为了保证两个编队的密切协同，山本规定一直到攻击开始前四天，都由南云统一指挥。
航线选择方面，从日本本土到珍珠港，通常有三条航线：一是经阿留申群岛的北航线；二是经中途岛的中航线；三是经马绍尔群岛的南航线。这三条航线各有利弊，北航线远离美军岸基航空兵的飞机巡逻范围，而且一般无商船航行，便于隐蔽。但气候恶劣，风大浪急，海上加油比较困难。中、南航线，气候宜于航行，但来往商船频繁，而且距美方岛屿较近，易被美军发现。经过再三比较，特别是出于保密的考虑，最后日军选择了北航线。
先遣编队全部由潜艇组成，可以隐蔽地开赴战场，所以没有规定航线，只要求避开美军岸基飞机巡逻即可。
突击机群起飞海域的距离，也是经过认重考虑的。太近容易被发现，太远又会使飞行员疲劳，影响战斗。几经研究，最后选定起飞海域为瓦胡岛以北200海里（约合370千米），即北纬42°，西经170°海域。根据当时日军飞机的航速推算，从起飞到飞抵珍珠港需要约二小时。而且在舰载机起飞后，航空母舰便后撤一段距离。这样一来，日军飞机去时航程近，返回时航程稍远。美军如果派出飞机追击，那么往返航程都增加不少，增加美军追击的困难。
突击时间的选择更是煞费苦心。必须要和在马来亚的登陆同时发起，由于登陆是在拂晓，为便于作战的顺利完成，首先是要下半夜有月光的日子，即下弦月的日期。其次是要星期日，因为根据美军的活动规律，出海的军舰通常在星期六返回，那么星期日在港内停泊的军舰最多，而且星期日人员休假也最多，戒备最松懈。综合各项情况，突击日定为12月8日，农历十九，下弦月，星期日。突击时间为早晨六时。后由于参战的第五航空战队二艘航母上的飞行员没进行过夜间飞行训练，所以把突击时间改为早晨六时起飞，八时实施攻击。
整个计划考虑周详，可谓滴水不漏。
虽然计划直到10月19日才获批准，但是联合舰队有关的针对性强化训练早在8月下旬就已开始。山本亲自挑选并任命海军航空兵中具有3000小时飞行经验的顶尖飞行员渊田美津雄中佐担任训练总教官，负责对飞行员的训练。针对珍珠港水深仅10至12米的地形特点，鱼雷机如按一般的攻击方法，在1000米高度，1000米距离投雷的话，鱼雷将会一头扎入水底。所以鱼雷机飞行员集中在地形近似珍珠港的鹿儿岛的樱岛训练时，投雷高度从1000米逐渐下降，最后一直降低到20米。鱼雷机训练基本动作完全模拟实战，接近港湾后先降低高度，以50米高度在峡谷中曲折穿行，一飞到海面就降低到20米，并立即向目标发射鱼雷。整个攻击动作反复进行演练，动作要领已经被飞行员牢记在心。日军科研部门研制成功装有木制稳定器的“改2”型浅水鱼雷，解决了在浅水海域使用鱼雷的技术难题，保证了鱼雷机在20米高度投雷60％的命中率。
水平轰炸机飞行员在有明湾海军轰炸靶场进行训练，日军在靶场上标出与美军战列舰同样大小的靶标，经过两周的单机和编队轰炸，飞行员的投弹命中率已高达80％，而且命中精度达到300米高度误差在30米内的极高水平。技术人员改进了投弹装置，并将800千克穿甲弹改装为航空炸弹，以加大炸弹威力。
俯冲轰炸机和战斗机飞行员也进行了针对性训练，都达到了训练要求。为了在空袭中取得更好战果所有飞行员还强化进行了对美军舰艇的识别训练。
由于第五航空战队的“翔鹤”号和“瑞鹤”号航母，9月才正式编入第一航空舰队建制，飞行员多是从岸基航空队调入，正忙于进行航母起飞和着舰的强化训练，没有能参加上述的战前训练。所以山本决定，经过针对性训练的第一、第二航空战队攻击美军舰船，第五战队攻击机场。
