从上述部署可以看出，日军肃正的重点主要是山西境内的国民党中央军和八路军。3月1日，日军第109师团、独立混成第3旅团各一部约4000余人，分6路向岚县、静乐、方山围攻。八路军第120师新编第358旅等部，不断打击敌人，10日收复岚县、方山，粉碎了敌人的围攻。
在日军开始进行第一期肃正作战（1939年1月至5月）时，蒋介石于2月颁发“国军攻势移转部署方案”，决定“加强游击战区兵力，并相继转移攻势，以牵制消耗敌人”。第二战区应“以约二师向晋北宁武、朔县之敌攻击，遮断铁道，阻止其转用。以现在晋南部队向临汾以南同蒲路之敌攻击，与晋西部队策应，扫荡晋南三角地带之敌”。至于兵员的补充及粮弹器材的补给，“先以晋南作战部队为主。”
一、“回马”作战（9）
阎锡山根据蒋介石电示，作出如下部署：
（一）卫副长官指挥第4、5、14各集团军以一部向济源前进，并截断同蒲路南段交通，以便向临汾以南同蒲路之敌攻击，并协同陈长捷部之南区军扫荡晋南三角地带之敌；
（二）第18集团军确实截断正太路之交通，阻敌转移，并发动广大之游击战，处处予敌威胁而牵制之；
（三）以上各部队务于9日以前准备完毕，其攻击开始日期为10日。
根据阎锡山部署，各部向指定目标实行攻击，破坏敌交通线，袭击敌据点。3月5日，收复汾城县之古城、蒲县之黑龙关，17日收复浮山。日军也开展反攻，23日再陷浮山。
4月15日，阎锡山令晋军反攻浮山、安泽，收复二县。同时，他还令陈长捷61军吕瑞英师、陈光斗师主力向同蒲路两侧进攻之敌主动出击，并将赵城县附近同蒲路截断，使敌十余日不能通车。经各路军的反击，日军被迫退回原据点。对此，日华北方面军“战时月报资料”记载，中条山国民党军队对日军交通线发动持续攻击，“预料此种袭击活动将再次积极展开”。八路军“内部活动渐趋深入细致，特别是朱德所在的晋南方面。”
10月初，临汾、汾城、新绛、稷山、河津等县之日军（第37、41等师团）约万余人，向晋西吕梁山根据地大举进犯，陈长捷指挥西路军、南路军各部，一面分段截击，一面诱敌深入，断敌接济，经一个多月的苦战，终将敌击溃，毙伤敌2000余人。
10月10日，国民政府军事委员会军令部制订了《国军冬季攻势作战计划》，决定以第二、三、五战区为主攻，以第一、四、八、九等战区为辅攻。第二战区反攻任务为肃清同蒲线南段晋南三角地带之日军。
11月19日，蒋介石下达“冬季攻势”的命令，规定“第二战区应首先切实截断正太与同蒲二路，肃清同蒲线南部晋南三角地带敌人。”其作战要领为：“（子）由汾河北岸击破新绛、稷山、河津敌人，向南进出，由同蒲路东侧横水岭、夏县、平陆，向同蒲路攻击，重点置于翼城东侧地区，击破当面敌人，沿同蒲路向安邑进击，协力肃清三角地带敌人，并【以】晋冀边境十八集团军部队，切实截断正太路交通；（丑）切断同蒲路北段（拟为南段——引者注）介休、临汾间，及白晋公路之交通，攻击长治，并各以有力一部分由东西两面向曲沃、侯马、汾城攻击，掩护主力之侧背；（寅）以北路军主力指挥张砺生部，向归绥东南附近地区围攻敌军，并策动伪军反正”。并且令第一战区、第八战区策应第二战区的作战。
阎锡山接到命令后，遂开始部署，决定兵分4路对以晋南三角地带日军发动攻势：
南路军总司令卫立煌指挥所部第17军及第4、5、14集团军，对封门口天井关确实封锁；另以一部破坏介休临汾段同蒲路，阻敌之交通。主力由浮山、翼城、横水岭、夏县、平陆、芮城间同蒲路攻击，重点置于翼城东侧地区，击破当面敌人，切实占领曲沃、侯马，阻敌援窜。再沿同蒲路向安邑进击，肃清三角地带之敌。
