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孟昭月逃返杭州，以其第十三团团长郝云亭为杭州戒严司令，以第二师第三旅段承泽部转调富阳，孟昭月且亲赴富阳督战，分两路反攻，血战四日，革命军士气如虹，终于摧毁了孟昭月的最后攻势。
革命军在浙东赢得辉煌的胜利后，孟昭月逃回杭州，在杭勒索军费300余万元，然后率部转进松江，段承泽退武康，李俊义经德兴移吴兴，周荫人至嘉兴。
16年2月18日革命军中央军即进占杭州；右翼军占萧山；左翼军主力进占临安、余杭。19日白崇禧入杭州。
何应钦所直接指挥的东路军第四、五、六等三个纵队在16年1月下旬由闽北出发，第四纵队向江山，第五纵队向处州，第六纵队向温州分途兼程前进。何应钦将福建省政交方声涛以代理主席身份处理，福建治安则令谭曙卿负责维持。
1月28日何应钦由福州经延平、建瓯、浦城越仙霞岭入浙，2月17日至衢州，23日抵杭州。
2月上旬孙军蒋起凤和段承泽等部尚盘据宁海、绍兴，周荫人的司令部还在台州，另一部在临海、黄岩一带，革命军遂全面出击，从事肃清浙东的军事行动。
浙东的战斗反复而曲折，可是由于革命军士气如虹，因此终告肃清浙东，收到辉煌的战果。
孙传芳自2月中旬由杭败退后，其残部集中松江、上海一带。其时直、鲁军褚玉璞、张宗昌等部，纷纷南下，至3月初旬，鲁军毕庶澄部，已进抵苏、沪一带，一面积极部署，一面与革命军互通款曲，将鲁军作战计划密交与革命军，并声言愿与革命军合作，但以革命军不攻苏、沪，毕即率部由江阴北渡为条件，革命军不信毕有诚意。
这个时候孙传芳内部已告分裂，其驻沪第九师师长李宝章部，已派员至杭州向革命军输诚，愿将上海及沪、杭线交出，率部向南京、浦口迎拒鲁军，当经革命军委为第十八军军长。此时上海工人正作大规模之罢工，要求孙传芳撤退，在沪海军已改树革命军旗帜，其陆战队已在沪登陆，又因皖南孙传芳部第六师陈调元部、第三混成旅王普部加入革命，皖南地区亦已为革命军江右军领有。不过孙传芳自战败后，野心未死，仍欲保有苏境，以图反攻，曾求救于鲁军，鲁军亦将南下参战，革命军如果不及早消灭孙军残部，则鲁军到达后必将先期发动。何应钦、白崇禧即在杭州召开军事会议，策定进军方略。
一、以前敌总指挥所部之第一、第二、第三各纵队，沿沪、杭路前进，攻略上海。
二、以东路军直属之第四、第五、第六各纵队及第二军经宜兴、溧阳，向常州、丹阳前进，进占该两地后，以一部右旋回向无锡、苏州，协同前敌部队围歼淞沪地区之敌，以主力左旋回向南京前进，与江右军协同攻略南京。
何应钦和白崇禧在杭州商定进攻计划后，即分途率军前进，白率第一、第二、第三各纵队及李明扬先遣队，集中平湖、嘉兴附近，暂取攻势防御，俟何率领之各纵队占领宜兴、溧阳后，乃向淞、沪进攻。16年3月15日，革命军正围攻溧阳，白崇禧乃提前令各纵队于3月16日向淞、沪之敌开始进攻。
3月16日，革命军开始攻击前进，孙军以松江为上海西南屏障，竭力抵抗，并以铁甲车及其所有炮火集中革命军铁路正面猛力轰击，革命军正面顿受损伤，无法进展。白崇禧为压制及摧毁正面孙军之火力，乃以铁路货车厢急造炮垒列车中山号增援攻击，并以第二十六军自右翼，总预备队自左翼，三面包围攻击。数次奋勇冲锋，孙军不支，纷纷向上海溃退，革命军遂于21日晨占领松江城。同日第二十一师自吴江前进，于当午占领苏州；遂分途乘胜追击，进迫沪郊。这时外国军队在租界内鸣枪示威，并越界构筑工事，借故抗拒与迟滞革命军之前进。经革命军强硬抗议后，外军始退入其租界内，革命军即续行进击，卒将直、鲁军第八军毕庶澄部，在闸北地区悉数包围缴械，淞、沪地区遂于21日全部平定。
