言”，龙济光答应后又不肯宣言北伐。
龙济光的反复无常，激起了肇庆军人及各地民军的极大愤慨，纷纷要求出兵驱逐龙济光。然而，梁启超“害怕破坏”的思想又旧病复发，认为起义是为拥护国法，而不是争权夺利，并表示只要龙济光宣布北伐，保留龙济光的都督地位是可以的。梁启超资产阶级的软弱性又一次在封建军阀面起流露了出来，他甚至亲赴广州，推行其错误主张，名曰“靠血诚去感动”龙济光。
5月5日，梁启超在李根源的伴随下前往那个观音山和龙济光“苦口婆心的谈了十几个钟头”毫无结果。次日晚，龙济光召集军官会议，“欢迎”梁启超。席间，龙济光大将胡令萱大骂张鸣岐，并恶声恐吓梁启超，并拔枪相向，同时伏兵于门外，将效海珠之故智，又一场鸿门宴会。梁启超见状，一跃而起，慷慨激昂：
我在海珠事变发生后才来，并不是不知道你这里会杀人，我单枪匹马手无寸铁跑到你千军万马里头，我本来不打算带命回去。我一来为中华民国的前途来求你们帮忙，二来也因为我是广东人，不愿意广东糜烂，所以我拼着一条命来换广州城内几十万人的安宁，来争全国四万万人的人格。既已到这里，自然是随你们要怎样便怎样……
言正辞厉，意气横厉，使得暴徒们为之一愣，不敢动手。是夜，梁启超彻夜未眠，“受惊不小”，在张鸣岐、李国治等人的护送下由小到逃往肇庆，“鸿门恶会，仅乃生还，盖纪实也。”
梁启超单刀赴会，与龙济光达成协议，发出“团结一致，专心北伐”的通电，并没能扭转广东局势，但造成的声势，使得袁世凯整日胆战心惊，惶惶不可终日。
5月6日，在梁启超一手策划下，护国军军务院成立于肇庆，唐继尧为抚军长，岑春煊为副抚军长，梁启超等为抚军。军务院成立后，连续发表五号通告，将袁世凯推向了无底的深渊，使护国战争发展到最高潮。
在迫袁退位的高潮中，保皇派首领康有为也发出了《请袁世凯退位电》、《为国家筹安定测者》，倡议清帝复辟，作为康有为的学生，梁启超对老师颇感无奈，为了共和，他随即发表《辟复辟论》，针对康有为的复辟谬论进行尖锐的批判，二人达到了真正不可调和的地步。
军务院成立后，冯国璋见各省纷纷响应，便以“调停南北，促使议和”为借口，召开南京会议，逼袁退位。梁启超作为南方各省代表于15日离开肇庆，经广州、香港于22日抵达上海，奔赴南京，与冯国璋商讨逼袁退位问题，成为南京会议的幕后参与者。而此时，各地前线仍然继续猛进，痛打落水狗，不因谈判而稍事放松。
可是，梁启超抵达上海时，噩耗传来，父亲梁宝瑛于4月14日病逝于香港，梁启超“闻丧昏迷”，悲痛万分，出于对父亲的愧疚，梁启超决定辞去军务院各种职务，闭门居丧，声称不闻国事。
而此时，北方各省也纷纷宣布独立，迫袁退位之声从四面八方如海潮般冲击着袁世凯。一连串的刺激让袁世凯日夜焦虑，失眠，喜怒无常，甚至小便不通，病入膏肓，陷入四面楚歌，于1916年6月6日一命呜呼，而护国战争也因此而宣告提前结束。
护国运动的善后
袁世凯暴死后，段祺瑞、冯国璋皆欲取而代之，继承北洋军阀衣钵，而西南护国军方面唐继尧、岑春煊、梁启超、蔡锷、陆荣廷等则根据民国二年九月国会参众两院决议公布之大总统选举法第五条，“大总统缺位时，由副总统继任，至本任大总统期满之日为止。”一致主张由副总统黎元洪继任，而军务院成立时，曾根据《临时约法》的规定宣布“恭承副总统黎元洪为中华民国大总统领海陆军大元帅”，黎元洪的继任，是维护《临时约法》的尊严，是民主共和的胜利。
