徒与教友。
事实上，造成上述情形的原因很简单：几乎所有那些圣战者都不是善良之辈！乌尔班二世其实早就明确指出过：“让那些十分凶狠地因私事同别人争斗的人，现在为了上帝去同异教徒斗争吧！让那些过去做过强盗的人，现在去为基督而战吧！让那些过去与自己的亲朋和兄弟争斗不休的人，现在去同那些亵渎圣地的蛮族战斗吧！让那些为了微薄的工资而拼命劳动的人，在东方的征途中去取得报酬吧！”看起来是要让这些形形色色的并不怎么虔诚的人加入十字军，在圣战之中去赎罪，而实际上却是给与了这些人大发战争横财的好机会，使他们的罪恶之心不断膨胀。
因此，每一次的十字军东征，无论成败与否，结果在事实上都成为一次争权夺利的彼此较量，有时候发生在圣战者之间，有时候则发生在圣战者与教皇之间，不仅完全改变了十字军东征去收复圣地，并援救基督教教徒的目的，而且最终使得十字军的圣战徒劳无功，走向了失败的末路。在将近两百年间，大大小小至少8次以上的十字军东征，已经是难以为继了。于是，在1291年，随着十字军在耶路撒冷地区的最后一个据点阿克城被攻占，十字军东征也就最后收场了。也许可以说，十字军东征在客观上促进了欧洲、亚洲、非洲的不同文化之间的交流，产生了某些有利于西欧文化发展的影响，但是，人们付出的代价似乎太大，不仅整个基督教世界在欧洲有所缩小，而且还造成西欧各国巨大的生命财产损失。
如果不是仅仅着眼于十字军如何进行“圣战”，而是更多地考察一下十字军对于宗教信仰的背离与坚守已经导致的灾难性后果与悲剧性结局，或许可以使人们在对所谓中世纪的黑暗进行思考的时候能够更加深入一些。
随着第二次与第三次由国王们率领的十字军东征相继失败，到了公元1201年，罗马教皇英诺森三世决定仍然像第一次十字军东征那样，继续由各国的王公贵族组成骑士军团，再派出教皇代表随军督战，以期再现当年圣战的辉煌。在英诺森三世“收复圣战”的鼓动下，为了迅速完成这一神圣的使命，十字军决定利用威尼斯的船只由海路直达耶路撒冷，以避开在陆路上与异教徒争锋。可是，当时的威尼斯首领既是教徒，更是商人，索取的船租远远超过十字军的支付能力，虽然后来他又表示十字军可以馨其所有先付出船租的一部分，不过，在出发前却必须为威尼斯攻取不久前落入匈牙利国王之手的一个商业口岸，这样方能成交。
罗马教皇英诺森三世对于十字军进行的这一笔政治交易非常不满，认为这不仅转移了圣战的大方向，而且还要去攻击本来就是天主教教徒，并且效忠教皇的匈牙利国王，于是在十字军攻占了这一商业口岸之后，就下令对十字军进行绝罚，开除了它的教籍，同时也不再过问这次圣战了。1202年，拜占庭帝国因皇位的继承权问题而发生内乱，皇位的两个争夺者之一逃亡西方，要求援助，并承诺帮助收复圣地，以及在罗马教皇的统领之下重新统一东西方教会，因而罗马教皇英诺森三世决定恢复十字军的教籍，以援助这个皇位争夺者，从而使正处于进退两难的十字军脱离了困境，立即向君士坦丁堡进发。
当十字军兵临城下的时候，已经即位的拜占庭帝国皇帝在大为震惊之中，只好仓皇出逃，而臣民们也失去抵抗的意愿，随即打开城门出迎，十字军所支持的那位皇位争夺者登上了皇帝的宝座。然而，不久之后，这位拜占庭皇帝被反对天主教的人谋杀，而十字军与当地人的冲突也越来越严重，于是在英诺森三世的命令下，十字军撤出了君士坦丁堡。此时的十字军在消耗了大量军力之后，得到的回报却很少，因而决定攻占君士坦丁堡，像当年攻占耶路撒冷那样，瓜分拜占庭帝国。随后就包围了君士坦丁堡，而罗马教皇英诺森三世看到十字军违抗自己的命令，没有去收复圣地，结果便又开除了十字军的教籍。
