接近南京时，又从飞机上散发传单，宣布“日本军极力保护善良的市民，努力使他们能够愉快地工作，和平地生活”。
在占领南京时，松井大将命令只许各师团选拔两、三个模范部队的大队和宪兵队入城，由他们对城内负责警备的池区进行警备，其余部队留在城外。然而可以想象，部队在补给不良的情况下，经过连续不断地艰苦战斗，当他们要大举入城时，自然会出现混乱状态，发生不幸事件。可是，他们反对松井的命令，几乎全军入城，结果终于在南京城内引起了大规模的掠夺和残虐事件（华中方面军副参谋武藤章讯问记录〔辩证二六七九〕 ，载《远速》，四十四、三一三号，前引书1，第八十二页）。
十七日举行入城式后，松井大将听到了许多日本军所犯的残虐事件，于是立即向上海派遣军和第十军司令官发出命令，要他们除保留警备南京所需的兵力外，其余迅速撤出城外，并严肃处理破坏军纪、风纪的行为。
当时，华中方面军参谋中山宁人说，十二月十九日只要第十六师团留下来警备南京，其他均后撤至扬子江北岸和上海方面（前引宣誓口述，载《远速》，二一四号， 前引书1，第二○三页）。上海派遣军参谋长饭沼守也说：“同一天，除第十六师团外，要他们全部远远撤至东部地区”；宣誓口述〔辩证二六二六〕，载《远速》，三○九号， 前引书1，第二五二页）。诚然，十二月十九日那天，第十军为了撤至杭州湾作战，返回到芜湖方面。但上海派遣军的主力从南京城内撤出来，时间上好像稍迟一些，因为也存在宿舍和饮水问题（前引武藤章的宣誓口述）。
十二月二十一日，全军的部署作了调整，让各师团撤出南京。日本军并在这一天任命第十六师团长中岛今朝吾中将为南京地区警备司令官。南京地区的警备分为东西两部，西部地区的警备司令官由中岛中将所属第三十旅团长佐佐木到一少将担任。据佐佐木自己说，西部的警备区范围包括城内。关于城内的警备问题，由上海派遣军司令官直接管辖（《一个军人的自传》，增订版，第三三四页）。这样，第十六师团长于十二月二十一日奉命担任南京地区的警备司令官。就新的部署而言，该师团实际上是在十二月二十三日以后负责南京城内外警备的（第十六师团参谋长中泽三夫宣誓口述〔辩证二六六七〕 ，载《远速》，三○九号，前引书1，第二四四页）。也可以认为，除第十六师团外，上海派遣军的部队是在此前后这段时间撤出南京城内的。
令人可怕的南京地区警备司令官
就任南京地区警备司令官的第十六师团长中岛今朝吾中将，不但没有缓和过去的方针，似乎反而更加严厉地执行过去的方针。他说，要一个不漏地找出隐藏在城内的散兵，并加以处置。他对士兵们在普通老百姓中所犯下的暴行，好像不太关心。
昭和十三年元旦，松井总司令官会见了来自东京的陆军省人事局局长阿南，当时阿南指责说：“第十六师团长中岛今朝吾在战斗中的指导是违背人道的。”这一点，前面已有介绍（第二十一至二十二页）。阿南局长也曾会见了中岛师团长，当时，对中岛中将的信口开河有种种流传，说什么“‘中国人不论多少，统统杀掉’，神气十足”啦，“日本兵放火烧中国人的房子，‘是为了取暖’，态度沉着，使对方吃惊”啦，等等。据说，中岛中将对松井大将的提醒，也泰然处之，说：“强奸在战争中是不得已的”（参照本书第二三二页）。这是说，他对杀人、强奸、放火行为毫不在意。南京市民把“南京警备司令官”当作瘟神来迎接。
中岛中将是个知识分子，出身于陆军大学，曾留学法国，但似乎具有不少虐待狂的倾向，性格反常。据说，中岛中将在胜屯于南京期间，曾住在蒋介石的旧官邸，那时，他偷盗了蒋介石的财产带往内地，后来在就任满洲的第四军司令官时被发觉，于是他被编入了预备役。
最近，从有关中岛今朝吾的那则出乎意料的报道（载《朝日新闻》一九七一年十二月六日号）中获知这一事实，即他在开战后第二年六月就曾向大本营提出意见书，主张与中国讲和。当时，中国军队企图阻止日本军进击，曾在郑州附近的黄河决堤，中岛中将用毛笔在日本纸（一般习字用纸，长二十四厘米，宽三十四厘米——译者）上写了十三张意见书，开头这样说：
“中国转引黄河之水，形成一种新的自然困境。把华东分让给日本。
此固以人为，然其原因，实可视为在于天意也。此际我国立即收兵，朝向建设皇道之国家奋勇迈进“（从照片上辨认）。遗憾的是无法继续看下去，诚然，这是一种和平论调，但似乎不是撤兵论，而是分割中国论。中国方面也无意接受这种观点，大本营对此意见可能也只是搁置了事。
