黄的噩耗传到日本，病中的蔡锷为之痛哭，他的挽联是：
以勇健开国，而宁静持身，贯彻实行，是能创作一生者；
曾送我海上，忽哭君天涯，惊起挥泪，难为卧病九州人。
另一位和黄、蔡唱反调，可是他们私交却极莫逆的人，就是洪宪六君子之首杨度挽黄联云：
公谊不妨私，平日政见分驰，肝胆至今推挚友；
一身能敌万，可惜霸才无命，死生从古困英雄。
11月1日孙中山和唐绍仪代电全国，通告黄丧，函曰：
“克强先生交游满天下，车笠之盟，缟紵之好，究有为仆等所未悉者。代主丧务，勉持大体，征名遍讣，恐有未周，诸祈见谅。”
北京方面国会特休会一日，下半旗一日志哀。11月2日北京政府令：
“上将黄兴缔造共和，首举义旗，功在国家，薄海同钦，……派王芝祥前往致祭，给致治费二万，丧葬事宜由江苏省长齐耀琳就近照料……。”
护国讨袁第一大功的蔡锷，则在黄兴逝世后8天病逝日本。
护国讨袁时，蔡锷在军中备极辛劳，染患喉疾。5年6月28日蔡由永宁启程，29日抵大洲驿，7月1日抵泸州，这时蔡的喉疾非常严重，已至不能讲话的地步，在泸州请了一位德国医生阿密思替他诊视，服药无效，又加上肺叶肿痛，滴水难入，体温高达39度，夜不能寐。蔡是个有责任心的人，虽然病魔困扰他，可是他觉得军队的欠薪，四川的善后都是极伤脑筋的事，非他本人处理不可。因此，他力疾从公，抱病任事，要求北京政府支付护国军的欠饷欠款200万元。
7月4日段祺瑞特派法国医生赶来泸州检治蔡的喉疾，第二天，法国医生检视结果，认为喉病延误过久，声带已狭，病况严重，非迅速赴上海或日本就专科医治不可。
蔡的可贵处在于：虽以身为天下先，却功成不居，自始迄终坚定这个主张。袁世凯死后，蔡功业盖世，名满天下，然而他不汲汲于名位权利，从下面两则电报，可看到蔡的抱负人格：
7月17日蔡电唐继尧：
“滇、黔此次起义，悉索敝赋以赴国难，虽达拯渊救焚之志，已陷额烂头焦之势，在我军应亟谋善后以图元气之恢复，在政府及一般人士，浴共和之恩波，饮水思源，对于首义之军，应以安之劳之使之得所。以愚意计之，滇、黔善后尚不甚难，需款亦不甚巨，政府对我万不致有所歧视，吝此区区而阴相掣肘也。所最宜注意者，我军主张应始终抱定为国家不为权利之初心，贯彻一致，不为外界所摇惑，不为左右私昵所劫持，实公私两济。……”
7月19日复唐继尧电：
“洽电敬悉，奖饰溢量，感愧奚似。窃意锷前者之出，秉诸良知，今兹之退亦然……今侪辈中果有三数人身先引退，飘然远翥，实足对于今日号称伟人志士英雄豪杰一流，直接下一针砭，为后来留一榜样，未始非善。而锷处地位，纯系带兵官，战事既了，即可奉身而退，斯亦各国所同然。务望蔩公为大局计，为友谊计，切电在川滇军各将领，以后一切善后问题当完全负责办理，俾锷得以克日东渡。……”
蔡锷对于“治蜀”并不是没有抱负，只因为他想以功成身退，不争权利为天下倡，所以薄川督而不为。在他给他的老友丁怀瑾函中，曾就“治蜀”一事表示如下的意见：
“蜀虽可为，但民情浇薄，绝不适于从军。若专用外军，屏绝土著，则主客之势互不相容，终成水火矣。弟尝与兄论治蜀非假以十年时光不可，其始也临以雷霆万钧之力，芟夷斩伐，不稍姑息，乱根既尽，民气渐苏，乃嘘以阳和之气，培植而长养之，殊盛业也。”
