众所周知，比航母还样庞大，而且在组装之后基本上没有机动性可言的海上基地更加脆弱，也更加容易受到潜艇攻击。早在第一座海上基地问世前，就有部分共和国海军将领提出了这个问题，就连华剑锋都认为，如果不能解决防潜与反潜问题，海上基地将没有存在价值。针对这个问题，最有效的办法就是扩大反潜范围，加强反潜兵力密度。为此，海上基地都有数量众多的护航战舰，而且在一般情况下，肯定会携带数量众多的反潜巡逻机。拿共和国海军的第三代海上基地来说，在正常情况下，至少有12艘专业的反潜战舰掩护，搭载1个联队的72架反潜巡逻机，且其中2个大队的48架为远程巡逻机，加上反潜战舰搭载的30多架反潜巡逻机，以及按照需要配备的攻击潜艇，能在周围建立起宽达550千米的反潜警戒区域，或者是在某一特定方向上，将反潜警戒区域扩大到1000千米。
除了缺乏反潜战舰，美国海军还面临更大的挑战，即在西南太平洋上的诺福克海战之后，共和国海军加强了在东太平洋地区的潜艇兵力投入，将用来封锁“北美西航线”的潜艇数量增倍。并且根据美军反潜兵力的部署与使用情况，制订了更加全面、也更加高效的破交作战计划，加上共和国海军在西南太平洋上的战略进攻、即攻打斐济群岛的作战行动，美军的大部分反潜舰艇都得用到更加重要方向上去。
事实上，欠缺反潜力量的不仅是太平洋战场，还有大西洋战场。俄罗斯战败后，中东战场上对美军有利的局面也维持不了多久，加上南非在战争态度上的转变，大西洋上的局面变得对美军不太有利。共和国海军在攻打威克岛之前，就组织了一支由12艘大型攻击潜艇组成的“水下舰队”，该舰队随同运送人道主义救援物资的船队到达尼日利亚之后，并没在几内亚湾多做停留，而是在拉各斯（尼日利亚西南地区的港口城市）补充了淡水与新鲜食物之后，前往北大西洋。虽然按照计划，该舰队将在直布罗陀海峡西面的大西洋海域逗留几个月，期间将与欧洲国家的舰队与潜艇进行协同训练，为今后组建联合舰队创造基础。但是在北上途中，这支舰队在弗得角群岛以西海域袭击了从杜阿拉（喀麦隆最大的港口城市）驶往新奥尔良的美国船队，击沉30多艘超大型货轮（战绩高达750万载重吨，更重要的是，这支船队的所有货轮都是满载航行）。受此影响，在6月底，美国海军不得不将新建成的一批护航战舰的大部分留在大西洋上。
可以说，当时美国海军最欠缺的就是反潜战舰。
受此影响，美国海军不但不能在夏威夷群岛东面部署海上基地，甚至得在几条主要的航线上部署专门用来支持反潜巡逻机的海上基地。比如在圣诞岛东面，美国海军就部署了一座海上基地，而在东南太平洋的复活节岛东南也有一座海上基地，这些基地搭载的都是反潜巡逻机，并且具备支持反潜战舰的能力。
受此种种因素影响，在共和国海军主动撤退时，美军并没掌握主动权。
相对而言，在美军受到的众多影响中，最大的问题还是对战场情况的掌握能力受到了严重影响。
不管美国当局是否承认，在中途岛攻防战期间，美国海军并没打算用战略轰炸机击沉多少共和国海军的舰船，更不可能指望部署在几千千米外的轰炸机能够扭转海洋战场上的不力局面。这一点，在美国海军的战役部署中体现得非常明确，即袭击共和国海军的两栖舰队与海上基地群的主要目的不是取得多大的战果，而是要借此逼迫共和国海军的主力，也就是作战舰队前来决战。