秦郁彦对记者说：“占领南京后，难以自拔的战争仍然在扩大，所以要那些人物考虑在昭和十三年六月这个时候停止战争，即表明整个日本陆军对妥善处理战争的问题如何为难的情况。”
如前所述，中岛中将是整个南京地区的警备司令官，而奉命担任包括南京城内的西部地区的警备司令官一职的，则是中岛中将的属下佐佐木到一少将，凡有关城内的警备事宜，佐佐木少将直属上海派遣军司令官领导。不过，即使在形式上直属上海派遣军司令官领导，但实际指挥佐佐木少将在南京负责城内警备任务的，则是他的上司中岛中将。
对散兵和南京市民来说，这个佐佐木少将也是个令人可怕的瘟神，不亚于中岛中将。佐佐木原先是个对国民党寄予深切同情的亲华派军人，但不久，面对中国革命的迅速高涨，就转变为反对国民党的强硬派。这段期间的经过情况，他在其《进攻南京纪实》中说：“站在南京城头上，我为能确认自己是首屈一指的人物而深感激动。那是因为昭和四年夏天的情景历历在目。实际上，我在二十岁即自明治四十四年以来，我梦寐以求的目标是解决满洲问题，为此、一直暗暗向国民党表示友好，但由于他们采取容共政策，尤其是蒋介石所执行的亲英美的政策，与日本断绝关系，从此，这个梦想破灭了。在排日、侮日的高潮中，我深感不快，觉得皇军的前途渺茫，于是就愤然离开这里。（现在看来）这决不是出于私愤。背信弃义的人，必受天罚。后来，这已成为我坚定不移的信念”（《一个军人的自传》，增订版，第二五五至二五六页）。如果佐佐木对新生的中国抱有这种看法，那末他在占领南京时，身为警备司令官，其态度之严厉是可想而知的。
佐佐木少将说过，从十二月二十一日到翌年一月二十二日，他身为南京西部地区警备司令官，在此期间，十二月二十二日被任命为城内清洗委员会委员长；二十六日又被任命为宣抚工作委员会委员长；二十四日开始进行查问工作，到翌年一月五日停止这一查问工作为止，在十三天时间里查出了散兵两千人左右，收容在旧外交部里；其余在安全地区牧师那里的伤兵，也被当作俘虏收容起来；日本军并对继续在南京近郊有“不法行为”的数千名散兵陆续进行逮捕，在下关作了处置（前引书，第二五九至二六○页）。他还说：“城内的清洗工作在于查出混在当地居民中的散兵，粉碎危险分子的阴谋，与此同时，整饬我军的军纪和风纪，安定民心，迅速恢复秩序和安宁。【我通过严厉的管制和监察、警卫，在二十天内基本上达到了预期的目的。】”（【】内为笔者所加着重号。前引书，第二六○页）
这样，佐佐木少将自夸，他通过“严厉的管制和监察、警卫”，在奉命担任警备司令官后的二十天时间内，成功地查出了散兵，并整饬了军纪和风纪。的确，也许在最初两星期内结束了扫荡“便衣兵”的任务。可是，在整饬日本军的军纪和风纪方面，却未能取得什么效果。为了整饬，我们不知道佐佐木少将作过什么样的努力，但在占领南京后不久的十天中，接着在他就任警备司令官的所有三十天左右肘间内，合起来共约四十天时间，日本军沉浸在“欢庆南京胜利的宴会”之中。一月二十二日，警备司令官这个职务由第十一师团的天谷少将接替，其实不能不认为，这是在追究佐佐木的责任。
至关重要的南京警备司令官所统率的部队，其军纪何等松懈，可以从上海派遣军参谋长饭沼守少将的宣誓口述（辩证二六二六）中略知一二。他说：
尔后，军纪要求严格已极，诸如第十六师团已对法务部的处置提出了抗议（《远速》，三○九号，载前引资料集1，第二五二页）。
从反面来解释上述说法，将会是什么样的情况呢？前参谋长说是“军纪要求严格已极”，那末前面所详细叙述的那种军纪败坏情况，为什么始终制止不了呢？另外，理应负责整饬军纪的前上海派遣军法务官冢本浩次，他作为辩护方面的证人站在远东国际军事审判法庭上，针对检察官的反问作证说，从占领南京的十二月至翌年一月（第十六师团长中岛今朝吾中将就任南京警备司令官期间，是十二月二十一日至翌年一月二十二日）这段时期，负责处理的事件仅十起左右。而且在其宣誓口述中说： “在记忆中，未曾处置过纵火犯”（《远速》，二一一号，载前引书1，第一九二页）。所谓很少通过军事审判加以处置，意味着宪兵未能对他们顺利进行管束。即使对于如此的管束和处罚情况，第十六师团也向法务部提出了不满的“抗议”。
