会师中原三策，把岑春煊说得喜笑颜开，从此李根源便成为岑的重要军师了。接着他换了一套西装去见孙中山，力陈自己参加同盟会，献身革命种种，此次在陕西就是因为反对不革命的军阀陈树藩而遭受打击，现在不辞万难，来广州追随先生革命。孙对每一个同志都是信任的，对李根源自然也不例外。最后他穿了军服去见广东督军莫荣新，谈到粤境滇军的统率权，认为云南督军唐继尧遥遥指挥这支滇军是不合理的，也不符现实需要，应该由荣师（指莫荣新）指挥才是。莫荣新听了正中下怀，便对这位来自陕西的云南人刮目相看，引为知己。
李根源在广州分别接触了军政府三位总裁，都赢得了他们的好感，尤其是莫荣新，他是实力派，不久他就发表李根源为粤赣湘边防督办 ，节制北江的滇军。
滇军是在民国5年护国讨袁时，由李烈钧率领到广东的，此后一直留在广东。军政府成立后，李烈钧出任参谋部长，仍指挥滇军。这支滇军共有两师，番号是第三师第四师。第三师师长是张开儒，第四师师长是方声涛。滇军的防区本来是划在北江，军政府成立后不久，第四师师长方声涛率部移驻西江，北江便只有第三师一师。7年5月，张开儒因为倾向国民党。被莫荣新免职，由唐继尧电派郑开文继任师长。
滇军的矛盾是有双重领导，系统上归云南督军指挥，而实质上则要受广东督军管辖。李烈钧因为是国民党，所以不受莫荣新的欢迎，因此李根源一番游说，很容易便打动了莫荣新。
唐继尧听说李根源被桂系的广东督军委派为粤赣湘边防督办，大为担心，唐知道李的手段，生怕这支滇军被李掌握后变成李的政治资本。但他又无法反对或阻止，于是乃加派李根源为靖国联军第六军军长。靖国军和护国军不同 ，护国是讨袁，靖国是护法。另方面唐暗暗通知驻扎北江的滇军师长张开儒，要他小心应付李根源。
李根源到韶关接事，他集合滇军训话，在讲台上他先自己左右开弓地打了自己两个耳光，然后用诚挚并且忏悔的语调对滇军官兵说：“根源对不起家乡，对不起三迤父老和弟兄，这次在陕西失败，我自己痛加检讨，深深觉得过去自己在做人做事上太差，对家乡父老尤其对不起，现在我是以赎罪的心情到北江来，请各位安心工作，我不会随意调动每一个官兵。”他的话使到每一个滇军官兵都很感动，大家本来对于这位李大麻子有戒心，自经他一番话后，完全冰释，认为他经过陕西一役，确已改变了。
其实李根源是一步一步要抓住滇军，他的行动当然惹起李烈钧的反感，二李在日本是同学，后来护国之役在云南又是同袍，本是极要好的朋友，就为了争夺这支滇军，为之反目。
8年秋天，国民党元老张继到了昆明，张继是支持李烈钧的，因此便在唐继尧面前放了一把火，张说：“由于李根源插手其间 ，驻粤滇军变成桂系和李根源个人的政治资本。”这时唐继尧的滇军在四川和广东都有，在四川正和川军作战，而四川战场上的滇军兵力不够，驻川的滇军军长顾品珍对唐也不够忠实，唐怀疑顾品珍和李根源之间有勾结，因此联想到滇军一出滇后，就难为控制，不如把驻粤滇军调回云南。
9年2月3日桂系下手了，广东督军莫荣新命令李根源把滇军第三师师长郑开文和靖国联军第六军参谋长杨晋对调。这个调动的目的，是要把滇系直接委派的师长调离军队，而派一个和唐继尧没有关系的人物来接收兵权。这显然是桂系想吞吃滇军的第一步。
莫荣新调换滇军师长，事先并没有征求唐继尧的同意，使唐大为光火，即于2月8日、10日连下两道命令：解除李根源的靖国联军第六军军长一职，改派李为云南参加军政府建设会议的代表。同时声明，驻粤滇军由云南督军直接指挥，并就近秉承李参谋部长烈钧办理。这是很妙的事，云南督军支持一位江西姓李的，对抗广东督军支持一位云南姓李的。
