现在俺答病了，黄台吉、青台吉这两位同堂兄弟，益发不受约束。居正还忧虑到俺答身后，部下分裂，固然不易统制，倘使完全为土蛮吸收，更成为朝廷底大害。八年、九年之间，来往于居正胸中的便是这许多问题。在书牍中一一可指。
辱示虏情，一一领悉。顺义病既狼狈，岂能复起？土蛮素无远略，且与西部不睦，岂肯为之勤兵报怨？切尽（即切尽台吉、俺答侄孙。）之请，亦必不能成，虏势穷蹙可见矣。顺义一故，变态百出，顾吾所以应之何如？此事当劳公经画，然拓土开疆，安边服远，亦在于此。今宜事事设备，预为之图，以待其变可也。（同卷《答宣府总督郑范溪》。按即郑洛。）
近得西部消息，言顺义病已沈锢，部下酋长，各自为心。此酋死，虏中当大乱，恐土酋将乘其敝，诸制御方略，愿公预图之，预练兵积食，密于自治，以待其变耳。（同卷《答宣府张巡抚》。按即张佳胤。）
黄酋桀骜，殊为可恶，然闻此酋素狂躁无礼，倏忽喜怒。彼见其父病中，与之修好，遂炰烋妄言，然非有谋画素定也，但安静以驭之，严备以待之，毋轻徇其请，毋激致其怒，彼计沮气衰，将自敛矣。近闻已就羁绁，入市有日，未知究竟何如。（同卷《答大同巡抚贾春宇》）
两奉华翰，一言顺义求讨，一言黄酋桀骜，详观来文与公回谕，悉与鄙见悬合，敬服。黄酋狂躁，反复不常，乃其故态，其言作反，未必实有此谋，但虚吓耳。惟安静以处之，严备以待之，久之计沮气衰，伎俩已尽，自当入苙矣。彼不来市，我亦省费，不必责其来补，但移书顺义责以负约，使屈在彼。彼敢来犯，即简锐击之，若不来犯，亦不必往讨也。（同卷《答宣大巡抚郑范溪》。按题衔误。）
黄酋孤穷之虏，无马可市，但肆言恐吓，欲白骗耳。今既稍有所获，来市恐未有期。其市不市，亦无足为轻重，不必固要之，中彼要挟之计。然此虏轻躁寡谋，骄盈已极，若以计图之，亦可获也。（同卷《答大同巡抚贾春宇》）
黄酋近闻已赴西市，惟镇静以处之。彼之伎俩有尽，终当入苙也。差人回，渠有何说？若只寻常进赏之言，惟付之不问耳。上酋已入辽左，蓟门亦甚戒严，西酋诸部，皆有随行者。闻顺义夙疾又发，冬春之间，恐难起也。（同卷《答蓟辽总督张崌崃》。按崌崃即佳胤，题衔误。）
以上都是万历九年正月以前的事。经过正月初五神宗传诏警戒以后，各边巡视更加吃紧，郑洛在边界上获到黄台吉部众，居正立即和郑洛说：黄酋部众作贼，我所擒者，系被至亲，谅所欲得者，且勿轻与之，待顺义罚处如约，另立誓词，将往年横索等项，一一改图，然后遣之。前奉圣谕，方以边事为念，会华翰至，即封上御览，以见公筹边之功。此后如有重大虏情，密示于仆者，宜具衔禀报，当即以原帖奉奏也。（同卷《答宣大巡抚郑范溪传备边》。按题衔误。）
青台吉对于中国表示服从，但是其弟满五大仍和土蛮勾结，土蛮入犯辽东的队伍中，时时有青台吉底部属。因此居正对青台吉，不能放心，但是他主张交付俺答，增加俺答底责任，便是增加朝廷底威信。居正和张佳胤屡次说过：来谕谓战可恃而后和可坚，最为得策。惟公著实行之，不徒为目前支吾之计，边圉幸甚。青酋东行祭神，亦往年常事，但载甲以行，委属可疑，已行该镇防备。（同卷《答蓟辽总督张崌崃》。按题衔误。）
青酋既认二弟东犯，亦见畏顺，俟其回巢，罚处为当。然此酋与东虏合从，不独今岁为然，今虽罚惩，恐亦不能终禁，此后但责令探得东虏作贼的耗，即飞报我知，使我得准备，亦足以明彼心迹。即去秋土蛮入辽左，其中亦岂无贡市之夷，幸大同、山西于市场上侦得消息，密以告仆，即夙戒蓟辽，整旅以待，故无大失，然亦未曾深究西虏也。（同前）
辱示，青酋既有罚处二弟之意，宜就机告于顺义处之。黄酋之不直东虏，岂是忠心？彼盖亦欲效东虏所为，顺义所制不得肆，见东虏东掠西市，两利并获，故不平于心耳。……公所谕其来使，词严义正，足以尊朝廷之体，消逆乱之萌，须著落顺义处之。彼虽老，素为诸部所畏也。鄙意初谓不必奏闻，后思其事关系颇重，似非诸公所能自了者，待计划已定，期于必遂，乃以上闻可也。然犬羊无信，惟利是趋，即经此处分，他日亦不能缚其手足。此后宜责令侦得东部约从消息，即飞报我知，在彼得阳明其心迹，在我得阴为之备。即今秋土蛮纠众犯辽，其中亦有西虏，幸贾大同、（大同巡抚贾应元，即春宇）高山西（山西巡抚高文荐）于贡市时，得些消息，走报于我，即夙儆该镇，预为之备，故虏虽众，而在我无失。比者宁前虏原不多，而在我反有损折，此其豫与不豫相远矣。近得郑公书，只云青酋部众东犯之事，未审虚的。此言过矣！夫虏犬羊也，能保其不变乎？蓟镇属夷，岁岁人贡，亦岁岁作贼，辽人不能归咎于蓟镇，岂能责望于宣大乎？夷情多变，推在随宜审处之耳。（同上）
九年正月，推行一条编法，同时下令裁减诸司冗官，及各省司、府、州、县官凡一百六十余员。居正在大政方面，还是著著不懈地进行。同时期里，神宗底心绪，也似乎安定下来了。居正奏请用翰林官更番侍直，他说：臣等伏睹皇上近日以来，留神翰墨，一切嬉游无益之事，悉屏去不御，仰惟圣学该洽，睿志清明，臣等不胜庆忭。夫人主一心，乃万化从出之原，亦众欲交攻之会，必使常有所系，弗纳于邪，然后纵逸之念不萌，而引诱之奸不入。故虽笔札小技，非君德治道所关，而燕闲游息之时，借以调适性情，收敛心志，亦不悖于孔氏游艺博文之指，比之珍奇玩好，驰骋放佚之娱，则相去远甚，未必非皇上进德养心之一助也。但臣等窃见前代好文之主，皆有文学之臣，载笔操觚，奉侍清燕