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9月14日，即日军向平壤发起总攻前夕，叶志超竟召集各将领会议，以兵单、弹药不全，地势不熟等理由，商讨弃城北撤之计，提议暂退暖州，以图后举。会上，遭到左宝贵等人的痛斥。事后，左宝贵为严防叶氏逃跑，派亲兵对叶加以严密监视。自此，叶氏威信扫地，号令不行。
15日，日军向平壤发起总攻。驻守平壤清军各营实际上是处于诸将各自行动的状态，缺乏统一指挥和调度的情况下进行防守作战的，尽管如此，各军备营仍进行了坚决抵抗。日军死伤甚多，因死伤惨重，被迫撤退。这一仗，清军取得了重大胜利。但守卫牡丹台的清兵，在日军猛烈的炮火之下，节节后退，在日军三面合击之中，牡丹台终于失守。当时左宝贵正在玄武门督战，见牡丹台失守，亲自登阵督战，点燃大炮，向日军轰击，先后3次被日军流弹击中，犹裹伤再战，直至牺牲。左宝贵的牺牲是日清战争中，清朝高级将领洒血疆场、为国捐躯第一人。
得到其他几处关卡失守，以及左宝贵战死的消息，叶志超惊恐万状，决定弃城逃跑。他强令坚守阵地的马玉昆和卫汝贵迅速撤军，又在城门上悬挂白旗，派人假平安道监司的名义，致书日军，要求停战。是时，天气骤变，雷鸣电闪，暴雨如注。日军接到清军要求停战文书后，估计清军可能利用雷雨，趁黑夜弃城逃走，于是命令军队埋伏在通往义州大道两侧，进行截击。
当天晚上，清军冒倾盆大雨，沿义州向北仓皇撤退。清军不知有伏，争先夺路奔逃，溃不成军。等溃逃至日军伏击圈之时，遭到日军狙击，死伤惨重。叶志超率众，一口气跑了五百多里，不敢在朝鲜境内逗留，渡鸭绿江返国。后统计，清军在溃退时被日军伏击和人马践踏而死者近2000人，被俘500余人，丢弃大炮35门，枪支950余杆，车156辆，马250多匹，粮食4600余石。至于子弹、金银及其他军用物资更是无法统计。
清军溃退后，9月16日，日军占领了平壤。
平壤战役是日清战争爆发后的首战，也是两国陆军第一次大规模作战。战斗以清军的溃退而告终，在朝清军全部退入本国境内。在这次战役中，日军仅死伤、失踪698人。在平壤战役结束以后两天，中日两国海军在黄海海面展开海战，这是一次中、日两国海军主力决斗，
是为中日甲午海战。最终，日本联合舰队击败了北洋水师提督丁汝昌指挥的北洋舰队，日军大获全胜。至此，中日战争的战场移向中国辽东半岛和中国近海，朝鲜完全落入日本的魔掌。
由朝鲜甲午东学党起义引发的中日大战，陆战决于朝鲜平壤，海战决于黄海，日本在此两次战役中，均大获全胜。
中日战火蔓延到中国境内之时，朝鲜的国土仍无片刻安宁。1894年7月23日，日本兵攻入朝鲜王宫之事在全国传开，立即激起朝鲜人民的强烈反抗。已经熄灭的人民起义再次复燃，这次东学党打出了“斥倭”的口号，号召全国人民将日本侵略者赶出朝鲜。
此时，日本兵把持着朝鲜王宫，拒不撤走。在相当长的时间内，即使朝鲜政府大臣也要凭日本公使制作的门标，才能出入王宫。日军一扫汉城的朝鲜军队，市街之上无一韩兵出现，已经消除了朝鲜国的兵权和警密权，使朝鲜完全置于日本的“保护之下”。
等到日本在日清战争中连战连捷，把清军完全驱逐出朝鲜，眼看胜利指日可待之际，就唆使他们所一手扶植的亲日政府，把矛头转向农民军。
