三年以后，马云拥有300名平均年龄在30岁、每个人在互联网有5年工作经验的“战士”，这支军队在全世界都很难找到。
可以看出，马云一直是比较清醒的。幸好马云的理想主义色彩还不至于把他拖离地面，在最关键的时候他还是回到地面上，因此也就有了阿里巴巴今天的发展。
由于互联网泡沫的破灭，从2001年开始，中国的互联网公司成为最被国际资本排斥的一个群体，这是因为中国的互联网公司在运作中存在着种种不规范的行为。
2002年互联网经济处于最低潮时，《IT时代周刊》这样描述了阿里巴巴的脱颖而出：过去两年，北京的互联网企业就像电梯从天堂一层层地下落到地狱，几乎没有一个互联网英雄能够脱离集体疯狂，也没有一个能够逃离疯狂后的灾难。而依托杭州的阿里巴巴如今已无可争议地成为中国最好的B2B电子商务企业。
当别的网络公司在风光时期风驰电掣时，阿里巴巴被嘲笑慢似蜗牛，可一旦它们都停滞不前，却惊见阿里巴巴的快速，“其实我从来都是这种速度。”马云笑称自己是一个精于“控制哲学”的人。
投资者对中国互联网经济的信心到2003年年底才逐步恢复。“2001年到2003年这3年是阿里巴巴成长的3年。”蔡崇信（曾任阿里巴巴财务营运官）回忆说。在这3年里，由于公司的发展比较健康，因此虽然处于互联网的寒冬中，阿里巴巴却没有感到来自投资者的多少压力。“在这期间他们对公司的发展基本是感到满意的，除了让我们对费用进行控制之外，没有提任何要求。而我们对这个要求也是十分重视的。阿里巴巴的整个薪酬结构都控制得很好，同时人员还有大幅度地上升。发展的钱我们一点儿也没少花。投资者、公司股份结构在这3年里都没有发生变化。”
2003年7月3日，马云在北京参加中国信息化论坛时表示，中国电子商务格局在一两个月内就会有很大的变化。2003年，中国互联网将从广告市场的争夺，到短信息市场的争夺，到游戏市场的争夺，全面进入对电子商务市场的争夺。随后阿里巴巴成立淘宝网进军C2C市场，并在短短一年半的时间内，彻底改变了中国电子商务市场原有的市场格局，成为C2C市场的领军者。
由于淘宝网的加入，2004年中国电子商务市场不论在资本还是发展速度层面，都达到了前所未有的力度，电子商务市场的新格局已经形成。2004年7月7日，淘宝网宣称它已成为国内C2C市场的领军企业，有效在线商品数量达到近200万件，交易成功率的增长速度是年初的357倍。与此同时，淘宝网宣布将免费继续进行下去，并呼吁同行在中国实行全面免费的措施。调查显示，淘宝网每天的用户增长数为19025名，超过了其在中国的其他竞争对手。
不过，面对这些成绩，马云显然还不够满意，他认为现在的阿里巴巴还远不是他心目中的阿里巴巴：
一切要到2009年时才能下结论，今天阿里巴巴赚的钱都只是零花钱。老实说，我现在也不知道那一天阿里巴巴会是什么样子。但有一点很明确，谁能在这个世界中形成一个游戏规则，那就会很可怕。我正在往那个方向努力，因为阿里巴巴不做，别人肯定会做。
竞争对手是自己
一个人认为自己很成功的时候，也就是开始走向失败的时候。
面对接踵而至的荣誉，马云很冷静。
首先，荣誉是团队带来的，而不是我一个人的功劳。其次，对于阿里巴巴这么年轻、还处在创业阶段的公司来说，现在过多的荣誉是害处大于益处。本来我们可以悄悄发展，但现在评论多了，关注也多了。我真的挺怕，荣誉是毒品，让你醉过去，飘飘然。
马云认为阿里巴巴前面还有很多的风险，当别人问他担心的是什么东西，他说担心的不是竞争对手，而是自己。