7月21日蔡率幕僚数人，轻车简从，首途赴成都，在途中接到湖南耆宿父老敦请他督湘的电报，他分别回电辞谢。8月1日蔡锷入成都，抱病就任四川督军，成都人民额手称庆。这时的成都，因为兵连祸结，人心浮动，物价飞涨，币制不稳，蔡接事后，物价立即回跌，钞票价值上涨。川中有五老七贤不远数百里赶来成都，愿任顾问。8月3日蔡电保周道刚为川军第一师师长，熊克武以师长兼重庆镇守使，刘存厚以师长兼川边镇守使，尹昌衡为政务厅长。蔡锷抵达成都后，他的本意只是象征式接受任命，加以他的喉病和肺病都日益严重，乃于8月5日致电北京段祺瑞总理，电云：
“川为繁剧区域，非孱弱病躯所能胜任。况锷于起义之初，曾声言于朋辈，一俟大局略定，即当幡然引退，以从事实业；今如食言，神明内疚，殊难自安。伏请代陈大总统俯鉴微忱，立予任命，抑或以罗佩金暂行护理。”
8月7日黎元洪准予辞职。8月9日由蒋方震（百里）陪同，启程离川。动身之前特为文告别四川父老。文云：
“锷履蜀士凡七阅月矣。曩者驰驱戎马，不获与邦人诸友以礼相见，而又多所惊扰，于我心有戚戚焉。顾邦人诸友曾不我责，而又深情笃挚，通悃款于交绥之后，动讴歌于受命之余，人孰无情，厚我如斯，锷知感矣。是以病未能兴，犹舁舆入蓉，冀得当以报蜀，不自知其不可也。乃者视事浃旬，百政棼如，环顾衙斋，森肃宾从，案牍药炉茶鼎，杂然并陈，目眩神摇，甚矣其惫，继此以往，不引疾则卧治耳。虽然蜀患深矣，扶衰救弊，方将夙兴夜寐，胼手胝足之不暇，而顾隐情惜己，苟偷食息，使百事堕坏于冥冥，则所谓报蜀之志不其谬欤？去固负蜀，留且误蜀，与其误也宁负。倘以邦人诸友之灵，若药瞑眩，吾疾遂瘳，则他日又将以报蜀者补今日负蜀之过，亦安其不可？锷行矣！幸谢邦人，勉佐后贤，共济艰难。锷也一苇东航，日日俯视江水，共证此心，虽谓锷犹未去蜀可也。”
蔡由成都启程，先至重庆，稍作逗留，然后换乘轮船下驶，他到宜昌时，会见了从四川退出的陈宦，这时陈已辞去湖南督军，并把他所率领相当于一个师的军队解散。蔡、陈本是好友，于今把臂旅途，相见甚欢。蔡邀陈同轮赴汉口，陈感觉到和蔡同行，一荣一辱，实在没趣，因此婉言谢绝。
蔡由宜昌乘大元商轮于8月26日抵达汉口，湖北督军王占元派楚信、楚义等巡防舰驶往武昌上游迎迓，各机关、各团体欢迎人群分乘小轮在江干把大元轮围在垓心。王占元希望蔡能在武汉多停留几日，蔡则坚决辞谢，于是王便在楚材舰上大张筵宴，盛大款待蔡和他的随行人员。蔡并未登岸，当天晚上就换乘江裕轮继续下驶。
8月28日蔡抵达上海，下榻哈同花园，他不愿人们把他当成一个伟大人物来欢迎，因此他设法把自己隐密起来，仅到梁启超的礼庐一行，师生二人把臂欢谈，相对欷殻А�
段祺瑞电请梁启超转劝蔡到北京西山疗养，不必远渡日本，蔡没有忘记以前袁召他去北京，便成为政治俘虏的往事，因此他推托说：北京繁嚣，不适宜于养病。
9月8日蔡由上海启程赴日本。抵神户时，日本记者群趋访问，蔡以手指喉，不能作答，由蒋方震代为接谈，蒋说：“将军之病，由于袁世凯而起，纳溪之战，将军语言艰涩，到沪州时全然不能发音，七月廿日由叙府赴成都，勾留九天，病情更加转剧。黎、段劝将军移居北京西山静养，将军以不能杜门谢客为虑，所以决计来贵国就医。”
蔡的喉疾和肺病，因拖延过久，抵达日本后已是病入膏肓，群医束手，药石无效。
11月8日，蔡自知不起，由左右扶起看窗外飞机，黯然对好友蒋方震说：“我是不行了，我不能死于对外作战的疆场上，真是死不瞑目，我死后有一事想拜托兄。”蒋问是何事？蔡已无气无力，喘息地说：“千万薄葬，让我九泉无憾！”蔡回到病榻，即请蒋方震代笔遗电：
一、愿我人民、政府协力一心，采有希望之积极政策；
二、意见多由于争权利，愿为民望者，以道德爱国；
