让鹿钟麟决定退出北京的，还是吴佩孚的缴械复电，吴既然不接受国民军谋和的要求，留在北京等于是困兽在笼子中。
天下事的微妙即在于此，鹿钟麟欲驱逐段祺瑞，想不到却被段的伏兵所驱逐。
4月15日晚鹿钟麟率领国民军退出北京，撤退前要求退兵费200万元，北京银行公会勉强凑齐。
唐之道军队奉段令入城，即驻守警卫总司令部，段祺瑞也于当天从东交民巷返吉兆胡同，并发表通电云：
“民国成立十有五年，纷乱相仍，迄无宁日。本执政莅事以来，振导和平，不图德不足以感人，才未足以弭变。……本月九日之乱，关系国家纪纲，军人职责者至钜。曩临时政府开始，曾规定应办事项，此后是否按程继进，本执政听诸公论，当此乱极思治，不无贞下起元，共速拟妥善后，俾国政不致中断，佥谋朝同，初服夕具。本执政从容修省，得为海烟逸民，休养余年，所欣慕焉。”
段的通电主旨，在表示虽复职而依然愿意下野。
才恢复自由几天的曹锟，在15日傍晚即赴东交民巷格兰顿旅馆。
贾德耀于同日通电，恢复办公。当天阁议决定齐燮元、张志潭、张英华、吴景濂，刘永谦等免予通缉。免除鹿钟麟本兼各职。免除司法总长卢信职，以王文豹次长代理部务。
段这次复职，是打算联络奉张以抗吴，所以派遣亲信策士曾毓隽到天津，会同吴光新游说奉系诸巨头。可是奉方对曾毓隽和吴光新都很冷淡。
国民军退出北京后，奉军、直鲁联军和吴军都向北京疾进，奉军进驻北京城东北郊，吴军进驻北京西南郊，直鲁联军进驻北京东南郊，奉系派参谋长李藻麟晋京，与吴军会商防区划分问题。
4月16日北京城内组成了京师临时治安会，由王士珍、赵尔巽、熊希龄、颜惠庆、江瀚、孙宝琦、恽宝惠、王家襄、王宠惠、汪大燮、江朝宗、冯恕、周作民、张嘉祐、高金钊、师景云、吴炳湘领衔，于15日起在市公所办事，办事范围包括（一）和平之呼吁，（二）民食之维持，（三）闾阎之治安，（四）外侨之保护。
17日国务总理贾德耀向段祺瑞投了辞呈，文云：
“呈为弭变无方，引咎自劾，请予罢斥事。窃德耀猥以庸才，谬承知遇。投艰遗大，本属难胜。月余以来，备深兢惕。不图事变纷乘，赞襄无策，上惊钧驾，使中枢政务同时停顿。揆诸持危扶颠之义，既亏职责，弥疚神明。此时若再辱高位，不特难资表率，尤恐贻误国家。惟有具呈仰乞钧座俯予即日罢斥，另简贤能，以重枢寄。不胜悚惶待命之至。谨呈。”
附呈段手折：
“窃以四月九日变起非常，前警卫总司令鹿钟麟，称兵犯上，罪不容辞。现虽免其本兼各职，率师退去，纪纲具在，自应按法以绳。惟一年以来，京师治安，鹿钟麟始终维持，不无功劳足录。我执政豁达大度，靡所不容，拟恳宽其既往，免予深咎。是否有当？出自逾格鸿慈，无任惶恐待命之至。谨呈临时执政！”
4月17日贾德耀致冯玉祥电云：
“十万火急，库伦探投冯上将军焕章弟赐鉴：自审辁材，难胜钜任，受命危难，实秉尊旨。月余以来，险阻备尝，勉力支持，万不获已。所以然者，执政知遇之雅，吾弟督责之殷。苟利国家，宁惜顶踵。不意四月九日变起非常，事前既无所闻，临时又无法补救。虎兕出柙，龟玉毁椟，焉用彼相，良用咎心。我公平日主张，所以拥护执政者甚至。德耀之敢于任事，亦即在此。喋血都门，倒戈内向。此等举动，明知决非尊旨，是以不敢随声附和，更背初衷，此中委曲，当荷鉴谅。今西北各军全师以去，奉直军队亦未入京，以后政治应如何改善之处，自应听之全国贤豪。惟德耀个人经此变故，外惭清议，内疚神明，已呈恳执政准予辞职。特将经过情形奉达左右。贵军虽退南口，实力甚充，此次树敌太多，各方应战，以平日训练之精，故能支持如是之久，纪律功绩，有口皆誉。此后分驻西北，正可广辟利源，精炼劲旅，抚此大地，永备于城。一时政治之得失，本不足计较也。素承推置，敢布腹心，伫候明教，无任企祷。兄贾德耀叩。”
