贵州督军刘显世的态度与唐继尧相同，他派王文华率领一支黔军入川援助戴戡，但是戴戡已于7月17日放弃成都，突围而出，下落不明。
戴戡下落不明，黔军失败，这一连串消息传到北京，研究系的首领梁启超十分激动地在国务会议上发言，他说：“我们一定要救援戴循荐（戴戡号），一定要制止刘积之（刘存厚号）的叛变行为。”但是段祺瑞采取了不置可否的态度。
7月24日段祺瑞任命“中立者”周道刚代理督军。27日梁又在国务会议上主张惩办刘存厚，段不好答复，曹汝霖起立发言，假口四川问题真相不明，难作决定，而把梁的建议搁了下来。
周道刚由重庆到了内江，但滇军在嘉定、青神、仁寿、资阳一带已被川军二三两师击退，资中会议无法进行，周道刚乃折返重庆。
由于川战扩大，段祺瑞遂于8月6日派吴光新为四川查办使，率领北军入川查办，并责成湖北督军王占元派兵接防岳州。八月八日又下令催促罗佩金、刘存厚遵照前令迅速入京，所部军队均交周道刚接收统率。这时候，川、滇、黔军才明白段的打算是一心一意要贯彻让北洋系来统治四川。这一来大家又感到有合力抗拒北军的必要，8月6日周道刚、熊克武建议继续进行调停，罗佩金首先表示接受。8月10日周道刚就任代理四川督军，熊克武在夔府和万县沿江地带，布置炮兵阵地，准备迎击北军。
8月10日，从四川回到北京的蒋方震，向内阁及国会报告戴戡已经战死的消息。研究系大受刺激。这时段祺瑞才发表刘存厚部下团长廖谦的报告：“7月21日，戴戡在成都百里外秦皇寺自杀身死。”同时发表周道刚的报告：“戴前督行抵华阳县属秦皇寺附近，突遇前方败退回来之川军，双方因误会开枪互击，戴督中弹身故，其灵榇已由川军运回省城。”
事实上，戴戡是被川军击毙的，同时死难的还有黔军混成旅旅长熊其勋，督署参谋长张承礼，财政厅长黄大暹等在逃往简阳途中，也被追兵击死，黔军5000人全军覆没。
8月10日举行国务会议时，段祺瑞提议追赠戴戡为陆军上将，给银1万两治丧。梁启超却满腔悲愤地坚持要严惩刘存厚，为死者雪冤。段表示要查办后，才能确定责任。梁启超大为生气，不待会议终场即拂袖而去。
这是研究系加入段内阁以来首次受到的难堪待遇。本来自讨平张勋政变以后，研究系在段内阁内如日当中，可是段和研究系的蜜月还不到一个月，研究系一向标榜温和主义，可是矛盾的是他们并不反对段的武力统一政策，还出主意召集临时参议院，公然参加卖国借款条约的签订。到了四川问题发生，直接地侵犯了研究系的利益，才与段有了冲突，到这时才发现段一点也不留情面。
研究系在政治舞台上最红的时期，也是它政治上开始堕落的时期，他们本是改良主义者，在依附北洋军阀后，受到这次打击，从此在政治上的影响越来越少，终于沦为一个无足轻重的政客集团。
川、滇、黔军的第二次调停也无效果。10月下旬，川军第二师在荣县，第三师在资州、内江一带又和滇军大打起来。10月14日周道刚卸下了“中立”伪装，通电斥责滇军顾品珍在内江首先进攻川军第三师。而刘存厚则一再催促北京政府下令讨伐唐继尧。
四川这场战争，川军占有地利，利用川人反对滇军，所以颇占上风。
段祺瑞的内弟吴光新是一个胆小如鼠的将军，他奉命入川，却在宜昌逗留了一个多月不敢前进。段把属于国民党的熊克武调为川边镇守使，把川军第三师长钟体道调为重庆镇守使，钟体道和刘存厚很接近。同时电令陕西督军陈树藩派陕南镇守使管金聚统率一个混成旅开进川北，以策应由湖北开入四川的北军。
10月中旬，川、滇两军在北江、威远、荣县展开了拉锯战，唐继尧把后援部队庚恩旸、黄毓成两军都开到永宁和叙州。