6月29日，黎元洪申令遵行民国约法，于8月1日召开国会，废除袁世凯设立的法令和机关，废除国务卿，任命段祺瑞为国务总理。此后，黎元洪与段祺瑞开始了争权夺利，称之为“府院之争”。
段祺瑞早于4月22日继徐世昌任国务卿，便开始主持国务院，妄想推行袁世凯的政策，重新实行《新约法》，登上大总统宝座。而此时，为维护革命成果，梁启超、孙中山、冯国璋等均主张恢复《旧约法》，开始了恢复《新约法》还是《旧约法》的争论。6月25日，海军将领联合发布宣言“今率海军将士加入护国军，以拥护今日大总统，保障共和为目的，非俟恢复元年约法，国会开会。正式内阁成立后，北军海军部之命令，概不接受。”同时原参众两院议员宣言，非俟约法恢复，决不入京应招。 在各界驳斥和海军独立的威胁下，段祺瑞只得暂时放弃恢复《新约法》的主张，以免自己陷入孤立。
护国战争发展到这一阶段，惩办帝制祸首成为重要议题。梁启超等提出一个祸首名单，包括杨度、严复、梁士诒等十三人称为“十三太保”，要求“明正典刑以谢天下”。段祺瑞当然不会严惩这些“旧交”，他一面谋求缓刑，一面暗示榜上有名的人离开北京，与梁启超等人周转，以图开脱，为帝制祸首大开绿灯，而梁启超认为段祺瑞“宅心仁厚，持恭清重，维护时局，非匹莫属”，对其不断妥协，使得段祺瑞得寸进尺，只在最后得到一到“通而不缉”的命令。
另外，段祺瑞一边拉拢原北洋各派，一边分化、打击护国军，使得独立各省纷纷宣布撤销独立，蓄谋搞垮军务院。在这种情况下，梁启超仍然认为在段祺瑞领导下，“我国之共和政治必日趋巩固”， 继续对段祺瑞妥协。7月15日，在北方申令惩办祸首的同一日，唐继尧等在梁启超的一再催逼下，宣布撤销军务院的通告中外，护国运动的胜利果实被段祺瑞不费吹灰之力窃取了。梁启超打倒了一个封建专制的代表，又将政权交给了另一个封建专制的代表。电文如下：
今约法既复，国务总理既特任，虽阁员未经国会通过，然当国会闭会时，元首先任命以俟追认，实为约法所不禁。现国务院既依约法而成，与本院组织条例所指正合。今大总统之依法继任，既符独立各省最初之宣言，政府国会次第成立，允为全国人民心理所同惬。本军务院谨依组织条例于本日宣告撤废，其扶军及政务委员长外交专使军事代表等名目，一并销除，国家一切政务，静听元首政府国会主持。为此布告天下，咸使闻知云云。
护国战争后，蔡锷接到了北京政府的任命他为四川督军和省长的公报，但是因为戎马倥偬，一直没有医疗的时间，此时他已经喉咙肿痛，饮食难进，无法继续工作，只好向梁启超“请乞假数月”。7月19日，北京政府批准给假三个月，让他“就近调养”。然而蔡锷病情加重，国内无法医疗，而医生也给出了无法诊治的结果，在这种情况下，梁启超一边向政府为蔡锷请假，一边整理护国战争起草的文电、宣言及回忆录等汇集为《盾鼻集》，请蔡锷作序，共同分享护国战争的果实和喜悦，书中洋溢着军人的豪迈和高度的乐观精神。11月8日，为护国战争立下丰功伟绩的陆军上将、一代风云人物、四川督军及省长蔡锷，在日本福冈九洲医院与世长辞。他是中国民主革命的巨大损失，他的英名永垂青史。
护国运动以《异哉所谓国体问题者》为开端，以军务院解散为结束标志。蔡锷为事业献出了生命，李烈钧怀着壮志难酬的悲愤离开了护国军第二军，梁启超也“决不立朝”，功成身退，而唐继尧等继续他们的军阀生活，中国重新回到了北洋军阀的手中，袁世凯死了，但民主共和还未实现，“同志尚需努力”呀！
