北京方面听到宋氏被刺，也极感震动，尤以国民党总部丧失了实际的领导人，既哀悼又激愤，纷纷去电上海询问真相。黄兴乃于22日致电北京《民主报》主持人仇蕴存，说明宋氏被刺遇难经过，请刊诸报端，宣示中外，电文如下：
“北京《民主报》仇蕴存兄：叠接都中诸友来电殷殷垂问宋钝初先生受伤情形，刻值治丧忙迫，未及一一拟答，殊深歉仄。特详述于下，请登诸报端，以慰哀感。钝兄于念夜十时四十五分由沪赴京，在车站被奸人由背后施枪，弹由右脊腰上部掠肾脏穿大肠直透下腹皮停止，当即送入附近铁道医院医治。此时钝兄伤虽重而精神如常，然自知必死，即口授致大总统电文，并述对将来之政见，一一告别同志，绝不提及家事，惟云老母年高，不可使知变状。十二时卅分即将子弹取出，念一日午后二时，复集医士五人剖治，又将肠伤缝补涤尽，遗出食物及污血，仍合其口此后神人不谅，死不瞑目矣，竟尔绝命。呜呼！当此国势飘摇之际，而有如此奸徒，不顾大局，戕贼人道，行此暗杀手段，痛何如之，诸君当亦同声一哭也。凶徒正在密探，尚未缉获，谨此讣闻。”
袁世凯在北京作成毫不知情状，他于21日得知宋被刺消息，表示非常意外，即发一电云：
“上海宋钝初先生鉴：阅路透电，惊闻执事为暴徒所伤，正深骇绝。顷接哿电，方得其详。民国建设，人才至难，执事学识冠时，为世推重，凡稍有知识者，无不加以爱护，岂意众目昭彰之地，竟有凶人，敢行暗杀，人心险恶，法纪何存？惟祈天相吉人，调治平复，幸勿作衰败之语，徒长悲观。除电饬江苏都督、民政长、上海交涉使、县知事、沪宁铁路总办，重悬赏格，限期缉获凶犯外，合先慰问。”
22日午后4时，袁方午睡初起，秘书等奔告宋去世消息，袁还愕然说：“有这等事吗？快拿电报来。”秘书捧了束电报来，是陈贻范一电，黄克强一电，江孔殷一电。袁做出极惋惜的样子说：“这怎么好呢？国民党失去了宋纯初，少了一个明白事理的首脑，以后越难讲话了。”这时他还命秘书草拟电报，草拟优恤命令，处理宋身后事，他假惺惺地想借这些来冲淡宋的惨死，他的慰问电云：
“宋君竟尔溘逝，曷胜浩叹！目前紧要关键，惟有重悬赏格，迅缉真凶，彻底根究。宋君才识卓越，服务民国，功绩尤多，知与不知，皆为悲痛。所有身后事宜，望即会同钟文耀（即沪宁铁路总办）妥为料理。其治丧费用，应即作正当开销，以彰崇报。”
他以为这次宋被刺事件是天衣无缝，永不会被人所知。他捻髯微笑，认为又轻轻易易地去了一个政敌，可是表面上却装出一个“坏我栋梁”的样子，并且下了一道缉凶命令，有“暗杀之风，尤乖人道”云云。
宋教仁遇刺殉难，使已经是风雨欲来的时局，变成了大雷暴雨，也是刚满15个月的中华民国一件最耸人听闻、触目惊心的事。
对于宋为何被刺？何人所刺？各有说法，言人人殊。于是谣言不胫出走，大多数人尤其是国民党方面，均认为是袁世凯，可是北洋方面则散播空气说宋被刺是国民党内讧，自相残杀。
宋的政见和孙中山，和黄兴，和国民党内一部分人相左是事实。如南京临时政府时代，宋坚主责任内阁，其他人均反对，后来定都南北之争，宋亦是主张定都北京，与孙、黄定都南京意见不同。国民党的组成，宋的策划和贡献最大，因而成为实际的领导人，一部分革命党和同盟会中人对宋也颇不满，这些都是事实，当国民党组成后，外间谣言甚炽，宋教仁曾于民国元年9月16日发表一封致各报的公开信：