毕庶澄逃回山东。
当革命军进攻淞、沪时，因得海军之协助，迫毕庶澄部撤退甚速。北洋海军总司令杨树庄，于革命军未入浙之前，即与革命军密取连络，当革命军东路军平定浙江，进攻淞、沪时，杨树庄即率海军向孙军及鲁军进攻，并袭击沪敌退却之长江后路，收效颇大。迨革命军攻克上海后，杨树庄就任国民革命军海军总司令职，将所有海军舰艇，编为四个舰队，以陈季良为第一舰队司令，陈绍宽为第二舰队司令，陈训咏为练习舰队司令，曾以鼎为鱼雷游击舰队司令，革命军有海军之加入，实力大增。
淞沪之战告一段落，革命军即分由浙西和长江两岸向下游推进，打算把孙传芳的残部连同来援的直、鲁军一并围歼于沪宁之间。
革命军以江右、江左两路军分向祁山、至德、潜山、霍山之线前进，16年2月20日孙部十五师师长刘宝题投效革命军，就任新编第三军军长兼江右军第四纵队指挥官；3月4日第六师师长陈调元亦投效革命军就任北路军总指挥兼第卅七军军长，叶开鑫投诚就任新编第五军军长，王普投诚就任新编第廿七军军长，安庆和皖南地区遂兵不血刃而全部底定。
2月27日程潜率江右军主力向芜湖和宜城前进，3月6日占领芜湖，17日占领当涂。
安庆、芜湖攻下后，革命军即可会攻南京，事实上革命军除了在当涂打了一仗外，余均势如破竹，国民革命军的北伐，在长江下游是进展神速的，而孙传芳虽然得到直鲁军的增援，可是对他的苟延残喘毫无帮助。
孙传芳的主力和直鲁军毕庶澄、常之英两部，于16年3月中旬被革命军东路军在沪宁线及松沪地区击破后，即纷纷渡长江北退，国民革命军遂占领上海、苏州、常州、丹阳一带。革命军江右军同时占领当涂，进迫南京。江左军则向皖中挺进，与陈调元部协同压迫津浦南段及淮北地区。南京附近仅有直鲁军一部分，其余北洋军主力均已退集江北。
南京方面褚玉璞部主力守备下关，一部在汤水、龙潭。粤军谢文炳、陈修爵等部，主力在江宁县，一部在淳化镇、龙都镇、秣陵关。鲁军第六军徐源泉部及白俄兵主力在陶吴镇，一部在江宁县，均积极加强工事，企图固守，待援反攻。江北方面：孙传芳所部，企图自运河两侧，张宗昌主力则企图自津、浦正面积极增援，期待革命军一旦渡江攻击时，乘机反扑。孙传芳及张宗昌则分驻于清江浦及蚌埠指挥。
革命军以全力会攻南京。这时革命军的态势是白崇禧所率领的第一、第二、第三纵队已进占上海、苏州。何应钦所率领的第四、第五、第六纵队亦已占领横林、常州、丹阳；四方八面向南京合围。同时为了巩固淞沪防务，乃设立淞沪卫戍总司令部，以白崇禧任卫戍总司令，并抽调白军一部，增加南京方面之作战。16年3月22日，何应钦到达镇江，这时北洋军有死守南京打算，于是急电白崇禧，迅速肃清淞、沪残敌后，立即抽调一部与第五纵队乘车向南京增援。是日第四、第六纵队之先头，进至栖霞街、东流镇、汤水镇附近之线。
16年3月17日革命军江右军占领当涂后，先头部队续进至采石矶、马家村之线，与东路军协定，会攻南京；原来拨归东路军指挥之第二纵队，亦于3月19日，到达溧水，归还江右军序列。这时第四师在柘塘镇，第五师在曹村镇，第六师在洪蓝埤各附近集结。程潜原定于3月21日，开始向秼陵关、江宁镇之线攻击前进。
革命军既然已对南京合围，南京方面想作困兽斗的作为就有限了。
