二十四日。由寅正余起。南河沿张宅一带开战，枪炮互放，至未正余始止射击。张绍轩已往使馆避居。
二十九日。初伏。差人赠予徐太傅洗尘肴馔。大雨。世相（续）来谈，据云已晤徐太傅，竭力维持关于优待条件。惟二十五所宣布之件（指‘退位诏’）须另缮改正，今日送交云。
徐太傅差人来谒。申刻亲往访问徐太傅晤谈刻许。
初四日。徐太傅来答拜，晤谈甚详，并代段总理致意阻舆云。
十二日。小雨，民国于六月以来，关于应筹皇室经费及旗饷仍如例拨给云云。
十四日。遣派皇室代表润贝勒往迎冯总统。甚妥洽。……
十七日。上门。民国代表汤总长化龙觐见，答礼毕，仍旧例周旋之。……
北京城内的复辟丑剧既然昙花一现地烟消云散了，讨逆军总司令段祺瑞遂凯旋回京，他这时充满了再造民国的气概，那份得意，自非笔墨所可形容。随同段入京的，有汤化龙和张国淦等。他们一行抵京后，立即前往府学胡同的段宅密商“总统”问题。张国淦建议迎黎元洪复职，以维持正统，可是段的成见极深，张才一开口，段的脸色马上沉下来，咆哮着说，“这是什么话，我怎么还能和他共事？”张说：“和他共事容易，换另一个人来当总统就很难了。他是一个赤手空拳，又受过挫折的人，今后当不会再闹意气。”张的话委婉动听，段倒是很听得进，不过他对于黎免他总理职这一幕创痛甚深，所以他并不肯接受张的建议。这时，段的身后跑出一个拿手枪的人来，大声叱骂说：“那个敢替黎某人作说客，就以军法从事。”说这话的人，原来是讨逆军总部的军法处长丁士源，张只得报以苦笑，他心里想我这人生来命苦，黎的左右疑我是段党，段的左右又疑我是黎党，以前在黎面前建议起用段为国务总理，黎的亲信金永炎也曾摸出手枪来骂我替段做说客，如今段的亲信丁士源又骂我是替黎做说客，两边不能做人，实在太惨了。
但是，张国淦仍劝段在礼貌上对黎有所表示。他的理由是：“你今天的国务总理，仍是他所任命，他现在还在日本领事馆中，理应接他出来。”段接受了张这一点提议，于是派江朝宗到日本公使馆接黎回居东厂胡同私邸。黎离开日本公使馆后，段就亲赴日本公使馆，对林权助公使保护黎总统表示谢意，同时也感谢日本在讨逆军行动时的各项帮助。
现在，北京政府面临一个新问题，黎元洪的总统地位究竟存在还是不存在？第一种说法是黎在复辟政变发生的第二天，就已经引咎辞职了，7月2日黎发表冬电，根据《约法》第四十二条及《大总统选举法》第五条规定，请冯国璋以副总统代行大总统职权。冬电是黎自己草拟的，所以冯取得总统地位合情合理合法。第二种说法是：冬电只是请冯暂在军署（江苏督军公署）代行大总统职务，不是请冯长期地代下去。这含意是黎在失去自由时期，授权冯暂代，一旦恢复自由，当然回任总统，而冯的代理资格也随之消失。
当冬电发表不久，上海报纸刊出黎的另外一个电报：
“元洪负国民付托之重，本拟一俟内阁成立，秩序稍复，即行辞职，以谢国人。今既枝节横生，张勋敢以一人之野心，破壤群力建设之邦基及世界各国承认之国体，是果何事，敢卸仔肩？”
这个电报据说是因为北京电报局在辫子军的严密监视下，不能发出，因此派专人送到上海，交由公府军事幕僚金永炎发布的。反黎派认为这个电报是金永炎所捏造，而拥黎派则认为冬电是北洋军伪造以堵塞黎元洪回任总统之路。
冯国璋在复辟政变讨平后，发表通电说：
“现在京师收复，应即迎归黎大总统入居旧府，照前总理，国璋即将代理职权奉还黎大总统，方为名正言顺。”
黎元洪在这种情况下如何能够复职，所以在他返回东厂胡同私邸后，即通电全国，宣告去职。次日，又发出第二电，详述去职情由。文云：
