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接着那三个星期，胡佛把奥本海默的档案，摘要成为一寸厚的材料。11月30日，他把材料送去白宫。同时抄送原子能委员会的刘易斯·施特芳斯和五角大楼的查理·威尔逊。威尔赴看完以后，给总统去电话，要求马上不让奥本海默到各个军事设施里面去。艾森豪威尔认为这“使人很不安”（当然，不管你对奥本海默看法如何，你也会觉得不安的），召开紧急会议来研究这个指控。这位科学家知道这些指控吗？艾克提出问题说。当总统知道他还不知道时，他就指示要举行听证会。同时决定在奥本海默与各种政府机密之间，要筑有一道“大墙”。这是个引人注目的提法。尽管当时在场的只有威尔逊、施特劳斯、布劳内尔和国家安全委员会的罗伯特·卡特勒，但这个决定还是引起华盛顿议论纷纷，终于又传到了国会山约瑟夫·麦卡锡的耳朵里。
奥本海默从英国回来，就接到一封信，要他访问海军上将施特劳斯。施特劳斯要他马上到华盛顿一行；事情很紧迫，又不能在电话里谈。12月21日下午，这位科学家走进宪法大道原子能委员会那座亮晶晶的大理石大厅，到了第236号房间这位上将的壁上镶板的大办公室。施特劳斯正和委员会的总务处长肯尼思·尼科尔斯在商量事。他们请他在会议桌前坐下。接着寒暄了一会和谈谈熟人的情况以后，施特劳斯就尽可能有礼貌地告诉奥本海默，他已被怀疑犯了叛国罪。他把艾森豪威尔的指示向他解释，并提出一些体面的下台方法来和他研究。但奥本海歇拒绝接受。
圣诞节前夕，他遭到一个特别难堪的侮辱。原子能委员会的保卫工作人员光临普林斯顿研究所，把他手上所有的机密文件拿走。听证会这时已定在4月份举行。赖斯顿了解到这情况，他原来准备等作出了具体决定后才把事情公布的。但既然麦卡锡准备在参院公开这一个消息，说他迫使政府采取这个步骤，于是赖斯顿就把消息透露出来了。这是个轰动一时的新闻。而为了使它不再引起更大轰动，接着举行的听证会就有点偷偷摸摸的气氛。会议是在T－3号楼一所临时建筑物内举行，这房子是战时的物价管理局遗留下来的官僚主义的见证。会议不让记者和公众参加。为了不让记者们知道会场地址，奥本海默从后门走进去。这场审判——其实这就是审判——是在T－3号楼第2022号房间举行。这是个二十四英尺长，十二英尺宽的办公室，特别把桌子、椅子和一张破旧的皮沙发布置一番，以便临时象个听证会会场。奥本海默坐在沙发上，后来参加会议的人说，这位科学家“懒洋洋地坐在沙发上，有时好象心不在焉，而这个沙发就成了当时的被告席。”
房间的另一端设了审判席。坐在那里审讯奥本海默的法官是戈登·格雷，托马斯·摩根（已退休的工业家），沃德·埃文斯（西北大学化学系名誉教授）。代表原子能委员会的是它的人事保卫局的律师罗伯特·罗布。罗布采取起诉的检察官那样咄咄迫人的态度，使这次质询更显得有迫害的味道。他对奥本海默采取一种轻蔑的神态。要是一个陌生人走进2022号房间，他绝不会想到那个受质询的人就是完成原子弹试验的研究所所长。罗布把老掉牙的所有审判伎俩都使出来了：比如自己背着窗，让太阳直射着被告的眼睛。听证会上那九百九十二页的材料，到处都反映他那鄙夷的口气。