当时，农民军对日本强盗的侵略行径和亲日政府的卖国勾当感到无比的愤慨。他们在清日战争爆发后，便蓬蓬勃勃地在更广泛的地区展开了斗争。农民军当时活动在全罗道和忠清道的大部分地区以及庆尚道、京器道、江原道、黄海道的一些地区，其影响甚至波及到平安道和咸镜道。官军中不少士兵也陆续参加了农民军的行列，甚至连那些一度奉清朝封建军阀之命，为讨伐农民军而被迫来到朝鲜的清军士兵，也参加了农民军，为反对共同的敌人日本侵略者及其走狗朝鲜亲日政府而共同战斗。到了9月份，东学党农民起义军已经在汉城附近活动。
明成皇后14（7）
从9月份开始，日军与朝鲜官军勾结在一起，开始对东学党农民军主力部队发起进攻。各地的农民军获悉日军和官军开始大规模进攻的消息之后，就以汉城为攻击目标，开始集结大量兵力。全罗道各地的“执纲所”和农民军的领导者，在“驱兵入京，尽灭权责，逐灭夷烃，澄清圣道，济世安民”的口号下，组织起农民军的队伍。长期受崔海月影响的忠清道农民军也都奋起抗战。
于是，农民军又以全奉准为总大将，全部集结在忠清道一带，到9月末队伍扩大为近十万人。
卖国的亲日政府，与日军狼狈为奸，企图在公州一带阻止农民军北上攻打汉城。当时，日军和官军都是用美英提供的许多大炮和新式武器装备起来的，而且还受到长期的训练。与此相反，农民军尽管人数众多，声势浩大，但装备和训练却很差。而且，农民军联合总指挥部内部，混有一些象东学教教主崔海月之流的投降主义和分裂主义的领导人，这就削弱了农民军队伍内部的统—和团结。
当时，崔海月一伙因慑于多数东学教徒和农民的声势，虽然不得已地从是年9月中旬表面上参加了农民军的行列，但他们自始至终搞分裂活动，执行着一条向朝鲜政府妥协的路线。然而，全奉准等人在绝大多数东学党徒和农民的支持下，粉碎了他们的妥协路线，展开了积极的进攻战。
但是，由于农民军武器陋劣和缺乏军事训练，在日军的诱引战术和猛烈的炮击下，最后惨造失败。从当年10月末起，农民军几乎处于瓦解状态，而分散为许多小部队。这些小部队，后来在忠清道、全罗道的许多地方继续同日军展开了顽强的战斗，但也被各个击破了。其他各道准备攻打汉城的农民军，在公州战役失败后，也由于日军和官军的残酷“讨伐”，逐渐被击败。到12月底，三南一带几乎成了日军和官军的天下。
1894年12月，当农民军的势力逐渐衰弱，大局基本已定的时候，日军和官军在各地惨绝人寰地镇压农民军。当时，全罗道、忠清道等三南一带，参加暴动的农民及其家属约二十万人惨遭杀害，城市和农村变成了一片废墟。
由于叛徒的告密，全奉准和他的战友一起被捕，并被立即押送至汉城。全奉准和他的战友，直到1895年3月17日被判处死刑，不仅没有为刽子手的严刑拷打所屈服，而且义正辞严地申明自己的斗争是正义的，明确地指出侵略者和统治阶级是人民大众的敌人。
遭到灭顶之灾的东学党农民军，仍旧有一小部分进山坚持游击战争，但是由于全奉准被逮捕，到了1895年2月，甲午东学党农民起义大体上宣告结束。
东学党农民起义，使朝鲜的社会矛盾越发尖锐化。闵氏政府随后请清兵来镇压，又给日本的军事入侵提供了借口，清日两国的军队在朝鲜国土上对峙，给朝鲜酿成了空前的民族危机。在面临灭顶之灾的形势下，闵氏政权也不得不认真考虑应急对策。
在朝廷内部除了相当一部分官员坚持请兵镇压外，还出现了对农民起义军持同情立场的一派，他们建议政府对农民军施以怀柔政策。这两个派别虽然论条相对立，但是他们都感到内政改革势在必行。所以，改革弊政的呼声在闵氏政府内部日益成为主旋律。
早在5月间，金弘集就说，所谓更张，就是要大刀阔斧地改革政治上的弊病。高宗本人对国家混乱亦十分痛心，痛感改革弊端的必要，要求大臣们参照外国制度进行改革。