段祺瑞复出后，能不能存在端在讨冯诸军对段的态度，因此，段于4月17日分电张作霖、吴佩孚、阎锡山、孙传芳等，电云：
“祺瑞自前岁出膺艰钜，原冀内维国本，外应潮流。民国前途，期于巩固。乃一年以来，事与愿违，心力具瘁。能忍辱而不能负重，欲撒手而无以卸肩。进既招尤，退亦惧祸。回心九转，如坠深渊。自九日事变发生，纲纪凌夷，肝肠尤裂。德薄至此，更复何言。弟等均系患难至交，论公为国家干城，论私为祺瑞手足。纪纲应如何整饬？大局应如何奠定？公忠体国，不乏嘉猷。询谋佥同，必能善后。祺瑞以迟暮之年，既无希冀，复无成见，区区此心，谅获鉴察。祺瑞筱。”
这通电报段希望能得各方复电，俾有商量余地，19日张作霖有复电云：
“段芝老钧鉴：筱电敬悉。法律政治问题，自有海内名流公同讨论，霖本军人，早经宣言不问政局。敬复。”
张作霖这通复电既不称执政，又顾左右而言它，对段是一个很重的打击，然而更重的则是吴佩孚方面。吴根本对段的筱电不作答复，但却有巧电给唐之道和他的所属的三个旅长，要拿办安福党人，监视段祺瑞，同时以王怀庆为京师警备总司令，吴电全文如下：
“北京唐之道师长、王、李、武三旅长鉴：……顷据路透社电，段氏又因冯贼远去，恢复执政。又据探报，借尊衔通电拥段者，系曾毓隽所为各等语。该安福党祸国至此，尚敢横行都下，望从速将安福党人拘捕，并监视段氏，以便依法控其卖国诸罪。至于京师治安，已电王懋帅从速入京维持。所有保护京城军队，除调毅军张恺臣旅就近听调外，所有贵部统归懋帅指挥调遣。应即以王懋帅为京师警备总司令，请即速电迎懋帅入京为要。除电雨帅、懋帅、抚帅及张、李、靳、王、田各司令外，特达。吴佩孚。巧。”
19日下午5时，段祺瑞在私邸召开会议，根据各方情况，已无法恋栈，遂决心下野。6时段携眷偕安福系要员赴东交民巷暂驻。曾毓隽、吴光新、梁鸿志于19晚自天津赴北京迎段，段乃于20日下午1时半偕眷及吴光新、姚震、姚国桢、曾毓隽、梁鸿志、龚心湛、许世英、段宏纲、张树元、章士钊、曲同丰等乘专车赴津，段在行前发布三道命令：
（一）国务总理兼陆军总长贾德耀呈请辞职照准。
（二）特任胡维德署国务总理。
（三）本执政兹已决定引退，自即日起着由国务院摄行临时执政权，此令。
同时发出下野通电云：
“祺瑞忝居执政，一载有余，时局愈纷，心力交瘁。自经本月九日之变，内疚尤深。兹决定引退，已于本日下令将政权交付内阁暂维现状。谨布悃忱，诸维公鉴。”
张作霖在国民军宣布投靠吴佩孚的时候，捏了一把汗，他自郭松龄之变后，元气已伤，担心吴佩孚真的和冯军联合讨奉。可是吴态度光明磊落，对冯军不假辞色，因此使奉张印象更深。他有急电给吴云：“鹿等施其挑拨伎俩，我辈一切举动无不光明磊落。”
吴佩孚既然拒绝国民军投降，国民军唯有自谋出路了。当时的情况，北京是守不住的，只有撤出北京城，重新作一番部署，其部署是：张之江在张家口统筹全局，鹿钟麟在怀来指挥南口的保卫战，宋哲元、孙连仲在多伦以抵挡奉军吴俊升、汤玉麟的骑兵，徐永昌、韩复渠，石友三则在平地泉、丰镇一带防山西阎锡山袭扰国民军后路。国民军后方的安全地带是甘肃，由刘郁芬率孙良诚、张维金入甘。派李鸣钟和刘骥绕道赴广东连系国民党。
