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嘉靖二十六年，居正授庶吉士。名义上，庶吉士只是一种学习的官员，在翰林院中称为馆选，三年期满，称为散馆，凡是二甲进士及第的，例赐编修。所以二十八年居正是翰林院编修了，还是一个清衔，没有实际的政务。这一年，他有《论时政疏》，（奏疏十二）首指臃肿痿痹之病五，继陈血气壅閼之病一。他说：其大者曰宗室骄恣，曰庶官疾旷，曰吏治因循，曰边备未修，曰财用大亏，其他为圣明之累者，不可以悉举，而五者乃其尤大较著者也。臣闻今之宗室，古之侯王，其所好尚，皆百姓之观瞻，风俗之移易所系。臣伏睹祖训，观国朝之所以待宗室者，亲礼甚隆，而防范亦密。乃今一、二宗藩，不思师法祖训，制节谨度，以承天休，而舍侯王之尊，竞求真人之号，招集方术通逃之人，惑民耳目。斯皆外求亲媚于主上，以张其势，而内实奸贪淫虐，陵轹有司，朘刻小民，以纵其欲。今河南抚臣又见告矣。不早少创之，使屡得志，臣恐四方守臣无复能行其志。而尾大之势成，臣愚以为非细故也。所谓宗室骄恣者此也。臣闻才者材也，养之贵素，使之贵器。养之素则不乏，使之器则得宜。古者一官必有数人堪此任者，是以代匮承乏，不旷天工。今国家于人材，素未尝留意以蓄养之，而使之又不当其器，一言议及，辄见逐去，及至缺乏，又不得已，轮资逐格而叙进之，所进或颇不逮所去。今朝廷济济，虽不可谓无人，然亦岂无抱异才而隐伏者乎，亦岂无罹玷用而永废者乎？臣愚以为诸非贪婪至无行者，尽可随才任使，效一节之用。况又有卓卓可录者，而皆使之槁项黄馘，以终其身，甚可惜也，吏安得不乏！所谓庶官瘝旷者此也。守令者亲民之吏也，守令之贤否，监司廉之，监司之取舍，铨衡参之，国朝之制，不可谓不周悉矣。迩来考课不严，名实不核，守令之于监司，奔走承顺而已，簿书期会为急务，承望风旨为精敏，监司以是课其贤否，上之铨衡，铨衡又不深察，惟监司之为据，至或举劾参差，毁誉不定，贿多者阶崇，巧宦者秩进。语曰：“何以礼义为？才多而光荣；何以谨慎为？勇猛而临官。”以此成风，正直之道塞，势利之俗成，民之利病，俗之污隆，孰有留意于此者乎？所谓吏治因循者此也。夷狄之患，虽自古有之，然守备素具，外侮不能侵也。今“虏”骄日久，还来尤甚，或当宣大，或入内地，小入则小利，大入则大利。边圉之臣皆务一切，幸而不为大害，则欣然而喜，无复有为万世之利，建难胜之策者。顷者陛下赫然发奋，激厉将士，云中之战，遂大克捷，此振作之效也。然法日：“无恃其不来，恃吾有以待之。”乘战胜之气，为豫防之图，在此时矣，而迄于无闻。所谓边备未修者此也。天地生财，自有定数，取之有制，用之有节，则裕；取之无制，用之不节，则乏。今国赋所出，仰给东南，然民力有限，应办无穷，而王朝之费，又数十倍于国初之时，大官之供，岁累巨万，中贵征索，溪壑难盈，司农屡屡告乏。夫以天下奉一人之身，虽至过费，何遂空乏乎？则所以耗之者，非一端故也。语日：“三寸之管而无当，不可满也。”今天下非特三寸而已。所谓财用大匮者此也。五者之弊非一日矣，然臣以为此特臃肿痿痹之病耳，非大患也，如使一身之中，血气升降而流通，则此数者可以一治而愈。夫惟有所壅闭而不通，则虽有针石药物无所用。伏愿陛下览否泰之原，通上下之志，广开献纳之门，亲近辅弼之臣，使群臣百寮皆得一望清光而通其思虑，君臣之际晓然无所关格，然后以此五者分职而责成之，则人人思效其所长，而积弊除矣，何五者之足患乎？