公元1204年，十字军攻占了君士坦丁堡，进行了一周的大肆抢劫，“把圣索菲姬大教堂镶满宝石的圣坛砸成碎块彼此瓜分，把马匹牵进教堂，搬运抢夺到手的金银，还让一个妓女坐在牧首座上唱淫荡的歌曲。”除了将所有能够拿走的金银财宝都抢光之外，十字军还放火烧毁了君士坦丁堡藏书十分丰富的图书馆，以消灭异端邪说，同时建立了一个以十字军首领佛兰德斯伯爵鲍尔温九世为皇帝的拉丁帝国，由天主教的大主教对东正教教会进行控制，在表面上实现了基督教教会的统一。此时，罗马教皇英诺森三世不仅又一次恢复了十字军的教籍，而且还宣称君士坦丁堡的陷落是“上帝的奇迹”，是上帝对东正教教会不服从罗马教皇的惩罚。
1206年，东政教教会君士坦丁堡普世牧首被迫离开君士坦丁堡，去到10公里以外的尼西亚建立自己的教区。与此同时，拜占庭帝国皇室成员在小亚细亚重新建国，直到半个世纪以后的1261年，拉丁帝国崩溃以后，才回到君士坦丁堡；然而，却再也难以恢复早先拜占庭帝国的元气，这也是拜占庭帝国最终灭亡于奥斯曼人之手的一个深层原因。所以说，造成中世纪基督教世界不断缩小的灾难性后果，其原因更多地是来自基督教教会内部之间的自相残杀，而这一现象的出现，又与罗马教皇推行神权政治是分不开的，否则，就不会出现反复使用类似“绝罚”这样的手段来对十字军进行政治操纵，以达到其统治整个世界的目的。
显然，要达到这样的目的，仅仅采用宗教惩罚的手段是远远不够的，还必须得借助宗教盲信的狂热来确立罗马教皇的专制权威，因而在十字军的行列里面，不仅出现了骑士组成的庞大军团，与国王率领的精锐军队，更为令人吃惊的是，尚未成人的儿童，也形成了浩浩荡荡的十字军队列，走向收复圣地耶路撒冷的和平之旅：成千上万的10岁左右的儿童，坚信只要通过宣扬《圣经》上所说的，由上帝之道所显示出来的爱，就可以完全不使用武力而战胜异教徒，和平而光荣地使圣地耶路撒冷重新回到基督教信徒的手中。
儿童十字军的出现，不仅表明人们对于成人十字军的普遍失望，而且也显示出了宗教盲信的狂热程度，人们居然会让那些纯洁幼稚而充满激情的儿童去完成连成人也无力胜任的宗教使命。当然，它也直接导致了儿童十字军那悲剧性的结局。公元1212年，一个法国的10岁牧童斯特凡宣称自己在梦中见到了乔装成朝圣者的基督耶稣向他显灵，并且让他转交一封给法国国王的信，要求收复圣地耶路撒冷。于是，斯特凡前去向国王传达这一据说是基督耶稣的要求，并在途中吸引了许许多多的像自己一样大小的孩子。
最后，一共有大约3 名男女儿童在斯特凡的带领下，来到了马赛港口，准备横渡大海前往耶路撒冷，因为孩子们相信，就像当初摩西带领以色列人出埃及的时候红海会给出一条路来一样，这一次他们面前的地中海也会立即干涸，为他们铺设出一条通往圣地耶路撒冷的大路来。可是，这样的海中之路并没有出现，失望之余的孩子们一些人回家了，另一些人被狡滑的奴隶贩子骗上了海船，说是保证将他们送到耶路撒冷，实际上却是运往北非的奴隶市场。结果，在半路上遇到了海上风暴，许多孩子葬身海底，而侥幸活下来的孩子则被卖到埃及为奴。
