第二天，孙宝琦谒袁，报告先一天会议情形，袁听了说：“很好，让我考虑一下，再作决定。”孙退出后，袁又召见陆徵祥，对陆说：“刚才孙总长来过，我经过慎重考虑，也主张和日方谈判，并且希望你能出任主席，主持这个谈判。”陆答：“这个谈判太困难，徵祥体力不足，最好请总统另派干员。”袁说：“精力不足，无关重要，我可告诉曹次长，要他多负谈判责任，并告诉日方，陆先生体力衰弱，需要休息。我全力付托你，你放心去谈判好了。”陆见袁意已决，只好接受。袁在陆辞出后，又召见孙宝琦，告诉孙决定要对日本谈判，于是孙宝琦乃上辞呈，请辞外交总长，并向袁推荐陆徵祥为外交总长。
袁于1月27日发表陆徵祥为外交总长，并令他和曹汝霖负责对日谈判，调孙宝琦为审计院院长。
日本公使日置益听到孙宝琦辞职消息，极为不安，乃赴总统府向袁提口头抗议，日使表示：“敝国刚递要求书，中国便换外长，分明是毫无诚意，日本政府深为遗憾。”袁答：“贵公使的看法适得其反，中国换外长，正是表示诚意。何况新任外交总长，做事素有耐心，必能一心一意和贵国谈判，如不相信，请你去问问别国公使吧。”日使果然去问北京公使团领袖英国公使朱尔典，英使答复说陆很好。日置益只得电告东京，谓中国换外长，实在是好意的表示。
陆徵祥接任外交总长后的第二天，就接见日置益，双方谈话很精采。
日置益说：“久闻总长大名，知道总长是一位著名的外交家，这次能和总长谈判中日问题，深感荣幸。”
陆答：“本人当尽力而为。请问贵公使愿意何时开始举行讨论，我们现在就订下日期好不好？”
日置益说：“我想诸总长定日期好了。”
陆答：“贵使既奉政府命令，当然以早开谈判为佳，那么明天就开好了。”
日置益说：“可不可以容许我提出一点意见？”
陆答：“当然可以，当然可以。”
日置益说：“本人希望谈判每天开会，星期日也要开，以赶快解决为原则。”
陆说：“每天开会是可以的，不过星期天要开，外交习惯上没有这个成例，似可不必。还有一层，虽然每天开会，不过我身为外交总长，不能把其他正式约会通统取消，因此每天上午必需腾出时间，接见宾客，所以会议只能在每天下午举行。”
日置益说：“可以。”
陆说：“那么规定每天午后五点钟开会好了。”
日置益说：“五点太晚了，最好下午两点开始，夜间也必须继续开下去。”
陆说：“两点钟开不成问题，不过夜间继续开会，我身体太坏，拖一个星期，我必须辞职了。”
日置益问：“我们确定何时开会呢？”
陆答：“决定二月二日下午三时举行会谈如何？”
日置益说：“好吧！就决定这个日期好了。今天和总长的会晤，非常荣幸，希望由这个好的开始，我们可以有好的结果。”
陆答：“我一切当尽力为之！”
这次初度会谈便到此结束，从这次谈话中可以看出日方态度强横，一个公使，对驻在国的外交总长，竟用蛮不讲理的态度安排一切；其实更无理的还在后面呢！
这个中日谈商的基本文件，是日方所提的，便是后来有名的廿一条。这个廿一条共分为五个项目，在文件上是第一号包括四条，第二号包括七条，第三号包括二条，第四号包括一条，第五号七条，兹将其全文抄录如下：
第一号
日本国政府及中国政府互愿维持东亚全局之和平，并期将现存两个友好善邻之关系益加巩固，兹议定条款如下：
（一）中国政府允诺，日后日本国政府拟向德国政府协定所有德国关于山东省依据条约，或其他关系，对中国政府享有一切权利利益让与等项处分，概行承认。
（二）中国政府允诺凡山东省内并其沿海一带土地及各岛屿，无论何项名目，概不让与或租与他国。