趁着朝鲜政府出现的这股改革风潮，《全州和约》之后，朝廷之中的革新派官吏更酝酿着自上而下的自主改革，这种改革和全奉准领导的改革运动大有相互结合的趋势。但是，日本对朝鲜改革的“劝告”与强行介入，将这种潜势扼杀在襁褓之中。
日本出于本国利益的考虑，要求中国共同改革朝鲜内政，在遭到清政府拒绝之后，日本决定单独介入。6月26日，由日使大鸟向高宗提出了改革案。
日本政府无视在农民战争的压力下，朝鲜政府内出现的自上而下进行内政改革的倾向，和农民军执纲所在全罗道地区所进行的改革，强行对朝鲜政府提出“劝告”，完全是出于政治需要。日本内阁批准的关于朝鲜的改革案，除最后一条是属日本利用开发交通通讯手段获得利益之外，完全是抽象的项日罗列。在朝鲜朝廷内部，从上至下都表示坚决拒绝日本的干涉，自主变革。两班官僚中要求改革弊政的上疏亦相继发生，当时，地位稳健的开化派资深官员金弘集已被任命为外务总理，俞吉浚等新进开化派人士己被任用为中央各署衙参议，初步呈现举国一致的前景。
东学党农民起义和中日在朝鲜的军事对峙，从根本上动摇了闵氏政权的统治。随着甲午年国内改革呼声的高昂，闵氏戚族政治的代表人物闵泳骏成了众矢之的，甚至有人主张“剥夺闵泳骏的官位俸禄，没收其全部财产并流放荒岛”。7月份，闵泳骏被迫辞去宣惠堂上职务，以此为标志，闵妃势力开始衰落。金嘉镇、俞吉浚、金弘集、朴定阳、赵义渊等有开化思想和亲日倾向的官吏先后开始受到重用。
与此相呼应，汉城南大门贴出要求驱逐闵氏派人物，重用开化派、实行国政“更革”的檄文。儒生甚至直接上疏高宗，要求广开言路，创设议院。在这种背景下，7月末，金炳始出任领议政，朝廷之中的开化派酝酿着排除诸闵、推行改革的一场“政变”。
明成皇后14（8）
然而一场大变革的开局被日军所打破，金炳始政府还未来得及运作，就被日本入侵者颠覆。
日本突然占领了王宫，首先迫使高宗将一切政务委任于大院君，将大院君变成其推行殖民政策的工具。大院君虽然处心积虑地也想推翻闵妃政权，但他顽强地抵制日本干涉朝鲜政府的人事安排。日本人见这个被抬上来的傀儡并不顺从，便唆使朝廷内的开化大臣另外组建
了“评议会”作为临时政府，以对付大院君。
7月27日，评议会更名为军国机务处，金弘集出任领议政兼机务总裁。日本人感觉金炳始太有反抗精神，遂将其排除出决策核心。
军机处负责一切国家机务改革的决策，议决后经国王裁可负责实施，其成员包括前稳健开化派、少壮开化派和政治上的中间派。这些程度不同地有着开化思想的官员们，自农民战争爆发以来，虽随时伺机夺取政权，但因力量单薄，一直无力行动。现在靠着日本侵略势力实现了推翻闵妃政权的夙愿，所以，他们具有明显的亲日倾向。
军国机务处建立之初，因中日战争爆发不久，战争尚在朝鲜境内进行，日本军政机构无暇过多地顾及朝鲜国内的政务，为军机处较自主地推行改革提供了可能。因此，1895年内发生在朝鲜大地上的“更张”，更确切的说，是一场改革。
军国机务处在1894年7～10月的短时期内，先后制定和发布了208件重要“内政改革”法令。法令所涉及的范围十分广泛，除土地与其他财产权未涉及外，几乎包括官制、行政司法、财政金融、产业贸易、军事、教育、身份制度和风俗习惯等一切领域，主要有以下几个方面：