段打算下令讨伐唐继尧，责成刘存厚驱逐滇军出川。冯国璋持相反的意见，认为大事应该化小。段又建议调唐继尧到北京担任参谋总长，如唐不肯北来，即下令讨伐。冯也不以为然。冯最后作这样的让步，就是只讨伐滇军，不提唐继尧。因此10月17日北京政府下令谴责在川的滇军将领黄毓成等，令其迅速退出四川，责成唐继尧查复。
10月24日吴光新率领李炳之混成旅开入重庆，熊克武将所部川军第五师移驻重庆城外50里。但本人仍留在重庆。这期间川军第二三两师夺回内江、威远、荣县、自流井、富顺。滇军向泸叙退却。10月30日，北京政府下令斥责滇军将领顾品珍、赵又新、黄毓成筹集结兵力于泸县、富顺、自流井向川军攻击，均予褫职通缉处分。11月12日授周道刚为四川督军，刘存厚为四川军务会办。
段把吴光新督川任命廷搁，是因为刘存厚有电到北京说：“川事川人可了。”段要利用川军打滇军，所以只好将就川军。
11月6日，唐继尧由昆明移驻毕节，想亲自出马挽救滇军一蹶不振的局势。可是自11月16日到28日，川军第二三两师继续占领泸县、纳溪、南溪、叙州。黄毓成作战受伤，被迫下令停战。11月20日，北京政府加授周道刚陆军上将衔，升任川北道道尹张澜为四川省长。
就在这个时候，湖南局势突然转趋对段不利，段内阁摇摇欲坠，而四川战事也并非一面倒，因为滇军究竟还是一支作战能力很强的部队。12月1日，滇军忽出奇兵绕道偷袭重庆，在重庆西门外15里的浮图关上出现，同时驻綦江的黔军也开到重庆对岸。熊克武的川军也开回重庆。于是吴光新和周道刚都逃之夭夭。
12月8日，北京政府任命刘存厚为四川督军。
一二三、孙中山在粤护法
张勋复辟，黎元洪逃到日本公使馆避难时，海军总长（国民党员）程璧光在上海，他曾派军舰两艘到秦皇岛迎黎南下，同时以海军总长名义发布海军讨伐叛逆的电报。这时冯国璋还在南京，对于程璧光的行动颇为不满。而北洋军阀认为李经羲在6年6月24日组阁时已发表萨镇冰为海军总长，调程璧光为海军总司令，程不应以海军总长名义自由行动。可是国民党认为从6月14日张勋到北京起，黎元洪就失去自由，李经羲内阁根本是张勋的傀儡工具，6月14日以后的总统命令应当视为无效，所以程仍以海军总长名义在上海宣称奉大总统命讨逆。
孙中山在上海曾有一通忠告段祺瑞的严正电文，这是7月19日发出的，电云：
“民国不幸，伪清僭据，足下以为马厂偏师，恢复共和，重奠京邑，此盖强虏自亡之会，而亦足下迷复之机。伏念共和、帝制迭相乘除，已历三次。所以起灭无常者，实由是非不定，刑赏无章耳。夫洪宪佐命之徒，宣统复辟之辅，其为帝制罪犯一也。去年洪宪祸首，隐忍未诛；佐命者既得从宽，则复辟者当然无忌。徐州、彰德二次会议，（张勋发起徐州会议会，与会各省曾在彰德会议一次。）正在足下初任首揆之时，拱手处中，不能锄治，而复奖以勋权，启其骄悍，是以伏戎遍国以有今日。而民间清议，亦谓复辟之祸叛督实为先驱。要求宣战之不已，以至殴击议员；殴击议员之不已，以至解散国会；解散国会之不已，以至复建伪清。本为一人保固权位，以召滔天之灾；足下奖成此患，岂得不为追咎。文于数月前，曾献忠言，不蒙采纳。至黄陂不得已而下免职令，犹不悛改，悻悻以引起祸乱，不负责任为词。今日因败为胜，功过相偿，天日鉴临，人心共谅。乃总理一职，既无同意，亦无副署，实为非法任命；果出黄陂手谕与否，亦未可知。足下当以义师首领自居，岂得以国务总理为号，以免职兴戒，而以复职自贵，狐埋狐搰，皆在一人，岂所谓为国忘身者乎。