（三）中国政府允准日本国建造由烟台或龙口接连胶济路线之铁路。
（四）中国政府允诺为外国人居住贸易起见，从速自开山东省内各主要城市，作为商埠；其应开地方，另行协定。
第二号
日本政府及中国政府因中国向认日本国在南满洲及东部内蒙古享有优越地位，兹议定条款如左：
（一）两订约国互相约定，将旅顺、大连租借期限，并南满洲及安奉两铁路期限，均展至九十九年为期。
（二）日本国臣民在南满洲及东部内蒙古为盖造商工业应用之房厂，或为耕作，可得其需要土地之租借权，或所有权。
（三）日本国臣民得在南满洲及东部内蒙古任便居住往来，并经营商工业等各项生意。
（四）中国政府允将在南满洲及东部内蒙古各矿开采权，许与日本国臣民。至于拟开各矿，另行商订。
（五）中国政府应允关于下开各项，先经日本国政府同意而后办理：
①在南满洲及东部内蒙古允准他国人建造铁路，或为建造铁路向他国借用款项之时。
②将南满洲及东部内蒙古各项税课作抵，向他国借款之时。
（六）中国政府允诺如中国政府在南满洲及东部内蒙古聘用政治、财政、军事各顾问教习，必须先向日本政府商议。
（七）中国政府允将吉长铁路管理经营事宜，委任日本国政府，其年限自本约画押之日起，以九十九年为期。
第三号
日本国政府及中国政府顾于日本国资本家与汉冶萍公司现有秘接关系。且愿增进两国共通利益，兹议定条款如左：
（一）两缔约国约定，俟将来相当机会，将汉冶萍公司作为两国合办事业，并允如未经日本国政府同意，所有属于该公司一切权利产业，中国政府不得自行处分，亦不得使该公司任意处分。
（二）中国政府允准所有属于汉冶萍公司各矿之附近矿山，如未经该公司同意，一概不准该公司以外之人开采。并允此外凡欲措办无论直接间接对该公司恐有影响之举，必须先经该公司同意。
第四号
日本国政府及中国政府为切实保全中国领土之目的，兹订立专条如左：
中国政府允准所有中国沿岸港湾及岛屿，概不让与或租与他国。
第五号
（一）在中国中央政府，须聘用有力之日本人，充为政治、财政、军事等各顾问。
（二）所有在中国内地所设日本病院、寺院、学校等，概允其土地所有权。
（三）向来日中两国，屡起警察案件，以致酿成轇轕之事不少，因此须将必要地方之警察，作为日中合办，或在此等地方之警察官署，须聘用多数日本人，以资一面筹划改良中国警察机关。
（四）由日本采办一定数量之军械（譬如在中国政府所需军械之半数以上），或在中国设立中日合办之军械厂，聘用日本技师，并采买日本材料。
（五）允将接连武昌与九江、南昌路线之铁路，及南昌、杭州，南昌、潮州各路线铁路之建造权许与日本国。
（六）在福建省内筹办铁路、矿山及整顿海口（船厂在内），如需外国资本之时，先向日本国协议。
（七）允认日本国人在中国有布教之权。
六十六、中日会谈经过
2月2日下午3时，中日双方在北京中国外交部开第一
次会议，中国出席人员是：外交总长陆徵祥、外交次长曹汝霖、秘书施履本。日本出席人员是：公使日置益、参赞小幡酉吉、书记官高尾亨。
开会后，日置益首先发言，他公然大惭地说：“敝国政府向贵国政府提出解决两国纠纷的文件，其用意是敦睦中日两国的亲善关系。”