三、在川阵亡及出力人员，恳饬罗、戴两君核实呈请恤奖，以昭奖励；
四、锷以短命，未克尽力民国，应行薄葬。
就是这一天，这位一代伟人，视富贵如浮云，功成而不居的护国元勋蔡锷将军与世永诀了。他离开这个世界时，年仅35岁。
蔡去世后，举国震悼，万里雨泣。
黎元洪大总统于11月10日、11月28日、12月4日、12
月21日四次以大总统命令褒扬和国葬。
蔡锷之丧，全国唁祭，其祭辞和挽联均有可传者，摘抄数则挽联于下：
孙中山先生：平生慷慨班都护；
万里间关马伏波。
梁启超：知所恶有甚于死者；
非夫人之恸而谁为？
康有为：微君之躬，今为洪宪之世矣；
思子之故，怕闻鼙鼓之声来！
唐继尧：所至以整军保民为要图，众论之归，大将慈祥曹武惠；
平时惟读书致用相敦勖，公言不死，秀才忧乐范希文。
丁怀瑾：成不居首功，败不作亡命，誓师二语，何等光明，故一旅突兴再造共和；
下无逞意见，上无争利权，遗书数言，如斯深切，问举国朝野奚慰英灵？
在所有挽联中，杨度的一联最引人注意，杨度的挽联是：
魂魄异乡归，于今豪杰为神，万里河山皆雨泣；
东南民力尽，太息疮痍满目，当时成败已沧桑。
杨度是楹联圣手，他一生可传的挽联甚多，可是他挽蔡的这副挽联，并不高明，这是因为两人政见立场相对立的缘故，所以他的下联可说完全是对蔡的成就唱反调。
至于小凤仙的挽联则是在庄严肃穆的伟人事迹中的一段小插曲，小凤仙的挽联和祭文都是衡州狂士王血痕所代撰。小凤仙的两副挽联，当时传遍都下，第一联是：
不幸周郎竟短命；
早知李靖是英雄！
第二联是：
万里南天鹏翼，直上扶摇，那堪忧患余生，萍水姻缘成一梦；
几年北地胭脂，自悲沦落，赢得美人知己，桃花颜色亦千秋。
蒋方震在蔡死后，由日本拍电回国，电文说：
“一年以来，公恶衣菲食以戕其身，早作夜息以伤其神。临终之际，犹以未能裹尸为恨。然蔡公身虽未死于疆场，实与阵亡者一例也。”
蔡的好友丁怀瑾用行动来怀念蔡的遗志——功成不居，长揖归田。蔡东渡前，丁任四川富顺县长，闻蔡噩耗即辞去县篆，闭门著书，常以蔡的人格和抱负勉励其家人子女，他称道蔡是真正开天辟地的人物。古人说名满天下，谤亦随之，可是蔡却打破了此例，他的成败生死，不论是友是敌，是新是旧，莫不对他由衷称道，理由很简单：蔡以天下为己任，却不以天下为己。
一○一、府院不和黎段水火
黎元洪的一生，是幸运也是不幸，他在辛亥起义时糊涂地做了民国元勋，又在袁世凯称帝失败后，莫名其妙地坐上了总统宝座。袁世凯在做民国总统时，感觉到做得很不舒服，因此逐渐产生了总统不如皇帝的错误观念，一念之差演成“洪宪称帝”的悲剧。黎元洪则是在总统任内没有过一天舒服的日子，因为黎、段之间势成水火，遂致总统府与国务院之间也无法调和。
黎、段两人有新仇，也有旧恨，旧恨是当黎以副总统身份兼领湖北都督时，段奉袁的密令以绑票方式来武汉，押他上火车，结束了黎在湖北的局面，从此黎在北京做了袁世凯的政治俘虏；新仇是段虽拥黎继任总统，可是在袁死后段去见黎时，一言不发，面孔冷酷有如对待一个陌生的政敌，加上张镇芳又从中挑拨。张镇芳是袁临终时四个接受顾命大臣之一，可是段祺瑞却最瞧不起张，由于张是袁的表弟，洪宪帝制时，张在大典筹备处办事，贪污舞弊，所以段经常骂他是“黄带子”、“掌柜的”。张自然也恨段入骨。黎继任总统后，张在黎的军事智囊哈汉章面前放了一把野火，他说：“我们在项城（袁）的灵前讨论总统问题时，老段反对黄陂（黎）继任，是东海（徐世昌）竭力促成的。”这句话很让黎相信，所以黎非常恨段，对徐世昌则有好感。