东路军总司令朱德指挥所部第18集团军及第27军、第40军，以主力截断东阳关、娘子关，阻绝增援之敌，并切断正太、白晋及同蒲之介休至太原段等路交通。一部围困长治一带之敌，阻其窜扰。
西路军总司令陈长捷指挥所部第6集团军（欠杜春沂军）、彭毓斌军（附郝玉玺、薄毓相、孙定国等部）、王思田师、刘奉滨师及崔道修、陈光斗（辖艾子谦、白英杰、张致良等部）等部，以彭军先肃清新绛、稷山、河津之敌，尔后进出汾河左岸向曲沃运城间活动，协同南路军肃清三角地带之敌。其余各部袭击当面之敌，并分遣一部进出曲（沃）侯（马）以北同蒲路沿线，彻底破坏铁路公路，断敌交通，掩护主力军之侧背。
一、“回马”作战（10）
北路军总司令赵承绶指挥第7集团军（欠刘奉滨师）、郭宗汾军及卢宪高、刘武铭、郭挺一、薛文教、张砺生、侯光远等部，袭击当面之敌，并破坏太原以北同蒲路。主力向归绥东南附近地区围攻敌军，策动伪军反正，与第八战区协同作战。
此外，宜川河防总副司令周玳、傅存怀、杜春沂指挥杜春沂军（欠田齐卿旅）、陈庆华师炮兵10个连，固守宜川河防。王靖国集团军（欠郭宗汾军）归司令长官部直辖，集结于大宁以西以北地区待命。其余分散在各地之部队协同友军袭击当面之敌，并破坏铁路公路交通。
阎锡山预定12月10日，各路军队按计划向日军发起攻击。
可是，未等阎锡山所辖各部对日军开展攻势，日军于11月下旬起，在闻喜、夏县、运城、安邑一带频繁调动。12月初，日军在横岭关（绛县南）、镇风塔迄老泰庙（闻喜东）一带集中4000余人；在闻、夏、运、安一带集中10000余人，伺机对中条山地区进犯。
12月3日，日军主力荒木、重松两联队附骑炮兵约8000余人，在20余架飞机、10余辆战车掩护下，分路向上下阴里、大峪沟之线及闻喜、夏县各山口我第5集团军阵地进犯。第5集团军依既设工事与敌激战。这样，南路军因日军提前攻击而提前发动攻势。
12月4日，第5集团军乃变更部署，逐段后撤诱敌深入，以一部仍留置敌后方，袭扰敌军，破坏交通。主力转移至马家庙（堰掌东南）大道以南第二线阵地。第98军武士敏部之先头部队第42师增加于胡家峪、东峪沟一带。5、6两日，敌继续推进，数度猛攻，均被我击退。7日，第17、98两军各抽一部由右翼向西出击，在上下横榆、清山村及以北高地毙敌近千人。残敌西溃至马家庙一带后，复与东犯之敌会合，然后联合向第3军第12师马家庙东南高地迄东西普峪之线阵地猛攻，战况甚烈。8日，南路军总司令卫立煌亲临前线督战。敌我反复争夺，鏖战至11日，敌受重挫，全线崩溃，分向闻喜、夏县方向后撤。是役血战9昼夜，共毙敌江岛大队长以下2000余人，日军伤亡惨重，联队长重松负重伤。其后，第5集团军各部逐渐恢复到战前态势，向各山背及铁道沿线之敌出击。
第4集团孙蔚如部乘第5集团军与敌激战之际，亦积极出击，不断袭击敌据点，经两个多月作战，予敌以重大打击。第14集团军刘茂恩部亦在翼城、绛县以东及浮山、安泽附近，积极向敌攻袭，从12月中旬至1940年1月，其毙伤日军近千名。
与此同时，东路军朱德所部亦先后对日军发起攻击：
八路军第129师刘伯承部、第115师陈光部进行邯（郸）长（治）战役。是役从12月8日至26日，共进行大小战斗数十次，毙伤敌伪军700余人，收复黎城、涉县两城及敌据点23处。第129师陈赓旅与第115师徐海东旅分别在武乡以南、沁县东南地区毙敌400余名。嗣后，连续在白晋路伏击敌运输车辆，共毙敌100余名，毁敌汽车10余辆。第129师陈锡联旅在皋落镇西南地区毙伤敌200余名，收复皋落镇；1940年2月10日，陈旅又在川口村、道佛沟、殿上村附近毙伤敌军160余名。