张勋以愎戾之资，悍然复辟，所统辫兵，素无训练，其势本易与耳；张绍曾等倡谋讨逆，近畿将领，不少靖献之人；器械完利，士马精强，扑灭殷顽，易如反掌；徐州余寇，复何足云；而足下必任段芝贵为东路总司令，倪嗣冲为三省总司令，段本洪宪元凶，倪则叛督首领，一蒙驱使，得冒天功以为己力，沮忠正倡义之气，开叛人狡诈之端，岂自比明之熊文灿耶。乃又抑止诸军，不容兴师致讨，欲以易成之绩，交与倡乱之人，偏私狭隘，毋乃过甚。丙辰近鉴，贻祸相同，此又足下所宜自省者也。文愿足下，上畏民岩，下思补过，任良将以伸正气，讨群叛以塞乱源，诛洪宪佐命以示至公，戮伪主溥仪以惩负约，保国赎愆，敦善于此。若以小腆易败，据为大功，因势乘便，援引帝党，擅据鼎钟，分布爪牙，则西晋八王之相驱除，唐末朱、李之相征讨，载在史册，曲直无分。正恐功业易隳，祸败踵至，凡我国民，亦不能为辅助矣。以足下天性强毅，本非狐媚之人，故愿尽忠以告，是非利害，在足下自审之耳。”
复辟时，广东省长朱庆澜曾派人到上海和孙中山联系，同意以广州为护法的根据地。7月10日孙中山率领应瑞、应琛两舰到汕头，13日派章炳麟先到广州接洽。广东内部虽然复杂，可是对孙中山仍然欢迎。因此孙便于7月17日到广州 ，广东督军陈炳焜和省长朱庆澜都到江岸欢迎。且在黄埔公园举行了欢迎大会。
孙中山在欢迎大会发表演说，揭破了复辟是北洋军阀所布置的政治圈套，他说：“段祺瑞引用段芝贵、倪嗣冲这些复辟派做讨逆军统帅，以逆讨逆，忠奸不分。今天的中国，不是复辟与共和之争，而是真共和与假共和之争。今天真复辟者少，假共和者多。”这真是一针见血的话。
7月22日程璧光和海军第一舰队司令林葆怿自吴淞率领所属舰支开赴广东，唐绍仪、汪兆铭、伍廷芳等同行。就是这一天，他们由海军舰队发出宣告，通电自主，他们提出佣护《约法》，恢复国会，惩办祸首三项主张。并称自《约法》失效，国会解散之日起，一切命令无所根据，应视为无效，亦不承认发布命令之北京政府。
孙中山与驻沪海军是事先约好的，海军第一舰队南下护法，这使段祺瑞在北京大为震动。段内阁为了紧急应变，立即调升第二舰队司令饶怀文为海军总司令，并以林颂庆为第一舰队司令 ，杜锡珪为第二舰队司令。7月25日段内阁并发表广东省长朱庆澜和广西省长刘承恩对调。朱庆澜以广东自主为理由，拒绝接受这个命令。
广东在当时的西南，是政治和军事中心，不过广东内部的情势很不稳，虽然不像四川那么表面化，可是也是极复杂。段祺瑞对广东是采取一方面自外面施加压力，一方面在内部制造分化，利用地方派军人的排外主义，企图制造广东内部主客两军互相混乱，使北洋军能乘虚而入。当时北洋派势力已占领了福建和江西，这两省和广东毗连，段打算拿这两省当作进攻广东的跳板，同时从海道运兵在广东沿海地区登陆。段这个计划受阻于江西，因为江西督军陈光远是直系，直、皖两系对于向南方用兵意见不一致，所以后来段乃派兵取湖南另开一条取广东的路线。
广东内部一直不稳，几种势力明争暗斗。桂系军人陈炳焜是广东督军，自居于统治者地位，但是省长朱庆澜也有兵权，他统率警卫军及地方派军人。他们之间是对立的，督军和省长对立，桂系军人和广东地方派军人对立。另外，在北江还有滇军两师兵力驻防，由李烈钧率领，是国民党的基本武力。广东地方派军人有时和国民党联合以对抗桂系，有时又在南方与北方之间、国民党和桂系之间摇摆不定。