在居正奏疏中，这是初次，也许在世宗一朝，除了例行章疏以外，居正上疏，也只有这一次。这里充分地表现居正底政治才能。他看定当时政治的症结，应当说的已经说了，然而没有得罪世宗，也没有得罪严嵩。这便和杨继盛、海瑞不同。杨继盛攻击仇鸾，攻击严嵩；海瑞攻击世宗：从直言极谏底立场看来，当然没有丝毫的遗憾，但是在事实方面，继盛所得的是弃市，海瑞所得的是下狱，这是居正所不愿为的事。蜗牛底触角伸出了，但是觉得空气不利，终于还是收回，居正只是再埋头于朝章国故的探索，对于时政，便不更置一辞。
嘉靖二十八年居正上疏的时候，才二十五岁，我们因此遥想到汉文帝时一个二十余岁的洛阳少年。然而居正究竟不如贾谊。贾谊《治安策》论众建诸侯以遏乱萌，这是汉代政局的对策，但是在明世宗的时候，要说宗室骄恣，真是太可怜了。武宗的时候，亲藩造反确有两次，但是即以宁王宸濠那样的声势，也是不久即灭，亲藩底威力，已经过去了，其实没有什么尾大不掉之势。在这个时期里，世宗正在崇奉道教，于是徽王厚爝也奉道，世宗封他太清辅元宣化真人；辽王宪【火节】也奉道，世宗封他清微忠教真人。这只是讨皇帝欢喜的一种可怜相，还有什么远大的志趣呢？也许居正念念不忘宪【火节】，在这个机会里，给他放一枝冷箭，但是他却忘去关于宗藩的一个大问题。明代宗藩的问题是宗禄。太祖二十六子，除懿文太子外，其余皆封王，王底长子当然也是王，其余便封郡王，如是一代一代地递降，除长子袭封以外，便有镇国将军、辅国将军、奉国将军、镇国中尉、辅国中尉、奉国中尉。王和郡王底女儿是公主、郡主，递降还有县主、郡君、县君、乡君。公主底丈夫是驸马，郡主以至乡君底丈夫是仪宾。这一切人都有岁禄，从王底一万石到乡君及仪宾底二百石，单单一个王府底岁禄，已经是非常骇人。而自成祖以后，每经过一个皇帝，当然又要添若干王府。在宗室媵妾没有限制的时侯，他们底子女，也没有限制。太祖二十六子、十六女，已经是很大的数目，但是晋府庆成王奇浈便有子七十人，虽然没有打破田常七十余男的多子记录，比太祖已经多出三倍。一切王、郡王、将军、中尉，真把整个的国家吃穷了。直到嘉靖四十一年，御史林润才指出“天下之事极弊而大可虑者，莫甚于宗藩禄廪。天下岁供京师粮四百万石，而诸府禄米凡八百五十三万石。以山西言，存留百五十二万石，而宗禄二百十二万。以河南言，存留八十四万三千石，而宗禄百九十二万。是二省之粮，借令全输，不足供禄米之半，况吏禄、军饷皆出其中乎？故自郡王以上，犹得厚享，将军以上，（字应作下，《明史·食货志》引作上）多不能自存。饥寒困辱，势所必至，常号呼道路，聚诟有司，守土之臣，每惧生变。夫赋不可增，而宗室日益蕃衍，可不为寒心？宜令大臣科道集议于朝，且谕诸王以势穷弊极，不得不通变之意，令户部会计赋额，以十年为率，通计兵荒蠲免存留及王府增封之数，共陈善后良策，断自宸衷，以垂万世不易之规。”林润底见地，便比居正中肯了。以后神宗万历六年，居正奏定宗藩事例，在这方面，才建立了一些规模。