“连日各报载国民党事诸多失当，甚且如《民视报》等谓孙中山先生辞理事职出于鄙人之排斥，《新纪元报》等谓孙、黄有冲突，皆不胜骇异。此次国民党之合并成立，全出于孙、黄二公之发意，鄙人等不过执行之，故党员无论新旧，对于孙、黄二公皆非常爱戴。此次选举理事，孙先生得票最多，惟孙先生此后欲脱离政界专从事于社会事业，故不欲任事，曾经辞职，已由鄙人与各理事再三挽留，始允不辞，现已推为理事长。鄙人与孙先生从事革命几及十年，何至有意见之争，且国民党新立，正赖有功高望重如孙先生者为之主持，亦何至有内讧之原因耶？至于黄克强先生与孙中山先生同为吾党泰斗，关系之亲切，天下皆知，此次北来调和南北意见，主持大计，两公无丝毫之歧异，更何至有冲突之事，如各报所云云乎。方今时事艰难，非有强大真正之政党作中流之砥柱，何能挽回危局。而强大真正之政党，尤非社会扶持，各党互相奖勉不能成立。关于政见，各党即互有不同，然总不宜猜忌离间，日望敌党之不发达。吾人改组国民党时宣言政党宜二大对峙，希望自党发达，同时并希望反对党亦发达，能至旗鼓相当而后已。诚以政党须有道德，其态度固应如是也。作此等谣言之各报，属于何党固不必辨，鄙人总深盼其守政党道德，不再事无谓之猜忌与离间，平心静气以评论国家事，扶持各党，使渐臻于健全之发达，庶几各党乃得日即稳固，从容研究。其在议院有正当之主张，不事喧嚣。其对政府有适当之监督方法，以促成强固有政策负责任之内阁。是岂非国家之大幸事乎，区区之心乞鉴谅之！宋教仁顿首。”
从宋的这封公开信看出谣言攻势的可怕，因为当宋被害后，就有一种流言，说宋是国民党巨头所害，甚且指称是陈其美的杰作。这当然是袁系的人企图用混乱的谣言，转移社会目标的阴谋。
宋教仁遗体由国民党同志卜葬于江湾，出殡时由吴铁城等乘马前导，极尽哀荣，国民党上海交通部并订于4月13日在张园举行盛大的追悼大会，由陈其美主祭，居正赞礼，汪洋读祭文，黄兴因病未参加。大会首由陈其美报告开会追悼宋教仁之深长意义，继由居正、徐天复、吴永珊、于右任、沈缦云等发表悼词，极尽哀思。
孙中山有一副极沉痛的挽联：
作民权保障，谁非后死者？
为宪政流血，公真第一人！
黄兴的挽联非常迫真：
前年杀吴禄贞，去年杀张振武，今年又杀宋教仁；
你说是应桂馨，他说是洪述祖，我说确是袁世凯。
龙阳才子易实甫的挽联，另饶意境：
卿不死，孤不得安，自来造物忌才，比庸众忌才更甚。
壮之时，戒之在斗，岂但先生可痛，恐世人可痛尤多。
宋的墓地在上海闸北，因为纪念他，所以就叫作宋园，墓前塑造了宋一座铜像，作支坐侧思状，下为石座，石座上有章太炎的阳篆“渔父”二字，于右任撰书刻铭：
“先生之死，天下惜之。先生之行，天下知之，吾又何纪，为直笔乎？直笔人戮。为曲笔乎？曲笔天诛。嗟嗟九泉之泪，天下之血，老友之笔，贼人之铁。勒之空山，期之良史，铭诸心肝，质诸天地。呜呼！”
四十八、宋案水落石出
袁世凯做梦也想不到这件刺宋案只是三四天就被破获。
宋死后的当天，黄兴和陈其美就联名致电上海的闸北警局和上海租界总巡捕，请其加紧侦探，缉捕凶手。当时上海电报局局长吴佩璜，是奉陈的命令担任情报工作的同志，陈令吴详查各方来往电报，发现了不少线索。同时有一个买卖古董字画的河南人王阿发前往四马路中央捕房报案，遂使这一骇人的政治谋杀案水落石出，真相大白。王在捕房说：
“十天前我在文元坊应桂馨的家里兜卖古董，因为应是我的老主顾，平素很熟，应这天拿了一张照片叫我在某时某地把这个人暗杀掉，许以事成之后给我一千元作报酬，我因为只懂得作买卖，从没杀过人，因此不肯承担这件事。当时我并不知道照片上的人是谁？今天我在报上看见宋先生的照片，正是应桂馨叫我去暗杀的人，我相信如果找到了应，便可找到凶手。”