滇桂两系因为驻粤滇军的统率权而分家。
在北江的滇军。本来驻有两师，就是第三师和第四师。由于第四师方声涛部调往西江，改编为“援闽军”，所以在北江的滇军另成立一个新的第四师，由云南人朱培德为师长，保持第四师原有的编制和番号。滇军将领因为历史关系，多愿意服从江西籍的李烈钧，而反对云南籍的李根源。
当2月11日，杨晋接任第三师师长时，滇军将领秘密协议，为了反对桂系吞吃滇军，所以密谋扣留李根源，公开反对桂系。只因朱培德是李根源的学生（朱是云南讲武堂毕业，李根源当过云南讲武党的会办），所以故意松了一手，让这位老师未被扣留而脱险逃回广州。
2月13日，滇军师长朱培德、旅长杨益谦、鲁子材等通电反对莫荣新更调第三师长的命令。同时第三师原来的师长郑开文及所属旅长盛荣超、鲁子材，第四师师长朱培德及所属旅长张怀信、杨益谦等联名通电，表示“愿意遵照唐督军命令办理。”
李根源回广州前，通电辞去靖国联军第六军军长，督办粤赣湘边防军务等职务。
滇军抗拒桂系命令后，使到广州的军政府内部极为震动，因为滇军不仅作战力强，同时也象征云南支持军政府，如今公开反目，对军政府来说，是很严重的事。尤其是桂系认为这个钉子碰得太大了，严重地影响了他们在广东的统治地位。
2月14日，莫荣新下令慰留李根源，同时以新任第三师师长杨晋和第五旅旅长盛荣超，第七旅旅长张怀信，第廿旅旅长杨益谦的联名通电反对李根源解除职务，事实上这个电报是桂系强拉滇军将领列名以壮声势的，例如杨益谦就不是支持李根源的。
莫荣新认为支持李根源就是加强桂系的地位，现在李根源竟被滇军迫走，非用实际力量支持他不可，所以便调兵遣将。从2月14日到16日，桂系的军队源源北上，准备对滇军采取强力威胁姿态。
16日莫荣新发出通电：“所有滇军驻粤北江的两师部队，仍应由李督办根源节制指挥。”同时正式表示：“驻粤滇军军饷军械都是广东供给的，因此这支军队一向由本督军管辖节制，今后亦仍照旧。”
21日李根源通电复职。23日莫荣新竟以广东督军兼军政府陆军部长的双重身份，下令撤销驻粤滇军第三第四两师番号，改编为边防陆军三个旅及三个独立团。这个做法简直是和云南翻脸。
2月24日一肚子冤气的李烈钧，在军政府内找到了岑春煊，李质问岑：“桂系要吞吃驻粤滇军，军政府为什么要同意？莫荣新的命令明明无理，为什么要由军政府同意发布？”岑春煊支支吾吾以对，李烈钧为之十分不满，乃托词巡视北江防务，离开了广州，准备在北江集合滇军反抗改编。
同一天，李根源在桂系支持下也由广州回到韶关，劝告滇军接受改编。
26日，唐继尧电请李烈钧责成滇军第三师官兵拘捕新任师长杨晋就地正法。
滇军分裂了，一部分留在韶关的，是服从李根源命令的，大部分由韶关向始兴集中，则是接受李烈钧号召，准备以武力抵抗桂系的改编命令。这一来，广州局势十分紧张，桂系宣布了戒严令，粤汉路火车停开。28日、29日桂军沈鸿英部在新街、太平市一线布置作战任务，广东地方派军人魏邦平、李福林等部也在桂系强大压力下出发布防。
北江两李之争，使岑春煊为之寝寐难安，尤其是李烈钧的出走，使他觉得问题严重，因此他派刘德裕为代表，沿途追赶李烈钧，要刘德裕尽一切可能，劝李回广州。26日李烈钧行抵花县平山镇，准备向源潭出发，当天追赶前来的刘德裕也到了花县，但两人没有连络得上。3月4日李烈钧通过重重难关行抵花县麻墟才接到军政府派专人调停的电报，李立刻表示愿意接受调停。