每过一个时期，奥本海默的神不守舍的声音，可以通过一个手提式扩音机听到。这是用战时情报部门电话录音带录下来的，这样做并没有征求他本人同意，甚至他本人都不知道。这是有意侮辱，有时甚至到了使人难以相信的程度。安德烈·马尔罗后来阅读听证会的记录时表示非常诧异：奥本海默毕竟是个自由的公民，为什么愿意坐在那里让罗布有意识地侮辱他呢？马尔罗说：“他本来应该站起来大声说：“先生们，我就是原子弹！”但奥本海默太缺乏自信，性格过于内向了。广岛被摧毁以后，他沉思得太多了。正如他对他的朋友所说的，“我们干了魔鬼所干的事。”
听了四十个证人的证词以后，这个听证会休会研究结论怎样做。把奥本海默说成是敌人间谍，这点是不成立了。“我们特别注意他的忠诚问题。我们已得出明确的结论，我国人民可以放心，他是个忠于美国的公民。”的确，调查小组认为“应该指出，奥本海默博士似乎极其审慎，这反映出他有异乎导常的能力保守重大秘密，不向别人透露。”调查小组中唯一的一名科学家埃文斯，要求恢复给奥本海默绝密工作许可证，但格雷和摩根不愿同意。他们不喜欢奥本海默的一些朋友。他们认为“他的社会关系，反映出他对保密制度的要求极其不放在心上。”同时，还有他对发展氢弹的态度冷淡得令人不安：
『我们发现他对氢弹计划的态度，确实使人颇为不安，以致使人们怀疑，如果他在国防问题上对政府的计划还是采取这样态度，那么要他继续参加这类工作，是否能符合保密的最高要求。』
奥本海默就这二比一的决定，向原子能委员会进行上诉，这个委员会又以四比一的票数，维持原议。委员亨利·史密斯要求委员们注意：经过调查，奥本海默的“忠诚与可靠是毫无疑义的”，而从他本人的光辉成就看来，“他的贡献对我们国家的未来会有重要价值，”而“那种保密审查制度既……无这种义务也无这种权利对一个人的每一生活小节都加以规定。”但是，正是在这个问题上，其他的委员们和他有不同的看法。对一个有伟大成就的人来说，在很多问题上是可以得到原谅的，而且比之格雷那个委员会来说，原子能委员会的委员们对奥本海默的对热核武器的复杂心情，也没有采取那么苛刻的态度。但是对于他不能同那些政治上相信邪说异端的亲友绝交，倒是认为一点也不能马虎的。
可笑的是，奥本海默被清洗带来的效果却和他的仇敌们所冀求的正好相反。他现在具有一个殉道者的新形象。相反，特勒却有点象被社会摒弃的人。这些玩弄权术的人本来以为他从此就可以高踞核物理学的宝座。谁知他反而被科学界人士疏远了。在著名的科学家中，反对奥本海默的只有他一个，被人认为是联邦调查局的告密者，是科学界而且还是科学本身的叛徒。在料学界的集会里，他受到别人的奚落。当他表白自己时，人们便走开了。到了最后人们虽然还可以和他一起开会，但他再也不受别人的真正信任。在小组讨论和漫谈中，他的同行们对他的态度都是敬而远之。他求援于恩里科·弗尔米，那时弗尔米已快死了。这位伟大的意大利科学家还是写了一篇文章，登在《科学》杂志支持他。但对反对特勒的人说来，这不过又是他一次违反做人准则的做法。他们认定他是个沽名钓誉之徒，继续对他冷淡。在科学界人士当中，他的斯特兰奇勒夫博士的形象已经形成。
与此同时，由于西太平洋地区偶然刮了一阵风，使斯特兰奇勒夫博士所象征的人类的命运，引起了人们的注意；也使美国人略为瞥见了，他们现在所做的事，对美国和对世界意味着什么的可怕景象。3月1日，在罗布准备奥本海默的材料时，原子能委员会又在埃尼威托克岛以东的比基尼珊瑚岛爆炸了第二个氢弹。它以相当于一千八百万吨到二千二百万吨梯恩梯的爆炸力，把珊瑚礁爆裂开来——威力等于投在广岛的原子弹的九百至一千倍。接着，风把放射性微尘带过来了。气象学家们原来预料会出现往北刮的强烈阵风的。