从战术层面上讲，在共和国海军让两栖舰队与海上基地群主动退却的时候，美国海军的这一战役部署就产生了效果，也就是说，除非共和国海军放弃攻打中途岛的作战行动，不然就得让作战舰队前来解决问题。换个角度看，共和国海军让两栖舰队与海上基地群向西退却，也是在为作战舰队登场腾出舞台。
到7月9日夜间，美军的处境显得非常尴尬，主要问题就是无法对中途岛附近海域保持密切监视，也就无法确定共和国海军的作战舰队会在什么时候、以及从什么方向上投入战斗。美军面对的现实非常残酷，即必须在掌握的信息非常有限的情况了，冒险将作战舰队派往中途岛海域，巩固已经取得的战果。问题就在这里，如果共和国海军也将作战舰队派往中途岛海域，稳住战场局势、支持陆战队上岸，双方就将在此决战。对共和国海军来说，因为掌握了进攻的主动权与兵力优势，所以可以试探性的派1支作战舰队前往中途岛海域，并且为其提供强大的空中掩护。对美国海军来说，局势就没有这么有利了。在兵力处于绝对劣势的情况下，损失1支作战舰队与全军覆没对美军的影响完全一样，所以美国海军不可能让作战舰队单独活动。
看得出来，美国海军肯定很矛盾。
从前面的部署就看得出来，美国海军也希望来一次决战，只不过要的是一次能够获得胜利的决战，而不是次失败的决战。当决战的机会到来时，美国海军却对能否取胜抱怀疑态度
当然，美军的这种矛盾心态完全可以理解。
与100多年前的那场中途岛海战来说，几乎所有人都认为，第三次世界大战中的这场海上决战具有同样重要的意义。虽然在后世的战史学家看来，中美的中途岛海战与日美的中途岛海战有本质性的区别，即进攻方在整体战略中是否占优势。从这个角度出发，两场中途岛海战的意义就有高下差别，即第三次世界大战中的中途岛海战不可能成为太平洋战争的转折点，更不可能成为整个世界大战的转折点。但是客观的讲，在中美双方都打算全力一击的时候，中途岛海战注定要成为太平洋战场上的决定性战役，从此确定战争的发展方向，甚至决定太平洋战争会在什么时候结束。说得直接一点，如果打赢中途岛海战的是美国、而不是共和国的话，不但会对整个战局产生重大影响，比如迫使共和国向太平洋战场上投入更多资源、从而使其他战场上的作战行动受到影响，还会使太平洋战争延长好几年，从而使交战双方付出更加惨重的代价，甚至有部分战史学家认为，到最后共和国很有可能像当年的美国那样，为了减少战争伤亡与损失，不得不在大战即将结束的时候、也就是稳操胜券的时候，不得不用大规模杀伤性武器来迫使美国投降。
一场如此重要的海战，共和国海军自然不会等闲视之。
从共和国海军的部署来看，也能发现，在美军采取积极主动的反击之后，共和国海军的退却行动更像是在创造决战战场。
毫无疑问，共和国海军不会只派1支作战舰队前去试探情况。
7月9日夜间，共和国海军的3支主力舰队就在航空舰队的掩护下，从中途岛西南海域直接北上。与此同时，向西撤退500千米的海上基地群也派出战斗机、侦察机与巡逻机，协助作战舰队行动。
在没有选择的情况下，美国海军也只能全力一搏。当天晚上，刚刚到达夏威夷群岛海域的美军主力舰队就在航空舰队的掩护下向西航行，赶赴中途岛战场。
为了掩护舰队到达作战海域，美军在上半夜出动了大批战略轰炸机与战略侦察机，重点打击共和国海军的海上基地群，并且反复搜索中途岛附近海域。
巨大的投入，很快就收到了回报。
根据美军的作战记录，夭黑之后不久，从西海岸的圣克拉门托空军基地起飞的第二批战略侦察机中的1架EC…49型电子侦察机就发现了出现在中途岛西南海域的2支共和国海军的主力舰队，随后1架RB…21型战略侦察机（由战略轰炸机改装而来）就用证实了这一发现，确认那是共和国海军的主力舰队，而且是2支以8艘第一代主力舰为核心力量的主力舰队。