国民党第27军范汉杰部先后攻占长子、屯留外围各据点，包围长子、屯留，并一度攻占长子西关、北关。第40军庞炳勋部1940年2月15日，将向长子南之大堡头、长子西之石哲镇进犯之敌600余击溃，敌虽屡次增援，企图反攻，但终未得逞。
“冬季攻势”，打退了日军的肃正攻势，歼敌逾万名，并保住了中条山战略要地。但是，遗憾的是，在“冬季攻势”的同时，也即八路军配合友军主动攻击日军的同时，阎锡山却发动了十二月事变，企图趁机消灭新军，从而严重地影响了这次作战的效果。
1939年的“春季攻势”与“冬季攻势”，是太原失守之后，阎锡山连续发动的攻击性的对日作战。之后，他为了保存实力，转而采取消极的避战做法。
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二、殚精自固（1）
秋林集训
临汾失守后，山西半壁河山沦于敌手。阎锡山被日军所逼，西逃陕西秋林。他的军队（旧军）日益减少，军官指挥无方，士兵战斗力不强，这些都使阎锡山极为忧虑。他不能眼睁睁地看着自己赖以存在的军队就这样衰败下去，决心采用“新”方法，整训扩编军队。要整军，首先必须培训军事干部。作为行武出身的阎锡山自然深知，“选拔干部，训练干部为练兵之先着”。所以，他对培训干部很重视。早在1938年夏，他就在吉县马家河成立“山西军事干部学校”，自兼校长，于镇河为副校长，韩文斌为教育长，宋振寰为政治部主任，下辖3个总队。10月，又在乡宁创办“民族革命青年军官教导团”，自兼团长，刘墉之为教育长，杨嘉藩为教务长，吕调元为政治主任。教导团下辖3个步兵大队、1个工兵大队、1个炮兵大队。
从1938年11月开始，阎锡山仿效蒋介石庐山集训的办法，把他军队中的中下级军官分期分批集中到秋林进行集训。
秋林，位于陕西省宜川县北30华里。相传，晋文公曾避难于此。阎锡山从临汾撤过黄河后，先驻于桑柏，不久便将长官部、省政府等机关驻扎于此。阎锡山选定秋林作为其首脑机关所在地，一是隔黄河天险，便于避开日军的攻击；二是图个吉利，取“宜于伯川”之意。不久，阎锡山把秋林改名为兴集，意为兴旺发达，希望在此相安无事。
阎锡山秋林集训军官的目的在于“改变已过的旧作法”。因为旧军的状况，使阎锡山不能不深深感到：“我们的军队，今日不改用新作法，就不能存在。”
因此，阎锡山提出确有“新的必要”，就好比“冬天要穿皮袄生火炉，夏天穿衫子扇扇子，这就适合气候，这就对，对就能存在。”相反，“如果冬天穿衫子，用扇子，夏天穿皮袄生火炉违反了气候，你一定要受热、受冻，甚至生病而死，那就不存在了。” 阎锡山又说道：“某友军自抗战以来，人员增至4倍，我军某部抗战以来，减少了一半，按这个比例，再过10个月，就是友军的1，变成16，我某军的1，变成1/4，这就成了64与1之比了。这就因为友军是新作法，我某军是旧作法，你们看新与旧，一膨胀一缩小的结果，可怕不可怕？知此而尚不觉悟，不改新，则如饿了尚急走，冻了尚抱冰，岂非自杀？”以此启发其军官的觉悟，统一其认识，彻底改“新”。要求其军官“为了国家，为了二战区，为了晋绥军的存在，为了保持个人的荣誉，” 自觉自动地走上新的道路。