上海捕房根据王阿发提供的线索，于3月1日派侦探到湖北路迎春坊228号妓女胡翡云（原名李桂红）的家中捉到了应桂馨。第二天继续搜查文元坊的应宅，又在宅内捉到了正凶武士英，就是他在车站开枪狙击宋的，同时又搜出应桂馨和内务部秘书洪述祖往来的密电本及函电多起 ，五响手枪一支，还有其他证据多件。从这些证件中证明：
杀人的主使者是大总统袁世凯，同谋犯是国务总理赵秉钧，担任联络的是内务部秘书洪述祖，布置行凶的是上海大流氓应桂馨，直接行凶的是失业军痞武士英。
根据江苏都督程德全、民政长应德闳后来制版公布的刺宋凶手铁证，有以下各种，足以证明上面几个人与宋案有关：
一、民国二年一月十四日赵秉钧致应函：密码送请检收，以后有电，直寄国务院可也（外附密码一本，上面注明国务院应密，民国二年一月十四日）。
二、应寄赵的“应密冬电”内有：民党主宋任总理。已由日本购孙、黄、宋劣史，印十万册，拟从横滨发行。
三、民国元年二月一日，洪述祖致应桂馨函：大题目总以做一篇激烈文章方有价值也。二月二日洪致应函：弟须于事前迳电老赵索一数目。
四、洪称应为弟，应称洪为荫之老伯。
五、二月四日洪致应函：冬电到赵处，即交兄（洪自称）手，面呈总统，阅后颇喜，说弟颇有本事，既有把握，即望进行。
六、二月廿二日洪致应函：来函已面呈总统、总理阅过。以后勿通电国务院，因智（称赵秉钧）已将密本交来，统归兄一人经理。
七、三月十三日洪致应电：毁宋酬勋位，相度机宜，妥筹办理。
八、三月十四日应致洪“应密”寒电：梁山匪魁四出扰乱（按此系指宋在各大城市演说指责袁世凯），危险实甚，已发紧急命令设法剿捕之。
九、三月廿一日应致洪“川密”个电：匪魁已灭，我军无一伤亡。
刺宋案破获得如此迅速，绝非袁世凯所想得到，主要原因由于案子发生在上海，不是在袁势力下。袁在此以前也使用过好多次政治暗杀，都得心应手，死无对证，除了辛亥年吴禄贞被刺一案前面已经提过而外，泄露在外的还有这么两则：
一是在南北和议成立后，革命志士罗明典、吴定安联名发表告国人书，揭破袁的政治阴谋，不久有人到旅馆去拜访他们，表示敬意，以后便经常请他们吃酒看戏，一连有一星期之久。有一天那人又约了另一个人来，请他们在齐化门外二闸观水，他们四人分别乘两部马车前往，走到城外荒僻地点，那两个人抽出刀子把罗、吴二人杀害后抛尸而去。吴定安的朋友帅根坤找到了两人的尸体，即向法院控告，法院置之不理。
另一则是清末年，河南人曾广福兄弟四人，因为上书摄政王载沣被递解回籍，民国成立后又因反袁再被递解回籍，途中遭人暗杀，尸体没有下落。
上述这类暗杀，因为被杀的人没有背景和社会地位，所以死了不为人所关心。宋教仁不同了，他是赫赫有名的革命领袖，又是国民党的领导人，他遭暗杀当然被全国甚至国际上所注意的。
依照前述的刺宋证据看来，袁刺宋不仅事先知道，且与赵秉钧共同制定了暗杀计划，通过洪述祖物色到应桂馨。应是个流氓头子，洪于1月14日发给应一本密码电本“应密”，令应直接和国务院通电联系，后来因为赵太忙，乃派洪述祖到上海和应接头。洪赴上海接洽毕回到北京，把经过报告袁和赵，袁答应“毁宋酬勋位”，洪电应以后电报由洪转，不要直接向国务院联系，怕国务院人多嘴杂，容易把机密文件泄漏。洪给应电报中要他作一篇“激烈文章”，就是催应提前动手的隐语。
应桂馨和武士英被捕后，在捕房中口供是：