民国16年3月23日革命军江右军第二纵队鲁涤平部占领江宁县后，进迫中山门、光华门；第三纵队贺耀祖部占领将军山、牛首山、幕府山，向通济门、武定门进击；第一纵队程潜部击破大小山、马石山、西善桥一带北洋军，向雨花台猛追。北洋军狼狈向城内回窜，革命军衔尾跟踪，自中华门冲入南京城。其余各纵队于是日晚亦分别进入城内，北洋军未再抵抗，纷纷逃散，一部由下关抢渡，窜回浦口，革命军遂完全占领南京城。何应钦于同日到达上塘镇后，其先头部队，亦已抵栖霞街、东流镇之线，得悉南京已被攻下，即令第六纵队，在汤水镇附近待命。第五纵队在无锡、江阴待命；自率第四纵队，于3月25日进驻南京。
孙传芳曾夸口说革命军越过湖北和江西，战线拉长后兵力分散，他以逸待劳，可以予革命军迎头痛击，想不到一败于江西，再败于福建，三败于浙江，四败于安徽，五败于江苏，他的五省联军完全不是革命军的敌手，比起吴佩孚来更是不堪一击。吴佩孚的部队在武昌还打了一场硬战，孙传芳的军队则一败再败。
南京后来成为国民政府的首都。事实上南京是历史上的一个古城，三国时吴国建都于此，以后东晋和南朝的宋齐梁陈都建都于此，前后共六个朝代，五代时的南唐和明代太祖一朝也建都于此。民国元年曾以南京为临时政府所在地，后来因为袁世凯继任临时大总统，不愿离开他的北洋势力所在地，因此才勉强改北京为首都。国民革命军北伐克复南京后，即遵从孙中山遗志，定南京为中华民国首都。
16年4月18日国民政府为奠都南京告全体将士书：
“国民政府此次接受中央政治会议决议，定都南京，目的在恢复党权政权，于三民主义之下，自由施行职权，以实现总理之遗训。总理在世之日，所焦心苦虑者，为如何而可建设自由独立之中华民国，更进而实现世界各民族之平等自由，国内各阶级之平等自由。因军阀专恣于内，帝国主义凌逼于外，甚且勾结一气，以摧遏三民主义之进行，乃不得不先定扫除一切建设障碍之大计，毅然以出师北伐为建国之先着。不幸出师未捷，赉志以终，遗训昭昭，以此重大责任，付诸手造之中国国民党，付诸平生所依重之蒋中正同志。总理既逝，本党秉承遗志，出师北伐，……转战七省，遂定江汉，四十年来，本党军事成绩之伟大，盖无过于今日者。虽然，苟无认识主义，效命党国之全体将士，则蒋同志亦一手一足之力耳，深切言之，此种伟大之成绩，实由于全体武装同志之一心一德，更深切言之，实为主义的成功，军纪的成功。武昌之役，南昌之役，以及肃清东南诸役，吾武装同志之为党国牺牲者，不知凡几，天上英魂，地下碧血，所望为生者之奋斗，最后之成功，故吾侪未死之余生，实负党国之重托，昔程婴生而公孙杵臼死，死者为其易，而生者为其难，国民革命之孤儿，今实保抱于武装生存之同志，故吾人对于武装之同志，既备具尊敬，而又切勉于将来也。”
二四八、吴佩孚挥泪离郑州
吴佩孚自从15年9月6日失汉阳，先退孝感，再退广水，三退信阳，吴本意拟自信阳调援反攻，无奈军心涣散，已无可靠之部属。身边战将只有田维勤担任信阳州以南的防务，至于靳云鹗则自汉口返豫，即入鸡公山，其不满意吴，已达极点。吴在北方虽然尚有可调之兵，可是没有车辆调配，只好徒步南下，因此自郑州以南迄信阳武胜关，各站都有驻兵，派别复杂，不一定完全听吴的指挥。这时河南全境有枪的兵不下三四十万，名义上归吴指挥的，超过10余万，兵心厌战，而军粮饷秣亦艰困万分。
靳云鹗驻军鸡公山，俨然以河南最高军事首长自居，他曾下令，凡通过他的防区的杂牌军队，一律予以缴械，他的亲信黄殿臣奉命执行。9月16日黄部遇上吴佩孚的卫队经过，也不分清红皂白予以缴械，吴佩孚闻讯大怒，勒令捕黄枪决。当晚信阳附近发生兵变，吴仓皇自信阳搭乘三等火车奔郑州。