1917年2月1日，德国实施无限制潜艇政策，扩大侵略，严重侵犯中立国的利益。2月3日，美国对德宣战，随后，一些中立国纷纷与德绝交，进而宣战，而中国却陷入了参战与否的漩涡，黎元洪与段祺瑞的矛盾也日益尖锐起来。
2月8日，在段祺瑞的督请下，梁启超来到北京，商讨应对政策取得总统同意之法。9日，梁启超入总统府说服黎元洪，并与当天对德国新潜艇政策提出抗议，然而仍然没能通过对德绝交方案。
梁启超通过分析，指出参战是我国跻身国际社会，增强国际地位的大好机会。而战争结束后，中国才能在和平会议上争得权利，以公理制裁日本侵略的野心。段祺瑞也希望能够借参战扩大自己的军权和政治权利，因此二者皆主张与德绝交，对德宣战。
但是，以黎元洪为首的一些人因反对段祺瑞的扩张而极力反对参战，甚至列出数条参战之不利影响，以支持反对参战，舆论上也一直反对参战。这时，黎元洪梦想借国会之力制裁段祺瑞，府院之争掺入了国会与内阁之争，国会中有进步党和国民党两派，又掺杂了党派之争。为了实现自己的梦想，梁启超一面在社会上大造舆论，另一方面积极配合段祺瑞政府行动，经过不断奔走，国会参众两院于3月10日和11日分别通过了对德绝交案，并于14日对外宣布。
随后，政府代表陆征祥开始与协约国驻京使节商谈北京参战的权利和义务，梁启超也以在野党的身份与各国使节频繁接触，推动对德宣战，4月25日，段祺瑞召集亲信督军到京，胁迫黎元洪及国会同意参战，而黎元洪则在5月23日，下令解除段祺瑞总理及陆军总长职务，二人公开对立起来。不久，皖奉等省督军在段祺瑞的煽动下宣布独立，而研究系 议员也纷纷辞职离京，政府、国会陷入了瘫痪，政局一片混乱。
黎元洪请求梁启超出面斡旋，梁以“与世隔绝”为由拒绝。随后，张勋在黎元洪的电请下率领4300余“辫子军”进入北京，“调停国事”。进京后，他便解散国会，驱走黎元洪并于7月1日和康有为一起拥出溥仪，宣布恢复大清帝国。随后，张勋被封为内阁议政大臣，康有为为弼德院副院长。
消息传出后，梁启超、段祺瑞密商于天津租界，一起起兵###张勋。7月2日，梁启超、段祺瑞在第八师驻地马场召集军事会议，组成“讨逆军总司令部”，即“马场誓师”。段祺瑞任讨逆军总司令，梁启超、汤化龙等为参赞。7月3日，宣布梁启超的《代段祺瑞讨张勋复辟通电》、《反对复辟电》痛斥张勋、康有为的“公然叛国叛道”，指出“此次首造逆谋之人，非贪黩无颜之武夫，即大言不惭之书生”。梁启超的驳斥让他承受了巨大的精神压力，成为别人眼中的“叛师”禽兽，康梁彻底决裂。马场誓师后，讨逆军攻进北京，“辫子军”不堪一击，张勋逃进荷兰使馆，康有为也逃进了美国使馆避难，溥仪也不得不宣布退位，上演12天的复辟闹剧结束了。
共和国的旗帜再度飘扬，段祺瑞成为了再造共和的英雄。8月14日，段祺瑞政府发表了对德宣战的布告，加入协约国，以期“以立于国际团体之中，共享其乐利也”。
梁启超的努力终于得到了回报，对德宣战对中国捍卫国家主权，起到了重要作用。关于梁启超不遗余力推动参战，尽管有许多人认为他是要投靠日本，发展自己的力量，排除异己。可是，当时美国驻华使者芮施恩在他的《使华记》中为梁启超辩解梁启超与当时段祺瑞的参战动机区别时，这样讲道：尽管以曹汝霖、梁士诒为首的交通系和以梁启超为首的研究系在参战问题上都支持段祺瑞，但“他们彼此都又是对立的”，“梁启超先生是一个文人，又是一个理论家，虽然日本人长期以朋友的态度相待，但他无疑相信自己是一个爱国的中国人，他准备利用日本人的援助，但决不愿放弃国家的一切基本权利。” 