“寒电计达。顷闻道路流言，颇有总统复职之说，穷加揣拟，惊骇何极！元洪引咎退职，久有成言，皎日悬盟，长河表誓。此次因故去职，付托有人，按法既无复位之文，揆情岂有还辕之理？伏念无洪夙阙裁成，叨逢际会，求治太急，而踬于康庄；用人过宽，而蔽于舆凡。追思罪戾，每疚神明。国会内阁，立国兼资，制宪之难，集思尤贵。当稷下高谈之日，正沙中忿语之时，纵殚虑以求平，尚触机而即发；而元洪扬汤弭沸，胶柱调音，既无疏浚之方，竟激横流之祸，一也。
解散国会，政出非常，纵谓法无明条，邻有先例，然而谨守绳墨，昭示山河，顾以惧民国之中殇，竟至咈初心而改选，格芦缩水，莫遂微忱；寡草随风，府隳特操。二也。
张勋久蓄野心，自为盟主，屡以国家多故，曲予优容，遂至乘瑕隙以激群藩，结要津以徼明令。元洪虽持异议，卒惑群言，既为城下之盟，复召夺门之变。召峰螫指，引虎糜躯。三也。
大盗移国，都市震惊，撤侍卫于东堂，屯重兵于北阙。元洪久经验浪，何惮狞飚？顾忧大厦之焚，欲择长城之寄，含垢忍辱，贮痛停辛。进不能登合授仗，以殄凶渠；退不能阖室自焚，以殉民国。纵中兴之有托，犹内省而滋惭。四也。
轻骑宵征，拟居医院，暂脱身于塞库，钦奋翼于渑池；乃者闹人者不通，侦骑交错，遄臻使馆，得免危机。自承复壁之藏，特栗坚冰之惧，亦既宣言公使，早伍平民，虽于国似无锱黍之伤，而此身究受羽毛之庇。五也。
凡此愆尤，皆难解免。一人丛脞，万姓流离。睹锋镝而痛伤兵，闻鼓鼙而惭宿将。合九六而莫铸，投四裔以何辞！万一矜其本心，还我初服，惟有杜门思过，扫地焚香，磨濯余生，忏除夙孽。宁有辞条之叶，仍返林柯；堕溷之花，再登茵席。心肝倘在，面目何施？……况冯总统江淮坐镇，夙得军心；段总理钟篪不惊，再安国本，果能举左挚右提之实，宁复有南强北胜之虞？
至于从前兵谏，各省风从，虽言爱国之诚，究有溃防之虑。此次兴师讨贼，心迹已昭，何忍执越轨之微瑕，掩回天之伟绩，两年护国，八表齐功，公忠既已同孚，法治尤当共勉。若复洁短衡长，党同伐异，员峤可到，而使之反风；宣房欲成，而为之决水，茫茫惨黩，岂有宁期？鼎革以还，政争迭起，凡兹兄弟阋墙之事，皆为奸雄窃国之资。倘诸夏之偕亡，讵一成之能藉？殷鉴不远，天命难谋，此尤元洪待罪之躯所为垂涕而道者也。勉戴河间，奠我民国，惭魂虽化，枯骨犹生；否则荒山越翳，纵熏穴以无归；穷海田横，当投荒而不返。摅诚感听，维以告哀。”
黎元洪黯然回到东厂胡同的第三天，7月16日发生了一桩意外事件，原来黎每天起床很早，他的习惯是6点多钟在花园散步，虽在日本使馆寄居时亦如此。16日早上，黎照例早晨散步，忽然看见一个陌生大汉，手持利刃在园外探头探脑。这天黎很机警，立刻感到这件事太不寻常，来者可能是刺客，于是乘对方没有注意到，悄悄地躲到花厅去。果然来的恶客已进了园门，黎的卫士发见，大呼有刺客，刺客则舞动大刀，向迎面来的卫士砍去，一连砍死了正目王凤鸣、护卫马占成、连长宾世礼三人，还砍伤了伍长李保甲、卫兵张洪品两个卫士，然后飞步逃走，逃到东口小巷，才被一个带枪的卫士开枪把他打死了。
堂堂的大总统官邸发生了如此严重的血案，自然是北京城内的一桩大案，军警赶来勘查，很快就查出凶手的来历，原来他竟是黎宅的卫队排长，山东曹州人，姓王名得禄，据说他是患有神志失常的精神病人。警察局的公报说：黎的卫士曾在被火焚毁的张勋宅内抢东西，因分赃不匀，发生内哄，互相仇杀。公报又说黎宅卫队共有300余人，是黎总统用私人名义招募的。同时特别强调这件血案和政治无关。可是这一强调却不能自圆其说，因为黎的卫队中，不可能用一个患精神病的人做排长，既然凶手患了精神病，又怎么会与抢东西分赃不匀有关。这和两年前搜查蔡锷寓邸一幕颇有异曲同工之妙。