相反，风往南吹，吹到比基尼岛南一百二十英里，远远超乎试验人员所划为危险区的范围之外。这些放射性微尘落在一个日本拖网渔船之上。事有凑巧，这条船竟取名为“福龙丸五号”。这些日本渔民最初吓了一跳，以为他们遇上了前所未闻的热带风雪，到了他们回到他们的海港时，他们终于弄清了可怕的真相。全部二十三个渔民都病了，住进医院。接着，船上那个无线电员死了。与此同时，高度敬感的仪器装置，又在日本，澳洲、美国，欧洲的雨里甚至飞过印度上空的民航机的汽油里，发现放射性污染的迹象。
这样，有关死亡的词汇中又增加了一个：锶90，或放射性锶。这是有高度放射性的锶同位素，它在生物有机体中的半排出期是二十五年。袭击“福龙丸五号”的致命的风暴就是这种东西。这种锶90和钙一样存储在人体骨胳中，和放射性碘相结合，成了致癌物质，而这种放射性碘己在这些渔民的甲状腺内发现了。据说这对后代还会影响，虽然其影响要过很多代以后再能测量出来。施特劳斯海军上将把这些提出警告的科学家说成是“绥靖派”，“惊慌派”。他自己派出一队技术人员到世界各地调查，结果似乎证明他给这场调查起的代号叫“阳光灿烂”是有根据的。可是另一些调查人员倒是觉得颇为阴暗。加州理工学院生物系名誉教授A。H。斯特蒂文特说，“这个爆炸了的氢弹的最后结果，就是生育出很多畸形发育的人。”加州大学的遗传学教授柯特·斯特恩说：“由于过去这些氢弹试验，现在世界上每个人的体内，都已有少量的放射性物质。”而在比基尼岛进行氢弹试监的顾问、海军科研局核弹研究处负责人物理学家拉尔夫·莱普则提出预言说，到了七十年代某些时候，同温层内的放射物质的积聚，就会超过安全许可量，影响到地球上每个人的健康。
从二十年后看来，这个问题的重要性似乎超过当年春天的一切大事——布里克修正案所引起的激烈辩论，印度支那的危机，奥本海默的倒霉等等——然而在那时，它也和所有这些大事一样，被一个问题所盖过，这个问题荒谬绝伦、微不足道、毫无意义、甚至毫不重要，以致使人产生严重怀疑，究竟民主制度有无能力经得起二十世纪后五十年的各种挑战。现在看来似乎难以相信，但当时整个国家在整整三十五天内，都热衷于一场争论：究竟是谁同意把一个有左倾思想的陆军牙医欧文·佩雷斯，从上尉按惯例提升为少校？
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“谁提升欧文·佩雷斯的？”参议员麦卡锡反复提出质问。他始终没有弄清是谁，而事实上他对答案也不感兴趣。佩雷斯不过使他有个借口来插手军队的问题而己。事实上，这个牙医之所以当上少校，并不是因为他的上级的同意，而是因为根据“医生服役法”的规定，他可以得到自热提升，这是使军队待遇和民间收入拉平的措施，而这一条麦卡锡本人是同意的。佩雷斯于1952年10月进入陆军。一年以后，他得到了少校的铜质栎叶领章。第二年，人们发现他原来是美国劳工党的成员，这在当时就等于是个共产党了。1954年1月30日，他在新泽西州基尔默营在麦卡锡的小组委员会上作证时，援引了宪法第五修正案。人事行政局办公室已通知第一集团军把他解职，三天以后他被解除职务。但对那位威士康星州的新参议员说来这还不够。麦卡锡认为该把佩雷斯送交军事法庭，没有这样做，就说明陆军部已有共产党渗透进去，他就准备运用他的调查权力，来挽救这种局面。