而后来的事实也证明，梁启超对战后国际形势的分析是正确的，参战的确为中国代表在巴黎和会上收回德国在山东的利益提供了有力的依据。有学者这样评价道：“没有8月14日的宣战案，可能就没有1919年中国代表在巴黎和会上的抗议和五四运动的爆发，而没有中国代表在巴黎和会上拒签巴黎和约，也就没有1921年华盛顿会议上山东问题的解决。”
7月14日，黎元洪宣布辞职，副总统冯国璋就任总统，梁启超被任命为参政总长。梁启超就职后，清楚地看到政府的财政，比清末更加混乱，外债累累入不敷出，币制紊乱。为了改善这一状况，一上台，梁启超便提出全面改革财政的方案：利用缓付的庚子赔款和币制借款来彻底改革币制，整顿金融。
梁启超希望向外国借一笔款项作为整理财政的基金，随后实施一系列这个政策，如发行国内公债，划定中央与地方税范围，裁厘金，简化税则；食盐专卖；田赋按地价册籍制度办理，地价差增税；统一国库；整顿税务机关等，从治标、治本两方面整顿，先治标后治本。
而这时，国内再生波澜。共和政治有了内阁，就不能没有宪法和国会，而原来的国会被张勋强行解散，恢复国会又提上了议程。但是，梁启超认为恢复旧国会必然造成莫大###，拒绝召开旧国会，而主张重新恢复组织临时参议会，这也是揣摩段祺瑞意图后作出的妥协，但他们主要还是认为旧国会束缚了进步党的手脚，希望能够通过改造国会，来达到控制国会的目的，这一主张将《临时约法》产生的国会弃而不用，引起了孙中山等人的不满和反对。
8月，孙中山在广州成立护法军政府，联合西南军阀向北洋政府进攻。8月11日，云南督军唐继尧通电拥护护法。25日，护法国会议员在粤召开北京会议。9月1日，粤非常国会选举孙中山为军政府大元帅，护法运动进入高潮，从此南北对立局面形成。
段祺瑞面对如此状况，决心武力镇压，统一南方。因此一大部分原计划用于建设、整顿财政的资金，被段祺瑞充作军费，投入到烽火连绵的战争中去了，梁启超一筹莫展，愤然提出辞职，被总统冯国璋执意挽留，只得勉力维持残局。
11月初，国会名单选拔结果，进步党人不过占了三分之一的席位，而段祺瑞的御用党安福系 却占了三分之二。国会大权又旁落段祺瑞之手。梁启超再次落入了北洋军阀之手，原先指点河山的霸气，在北洋军阀面前一吹而散，已无法再在政治漩涡中呆下去了。
11月15日，段祺瑞因在四川、湖南用兵失败，呈请辞职，“全体内阁成员也随之递上辞呈”，冯国璋竭力挽留。但梁启超去意已决，于188日单独再上辞呈，“恳请准予即日免去财政总长本职”， 终获批准。
梁启超再入政坛，除了对德宣战问题取得胜利外，只实现了银行不依赖政府的改革，其他一无所成，所有政治愿望化为一堆泡沫。这时，他才真正明白，只有强权政治才能支配中国！已实无余力足以负荷，悲愤地宣布要告别政坛。
胶东亡矣！山东亡矣！国不国矣！
1917年，梁启超的研究系在国会的竞选中再次落败，受到段祺瑞的安福系排挤，只好结 束了他的政治生涯。他认为“此时宜遵养时晦，勿与闻人家国事，一二年中股非我辈之国， 他人之国也。” 然而梁启超并未与政治绝缘，五四运动、国民制宪运动和联省自治运动都与他有或多或 少的联系，特别是五四运动，就是他直接引发的。
1917年，梁启超摆脱重重压力，采取对段祺瑞的妥协，经过护法运动等等才最