我认为真正的竞争对手是自己，所以我们不去研究竞争对手。为此，我花费了大量口舌来说服我的高层管理团队。在一百米冲刺时，研究对手就是往后看。只有研究明天，研究自己，研究用户，才是根本，才是往前看。因为别人也不一定是对的。现在的各种模式太多了，你老是研究别人，脚步就自然而然跟过去了。对这一点必须坚定不移。研究对手只会伤害了你，因为你把你自己的强项丢掉了。
对于那些总是在花时间找竞争对手的人，马云嗤之以鼻。
很多所谓阿里巴巴的对手跑到杭州来说要打败我，那跟学武之人说要打垮少林寺一样狂妄。你见过有人拿放大镜在身上找癌症吗？傻子才会有时间找竞争对手，如果我去跟他弄，我不是crazy（疯狂），是stupid（愚蠢）！我知道还是会有人喜欢这样做，OK；havefun！
马云并不太在乎竞争者怎么怎么样，而是把精力放在了自身的提高之上。在外界看来，阿里巴巴现在已经是一个很成功的企业了，但在马云的眼中，阿里巴巴还需要不断地提高。不仅是因为市场总在不断变化，还因为阿里巴巴必须避免自大的危机。
阿里巴巴有没有危机？我觉得危机很大，要不我怎么可能这5年来没有重过一斤肉，而且现在越来越瘦。我以前也在想公司大点可能老板就轻松了，我现在发觉越大越累，CEO天天想的就是危机在哪里。我有时候在公司里面看公司内部的危机，感冒你治也是七天，不治也是七天，它会好的，但是找出了公司内部的问题却是件好事，因为团队需要融合，有些东西也许今天没用但是可能会成为癌症，作为CEO必须在公司内部不断关注癌症的癌变，这个很痛苦，你如果能够真的找得到癌症了，那你也是顶尖人物了，今天马云不是顶尖人物，但是天天在关注。
关于外部危机，马云认为是“树大招风”。
全世界最高的楼都是最倒霉的，9·11就是最典型的，你最富别人都是穷光蛋，别人一定会把你弄死掉。阿里巴巴比别人稍微多赚一点点没问题，这是和谐的基本道理。
阿里巴巴的高速发展，使得市场上很多的媒体对阿里巴巴进行了大量的报道，很多是对于阿里巴巴和马云的赞美。对于市场上的追捧，马云说：
其实我觉得这两年我好像不太在乎别人怎么看。你们发现没有，我从来不相信互联网分析师，这些人说起来是对的，干起来是错的。我也不太相信媒体，对不起这里的很多媒体朋友。有多少人了解阿里巴巴，怎么了解？他们说通过媒体了解，很喜欢你，完了，我最怕这个。我记得在飞机场买过一本杂志，我说这个人怎么这么厉害，翻过来这个人是我，根本不是我，夸张。
对于外部危机马云提出的解决办法是建立产业链和生态链。
对阿里巴巴的总裁，淘宝网的总裁，支付宝的总裁这3个月以来我在会议上讲得最多的问题就是产业链和生态链，我们公司高管一起跑到蒙牛的公司去看，别人是怎么帮助两百多万奶农富起来的……只有无数的两百多万的奶农赚了钱，蒙牛才能赚钱。
马云坚信，只有产业结构不断完善了，为客户提供更好的服务，才是企业最终的目的。眼光要盯在客户身上，这样的企业才会具有超强的实力。
偶像就是偶像
偶像就是偶像，我的偶像不多，金庸是我的偶像，杨致远是我创业时候的偶像，偶像就是说他错的东西也是对的。
马云喜欢金庸的小说是出了名的。在第一届“西湖论剑”之时，马云邀请金庸来担任对话主持，轰动一时。而在这之前，他与金庸只是一面之交，在香港有过一次共餐的机会。不过，当时金庸给“金迷”马云题字却耐人寻味，“多年神交，一见如故”。
《笑傲江湖》是马云看得最多的金庸小说。他最欣赏的人物是风清扬。在一次央视的《对话》节目中，马云说特别欣赏风清扬的“出手无招”：