研究麦卡锡的人认为后面还有文章，而事实上确是有的。肯定地说，作为一个虚无主义者，乔·麦卡锡是反对陆军当局的，即使没有其他理由，仅仅陆军是确立的权威这一点也就够了。在他未发现共产主义这个题目以前，他第一次在华盛顿捣乱就遇到了陆军。在突出地带战役中，有七十三名党卫军在马尔梅迪把一百五十名被俘美军杀害了。战争结束以后，他们被判处死别。但乔在1949年就为这些党卫军说话。这场争吵使这个参议员梦寐以求的在头条新闻标题上出现的宿愿得到了实现（什么“麦卡锡攻击残暴行为”；“麦卡锡暗示有神秘的证人”；“麦卞锡攻击陆军掩盖真相”等等）。结果这些德国人没有处死，而从那时到现在，并没有什么东西说明麦卡锡不再准备再和五角大楼较量一下。但是，他对陆军也没有积怨。他自己的利益和陆军的利益没有冲突。而且在1954年早期，他有更大的个人动机，要攻击其他机构。决定对陆军展开进攻的并不是他自己，而是两个很不简单的年青人，麦卡锡的两名工作人员，他们可以说是五十年代的利奥波德和洛布【1924年芝加哥两少年杀人犯，他们自以为是超人。——译者】。他们的名字是罗伊·科恩和戴维·沙因。
科恩是他那一代热心政治的年青人的典型，就如马里奥·萨维奥【1964年加州大学哲学系学生、自由言论运动领袖。——译者】与马克·拉德【60年代青年激进分子。——译者】是他们那一代的典型一样。他身材矮小，一头黑发，感觉迟钝，目中无人，但记忆极好，过目不忘。他的垂下来的眼皮和他的肉感的嘴巴，使他表情显得阴郁而奸诈。他也和麦卡锡一样，只要是争吵，就都感兴越。他经常把他的黑发梳整好，这大概是能够说明他出身于较好家庭的唯一标志。他的父亲是个民主党人，是纽约最高法院上诉法庭的法官。罗伊的母亲简直崇拜她的孩子。当他还是小孩时，他的朋友的一个父亲主持一次旅行，请他参加。接着这个人便接到科恩太太的一个电话。她说：“你这次可幸运了。罗伊和你一起去。他聪明伶俐，懂得那么多事情。你一定会从他那里得到很多乐趣，而且你很可能会从他那里学到很多东西的。”
肯定他是早熟的。他在二十岁时就从哥伦比亚大学法学院毕业；只好在曼哈顿岛游游荡荡，等到二十一岁才当律师。那天，他宣誓就职，当了美国检察官助理。他成了研究所谓颠覆活动的专家，除了其他案件而外，还参预了雷明顿和罗森堡案件的审判。到了二十三岁，他就成了为沃尔特·温切尔和乔治·素科尔斯基提供内幕消息的来源，一方面他吹捧他们两人，另一方面这两个也吹捧他，给他写介绍信，使他得以爬向第二个目标：那就是，当美国司法部长詹姆·麦格雷纳里的特别助理。1952年9月，他达到了目的。科恩到了华盛顿第一天，就已露出一些征兆了：他在麦格雷纳里的私人办公室里宣誓就职，其实是不必再进行宣誓的；他举行了一次记者招待会宣布他的职责，但又忘记宣布他的职称，于是又再开一次记者招待会来弥补这样的粗心大意；他还要求自己有一个私人电报挂号号码和一个通向他以前在纽约的上司的私人电话。两样都未被批准。但他还是想到办法把同用一个办公室的三个年青律师撵走，把这房间变为他的私人办公室。12月，他准备控告欧文·拉铁摩尔犯伪证罪的起诉书。这个案件没成功，但这时科恩已经不在乎了。1953年1月24日，他辞去司法部的职务，去当参议员乔·麦卡锡的常设调查小组委员会的首席法律顾问。
沙因比科恩漂亮。他是个长着金发的、懒洋洋的青年，脸孔和身材都象个正在发育中的希腊神。他生长于富贵之家，是安都弗学院和哈佛大学1949年的毕业生。由于他自己有个贴身仆从，和一辆巨型的有电话和无线