3月上旬起，滇军亲李烈钧派和亲李根源派在韶关、始兴之间曾小小开火。云南省议会、云南各团体以及云南全体军官都先后发出通电，声讨李根源，反对改编，且对莫荣新也表示不满。而广州方面则对李烈钧予以指责，双方在枪战之后，发动了笔战。
在岑春煊的调停下，莫荣新愿意让步，不取消滇军名义，同时改派不愿接受改编的杨益谦为驻粤靖国军第一军总司令，鲁子材为副司令，移驻湖南边境，军饷仍由军政府负责，但须接受军政府陆军部指挥。
3月25日北江战火停歇。27日岑春煊亲自到韶关迎接李烈钧，李答应由始兴到韶关和岑见面后一同回到广州。31日岑在韶关听说军政府总裁之一的伍廷芳由广州出走，大吃一惊，不及等待李烈钧到韶关，便先返广州了。
4月2日李烈钧到了广州，广州已成桂系一家天下，国民党的重要人物，包括国民党籍的议员都已离开广州，李颇懊悔自己不该再投火坑，而岑春煊承诺的滇军发饷移防，也借口伍廷芳卷走关税余款而不兑现。4月13日改编为边防军第二旅旅长赵德裕（李根源的部下）借口追查逃兵，公然包围参谋部，先放枪示威，然后搜查，参谋次长蒋尊簋因此忿而辞职。同一天警备队队长进入赣军司令部搜查。这两处都是李烈钧常到的地方，因此李烈钧感到处境极不安全，遂跑到海珠海军部暂避，4月27日秘密逃到香港，5月13日由香港到上海。
一六三、七总裁内讧
广东的军政府包括：国民党、政学系、桂系、滇系、粤系，以及名流派如唐绍仪等。当然大家意见并不一致。前面已叙述过广东桂系与地方派粤系军人的斗争，驻粤滇军的内哄等。粤系军人首领前广东省长李耀汉被桂系迫下台赴港养病后，仍然保有肇军总司令的名义，其部将翟汪代理省长，古日光代理肇阳罗镇守使，其他粤系军人如广惠镇守使李福林、警卫军统领魏邦平都和李耀汉有密切的联系，所以桂系对粤系戒心未除。民国8年6月12日广东督军莫荣新进一步下令通缉李耀汉，并没收其财产，派桂系健将林虎继任肇阳罗镇守使，时军政府下令罢免李耀汉的肇军总司令一职，14日林虎前赴肇庆布置一切，这是在广东的桂系准备以武力铲除李耀汉势力的具体行动。由于桂系的压力，广东代理省长翟汪力辞代理职务，派张锦芳暂行护理省长。
桂系在广东对广东军人的压制行为，引起了广东人民和各方面的极大反感，因此广东人民举行了大罢工、罢市、罢课来表示抗议。广九、广三铁路火车停驶，广州市电灯不明，形势极为紧张。这时候广东老百姓只希望桂系力量能够早日被逐出，他们曾有计划拟选举伍廷芳为省长以对抗桂系另派省长。同时在军事上粤系地方派也想连络国民党内的粤系军人，当时国民党内的粤系军人实力分子是陈炯明，陈炯明这时担任粤军总司令正驻军闽南，陈炯明的离粤，也是受到桂系的排挤，他内心当然想回广东，广东地方派军人魏邦平和李福林派人暗和陈炯明通款曲，要求陈率军秘密开回广东，魏李等在内接应，以便里应外合驱逐桂系。
然而桂系在广东的力量究竟是最大的，所以魏邦平和李福林这个计划是不容易实现的，因为桂系一直有军队监视粤闽边区的陈炯明，陈炯明回车的行动立刻会引起阻止行动，很难达到目的。
陈炯明率军回粤的消息传出去了，可是实际行动却很难实现，因此陈炯明只好公开通电否认他要率军回粤的谣言。否认尽管否认，事实上陈炯明在6月25日即秘密与福建督军李厚基签订了粤闽划界停战协定，这就表示陈炯明随时可能率军由闽南撤出 ，不会受到福建方面的追击。
陈炯明当然是日夜希望回到广东，他又何尝忘了广东督军的宝座。