先看一下政治范畴的改革。朝鲜采用了开国纪元的历法，于是证明它与清代中国传统的宗属——附属国关系已经终止。宫内府与议政府分离则是最重要的体制变革。为精简合并各种处理宫廷和王室事务机构，设立了宫内府。在总理大臣以下重建了议政府，由原来的六曹再加上外务相农商共8部组成。部下设局，每个局的权责及其在行政等级中的地位都作了仔细的划分规定。稍后，这种体制又进一步精简，产生了由7部组成的内阁。分别为外部、内部、度支部、法部、学部、农商工部和军部。部下设有局、课（处）。与这项改革同步进行的还有官吏品级制度的修订。月俸一律改实物为现金。传统的科举制度也予以废除，新的官吏任用法消除了两班与平民、文班与武班的差别。
地方官制也进行了重建，将原先的8道改为23府，以便地方行政管理更好地适应地方情况。府下设郡，这样简化了以前复杂的建制。不久23府又重组为13道直，但郡作为地方行政单位仍完整地保留下来。至此为止，地方官府所行使的司法权和军事权被剥夺了，地方官府对当地民众的权限也被剧弱了，从而反映地方行政观念更加近代化。
其次，司法权与行政权分离。颁布了裁判所传成法，—切司法问题都由该机构管辖。地方裁判所包括特别设在开放港口的裁判所属于初级裁判所，受理上诉案件的为高级裁判所或巡回裁判所。对警察权也进行了类似的分级改革。汉城警务厅负责京都的公共治安，而在地方，各道观察使属下的警务官负责地方治安；后者独立于郡守行政管辖之外。
对财政管理也进行了—元化的改革。按照开化党于1884年设计的改革模式，一切财务如会计、出纳、租税、国债、货币、银行和其它业务，都在新成立的度支部的权限范围内。度支部下设9个管税司，监督全国220个税收署，实施税法，处理地方岁入事务。货币制也进行了改革。新货币章程规定国家实行银本位制，镍币、铜币、青铜币、黄铜币为辅助货币；旧货币暂时仍可使用，逐渐换成新货币。伴随货币改革，规定租税不得以实物而要用现金支付。同时还对至此为止标准不一的度量衡进行了修订和统一。
社会改革也是1894年实施的全面改革的重要组成部分。首先，就法律而言，已完全废除社会身份制。两班与平民之间的阶级差别不复存在，致使各级官职可能不按社会出身而向一切有才能的人开放。公私奴婢法被废止，人口买卖也被禁止，驿丁、广大、白丁，以及其它受歧视的人都免除了传统的卑贱身份。这些都是具有重大意义的社会改革，预示着两班体制下的身份制度的瓦解。
此外，还颁命革除社会陋习的法规。废止了对嫌疑犯的严刑拷打以及对罪犯家属实行株连的缘坐法。禁止早婚，规定男为20岁，女为16岁为最低婚龄要求。准许寡妇再嫁而不论其属于哪个社会阶层。正式批准政府官员乃至那些曾任最高职位的官员，只要不再担任现职都可以从事商业活动。修改了养子续统法，庶子有权继承父业。修改了节约法令，简化了用以区别官品高低和显示两班与平民差别的着装法，鼓励穿更实用的衣服。
总的来看，上述法令规定的改革内容，在不少方面是朝鲜社会发展进步所必需的，其中许多是甲申政变开化政府的纲领和甲午农民战争《全州和约》所体现的、朝鲜人民为之流血奋斗的内容。这些改革虽符合朝鲜人民的根本利益，是进步政策的体现，但是，在当时朝鲜的社会、政治条件下，是不可能兑现的，其实际意义不一定都是肯定的，有的还被用来扩大日本的经济权益。例如《新式货币发行章程》第7款明文规定“在新式货币多额铸造之前”，外国（日本）货币可以在全国范围内与新货币混同使用。据此，日本货币灾破了原来只准在约开通商口岸使用的界限，流通于朝鲜全国。
明成皇后14（9）
日本贷币在朝鲜