他几乎把所有的招数都学了，也都忘了，然后重新来过，以他自己独特的创意。因此我想做任何事，把所有的招数消化了以后（新招数）很自然地就出来了。
马云欣赏风清扬的另一点就是风清扬是一个好老师，教育并培养了令狐冲。
我自己也是老师出身，我最希望的是我的同事、我的学生能够超越我。
风清扬的独孤九剑让马云深深着迷，他还曾经毛遂自荐，希望在连续剧《笑傲江湖》中扮演风清扬的角色，虽然最后没有演成，不过独孤九剑“无招胜有招”的精髓让马云在经营阿里巴巴时屡屡出奇制胜，所向披靡。喜欢武侠小说的他，甚至还将公司会议室用明教总坛“光明顶”来命名，办公室摆了两把别人送的宝剑，心情不好时，就拿起来舞弄一下。
再说马云的另一个偶像杨致远，他目前是全球最伟大的互联网公司雅虎的CEO，人称“雅虎的华裔酋长”。
正如计算机时代的很多新事物一样，雅虎（Yahoo！）起源于一个想法，随后变成一种业余爱好，最终成了能使人全身心投入的一项事业。雅虎的两位创始人大卫·费罗（DavidFilo）和杨致远（JerryYang），都是美国斯坦福大学电机工程系的博士生，意气相投的他们在1994年4月建立了自己的网络指南信息库，将其作为记录他们个人对互联网兴趣的一种方式。但是不久，他们就发现他们自己编写的列表变得很长，不便于处理。于是，他们开始在这上面投入更多的时间。
1994年，大卫和杨致远开发了可定制的软件，希望能帮助刚刚开始使用网络服务的用户有效地查找、识别和编辑互联网上存储的资料。这样，雅虎就成为了一个可定制的数据库。
如今，雅虎已经成长为一家全球性的网络通讯、商贸及媒体公司，含有链接到互联网上的成千上万台计算机中存储的信息，每月为全球超过25亿用户提供多元化的网上服务。雅虎还是全球第一家提供互联网导航服务的网站，不论在浏览量、网上广告、家庭或商业用户接触面上，它都居于领导地位。雅虎也是最为人熟悉及最有价值的互联网品牌之一，在全球消费者品牌排名中位居第38位。目前雅虎在全球共有24家网站，其总部设在美国加州圣克拉克市，在欧洲、亚太地区、拉丁美洲、加拿大均设有办事处。SanJoseMercury新闻这样评价它的地位：“雅虎的贡献最近乎于Linnaeus的工作。”Linnaeus是一位18世纪的植物学家，他所创建的分类系统有效地划分了整个自然界。
雅虎发展到今天并非一帆风顺。2000～2002年是网络泡沫破灭时期，也是雅虎最难熬的一段时期。在那段时间里，雅虎处在风口浪尖上，市场上对雅虎很不看好。杨致远并没有因此而感到丧气，相反，他认为这是一个机会。因为在1995～2000年，迅速成长中的雅虎想的是如何跑得越快越好，根本没有精力回头做总结。而在2000～2002年这一“互联网的冬天”里，雅虎终于有机会停下来思考该怎么样生存，怎么样成为一个有“地基”的互联网公司。
这种重新思考，使雅虎品牌没有被减弱，用户也没有减少，并从2002年年底开始加速成长。摆脱危机虽然对杨致远来说非常艰难，但对他以及雅虎的意义却是非常巨大的。
同为华人，杨致远的创业经历使他很容易成为众多华人的骄傲，事实上，他也成为了众多华人的偶像，这同样也是马云被杨致远吸引的一个原因。但是马云更看重的是雅虎在不为人看好的情况下，又重新站起来的耐挫精神。