南方的军政府由单一的大元帅制改组为合议形式的总裁制后，实际上的军政府并不在七总裁控制中，而是由桂系所控制。同时名虽号称七总裁，可是这时候，孙中山先生已去上海，宣布辞职。唐绍仪一直在上海担任南方的议和总代表。唐继尧在云南。陆荣廷则留在广西。所以在广州只有岑春煊、伍廷芳、林葆怿三人。虽然那些不在广州的总裁们都派有代表列席政务会议，可是桂系只承认陆荣廷的代表合格。孙、唐、唐的代表桂系都不承认。主席总裁岑春煊则一切听命于桂系。
8年8月7日孙中山在上海通电辞去总裁一职，并声明自辞职日起，以后军政府所发文电如果仍签署他的名字，概不负责。11日广州国会开会议决挽留孙中山。这个期间广州旧国会内政学系议员和照霞楼派议员之间冲突更尖锐化了（照霞楼派是国民党系议员的代称，因为当时国民党籍议员多数下榻照霞楼）。由于对军政府极为不满 ，照霞楼派策动第二次改组军政府，首先提案查办广东财政厅厅长杨永泰，提起杨永泰也是个了不起的人物，他是政学系的军师和智囊。随后照霞楼又建议撤回南方议和总代表，改组军政府为正式政府。对北京政府明令讨伐。又因岑春煊私派代表到北京秘密接洽和议，违反《约法》精神和军政府的合议制，照霞楼派议员提出不信任主席总裁一案，岑春煊于是忿而辞职。这期间政学系很孤单，旧国会各党派与国民党联合起来，于是改组军政府一案遂得通过。九十月间，军政府和国民党占有优势的旧国会已经处于对立的地位，使得军政府的地位摇摇欲坠。
这时候，滇系和桂系还是和好时期，所以唐继尧、莫荣新、谭延辏А⒘跸允懒ǖ纾炊跃淖椤Ｂ饺偻ⅰ⒘州徕⑻费雨＇、谭浩明则纷纷通电挽留岑春煊。
9年初，滇桂两系因为争夺驻粤滇军的统率权而翻脸，唐继尧也打算辞去总裁以拆军政府的台，于是南方的政治局面为之一变，滇系和国民党结合起来，桂系便陷于孤立。国民党计划以云南为新根据地，把广州的非常国会搬去昆明，并在云南组织新的西南政府。当北江滇军问题发生时，广州参众两院议长吴景濂、林森都秘密地由广州潜赴香港，旧国会议员们也一批一批地前往香港集中。
唐继尧计划和粤军总司令陈炯明两面向广东进兵，夹攻桂系，粤军由闽回粤的谣言盛传一时，陈炯明不但和福建督军李厚基秘密妥协，并与亲桂系的滇军师长方声涛部在粤闽边境发生冲突。
9年3月29日军政府政务总裁伍廷芳及参众两院议长林森、吴景濂以反对岑春煊，悄然离粤赴上海。
伍廷芳的不辞而别，使军政府有点手足无措，并不是伍廷芳有什么重要过于孙、唐、唐三总裁，而是伍廷芳有他的价值，因伍兼任军政府的外交部长和财政部长。8年6月外交团取得北京政府的同意，以关税余款的百分之十三拨交南方军政府作为政费，这笔款项指定由伍廷芳签字具领，如今伍廷芳悄然去港，外国人只认签字，谁也无法冒签伍的签字，换句话说领这笔钱发生了极大的麻烦，这就是伍廷芳比其他总裁重要的地方。
同时伍廷芳经手领取的关税余款共五次，全数390余万元，除支付外，还存了180余万元。这笔钱在伍出走时也没有移交，全数携之而去。
伍这一着，比带了军队走还要凶，因为在当时的军政府，财政是最重要的一环。岑春煊赶回广州后立刻写了一封亲笔信，派专人到香港敦请伍回穗，岑在信中说了许多好话，只要求伍回来，无话不可谈，无事不可商。然而伍则坚决拒绝，任来人怎么恳求，就是不肯回去。
军政府只好发表公报：4月8日军政府政务会议解除伍的外交、财政两部长兼职，仍留总裁本职。同时谴责伍廷芳不告而行，既不接受劝告回省供职，又不办理移交。尤有甚者，伍携走了关税余款180万元