就在法国的儿童十字军来到马赛向耶路撒冷进军的同时，在德国科隆有一个名叫尼古拉斯的10岁小男孩，在莱茵兰组织儿童十字军，成员共有2 多名，他们越过阿尔卑斯山向地中海海岸进发。可是，那些孩子在进入意大利境内以后失散了，尼古拉斯也下落不明，有一些孩子抵达了热那亚，企图航海去耶路撒冷，结果被骗卖到东方做了奴隶；有一些孩子来到了罗马，见到了教皇，英诺森三世看到这些可爱而又不幸的孩子们，不由得触动了怜悯之心，终于解除了孩子的十字军誓约，劝说孩子们尽快回家。
也许正是儿童十字军的悲剧性结局，促使英诺森三世在拉特兰召开了第十二次基督教普世主教会议，与会者多达1200人以上，会议要求各国国王之间立即休战4年，以便再次组成十字军进行圣战，于是就有了1217年的第五次十字军东征。然而，这次会议的真正意义却在于：强调了教皇从宗教到政治的专制地位，“教皇权力至高无上”；同时颁布《教皇敕令》，规定“凡参加镇压异端的公教徒享受同赴圣地的十字军骑士相等的特权和赦罪规定”，从而正式确立了教皇和教会对于世俗君主与异端分子进行制裁的最大权力，使教皇国的权势达到了颠峰，在显示出教皇专制权威无限膨胀的同时，又揭示出所谓中世纪的黑暗这一现象的神权政治根源。
事实上，在教皇国长达将近两个半世纪的鼎盛期之中，神权政治扩张的影响的确是无所不在的，而教皇英诺森三世使这一影响合法化，不仅与他本人的政治活动有关，而且直接促成了十字军由外战转向内战的严重后果，对异端教派的基督教信徒举起了带血的屠刀，进而形成对于神学思想异端进行迫害的热潮。所谓“异端”，在希腊语中的本意不过是“选择”的意思，只是用来描述思想派别的词语，并无贬义，后来，根据《圣经·新约》，异端演变为与正统相对的宗教思想，意指对于《圣经》的错误阐释。在基督教发展初期，异端被教会用来专指教义错误，以便于同故意分裂教会的所谓裂教、同背叛基督教信仰的所谓叛教，以及有意宣扬其他宗教的所谓异教这些概念相区别。
然而，在教皇权力的膨胀之中，异端的概念也随之扩张，不仅包括了裂教、叛教、异教这些内涵，而且还从宗教向政治渗透：在坚持君权神授的政治信条之下，英诺森三世对西欧各国国王施行加冕礼并拥有废黜权，甚至动用十字军进行讨伐，以达到控制各国内政的目的。公元1215年，英吉利国王被迫在限制王权、保障臣民权利的《自由大宪章》上签字，当英诺森三世了解到这一情况以后，便立即以教皇的名义宣布《自由大宪章》无效，否则从国王到臣民将一律受到开除教籍的惩罚，这是因为：“主交给彼得治理的不仅是整个教会，而且是整个世界！”Ⅸ。43 在信仰的天平上
即使是在教皇国的鼎盛时期，即使是如此具有魄力的教皇英诺森三世，也不可能做到既治理整个教会，又治理整个世界。这是因为其所面对的宗教是如此之多，世界是如此之大，实际上，就其有可能治理的基督教教会与西欧各国而言，除了东正教与天主教无法真正统一以外，西欧的国王们也不是个个都接受这一治理的。所以，这个关于治理的权力梦，甚至在收复圣地耶路撒冷上也不能实现，只好实现在对于天主教异端进行惩罚上了，这就是为什么十字军的长矛要对准异端分子的最大缘故。
1208年，英诺森三世决定对居住在意大利北部与法国南部富裕地区，以法国阿尔比城为中心的阿尔比派进行治理，因为阿尔比派只承认上帝，而把基督耶稣当做最高受造之物，圣灵做为受造之物是众灵之首，拒绝一切教阶与圣事，自认是“纯洁的”教会。于是，英诺森三世到法国北部煽动当地贫穷的贵族与骑士组成十字军，宣布凡是参加讨伐异端的十字军成员一律不受国家法律的约束，并且教会赦免他们的一切罪行，还免付债务的所有利息，实际上即鼓励十字军对阿尔比教派大开杀戒，大肆抢劫，以此来对异端进行惩罚。