与此同时，参战舰艇也进行了强化训练。水面舰艇主要是为适应北航线的气候特点，重点进行了恶劣气候下的海上加油训练。技术人员对加油设备进行了改进，还对加油方法进行了分析研究，帮助舰艇部队提高海上加油的效率。山本还担心如果无法从油船得到补给，作为后备方案还特别进行了从战列舰和航母向巡洋舰和驱逐舰进行海上加油的准备和训练。此外所有大型军舰都对不必要的设备和个人物品进行精简，将节省下的载重量全部装载燃料，以增加燃料储备量。
使用袖珍潜艇的决定直到装置和自爆装置，所以训练最为紧迫，在水下地形近似珍珠港的中城湾进行了紧张的鱼雷攻击训练，最后甚至还没有来得及进行袖珍潜艇与母艇的合练就匆匆出发。
以上各部队的训练都是在极其秘密的情况下进行的，所有参训人员只知道训练要求，根本不知道训练目的。
1941年9月，联合舰队在海军大学举行了图上作业演习。
11月上旬，所有参加突袭作战的舰艇，完全按照突袭计划，以集结在佐伯湾的联合舰队主力战列舰为目标，连续进行三次综合攻击演习，作为战前训练的检验。山本通过这些演习认为攻击效果良好，已经达到了训练目的，参战部队总结演习经验，返回各自基地，进行最后的出发准备。11月23日，所有参战舰艇的舰长和飞行军官，一起研讨作战方案中的关键问题。11月24日，所有飞行员在珍珠港的沙盘模型上明确各自的任务。
为了做到知己知彼，日军在收集美军情报上下了很大功夫。1941年5月后，派到珍珠港的日本间谍多达200人，从各方面搜集珍珠港的天气、水文、地形和美军基地、飞机、舰艇的部署。特别要提到日本海军情报部的吉川猛夫少佐，经过八个月的培训，以森村正的化名，于1941年3月作为日本驻檀香山领事馆参赞来到珍珠港，进行情报搜集。然后将情报以外交密码发回外务省再转海军。他发回的情报从最初的每周一次发展到最后每日一次，为日本海军提供了大量有价值的情报，其中包括：美军在不同日子的舰艇停泊情况和活动情况，珍珠港美军飞机的机种和数目，珍珠港的防空设施等。为日军的偷袭成功立下首功。开战后，他的身份没有暴露，作为外交人员和美国驻日本的外交人员交换，得以回国，并因此获得日本和德国授予的勋章。为了得到北航线的实际情况，日军于10月派出两批共4名军官，化装成商人或水手，搭乘经北航线的船只赴檀香山，实地考察北航线的气象、海情及航道情况。除了派遣间谍获取情报外，日军还加强对夏威夷广播和电讯的监听。经过这些努力，在开战前，日军已准确掌握了美军在珍珠港的防御设施、兵力部署、舰艇和飞机的种类数量、驻泊停放情况、美军的活动规律等情报。
为了确保偷袭的突然性，日军采取了一系列的战略欺骗和伪装。
首先，以和谈作为掩护。1941年2月，任命退役海军上将，美国总统罗斯福的朋友，著名的亲英美人士野村吉三郎为驻美大使。他在几个月中与美国官员的会谈多达数十次。7月，近卫首相致信罗斯福，表示两国间没有不能用谈判解决的问题，并保证绝不侵犯英美在东南亚的利益。11月5日，也就是日本大本营决定对英美开战的同一天，还派出曾任驻美领事，娶美国人为妻的公认亲美派人士来栖三郎为和平特使，赴美谈判。直到12月7日，就是开战前一天，日本政府还照会美国，声称日本不拒绝谈判。