阎锡山这里所说的“新”，同常用的新的含义有所不同，具有特定的含义。他认为“新”，“是适合与效能的问题，适合有效就是新，不适合无效就是旧。比如夏天穿衫子，虽旧亦新，穿皮袄虽新亦旧。” 由此可见，阎锡山所说的“新”与旧，在于是否适合需要，适合者即是新，反之，则为旧。可以说是其一贯主张的“存在即是真理，需要即是合法”理论的具体反映。
因此，阎锡山据此提出：“今日晋绥军要想存在，非晋绥军官有自己好并且强制别人好的决心和作法，大家一齐走上新的路子不可。”
那么，如何走上新路子呢？阎锡山在《怎样新》的训词中提出，要做到“四新”，即新补充法、新管理法、新训练法和新作战法。他说，只有“用新补充法，兵才能来，用新管理法，兵才能存在，用新训练法、新作战法，兵才能保护人民，打死敌人。” 。 想看书来
二、殚精自固（2）
所谓“新补充法”，即采用动员志愿兵的方法补充其军队。阎锡山认为补充新兵，通常有三种方法：招募、征兵、动员志愿兵。招募是靠政权选择，可是，因日本入侵，政权不完整，不易实行。征兵虽为国民的义务，可是，须具备三个条件：即普及国民教育，实行了户籍法和周密的警察制度，始能实行。按当时的政治，这三个条件均不够，征兵也不能实行。因此，只有走动员新战士的一条路子，动员新战士，不靠政权，即使在不完整的政权下，也能实行，而且是动员有黏性的爱国青年，更能加强军队的力量。
所谓“新管理法”，即废除打骂，采用说服教育，以加强管理。
所谓“新训练法”，即不仅在军营里，而且在行军中、休息前、打仗后，随时随地都可进行训练。
所谓“新作战法，即民族革命战争的过程中，为避免战略的劣势，运用战术的优势，所采取之游击战、运动战之机动战法。”
为了实现军队“四新”，阎锡山要求其军官：“第一要有志气，今日说新，人人都知道好，没有志气，没有决心，因循苟且，便走不上新的路子。第二要有方法，寻不见新的路子，结果不是事倍功半，就是徒劳无益。第三要有黏性，人原具有热心和黏性，有了志气和方法，只要一变就新。……有了志气、方法和黏性，还须有自己新，不容别人不新的组织责任心，才能作到新。” 而且，阎还让受训军官，在部队里成立“四新共进会”，作为推进“四新”的专门组织。
阎锡山为了统一军官的思想，将他提出的“中心思想”作为军官训练团团训。何为中心思想？按阎锡山的解释：“今日的思想，就如金字塔，一层管一层，非到顶不能一致。这话是说今日军人，是要向同一目标集体努力，不是要一英雄豪杰，而是要多数的对人类客观需要的同一见解”。这里阎锡山虽美其名曰：“对人类客观需要”的见解，实质上是为了谋求其存在而欲将其军官的思想统一在他的思想之下，进而通过军官将全体晋绥军牢牢掌握在他的手中。那样，不言而喻，他自然高高在上，位于金字塔的塔尖。
至1939年10月，秋林集训共轮训军官5期，“在训练上已达最高点”，关键在于如何实践。为此，阎锡山号召晋绥全军官佐、政工人员士兵及伙夫、马夫，一致努力，完成抗战复兴的任务。
秋林集训为阎锡山扩充军队作了干部准备。1940年初，阎锡山乘机要求蒋介石政府增加番号，扩充军队。他将原有的2个集团军（第6、第7集团军）、4个军扩充为4个集团军（第6、7、8、13集团军，由陈长捷、赵承绶、孙楚、王靖国分别任总司令）、8个军（除原第19、61、83军和骑兵第1军外，又增第23、33、34、43军）、6个游击纵队、2个政卫师、1个独立旅、2个总队、1个特务团、1个机关旅团、1个骑兵团、1个炮兵司令部（辖5个炮兵团）、1个工兵团、1个宪兵司令部（辖3个宪兵大队）。 阎锡山提出要“建立现代化有基础30万团力的铁军”。所谓