9月27日息隐保定的曹锟，乘专车赴郑州，曹锟自冯玉祥倒戈遭受幽禁后，直至奉直联合赶走西北国民军始恢复自由，虽然他的把兄弟吴佩孚已东山再起，他则表示不愿过问政治，径返保定闲居。曹为人宽厚，甚得人缘，不似吴佩孚之强项，容易树敌，因此在吴走投无路之际，直系要员纷纷敦请曹锟出马团结直系。
由于孙传芳在吴军危急时不肯赴援，因此使人想到一段往事，认为孙传芳在报旧仇，那是湘军援鄂之役，鄂督王占元求救于吴 ，吴派萧耀南率先头部队驰援，萧军进驻武汉并不开赴前线，坐待王占元的失败，乘机把湖北纳入吴的范围，直系认为吴这一手吃了自己人，太不够意思。孙传芳当时是王占元的部下，亲眼看到这一幕，他虽然因为这一次战役而受知于吴佩孚，但王占元失败的一幕却深印心中。现在他坐视吴苦战而不救援，有人说是历史的重演。因为有这些原因，直系的旧人就想抬曹锟出来团结直系。
曹锟是和夏寿田、张廷锷来郑州的，下榻郑州中州饭店，抵郑当天就染上感冒。而吴佩孚仆仆军事，也抽不出时间来看曹。过了两天，吴才抽出空由张廷锷陪同赴中州饭店谒曹，曹正和夏寿田谈得很高兴，吴入室鞠躬为礼，并请问：“总统感冒好了没有？”曹不理亦不答。房中空气为之寂静，吴再问，曹徐徐而言：“外面风好大哟！”吴说：“今天天气好，外面没有风。”曹说：“外面没有风怎么把吴大帅吹来了。”吴一听知道是曹多心，乃低下头聆训，曹说：“你是大帅，我也做过大帅，我做大帅时有功都是你们的，如果不把功劳分给你们，你怎么会做到大帅，可是你今天有功都是自己的，不能容物，不能开诚对下，自大狂妄，造成今天上下离心离德。”曹越说越气，声色俱厉，吴低头不敢作答。夏寿田和张廷锷用其他话盖过，才把空气缓和，吴遂告辞。曹虽斥吴，可是仍努力团结直系，把靳云鹗找来，靳对曹表示不满吴，曹好言安慰，劝靳顾全大局。
孙传芳在南京坐待吴佩孚战败，他自以为得计，其实却让革命军逐一击败。当革命军出湖南直指武汉之际，倘孙军剑到履及，不东推西拖，与吴军合作，则对革命军来说，是增加了很大的麻烦。孙军按兵不动，直接搞垮了吴佩孚，间接也搞垮了自己，使北伐军坐收各个击破的战果。
孙军初与革命军接触时，略有进展，那时吴在郑州接获孙的战报，自夸对战局有把握，言外之意似在讥诮吴的不中用 ，今后的重头戏只轮到他一人独唱了。怎知时间一久，北伐军在江西捷报频传，孙自夸革命军的前进像绳子一样寸寸剪断，结果是自己做了绳子，让革命军寸寸剪断了。
吴佩孚由汉口退到郑州后，其辖区是：北自保定，南至武胜关，靳云鹗在郾城设立司令部，日日言反攻而日日按兵不动。按兵不动是靳的一贯作风，吴佩孚这时的处境实在很恶劣，一面是明敌，一面是暗敌，用两面作战来形容吴的处境还不够，简直是背腹受敌。
张作霖天天打电报问吴，今后的动向？张意思是如果吴对付不了革命军，不如让出一条路给奉军，并且愿意把奉军交给吴指挥。然而吴对奉军已有不敢领教之苦，南口作战的记忆犹新，所以他一再答复张说自己的力量足以挡住革命军，现在还不需要奉军加入。
吴退郑州时，以“南”为敌，以“北”为友。事实上国民革命军是把吴佩孚当作头号敌人的，而奉张则满口吴二哥，叫得非常热络。可是形势比人还强 ，如今的吴二哥是个斗败的公鸡，奉军把他看做挡路的瘟神，叫他让路他不让，对于他阻挡北伐军的能力也失去了信心。
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