其次，1941年7月，日本关东军由11个师40万人增加到20个师70万人，并举行代号为“关特演”的大规模演习，制造进攻苏联的假象，掩盖对美国的作战准备。10月，在日本内海组织登陆演习，还邀请各国驻日武官参观，以吸引各国的注意力。12月例行的从横滨到檀香山的定期邮船“龙田丸”号照常出航。12月5日到12月7日三天里，组织江田岛海军军官学校的3000名学员装扮成海军官兵，游览东京市容，营造太平无事的景象。在舰载机训练的日子里，抽调其他部队的飞机进驻参训部队的基地，保持这些基地原有的正常飞行和通讯。这些掩人耳目的措施可谓煞费苦心。
最后，加强保密措施。在很长时间里，该计划只有山本和极少数高级军官知道。参战部队训练地点在日本南部的鹿儿岛和佐伯湾，而集结地点则在日本北方的择捉岛单冠湾。在突击编队集结过程中，各舰均选择远离商船航线的偏僻航线，分批按不同的时间间隔前往。在航行中，各舰的收发报机一律加上铅封，实行严格的无线电静默，并特别注意反潜警戒。当突击编队的舰艇进入单冠湾后，海防部队就切断择捉岛同外界的一切联系，甚至连岛上居民的粮食等生活必需品都由海军的补给船来运送。对编队舰员的私人信件也一律进行检查，并扣押到开战那天才发出。在突击编队向珍珠港航行途中，所有舰艇实行只收不发的严格无线电静默，夜间进行灯火管制。另外派出数艘驱逐舰停泊在本土，伪装航空母舰的无线电呼号，进行无线电通信，以欺骗美军的无线电监听。同时联合舰队全面更改密码和呼号，以迷惑扰乱美军的监听。
第二百一十六章 … 珍珠港（二）
1941年9月6日，日本御前会议决定同美国的谈判最迟到十月底，如达不到要求，将对英美开战。
10月18日，由于苏俄的间谍佐尔格及其领导的情报小组被日本特高科破获，情报小组的重要成员，同时也是近卫首相的私人秘书兼政治顾问尾崎秀实被捕，近卫首相被迫辞职，原陆军大臣东条英机陆军大将接任首相，进一步加快了日本的战争准备。
11月5日，御前会议决定对英美开战。日军大本营发布《海军一号令》：命令务必于十二月上旬完成各项作战准备。山本命令南云忠一率领突击编队隐蔽地于11月22日在单冠湾集结。
11月16日，突击编队以“木户部队”为代号，开始向单冠湾集结。各舰实行严格的无线电静默，以不规则时间间隔，取不同航线，分批驶向单冠湾。联合舰队的其余军舰则实施无线电佯动，进行掩护。集结行动极为秘密，各舰只有舰长一人知道集结的目的。当突击编队进入单冠湾后，海防部队立即切断择捉岛同外界的一切联系，以防走漏消息。
11月18日，先遣队的27艘潜艇分别从佐伯湾和横须贺出发，伪装成日常巡逻，沿中、南航线，采取白天潜航夜间水面航行的方法，驶向夏威夷，执行侦察和监视任务。
11月22日，一位刚从珍珠港回来的情报军官向突击编队的中高级军官作了珍珠港情况简介。
11月23日，突击编队完成秘密集结，待命出发。同日突袭计划才下达给各舰舰长、参谋人员和飞行员，这些有关人员在得知计划之后立即开始研讨攻击方案细节，作最后的调整。这一工作贯穿整个航行过程中，几乎每天突袭计划都在进行细节修正，很多高级军官甚至片刻不离作战舱室，连晚上都是和衣而睡，抓紧时间对突袭计划进行一遍又一遍的推敲和研究。
11月25日，山本向南云发出绝密命令：11月26日出发，航行中务必保持隐蔽，于12月3日到达待机海域，并完成所有作战准备。
11月26日晨六时，突击编队主力（除中途岛破袭部队外）从单冠湾启航。
就要出击的前一天，即25日，为了最后一次观赏祖国的山河，三十几艘舰艇上的日本官兵不约而同地齐聚在甲板上，凝视着白雪皑皑的择捉岛上的连绵群山，默默畅想。随后，各舰艇还分别举行了舰长训话和出师宴会等活动。