找到目标之后，美国海军并没立即展开行动，而是加大了拨索范围。
原因很简单，对美军舰队威胁最大的第三主力舰队还没有找到！
在接下来的数个小时内，美军侦察机数次证实了那2支主力舰队的身份，并且发现了跟在后面大约350千米处的航空舰队。更重要的是，通过确定舰队的几个航行点，就能大致推测出，这支规模庞大的联合舰队正在驶往中途岛北面海域，而那边也正好是美军作战舰队的目的地。也就是说，共和国海军舰队正在赶往战场，而且知道美军舰队也在赶往同一个战场。问题是，整个上半夜，美军派出的侦察机都没有能够发现至关重要的第三主力舰队，甚至没有能够找到一点线索。
快到下半夜的时候，美军调整了侦察部署。
在美军指挥官看来，第三主力舰队很有可能没有与另外两支主力舰队一同行动，而是从其他方向赶往战场或者是早已到达战场。也就是说，共和国海军在中途岛西面的大举行动并不是去与美军舰队决战，而是在麻痹对手，让美军指挥官认为这支只有3支作战舰队的联合舰队更好消灭，从而为第三主力舰队创造歼敌机会。如此一来，第三主力舰队就不会在联合舰队里面，而是在中途岛南面、或者西北方向上，因为只有在这两个方向上，才能对正在与联合舰队作战的美军主力舰队实施致命打击。受此影响，美军把侦察力量重点部署在了中途岛南面与西北方向上，等着第三主力舰队出现。
在7月10日凌晨1点左右，美军的侦察机确实发现了1支行踪可疑的舰队。
因为每次都是电子侦察机率先发现目标，每当携带了对海拨索雷达的战略侦察机赶过去的时候，那支舰队就消失得无影无踪了，所以在3次接触中，美军都没有能够确定那支舰队的具体身份。
面对如此复杂的战场环境，美军指挥官丝毫不敢大意，立即向中途岛西北方向，也就是那支可疑舰队出现的方向派遣了更多的侦察机，并且根据3次接触，对该舰队的活动情况做了大致判断，在可能出现的海域部署了更多的侦察与监视力量。
按照美军的作战记录，当时美军指挥官已经考虑到，第三主力舰队是一支完全由新式战舰组成的舰队，美国海军不但对“汉”级主力舰的性能不太了解，对“兴凯湖”级巡洋舰与“长白山”级驱逐舰的性能也不大清楚，所以侦察机没有能够在第一时间抓住第三主力舰队，也没有能够确定那是否是第三主力舰队。
很明显，美军指挥官忽略了一个非常重要的问题。
如果第三主力舰队能够在美军侦察机的眼皮子底下自由活动，也就能够出现在战场的任何一个方向上，而不可能那么巧合的出现在了美军猜测的方向上。也就是说，在中途岛西北方向上活动的那支舰队很有可能不是第三主力舰队。说得透彻一点，如果美军一下就猜中了，那么这场海战也太简单了。
当时，第三主力舰队确实没有在中途岛西北方向上活动，而是在美军最想不到的地方。
根据共和国海军的作战记录，第三主力舰队一直与第二主力舰队在一起，而且是中途岛海战的绝对主力。也就是说，从中途岛西面北上的2支主力舰队中的一支就是第三主力舰队。而第一主力舰队早就提前加速北上，即到达中途岛西北海域的是第一主力舰队。由此可见，担任佯动任务的是第一主力舰队，而为了避免过早暴露，第一主力舰队没有过分靠近中途岛，而是在预警机、远程侦察机等等兵力的协助与配合下，始终在美军战略侦察机的搜索区域边缘活动。
这里存在一个问题，即第三主力舰队如何骗过了美军的侦察机？