黎自凶案发生后，不敢留居东厂胡同私邸，他先把张国淦找来商量，黎对张说：“现在怎么办？我变成下台总统，可是又走不了，像今天这种情形，我这条命早迟要断送了的。”张说：“他们说凶手有精神病，是分赃不匀而互相杀戮，你就让他们这么说好了，既不能争辩，也不必声张，因为事情再闹僵了，你更没有出京的机会。”黎说：“但是我仍以早日离京为上策，愈早走愈佳。”张说：“这件事如果和老段要求一定办不到，还不如等老冯来京后，和他磋商，这是心理作用，冯不会喜欢北京城里有两个总统，因此一定会同意和帮忙的。”
黎请张陪同迁到法国医院暂住，段祺瑞借口黎的卫队分子复杂，就派江朝宗解散了黎的卫队，另派军警保护黎宅。过去黎曾被袁世凯软禁瀛台，屡次要求回湖北黄陂原籍，袁都说要和他朝夕商谈时政，不放他南行。现在他宣布下野，想去天津或青岛做寓公，段祺瑞虽然坚决不愿和他朝夕商谈时政，可是却也不放他出京，他发觉自己再度变成了政治俘虏，陷身在段的樊笼中。
和北京黎宅凶案遥遥相对，上海也发生了情节离奇的夺印案。原来张勋复辟时，黎托庇日本使馆，曾密令总统府军事顾问丁槐携带“中华民国之玺”、“荣典之玺”、“册封之玺”、“大总统印”、“陆海军大元帅印”五颗印前赴上海。丁受命到上海后，住在三洋泾泰安找。7月13日他发表谈话，否认黎有冬电，他说总统未委托冯国璋代行总统职权，只任命冯为讨逆军总司令。
丁槐带了总统五颗大印抵上海的消息，立刻传到冯耳里，7月14日冯发表寒电奉迎总统复职，同时又派副官长何绍贤到上海向丁索印。丁见何后，拒不交印，他写信答复冯说此行是呈明元首，冒险护印来申，未有元首证状，不敢私相授受。他否认黎有寒电命他交出印信。他在信中说：
“昨由军署抄来元首寒电，命槐即日将印信赉京汇交总理转呈钧座。奉电之下，不胜惶惑。寒日并无京电，元首是否自由？送京既恐受欺，赉宁复为抗命。思维再四，不得不仍候元首亲笔，以定行止。”
丁槐在泰安栈屡次接到匿名恐吓信，同时发觉有人在暗中监视他的行动，他感到大印会被强夺。乃由泰安栈搬到外国人所开的江西路客利饭店，整日不敢外出。那时中国政府不能在租界捕人，丁不出门一步，绑他的票是不可能的。7月20日夜半，英国会审公廨忽然派人把他捕去，并且在房中搜到了五颗印信。次日即将丁槐引渡。原来冯命令淞沪护军使卢永祥，叫他向上海领事团交涉，说是丁槐潜藏总统大印，请求引渡，上海领事团接受当地军政长官的要求，于是采取行动。
丁槐字衡三，曾在云南任职，是军界的老前辈，人都称为丁老前辈。被捕引渡后，便以盗印罪名被解到北京候审，抵京后不久即获释放。
在此以前外交总长伍廷芳也携带印信从北戴河到了上海，以上海交涉员公署为临时办公处，发表阳电（7月7日），否认北京伪外交部，通知各国继续行使外交总长职权。伍曾以代理国务总理身份副署命令免去段的国务总理，因此段恨之刺骨。段所提的理由，是说伍已解除了代理国务总理兼职，当然也同时解除了外交总长本职。所以段以国务院名义通电否认伍的外交总长资格，声明他所办理的外交一概无效，并请冯国璋就近制止。可是伍的外交总长资格是无法否认的，他是在张勋抵北京的同一天（6月14日）化装离开北京，后来李经羲组阁并未任命新外交总长。所以伍的外交总长职务，从来没有在官方文件上解除过。