陆徵祥接着发言说：“贵公使所说的，我能了解，对于贵国是否因欧战，或因国内总选而向敝国提出这个文件，在本总长看来 ，颇为感触，亲善二字是本总长素来所主张的外交原则，也是所努力的目标，本总长在欧洲廿多年，盱衡时局，认为在亚洲的中日两国必须携手成为兄弟之邦，中国今日许多事务都应向日本学习，因此和日本亲善，在中国政府和国民来说，都是最希望的。不过亲善要公正和公平，处处可讲亲善，却不必在此时提出条件才得谓之亲善。何况我们面前的这份条件中有悬案、有新案。请想想，悬而未解的事件，以贵我两国地理之邻近，过从的密切，随时随地都可以商讨，当贵国伊集公使驻华时代，所有长崎至上海之海底电线问题，及南满铁路通过敝国国境三分减一纳税问题，本总长当时悉本亲善之意，与之解决。而本人前在国务总理任内，曾聘请贵国有贺博士为顾问，交通部亦聘请平井博士为顾问。若细加研究，在贵国政府实无不可以达到目的，在中国政府亦从未过于拒绝，随时均可以商办，初非待提出许多条件，始得达到贵公使所说的亲善之目的。”
日本当时希望尽速就该条款有一结果，速谈速了，怕夜长梦多，国际干扰；中国方面则希望迁延时日，在会外寻求转机。因此，中国代表主张就日方五号条款逐条讨论，陆徵祥并提出第一号第一条修正案，坚持要加以讨论，可是日置益却坚请中国政府对日方全部要求先表示一个原则意见。
陆说：“关于第一条的讨论，贵公使如果同意，再逐次讨论下条；否则一条未了，又提一条，或因次条意见不合牵及前条，反于进行有碍。”
日使说：“本人主张按号按条先询贵国意见，然后再逐条讨论。”
陆答：“这一层要请贵公使原谅，本总长于一月廿八日到任，廿九日拜外交团，卅日始行视事，时间如此匆迫，对于贵国条款内容还未详加研究，最好再缓一个星期，待我全部研究后，再行奉告，可否延至下星期二再开会？”
日使说：“此件之内容贵总长早已研究过，本人奉政府训令，须每日开会，惟贵总长到任未久，亦是实在情形，仍盼阁下从速研究，俾能加速进行。”
接着，日使又说：“今天下午三点钟起到六点钟止，耗去了整整三个小时，毫未谈出什么结果，本案何时可了，殊难悬揣。贵总长倘要对文书内容详细加以研究，可否在迅速研究后，决定每日开会。至于开会时间，则由贵总长自定好了。”
陆答：“每日开会是可以的，但外交部每逢星期三是接见外宾期，本人难以分身；何况本人体力甚弱，事实上难以照办。”
第一次会议就此结束。
在交涉过程中，日本除以武力恫吓外，还采取了各式各样卑鄙无耻的手段，例如：收买各国记者，散布中德亲善、中国行将加入同盟国的假消息，借以离间中国和协约国之间的关系；收买汉奸窃取中国情报，财政部库藏司职员王长庚就因偷取中国财政预算案内容卖与日本而被发现，判处徒刑八年。其实这不过是小小的一个苍蝇，日本人窃取中国情报，不但可以利用中国内奸，而且还可以靠外交官和武官身份，在中国境内肆无忌惮地旅行，进行各项间谍活动。
由2月2日至4月17日，中日两国共开会议25次。2月
9日中国提修正案，第一、第二、第三号修正，第五号碍难商议，日方则强迫中国全部接受，不放松半步。
3月8日中日会谈仍无结果，日置益乃往晤曹汝霖，用恫吓的口吻说：“会议拖延，使日本国军民不能忍耐，倘在数日内对于各重要条款没有满意的承认，恐发生不测的麻烦。”袁这时正依赖派赴日本游说的有贺长雄，据说他正在日本元老重臣间奔走游说，且已收了效果。
4月26日日置益提出了日方最后修正案廿四条，压迫中国同意，同时在山东、奉天增兵，在渤海沿岸亦派军舰游弋，关东宣布戒严，日侨准备撤退，空气顿形紧张万分。中国方面在此紧要关头，于5月1日提出了一项最后修正案，静待日方答复。
5月7日下午3时，日本突然向袁政府提出了哀的美敦书，限袁政府于5月9日午后6时前，对日本所提的修正案，作满意的答复，这个著名的最后通牒最后部分全文如下：