两广是在督军团叛变和国会被解散时宣称“自主”的。北京复辟时，桂系便高唱出兵，不过实际上却没有行动，主要是想利用时机以统一广东的军权。驻粤滇军以及朱庆澜所属的警备军也想北伐，但是桂系不肯给予军事装备。李烈钧事后曾指责陆荣廷 ，说他故意躲在家乡武鸣装病，坐失北伐良机，让段祺瑞重登政坛玩弄一切。
广东的桂系既然是统治者，对于滇军和地方武力便吝不予军费，逼得驻防各县的地方军纷纷就地筹饷。朱庆澜以省长名义发行救国公债，滇军则提印花税甚至扣留鸿安公司的鸦片以充军费。桂系便以此为理由打击滇军和朱庆澜。
桂系所搞的自主，完全是一种投机手段，他们认为自主是半独立，在半独立情形下，他们采取联冯倒段的策略。因为是半独立，对于北京政府的命令便根据自己的利益来决定应付办法。陈炳焜在孙中山到广州后不久即赶到梧州请示陆荣廷应该如何应付，陆认为抗拒孙会惹大反感，首先应该排斥朱庆澜而把地方武力夺过来。陈返穗后即照陆意思做，策动肇阳罗镇守使李耀汉驱逐朱，以省长职位饵李。朱在李耀汉的压迫下向省议会辞职，并要求准予将省长亲军20营交给陈炯明接管，这批亲军朱是从龙济光手上接收过来的，当时有兵额40营，接收后编为省长直辖的地方保安部队，其后被陈炳焜分出20营，余下的编为“省长亲军”，由陈炯明为司令。朱去职时打算把这批亲军改编为海军陆战队，仍以陈炯明为司令，名义上则属于程璧光的海军节制以免落入桂系手中。
8月26日朱庆澜把省长大印交给省议会，根本不理睬陈炳焜就去了香港。陈大为愤恨，当天在布告中说他是“私人出走，有心扰乱治安。”
8月28日广东省议会选举胡汉民继任省长，这种选举并不合法，可是广东既已经自主也只有从权了。省议会选胡的理由是因为胡做过第一任广东都督。可是桂系当然是持反对态度，因此陈炳焜派人到省议会抢了省长大印，且以督军命令接收了省长亲军。另一方面陈炳焜早已向北京政府保举李耀汉为广东省长。段内阁对于这个自主的省区竟承认北京政府的人事任命大权，实在喜出望外，他巴不得桂系和国民党矛盾扩大，所以北京政府于8月31日正式命令李耀汉为广东省长兼肇阳罗镇守使。在国民党来说，当时最重要的工作是召集非常国会，因此自不愿在省长问题上与桂系闹翻，宁愿拿省长来交换桂系对组府问题不加干涉。于是胡汉民便向省议会辞谢省长，举李耀汉为代，省议会乃举李为省长。
这期间，国会议员在孙中山邀请下已纷纷南下，8月中旬，国会议员到广东的已有130余人，多数为国会中的政学会、益友社、民友社三系议员。8月18日孙中山在黄埔公园欢宴他们，席间大家决定贯彻护法主张，组织护法政府。19日国会议员们发出通电云：
“民国不幸，祸患频仍。倪逆称兵。国会被毁。张贼复辟，国体动摇。造乱之徒乘机窃政，托名讨贼，推翻《约法》，擅立政府，易置总统。执法以绳，厥罪为均，又复叠逞狡谋，围湘窥蜀，输兵南下，其势骎骎，凭借北洋，压制全国，充类至尽之义，吾民宁有噍类之存？所幸诸公独持正义，兴师讨贼，信誓在人，救我黔黎，定兹国难，公等之责，吾民之望也！同人等或受国民之托，职务未终；今被国贼之驱，责任难弃；用依《约法》自集于粤。人数未满法定，本难遽行开会。惟念时局之危，间不容发，西南散处，意志辄殊，对外则冯、段宣战，我将何以处德、奥？对内则黄陂孤陷，我将何以设政府？凡兹重要，亟待讨论。爰绎主权在民之则，师法人国变之例，特决定本月廿五日于广州开非常会议，以谋统一，以图应变。区区之意，如斯而已。”
《国会非常会议组织大纲》于6年8月29日在广州议决公布：
第一条：国会非常会议，以现任国务议员组织之。
第二条：国会非常会议之