应桂馨又名应夔丞，是“中国共进会的会长”，据应自称共进会有会员一万万人。
武士英山西人，年22岁，曾在云南当过营长，被裁后流浪来上海。他的供词中说：“宋案是我一人下手，与应夔丞无关。”
应夔丞在辛亥革命前是青红帮头目，武昌起义时，帮会颇有贡献，其组织改名共进会，自以有功，骄恣跋扈，为害地方，浙督朱瑞要拿办他，黎元洪为之缓颊。应到湖北后又勾结军队，所行不法，黎亦通缉他，他乃投奔苏督程德全，又曾赴北京商榷改组共进会，遂与洪述祖互相勾结。
洪述祖早年在台湾胡作非为，台湾巡抚刘铭传拟将其正法，辛亥革命时在上海和应夔丞一块，据说他小有文才，唐绍仪组阁时本有意任命他为内阁秘书长，后来发觉他不正派，才改派魏宸组，洪于是被赵秉钧延揽为内务部秘书。
由于宋案急转直下，不仅凶手被捕，而且铁证如山，足以证明袁世凯、赵秉钧都是主谋杀宋的人，使得袁、赵非常难堪，不得不做一篇遮盖文章。这篇文章表面上看起来是一篇倒乱千秋的手笔，据说由“智多星”赵秉钧想出“移尸嫁祸”的妙计。这篇文章是于3月26日以国务院名义通电各省，内称：“据应夔丞23日函称，上海发现一种监督政府裁判机关，其宣告文内列有宋教仁、梁启超、袁世凯、赵秉钧、汪荣宝等罪状，特先判处宋以死刑，即时执行”云云。赵想以此转移国人视线，把梁启超、汪荣宝等风马牛不相及的人物列为陪客，并且把杀人主使犯也摆在一起，以为这样就能混淆事实，就能使人相信上海真有这样一个暗杀组织，这个组织不但要暗杀国民党领袖，也要暗杀其他政党领袖，甚至还要暗杀北京政府的首脑。
袁为了表示“坏我栋梁”，乃命工商总长刘揆一以吊丧为名，到上海来疏通黄兴。他杀了一个湖南人，却请出一个湖南人到上海来疏通另一位湖南人。刘揆一也是国民党，竟为了一个总长地位，不惜替袁作说客，黄兴对刘毫不客气，他弄得很没趣，回到北京后便向袁称病辞职。
上海地方检察厅公然宣布要票传赵秉钧出庭，这一来可把袁和赵搞得很头痛，他们也妙，只好横了心黑了脸，宣布在北京破了一个暗杀组织，名叫“血光团”，黄兴是团长，北京法院也要票传黄兴。袁的嫡系报纸《北京国报》公然用大字标题“伟人造反”，说湖北季雨霖谋反，是黄兴主使。而国民党的报纸则大字标题“总统杀人”以做报复。
应、武两犯是于4月16日由上海租界的会审公堂移交给上海地方检查厅看管的。江苏都督程德全、民政长应德闳亲自从南京到上海来，会同上海地方检查厅长陈英，在上海交涉员署内执行检查手续。
4月26日江苏都督程德全、民政长应德闳发表通电把有关宋案的证件全部发表。袁命令北京的司法部通电否认地方长官有宣布宋案证据之权，认为这样是干涉了司法独立。
宋案发生牵连到赵秉钧后，赵很没趣，袁也很光火，于是赵乃避嫌辞职，袁在赵辞呈上批为准予请假暂时休息。4月3日赵在北京《新纪元报》发表了一段谈话，把他自己说成是宋教仁的最好朋友，他说：“我和钝初一任内务一任农林，以同僚而为至友，他住西直门外农事试验场，离城十里，有时天晚来不及出城，他总住到我家中，我们感情甚洽，无话不谈。他离北京南下时，欠了五千余元的债，都是我替他偿还的。”
当孙中山把中华民国大总统让位给袁世凯时，革命党对袁修筑了三道围墙：一是临时政府设于南京，二是袁必须到南京就职，三是袁发誓必须遵守《临时约法》。
可是袁在宣布要南下时，在北京制造了兵变事件，于是临时政府设在南京的计划为之粉碎，袁也不需南下就职。其后唐绍仪辞职和军警威胁临时参议院，把遵守《约法》的规定也粉