嘉靖二十八年三月庄敬太子死了，居正集中有《庄敬太子挽歌》。（诗三）但是这一件事留给居正的不是一首五律而是毕生的事业。世宗八子，五子早夭，成立的只有次子载壑、三于载垕、四子载圳。嘉靖十八年立载壑为太子，（《明史·庄敬太子传》误作嘉靖八年。）载垕为裕王，载圳为景王。十年以后，太子死了，谥为庄敬。这时当然是裕王晋封太子了，偏偏世宗认为册立太子是一件不吉利的事，所以无形地耽搁下来。当时得宠的道士陶仲文又提出二龙不能见面之说，皇帝是龙，太子当然是小龙，所以世宗索性不立太子，裕王、景王也看不到他们底父亲，从此裕王们便真真莫睹龙颜了。在太子的地位没有确定以前，裕王、景王成为急切的竞争者，幸亏他们都只是平庸到无可奈何的人物，所以宫庭以内，不曾演出流血的惨剧。这一件事直到嘉靖四十年，景王归藩，四十四年景王死去，才算告一段落。但是从二十八年到四十年的这个段落中，裕王底地位，实在是非常地不安。景王夺嫡的计划，在宫闱中已经是公开的事实。首辅严嵩对于裕王也是相当地冷淡。裕王应得的岁赐，一直拖欠了三年，自己当然不敢和父亲世宗提起，只得由左右先送银一千两给严嵩底儿子严世蕃，才能补发。可是严嵩对于裕王，还是不很放心。一天世蕃对裕王讲官高拱和陈以勤两人说：“听说裕王殿下对于家大人有些不愿意，是怎样一回事呀？”
这是一个霹雳。在世宗、裕王父子不得见面，严嵩在世宗面前说一听一的时候，要是严嵩感到裕王底威胁，一切的演变都不是意外。高拱正在设法移转世蕃底注意，以勤只是沉静地说：“国本久已决定了。裕王殿下底讳字，从后从土，明明是土地之主，这是皇上命名的意思。亲王讲官，旧例只有检讨，（见《明会典》）但是裕王讲官，兼用编修，和其余诸府不同，这是宰相底意思。殿下常说惟有首辅才算得社稷之臣，请问不愿意的话从何而来呀？”
这一席话，保全了裕王底地位。其后高拱、以勤入阁，都是因为裕邸讲官的关系。嘉靖四十三年居正为裕邸日讲官，其后隆庆元年，居正入阁，也是因为这个关系。
嘉靖二十九年正月大学士严嵩七十岁了，这正是他炙手可热的时候，居正有《寿严少师三十韵》。（诗六）从“握斗调元化，持衡佐上玄，声名悬日月，剑履逼星缠，补衮功无匹，垂衣任独专，风云神自合，鱼水契无前”几句，可以看出世宗对于严嵩信任之专。同篇“履盛心逾小，承恩貌益虔，神功归寂若，晚节更怡然”，也指明严嵩那一番谨慎小心的态度。直到这时，居正对于严嵩，还保持相当的好感。
这一年春间，居正曾经请假回江陵一次。《宜都县重修儒学记》：（文集九）“庚戌之春，余用侍从，请告归故郡”，可证。明弘治间规定两京给假官员，除往回水陆程外，许在家两个月。那时北京到江陵，交通困难，所以往回水陆程期再加在家两个月，居正回京的时候，已在秋间，因此有名的庚戌之变，居正大致恰巧看到。
嘉靖二十九年六月间，俺答寇大同，八月入蓟州，攻古北口，同时从黄榆沟溃墙入境。巡按顺天御史王忬出驻通州，调兵死守，一面向北京告急。本来从成祖初年，弃福余、泰宁、朵颜三卫以后，北京已经站在国防第一线了。蓟州失陷以后，敌人再从古北口取道通州进攻，对于北京，完成围攻的形势。北京原是明代第一个要塞，一切都是取的战时体制。成祖设京卫七十二，计军四十万，加以畿内八府军二十八万，中部大宁、山东、河南班军十六万，一共八十余万军队，当然不会感受任何的威胁。但是成祖底规模已经不在了，京军由三大营改为十二团营，再改为东西官厅，额军由三十八万再减为十四万，世宗初年京营额军只剩得十万七千余人。武备是一天一天的废弛了。等到俺答逼到近郊的时候，兵部尚书丁汝夔清查营伍，只有五、六万人。丁汝夔下令出城驻札，但是这一群残兵，一个个只是愁眉苦脸，长吁短叹。战争没有把握了，世宗才下诏勤王。第一个奉诏的，是大将军咸宁侯仇鸾，从大同带了大军二万入援，以后各地勤王军一共来了五、六万，总算有了一点声势。但是给养方面，没有什么办法，饿死的兵士，正是日常习见的事。俺答到了北京城下，仇鸾不敢开战，派人和他接洽，只要不攻城，什么条件都可以承认。俺答当然有他底要求，但是和清朝中世英国侵略者东来的故事一样，称为要求“入贡”。世宗召大学士严嵩、李本，和礼部尚书徐阶到西苑便殿，手持俺答求贡书，问他们底办法。