南口是京北重镇，有居庸关和八达岭等天险，万里长城也经过这儿。早在15年3月间，国民军刘汝明的一师约15000多人就开到南口加强工事。守南口的决定，是刘汝明所部三十旅旅长王书箴建议。
二三八、颜惠庆摄阁
15年4月15日，国民军退出北京，当夜王士珍等与警察当局吴炳湘会议至深夜，决定三点：（一）派专使阻奉军和直鲁联军入城。（二）北京城内治安由警察维持。（三）城外治安由唐之道负责。可是16日国民军撤退完毕后，段祺瑞即密令唐之道军分两队入城，一队进驻鹿钟麟的警卫总司令部；一队进驻天坛。
张作霖4月16日曾有十万火急电致张宗昌、李景林、张学良和褚玉璞，不许他们的军队进入北京城，电云：
“天津张督办效坤、李督办芝辰、张军团长学良、褚总司令蕴山鉴：此次我军共申义讨，攻下北京，薄海人心，同声快慰。查京师首都，国本所系，使馆林立，中外具瞻，年来为赤贼蟠据，残民以逞，鹿贼弃军潜逃，秩序益为扰乱，地方苦痛不堪，我军师以义举，志在救民，业经迭电申明军纪，严加约束，弟等谅有同情。前已与吴玉帅电商，各方军队，均不入城，以免民心惶恐。对于古代建筑、清宫故址及历代重宝，均须妥为保护，用示优崇，务使市廛不惊，秋毫无犯，以维军纪而慰人心。易胜企盼！并将此电希严令前方各将一体凛遵。上将军。铣。”
但是由于唐之道部队已入城，所以各方军马也开始入城。17日直鲁联军师长王翰鸣率骑兵二百，入京谒治安会，表示唐之道军既已入京，敝军亦当参预。接着徐源泉亦率八十骑由永定门入城 ，张贴布告，宣布联军驱逐“赤”军经过。褚玉璞亦于当天抵达永定门外。18日晨奉军由永定门入城，维持西城一带治安，唐之道军依然警备东城。
奉方重要人物张学良、张宗昌、李景林、褚玉璞均于4月22日入京，当晚11时赴延庆楼谒曹锟，并把曹锟接到福禄居去住。曹锟表示最近以曹锟名义所发各电都是鹿钟麟所捏造，本人无意再掌政务，深愿直系和奉系能捐弃前嫌，开诚合作。
23日王怀庆入京，24日齐燮元入京，这两位代表吴佩孚的高级人士也往谒曹，王怀庆是吴所委的北京卫戍总司令，他带了一份吴拟就请曹宣告总统下野的通电。吴并于23日王怀庆入京当天，发一电给曹锟，电云：
“百万飞火急，北京曹大总统钧鉴：前两次奉到钧电，知为鹿氏所窃发，故不奉复。刘君春霖来，奉读手谕 ，敬审起居祥和，并闻睿虑周至，曷胜欣慰。懋帅王怀庆现已入都，佩孚托呈各节，计达钧听，请将宣言稿即日发布，安一时之人心，固百年之邦本，胥于是赖。恭候聪察。无任惶悚。吴佩孚叩。梗。”
吴代曹拟的下野通电很简单，略谓因病倦政，着恢复13年10月内阁摄政云云。
直系复活，重回北京，现在又变成奉、直两系短兵相接了。共同的敌人——国民军虽已退出北京，可是实力并未瓦解，尚且负隅南口。北京中枢所在，问题多得不得了，奉、直两系能否相安，大成问题。不过在这开始的时候，奉张对吴佩孚相当容忍和礼让。以当时力量而言，吴的力量是乌合之众，且在北方不多，奉军和直鲁联军实力都很强大，然张作霖在北京警卫问题上，就让吴一步，吴发表王怀庆为北京卫戍总司令，张不仅表示同意，而且还致电王怀庆云：
“北京探送王上将军懋宣弟鉴：养电悉，京师根本重地，我弟出任维持，极所欣慰。惟现在进兵南口，余孽未清 ，尚在军事时代，芳辰（李景林）效坤（张宗昌）近在京畿，遇事请与商酌进行，以便接洽。张作霖。漾。”
24日北京临时治安会发出两道通电：