当十字军开进阿尔比教派地区的时候，由于该派信徒众多，难以迅速地将天主教教徒从当地居民之中一一加以分辨，使惩罚异端的行动一时间不便展开。这时候，随军的教皇代表下令：“只管把他们通通杀光，让上帝去分辨谁是他的人民！”血腥的大屠杀开始了，于是发生了骇人听闻的屠城事件：
比埃塞给攻陷，我们的人对城中的居民不管其身份、年龄、性别，一律不饶，死于刀下的约有2 人。大量的敌人被杀死，整个城市被烧毁，这是上帝惩罚的最好说明。
然而，对于阿尔比教派进行如此灭绝性的镇压，反而激起了对方的顽强斗志，十字军的讨伐行动屡屡受阻，双方僵持不下，使这一次的十字军圣战一直延续到20年以后。在1229年，由于法兰西国王派出大量的精锐军队加入十字军的行列，才使得这一场圣战宣告结束。可以说，圣战的终于完结使罗马教皇意识到动用十字军来讨伐异端付出的代价实在太大，一方面是对基督教教徒使用武力进行镇压所造成的巨大生命损失将有害于天主教的声誉；一方面是必须将所有可能出现的异端思想与个人迅速地加以制裁，以免形成异端教派以后难于消除，从而直接促成了以所谓宗教法庭的形式来对异端行为进行惩罚。于是，以制造宗教恐怖而闻名的异端裁判所也就应运而生。
随后，正是在这阿尔比教派惨遭镇压的1229年，罗马教皇举行了土鲁斯会议，专门就十字军讨伐阿尔比教派的圣战进行经验总结：首先是鉴于阿尔比教派很善于运用对于《圣经》的文本阐释，以上帝的教义与罗马教皇相抗衡，并且攻击天主教，于是决定禁止任何平民信徒，也就是没有担任圣职的一般教徒购置《圣经》，同时，除非教皇允许，禁止使用民族语言译本的《圣经》；其次是成立异端裁判所，代表教皇对异端进行审判，任何人凡是知道异端分子活动以及发现违反教规行为，应该向地方主教报告，而地方主教必须上报异端裁判所，以便及时进行审判与惩罚，防止异端的出现。
异端裁判所作为向教皇直接负责的宗教法庭，裁判官具有极大的权力，除了教皇以外，裁判官不受任何一级教会的控制与约束，有权解释教会与国家的法规。如果被告在公布罪名的一个月内不自行认罪，裁判官将主要根据罗马习惯法来进行秘密审讯，在对原告姓名保密的情况下，拒不认罪的被告会遭到严刑拷打，并且在被定罪以后，处以佩戴黄色十字架、没收个人财产、监禁甚至处死的惩罚，因而挟私忿而告密的情况屡有发生，一时间使人人感到自危，特别是在教皇国处于鼎盛期的大半个世纪之中，西欧各国充斥着一派宗教恐怖的气氛，从而为所谓中世纪的黑暗抹上了一笔浓重的阴影。
随着教皇国鼎盛期的过去，对于异端的惩罚主要集中在异端神学家及其宗教改革之上。因为随着王权的逐渐崛起，罗马教皇已不得不从世俗政治事务之中退出，转而企图对教徒的灵魂进行全面的控制，以保住天主教教会在这一方面的最大权力。因此，正如教皇国鼎盛期具有代表性的正统神学家托马斯·阿奎那在他的《神学大全》之中所认为的那样：“凡犯有异端罪行的，不仅应该革除教籍，还应处死，从世上清除。伪造钱币是为了维持肉体生命，而异端活动腐蚀、毁灭灵魂，性质比伪造钱币远为严重。世俗君主对伪造钱币犯判处应得的死刑，对异端分子就有充足的理由判处死刑。”
这样的处死异端的逻辑推导来自经院哲学所独具的论辩方法：提出一个命题以后，再分成若干层次，于是就引经据典地进行讨论。在《神学大全》之中，托马斯·阿奎那运用亚里斯多德哲学来进行神学讨论，使神学在中世纪成为包