“这是一群饿贼，皇上用不到操心，”严嵩说。
徐阶郑重地说：“军队一直驻到北京城外，杀人和切草一样，不仅是饿贼了。”
世宗皇帝只是点首，一面问严嵩看到“求贡书”没有。严嵩也有一份，从衣袖里递出说：“求贡是礼部底事。”
“事是礼部底事，但是一切还请皇上作主，”徐阶说。
“本来是和你们商议的，”世宗说。
“敌人已经到了近郊，要开战，要守城，什么都没有准备，目前只有议和，但是惟恐将来要求无厌，这是困难，”徐阶底话逐渐地具体了。
“只要于国家有利，皮币珠玉都给得，”世宗慨然地说。
“只是皮币珠玉，事情便好办了，”徐阶说，“万一还不满意，怎样处分？”
世宗竦然地说，“卿可谓远虑。”
计划是决定了。徐阶主张，指出俺答底“求贡书”，是用汉文写的，日后不能做讨论底根据，而且也没有临城求贡之理，只要他开出长城，改用鞑靼文写，再由大同守将转达，一切可以商量。当然这是一个缓兵之计。日子拖长了，四方勤王的军队开到北京，朝廷便有决战的实力。日于拖长了，鞑靼的骑士，掳掠已多，俺答也失去决战的热情。终于有一天，俺答整顿辎重，作退却的准备。这时世宗正在接二连三地催促兵部作战。丁汝夔问严嵩，严嵩说北京和边疆不同，在边疆打了败仗，不妨报功，在北京近郊打败了，皇上没有不知道的，那时怎样办？严嵩决定等待俺答掳掠饱了，自己退出，可是世宗也决定趁此大变杀戮大臣，“振作纲纪”！俺答一退，丁汝夔立即下狱。汝夔向严嵩求救，严嵩肯定地说：“我在，你决定不会死。”然而世宗底决心，没有挽回的余地，严嵩也没有援救汝夔的意志。直到弃市的时候，汝夔才知道被严嵩出卖了。兵部尚书受讯，兵部底参谋长官——职方司郎中王尚学例当连坐，汝夔只说“罪在尚书一人，与郎中无预”，因此尚学免死远戍。汝夔还没有知道，临刑的时候，很关切地问左右道：“王郎中已经免死吗？”广王尚学底儿子王化在旁跪下道：“承尚书大恩，家大人免死了。”汝夔叹了一声道：“你底父亲屡次劝我速战，但是我为内阁所误，以至于此。现在你的父亲免死，我可以安心了。”丁汝夔底冤枉，是当时大众俱知的事，后来到了隆庆初年，才得追复原官。
经过这一次大变，居正认清了兵备是怎样地废弛，边备是怎样地重要，以及应付俺答的对策是怎样地急迫。他认清了严嵩误国卖友，对于严嵩，确是断念了。蜗牛底一个触角及时收回，但是另一个触角就趁此时伸出。他已经发见一个友人，这是他任庶吉士时底翰林院掌院学士，现任礼部尚书徐阶。在翰林院的名分上，徐阶是居正底老师，但是在政治立场上，他是居正底政友。他们间的友谊，一直维持到万历十年居正身殁为止。
徐阶，松江华亭人，短小白皙，一个典型的江南人。在政治上，他正是严嵩底敌手。严嵩柔佞，夏言刚愎，柔能克刚，所以夏言失败了。但是一味地柔佞，柔到和水一样，便唤不起信任。大难临头的时候，柔佞的人只是推卸责任，这样最容易引起轻视。徐阶不是这样。他不是钢铁，也不是水，他是一方橡皮。橡皮是柔的，遇到坚强的压力，能屈服，能退让，但是在压力减轻的时候，立即恢复原状。对于外来的力量，他是抵抗，但