一电：“奉天张雨帅、汉口吴玉帅、太原阎百帅、南京孙馨帅钧鉴：漾电计达，现在效坤、芳辰、汉卿（张学良）三总司令并王懋宣帅均应本会之要求，先后莅京。效坤诸司令之任务，专在检阅近畿军队，视察军纪以及谋军用票之流通，定奉票之价格。预定二三日内诸端就绪，即各归原防。本会筹思再四，在中枢未定之时，京师地方关系重要，拟即请懋师担任维持，以定人心。至近日京郊大军云集，虽深知各军军纪均甚严明，仍恐纠查难周，或生意外。拟即挽芳辰总司令留京，受理总执法事务。一面更推为本治安会会员，以资遇事接洽。特电奉闻。临时治安会王士珍、赵尔巽等敬。”
二电：“奉天张雨帅、汉口吴玉帅鉴：中央自经变故，政务久已停顿。及合肥下野，阁员星散，更属负责无人。中枢中断，实为历来所无。长此迁延 ，不惟庶政停滞，而外人见我久无政府，国际地位恐亦受其影响。前途茫昧，危险不可胜言。迭电吁请两公克日入都，仍乞从速命驾。倘一时实属暂难启程，务望会同指定资深望重之全权负责代表来京主持。或玉帅来电摄阁云云，亦望早日实现。否则国本动摇，老朽等殊难负此重咎也。临电迫切，伫盼惠音。王士珍、赵尔巽等同叩。敬。”
25日晚齐燮元、王怀庆、张学良、张宗昌、李景林等会议，结果：（一）对护法或护宪，听吴主张。（二）对国会问题，拟一变通办法电奉请示。（三）对治安问题请王怀庆即就卫戍总司令职。（四）对于张之江、门致中向吴张输诚问题，须以张、门两人先将“赤党”驱逐为前提。
张学良将这些决议案于26日携回奉天向张作霖请示。张宗昌亦于27日离京赴南苑检阅部队。
北京的治安问题由王怀庆负责，军纪问题则由李景林负责，等于直、奉各出一人。
段祺瑞下野后，虽然由胡维德以外交总长代理国务总理，摄行政务，可是这只是一个过渡，中枢组成的形式和人选都需要待新的后台大老板吴佩孚和张作霖决定，所以北京治安维持会一而再电促张、吴两氏入京，就是要等他们协商一个双方都同意的政府。
然而急惊风遇到了慢郎中，北京方面是这么迫切地盼望，这两公却毫无来意。为什么他们迟迟其行呢？这中间自然是有原因的，在张作霖来说，他当然不同意吴佩孚的决定，可是他不好意思明显地反对，同时经验告诉他，北京的政权是个陷阱，万万不可轻易投身其中，所以他一再表示对于中枢政权没有意见，他的没有意见却保留有反对权，当他不同意吴佩孚的意见时，事实上吴的意见就行不通。至于吴佩孚呢？
他认为13年10月冯玉祥倒戈以后的北京政府都是不合法的，现在应该恢复冯倒戈以前的原状，不过他并不是主张曹锟继续做总统，所以曹复任总统，然后宣布下野，吴属意颜惠庆组阁并且摄政。张作霖不表示意见，可是暗中则主张另起炉灶。张既然对颜阁态度冷淡，颜惠庆对于组阁就不敢轻易尝试。
曹锟的下野通电一改再改，一方面由于奉方不赞成护宪，曹发表下野通电就是护宪；另一方面曹二爷的左右也包围曹，劝他不要下野，这样拖了近十天。
4月30日晚直系在延庆楼会议，认为等奉天同意，旷日持久，不若由曹锟先宣布下野，恢复颜惠庆内阁的行政权，然后再向奉方疏通。
5月1日曹锟下野通电发表，内云：
“北京十三年十月之国务院、参众两院；各省军民长官、各省省议会、各法团、各报馆转全国公民公鉴：锟忝膺重托，德薄能鲜，致令部曲扬贰，纪纲失坠。十三年十月廿三日，冯玉祥倒戈，锟受闭锢，自是法毁乱滋，国无元首，迄今一载有半，良用疚心。今联军讨贼，巨憝已除，大法可复，国务院自当复政，依法摄行大总统职务。锟自惭失驭，久已倦勤，非弃屣以鸣高，且闭门而思过。所冀各方袍泽励翊协和，共循法轨，锟优游林下，获睹承平，欣幸曷极。特电布达，愿共察之。”
曹锟通电发出后，即于5月2日