与“秦”级主力舰一样，“汉”级主力舰在设计的时候就非常注重被动隐身能力。问题是，在先进的探测手段面前，被动隐身很难做到十全十美，也就无法确保万无一失。更重要的是，被动隐身只是降低了被发现的可能性，而无法改变战舰本身的电磁信号辐射特征，也就无法隐藏战舰的身份。针对这个问题，“汉”级在设计的时候就考虑到了要与其他的主力舰、甚至是其他的战舰具有相似的电磁反射特征。
为此，“汉”级的上层建筑与“秦”级非常相识，而“秦”级的上层建筑实际上是个四面体，因此”汉”级上层建筑的顶部与“秦”级的基本上一模一样。也就是说，如果能够设法增大“汉”级的吃水深度，就能使10多万吨的大型战舰在雷达屏幕上变成一艘几万吨的主力舰。达到这一目的不需要先进技术，只要在设计的时候考虑周全一点，加上一些巧妙的方法就能实现，即在必要的时候，通过向隔舱注水来增大战舰的吃水深度，让海水淹没部分上层建筑，就能让战舰的雷达发射信号减弱许多，从而被认为是“秦”级主力舰。
相对而言，真正的问题在护航战舰上。
因为要承担舰队防空、反潜与部分远程攻击任务，所以巡洋舰与驱逐舰上需要配备大量的探测设备，哪怕大部分电子设备、特别是主动雷达等会散发出电磁辐射的电子设备的使用率非常低，一般只能在战斗中派上用场，但是这些电子设备对巡洋舰与驱逐舰的外形设计产生了决定性的影响，即很难做到绝对平整与绝对密闭，也就无法像主力舰那样，在必要的时候可以将半个舰体没入海中。“兴凯湖”级与“长白山”级在设计的时候就考虑到了这个问题，并且通过采用新的武器系统来减少电子设备的数量，从而使得战舰上层建筑的整体平整性与密闭性有了实质性的提高。拿“兴凯湖”级来说，通过采用“梅杜沙”系统，可以适当削弱战舰的区域防空能力即减少火控照射雷达的数量，并且使用天线更小的远程探测雷达来缩小电子设备天线的总面积。综合这些办法，“兴凯湖”级的电子设备天线仅有以往巡洋舰的三分之一。正是如此，从外观上看，“兴凯湖”级更像是一艘缩小了的主力舰。受此影响，在与第二主力舰队一同北上的时候，第三主力舰队里的8艘“兴凯湖”级巡洋舰不得不对外观进行修改，让其看上去更像是以往的巡洋舰。
当然，藏匿行踪也有代价，即舰队的最大速度由70节降到45节。
正是如此，在第二主力舰队与第三主力舰队以45节的速度奔赴战场的时候，担任佯攻的第一主力舰队才能以70节的速度全速北上。
由此可见，战场的主动权完全掌握在共和国海军的手中。
从几支作战舰队的行动就看得出来，共和国海军肯定掌握了美军舰队的活动情况，不然不可能如此大胆的让舰队分散行动，更不可能如此有针对性的将美军的注意力引到错误的方向上去。
根据战后获取的一些资料，早在7月7日，共和国的情报机构就警告了海军，美国海军的作战舰队很有可能在夏威夷群岛以东海域北上，然后向西开赴中途岛海域，并且在中途岛歼灭来犯舰队。虽然没有证据表明，当时军情局等情报机构收到了可靠情报，或者说海军的潜艇发现了航渡中的美军舰队，但是从这一警告看得出来，应该是情报部门有所收获，只是不大肯定，所以只是发出警告，而不是让海军调整作战部署。重要的是，对海军来说，警告已经足够了。以美军舰队的航行速度推算，最快也要到7月9日夜间才能到达中途岛附近海域。美军舰队开赴中途岛的目的就是与共和国海军决战，而要想在决战中获得主动权，美军就得抓紧时间，提前到达战场，选择有利的作战海域。由此