“帝国政府因鉴于中国政府如此之态度，虽深惜几再无继续协商之余地，然终眷眷于维持极东和平之局面，务冀圆满结束此交涉，以避时局之纠纷。于忍无可忍之中，更酌量邻邦政府之情意，将帝国政府前次提出之修正案中之第五号各项，除关于福建省互换公文一事业经两国政府代表协定外，其他五项可承认与此次交涉脱离，日后另行协商。因此中国政府亦应谅帝国政府之谊，将其他各项，即第一号、第二号、第三号、第四号之各项，及至第五项关于福建省公文互换文件，照四月廿六日提出之修正案所记载者，不加以任何之更改，速行应诺。帝国政府兹再重行劝告，期望中国政府至五月九日午后六时为止，为满足之答复，如到期不受到满足之答复，则帝国政府将执认为必要之手段，合并声明……”
中国外交部接到日本最后通牒后，立即报告袁，袁于下午5时召集各政界领袖会议，除陆军总长段祺瑞外，其余均主张和平。8日上午10时袁在春藕斋，下午1时又在纯一斋召集会议，副总统黎元洪、国务卿徐世昌、左右丞、参谋总长、各部总长、各院院长、参政院议长、参政、外交次长等皆出席。中午英国驻华公使朱典尔匆匆忙忙地赶到外交部找陆徵祥，请陆转告袁，朱说：“中国已面临到生死存亡的严重关头。我到中国四十年，和袁大总统有卅年的交情，今天不能不赶来说几句真挚的话。日本这次的最后通牒，只能回答是或否，没有讨价还价的余地。现在欧洲各国正在忙于欧战，无暇东顾，中国除接受日本条件外，另无自全之道，请贵总长把我这意见转达于袁大总统。”同一天，美国驻华公使芮恩施也劝告袁政府：“应该避免和日本正式冲突。”
袁世凯这时的秘密是他正悄悄打算要做皇帝，同时一心一意对付国民党，所以根本没有抵抗日本的准备，既然美国和英国都劝他接受日本的条件，他便更无所恃了，因此他于5月8日下午8时在纯一斋举行的会议席上，发表了一篇泪随声下的演说，宣布接受了日本最后通牒；把日本另案讨论的第五号要求吹嘘为“誓死力争”的结果。并对英国公使朱尔典的劝说，表示诚挚的感谢。会议席上商议如何答复日本，本拟用长文答复，对日方各条逐条辩驳，后决议改为简短的复文。8日晚间，外交部连夜准备复文，有关第五号福建一条中“日后另行协商”一句，外交部和日参赞不幡酉吉在电话中争论甚久，日本方面更要求袁政府把中国的复文底稿，提早透露给日使阅看。外交部秘书施履本亲持复文底稿至日使馆，给不久前坠马受伤的日置益公使阅看，日置益看到回文中有：“第五号与此次交涉脱离”，并未注明“日后另行协商”。他就大发脾气说：“这项复文我不便接受！”施履本只好持稿匆匆赶回外交部，向曹汝霖请示，曹乃在复文底稿上加了“容日协商”字样，仍令施履本持往日使馆送请复阅，日置益复按照自己意图，在回文上作了某些修正，直至8日深夜1时才告完毕。
袁第二天知道曹汝霖又作了许多屈辱的让步，大为光火，痛骂他不该未经请示而擅作主张，同时把已准备颁给他勋三位的一道命令临时撤销。
5月9日下午1时，中国的复文由外交总长陆徵祥，次长曹汝霖亲自送到日本驻华公使馆，复文全文如下：
“日本公使于五月七日下午三时亲以日政府哀的美敦书送交中国政府，并附以说明书七条。该哀的美敦书之结语云：
日本政府盼望中国政府于五月九日下午六时交出满意之答复，倘届时不能得满意之答复，则日本政府将施用日本政府以为必要之方法。今中国政府为维持远东和平起见，除第五条中之福建问题议定互换公文外，系照四月廿六日日