让我感受最深的是2001年、2002年。这几年的日子真不好过，我们阿里巴巴这么小的公司，在杭州这么个地方，我们所受到的压力和阻击已经很大了。雅虎是全世界互联网公司的经典范例，free是雅虎想出来的，免费是雅虎想出来的，起泡沫，也是雅虎处于整个旋涡之中，雅虎成为完美风暴的中心。这个中心能够活下来，能够顶住来自B2B、Blog的风浪，这个精神真正使我觉得了不起，创业一次不容易，创业两次，三次，继续挺进。我真的觉得Jerry（杨致远）是我的偶像。
1997年，杨致远和母亲、弟弟第一次回到中国内地。马云接待了他们，这也是马云和杨致远的第一次见面。杨致远后来回忆起他对马云的第一印象时，说：“第一次见面就觉得他很诚恳，很有雄心，对世界的看法非常强烈。那时我觉得，他以后肯定会成为不平凡的人。”
说起和杨致远的第一次见面，马云显然比杨致远更喜欢外露自己的情感：“杨致远先生比我小，我们第一次在长城上遇到，感觉就挺不错。后来感觉就越来越好，有人说我们像朋友，我觉得像兄弟还差不多。”
2005年5月初，从不打高尔夫球的马云突然接到同样不会打高尔夫的UT斯达康（中国）公司总裁吴鹰的电话，相约到美国去“打球”。正是在这次球会上，杨致远和马云原则上谈成了关于阿里巴巴并购雅虎中国的事宜，之后进行了长达两个月的细节谈判。
2005年8月11日在并购仪式上，现场背景上贴的正是1997年杨致远和马云并肩坐在长城阶梯上的相片，两人都笑容可掬。马云这样解释两者之间的渊源关系：
阿里巴巴与雅虎的合作，可以说恋爱从7年前就开始了，这张照片是7年前杨致远访问中国时我们在长城上留下的合影。从那时起，我们的相互欣赏就开始了，而现在，这场恋爱终于有了结果。
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雅虎这么多年来还坚强地活着，而且不断发展。特别在中国，经历了7年的磨难。我喜欢跟经历过磨难的公司合作。
金庸教会了马云打仗的招数，而杨致远所具备的激情和远大的理想，给马云创业道路提供了宝贵的参考。
希望冬天越长越好
人家觉得互联网的春天来了，我并没有觉得互联网的春天来了，其实我自己是这么看的，我希望冬天越长越好。
为什么马云希望冬天越长越好呢？有两层含义，一是马云认为，从竞争的角度来说，冬天长了，细菌就都死光了，在边上的噪声都静下来的时候，而这个时候阿里巴巴还能站立着，必然获得所有投资者的青睐，并给客户莫大的信心。而另一层含义，则体现了马云的乐观精神：
首先我是个乐观主义者，我觉得有冬天一定有春天，有春天一定有冬天，一年四季都是春天的话，你会过腻的，对不对？我觉得在冬天的时候不一定人人都会死，在春天的时候也不一定人人都会开花结果。
仔细阅读马云的这段话，可以看到马云的危机意识。马云所做的总会比事情的发生快一步，这也源自于他对失败和成功的不同于常人的看法。
今天是大家都好了。我反而更加警惕，好了不等于我会好，在以前冬天的时候大家都不好，不等于我们不好，其实阿里巴巴现在经营一直不错，应该来讲今年的利润会在一个亿以上，所以整个公司已经开始慢慢地进入一个比较好的（状况）。
当别人都在为成功而忘乎所以的时候，马云却在成功之中看到了危机。
要在形势最好的时候改革，千万不能弄到形势不好的时候改革，下雨天你要修屋顶的时候一定是麻烦大了。所以阳光灿烂的时候借雨伞、修屋顶。
任何时候，当你发现一片繁荣的时候，请记住背后的灾难很快来了，全世界的调查证明85％的企业倒闭都是在前一年形势特别好，特别是整个市场形势很好，或者这个企业特别好的时候，第二