至于段呢？压根就瞧不起黎，因为在清朝时，段曾做过统制（等于师长地位）、军统（等于军长地位）和提督，并且署理过湖广总督，可是黎那时才不过是一个协统（等于旅长地位）；到了袁世凯时代，段则是北洋系首屈一指的大将，而黎虽是副总统，在段眼中，不过因缘时会，窃取辛亥革命果实，到北京后只是个政治俘虏；袁死后，黎的总统是段一手“提拔”起来的，如果段不支持黎，黎根本登不上总统的宝座。他在袁死的当天晚上告诉黎派来探听消息的张国淦说：“我姓段的支持黎，就是一句话，不会让姓黎的落空。”
因为段有这些观念，所以完全不把黎放在眼中，黎则看段有如芒刺在背。黎、段之间便因此无法谐合。
黎接任总统后，对当时的各项问题由不问而要问，由要问而多问，他认为小事可以不问，大事必须过问，这对段是无法忍受的。段本已苦于国会给他的困扰，使他不能独断独行，再加上黎元洪遇事总是掣他的肘，使他感到非常受不了。他有时向他的亲信抱怨说：“我是要他来盖章签字的，不是请他来压在我的头上！”
段拥黎为总统只是叫他盖章，这一点可以从段的秘书长徐树铮的一句话中证实。有一天徐树铮拿了三个人事命令到总统府请黎盖大印，黎偶然问到这三人的出身和历史，徐树铮就很不耐烦地说：“总统不必多问，总理早已研究清楚，请快点盖印吧，我的事情还忙得很哩。”黎听了这话真是气得头上要冒出火来，他脸上发青地对手下人说：“我本来不要做这样总统的，而他们竟公然目无总统！”
黎任总统后调张国淦为总统府秘书长（后来张辞职，改由丁士峄），以林长民、贾寿坤、雷豫钊、欧阳葆真、刘远驹、张则川、瞿瀛、施泰祺八人为秘书。军事幕僚有哈汉章、金永多、蒋作宾等。
军事幕僚们经常建议黎必须掌握兵权，他们的理由是：“责任内阁制是指政治而言。军事方面总统既然是全国陆海军大元帅，就不能不管军事，大元帅没有军权，总统有什么做的价值？”这些话黎很听得进去，他把自己的总统地位和袁世凯做总统时候一比，觉得袁当时何等威风，自己今日何等可怜，自己虽不想大权独揽，可是要制止军人的跋扈擅专，则应该把军权抓在自己手上。黎这个意图和段完全对立。段认为袁世凯当年最大的错误就是成立“全国陆军统率办事处”以集中军权，段的解释是：他以内阁总理身份而掌握全国政权，又以陆军总长身份而掌握全国军权。段今日的地位是建筑在军事独裁上，他之所以能控制住北洋系，就因为他有军权，如果让总统管军权，他岂不是手无寸铁，总统一纸命令就可以撤换了他吗。所以这一点他是誓死必争的。
当陈宦带了一师部队离开四川时，黎的军事幕僚擅自打了一个电报劝陈宦自动解散军队，陈宦居然不向内阁请示就奉总统命而行。段为此恨黎的几个军事幕僚入骨入髓，他公开指哈汉章、金永炎、黎澍、蒋作宾为府中四凶。段认为黎竟然过问到督军问题（陈宦督湘是黎所坚决主张的），以及解散北洋军队，是可忍孰不可忍，所以段一直要对付陈宦，“杀鸡给猴子看。”
民国元年宋教仁所致力且因此而丧生的理想——责任内阁制，到了袁死后，竟在段祺瑞组阁时实现。因此，这一期间的总统府和国务院的权力，恰恰和袁时代相反，黎虽能忍让，可是也有限度。段的强项，在袁世凯末期已表现出来，他对袁都敢使气，何况他平素就瞧不起黎元洪，如今两人共事，他更不把黎放在眼中了。
北洋时代军阀割据局面，是逐渐形成的，其实凭心而论，袁并不愿见军阀割据，尾大不掉。无奈军人霸占地盘后，袁的利益和他们的一致时，他们就奉行命令