冯国璋接到段祺瑞的电报后，就照转给伍廷芳，劝伍到天津办公，因为天津已成立了“国务院临时办公处”，如果不愿往天津，就请将印信退还。这个电报冯称伍为“秩庸先生”而不呼总长官衔。伍既然和段有矛盾在先，当然不会去天津，同时也拒不交印。冯、段就用压力强迫上海交涉员朱兆莘，拒绝伍借署办公。7月9日，冯以代总统名义补下一道命令，解除伍廷芳的处交总长职务，伍只得交出了印信。
一二○、冯国璋扶正
7月15日，段祺瑞在北京正式组阁：特任汪大燮为外交总长，段自兼陆军总长，刘冠雄为海军总长。17日继续发表阁员名单，特任汤化龙为内务总长，梁启超为财政总长，林长民为司法总长，张国淦为农业总长，曹汝霖为交通总长，范源濂为教育总长。这个内阁中，研究系占了五席，是外交、内政、财政、司法、教育。梁启超得到了以前求之不得的财政总长。对研究系而言，这是它极盛时代。
17日国务院下令严缉康有为、刘廷琛、万绳栻、梁敦彦、胡嗣瑗。至于真正的罪魁祸首张勋，只受到免职拿办的处分。
据说张勋托庇于荷兰公使馆时，一手拿着手枪，一手拿着《复辟实录》，内有北洋军阀赞成复辟的文电。因此北洋军阀投鼠忌器，不敢惩办他。王占元、张怀芝、张作霖而且纷电北京政府，要求对张勋宽大处理。段祺瑞除了在形式上曾向荷兰公使要求引渡外，也无其他行动。
据说张勋所珍藏的《复辟实录》其分二类：第一类为徐州会议纪录，是由幕僚根据回忆补写的；第二类为北洋军阀赞成复辟的函电，共计82件。由于张手中有这些文件，所以他有恃无恐，以此为他勒索的本钱。
北洋派三领袖之一的王士珍自觉无颜见人，他的两个老朋友一个做了总统（冯国璋），一个当了总理（段祺瑞），而他却变成复辟的附从，因此他准备回正定原籍隐居，段听了马上跑到他的寓邸安慰他，劝他以北洋团体为重，继续担任参谋总长。
王士珍之外，北京军警长官江朝宗（步军统领）、吴炳湘（警察总监）、陈光远（第七师长）等附逆无罪，而且维持北京秩序有功，均不加罪。江朝宗是段所不欢喜的人，所以调为迪威将军，步军统领则调第八师长李长泰继任。复辟犯冯德麟因张作霖的保释电而获得自由。张镇芳、雷震春两人准在狱中自备菜肴，且特准吸食鸦片。
段不仅没有惩办复辟祸首的兴趣，甚至还想借题大赦洪宪帝制的祸首。原因是洪宪帝制祸首交通系首领梁士诒、朱启钤、周自齐等都是他的老朋友，在张勋复辟时，交通系曾慨助军费，不过他虽有此意，却因顾虑全国舆论而未立即实现。
复辟笑剧中，最有趣的是康有为和梁启超师徒两人各助一方，康助张复辟，复辟后的“宣统上谕”就是康的手笔；梁助段讨逆，讨逆檄则是梁的手笔。两大国手所撰文献都很动人，复辟失败后，康恨梁入骨，有诗为证：
“此次讨逆发难于梁贼启超也，诗曰：鸱枭食母獍食父，刑天舞戚虎守阙。逢蒙弯弓专射羿，坐看日落泪潸潸。”
康有为后来曾有《致徐太傅书》洋洋五千言，登在《不忍》杂志第九、第十两册中，揭发复辟经过，力指段祺瑞、冯国璋、徐世昌都曾与谋，始乱终弃，愤愤不平。且有诗为证——
“诸帅本与少轩徐州订盟复辟，今竟妒功背盟无信，感而赋诗，诗曰：围城惨淡睹龙争，蝉嘇声中听炮声。诸帅射王敢传檄，群僚卖友竟称兵，晋阳兴甲何名义？张柬无谋召丧倾。信义云亡人道绝，龙祣收影涕沾缨”。
冯国璋于8月1日抵北京，黎元洪本避住法国医院，因冯抵京后要来看他，所以回到东厂胡同迎接。冯抵京当天就去见黎，两位总统