在第二航空战队的旗舰“苍龙”号上，被飞行员们敬畏地称为“训练之鬼”，但又被亲昵地称为“多闻丸”的司令官山口多闻少将首先进行了训话。
接着，舰长柳本大佐登台发言。他宣誓说：“帝国兴亡，在此一举。我等之所以献身于海军，正是为了能有今天，能让我等誓死向天皇陛下表达忠心。只要我还没有死，即使只剩下一片肉、一滴血，也坚决同敌人拼到底……即使只剩下一颗牙齿也要咬住敌人不放……七世为人都要为陛下效劳。”他这番“七世报国”的誓言很快传遍了出征的各个舰只，并在后来传遍了日本军队，被奉为武士道的典范，使他成为日军中的传奇人物，并且后来还被日本军国主义分子尊称为“海军之乃木将军”。
他的话语确实非常具有煽动性，台下的1，500名日本官兵听得如痴如醉。
接着，舰长就抓紧出击前的空余时间，把他朝拜神户凑川神社时所得到的神符亲自分发给全体官兵。随后，便在舰长的领唱下开始了军歌大合唱，这首军歌是柳本平时最爱唱的《佐久间艇长之歌》，其歌词大意是：“献身君国，坚守岗位，死而后已，乃日本男儿之荣誉……”
柳本身材矮小，其貌不扬，但是唱起军歌来声音却异常地洪亮。他挺起胸膛，在那戴到齐眼眉的军帽下露出一张格外严肃的面容；他抬起头，仰望天空，用洪亮的声音指挥着大合唱。1，500名官兵用日本人特有的投入和**大声“喊出”大合唱的歌声，在单冠湾寒冷的海面上回荡着。
舰长指挥的军歌大合唱结束后，此时所有的官兵都异常兴奋，柳本回头命令站在身后的值勤官山本泷一大尉说：“今天可以让士兵们开怀畅饮。”
山本点点头，表示赞同，随即把后勤人员叫来，命令说：“打开小卖部。”
在水兵们的每个舱室里，每张餐桌的上座都摆着舰长送来的清酒。有人把清酒注入水壶，分送到各个席位面前。众人相互劝酒说：
“快喝吧！”
“是啊，从明天起就要作好战斗准备，所以要暂时禁酒啦……”
“恐怕不是暂时吧，这也许是一生中最后一次喝酒啦！”有人开玩笑说。
“胡说，不过，随便你怎么说吧，反正今天可是出师欢宴，一定要喝个痛快，不醉不休啊。”
猛将山口司令官和一贯谨严的柳本舰长，这时也都来到水兵们的舱室里向他们祝酒。从少将到士兵，大家都忘了烦琐的礼节和严格的上下级关系，纷纷开怀畅饮。分队长长井大尉担任招待，他提着酒壶来回斟酒。甚至连柳本也完全沉浸在一片兴奋之中。他摇摇晃晃地提着酒壶来回祝酒，这时突然有人喊道：“把舰长抬起来！”
几名水兵随即蜂拥而上，有的抬手，有的抬脚，吆喝着把柳本抛了起来。
11月26日，离天明还有很长一段时间，天空乌云密布，朔风在怒吼。早晨6时，“赤城”号旗舰升起了信号旗。各舰上的信号兵都向本舰舰长报告说：“旗舰发出信号，起锚，准备出港。”此时，南云忠一率领的日本海军史上最强大的一支机动部队迎着时而飘落下来的雪花，踏上了征程。
以“赤城”号为先导的6艘航空母舰徐徐驶出单冠湾。这是一次秘密出击，没有人送行。只有在单冠湾外面监视敌潜艇并实施反潜巡逻的1艘警戒舰发来了信号：“祝一帆风顺。”当然，这艘警戒舰根本不知道机动部队出发的真正目的，它之所以发来信号也只是单纯地表示礼貌而已。
“谢谢。”
“赤城”号一边回答信号，一边悄悄地穿行而去。舰尾的海军军旗迎着北太平洋寒冷的晨风，哗啦哗啦地飘扬。这面军旗不久就要换成作战旗了。但是，箭毕竟还没有离开弓弦，眼下还只是引弓待发。山本的最后指示是编队以14节航速沿