顺便说一下，所谓“自由放任的掠夺和奸淫”，在第十军的官兵中已成默契，即使在这种情况下（松本重治：《上海时代》，中央公论新书版，下册，第二四二页），宪兵队的活动也只能“仅仅逮捕那些实在不能容忍的现行犯”，对此，据说某部队长还曾提出诘问：“这次带来的宪兵是日本军的宪兵，还是中国军队的宪兵？管束得太严格了！”（上砂胜七：《宪兵三十一年》，第四四七页）对于这种抗议，宪兵则说得更妙：“如果缺少点皇军的样子，那便是日本宪兵，否则，倒成了中国宪兵了。”
日本军占领南京后疯狂到了极点的六个星期
于是，松井大将在入城后不久，奉命整饬军纪，不久又改变了军队的部署，决定以第十六师团为警备部队留驻南京。然而军纪败坏的情况未能轻而易举地得到整饬。也许已经看不到在入城式以前发生的那种规模的暴行，但依然不断发生屠杀、奸淫、掠夺、放火等事件，这在出庭参加远东国际军事审判的检察方面的证人的证词和他们在那里提出的许多宣誓口述中，说法都是一样的。另外，国际委员会的关于日本军暴行的报告，作为直接的证据，则列举了清楚的事实。
松井大将入城后，南京城内的事态发展几乎也没有得到什么改善，对此，在第4节《概况》 中已引用了马吉牧师（？）的信（本书第八十六至八十八页），驻南京的纽约基督青年国际委员会主席菲奇在宣誓供词（检证一九四七）中也作了如下叙述：
十二月十九日这一天，完全处于无政府状态。军队纵火好几处，火焰冲天，后来，还发生了多起火灾。许多地方美国国旗被撕破。军队当局未能管制军队。十二月二十日星期日，野蛮行为和暴行得不到制止，继续发生。市中心、最重要的商业区、太平路完全处于火灾的包围之中（《远速》，五十八号，载前引资料集1，第一一五页）。
上面的叙述，根据他当时记下的日记，资料是可靠的，如果说是十九日，那末，当时松井大将还在南京。金陵大学非常时期委员会主席贝茨博士也在法庭上作证说，日本兵放火，从十九日或二十日开始，持续了六个星期（《远速》，三十六号，载前引书1， 第五十一页）。南京占领军好像由于无视下令整饬军纪的松井司令官的存在，他们的暴行疯狂到了极点。
金陵女子文理学院的会监陈瑞芳在宣誓口述（检证一七三六）中，主要谈了有关该学院收容妇女和儿童的情况，但这位老妇人就当时连续发生对妇女的暴行事件说：“最严重的行为是发生在起初四、五个星期里……沃特林女士曾几次前往日本领事那里，报告军队的所作所为，要求保护妇女。使这种情况有所收敛，花了四、五个星期，而到消除危险，则花了几个月时间”（《远速》，五十八号，载前引书1， 第一一六页）。美国监理会派的牧师马吉也在法庭上说：“十二月二十一日，据田中副领事对我说，当时来的军团是非常坏的军团，也有好的军团要来，因此到十二月二十四日左右，可能事态会有明显好转。但即使到了十二月二十四日以及在以后的日子里，决无迹象表明情况有所改善”（《远速》，四十八号，载前引书1，第九十一页），尤其是关于日本军对普通老百姓继续施加暴行期间的情况，他作证说：“六个星期后，这些情况逐渐有所减少。 但一些个别人犯的暴行层出不穷。”（《远速》，四十九号，载前引书1，第九十九页）
关于这段时间的情况，当时留在南京负责难民救济工作的贝茨博士也在法庭上说：“在此令人战栗的期间持续了两个星期半到三个星期，后来又发展为六个星期到七个星期，情况更为严重”，“从二月六、七日左右开始，情况有明显好转，从此以后到夏天来临前，虽发生过重大事件，但规模没有过去那么大了”（《远速》，三十六号， 载前引书1，第五十六至五十七页）。他又在其口述（检证二二四一）中说：“据说，为了惩处这些行为，开始采取了什么相应措施，那是在一九三八年二月初的事。”关于贝茨博士的这一证词，连印度的帕尔博士（Radhabinod Pal）——他曾在远东国际军事审判时坚持了全体被告无罪的少数人意见——也认为，“总而言之，正如本审判员所考察的那样，即使如数考虑了证据中可能有叙述不对的情况，但日本兵在南京的行动是凶暴的，而且，正如贝茨博士所证实的那样，暴行极为残酷，几乎长达三周，合计持续了六周，其严重程度是毫无疑问的。”他毫不怀疑贝茨博士证词的可靠性（《共同研究·帕尔判决书》，第六七八页）。
南京红卍字会副会长许传音博士在他的宣誓口述（检证一七三四。作为法庭证据而被拒绝）中，就发生事态的最严重期间的情况这样说，南京陷落以后，日本兵举行的“罪恶的宴会”持续了三个月之久，然后逐渐停下来。然而，正如陈瑞芳女士、马吉牧师、贝茨博士等人所说的那样，欢庆南京胜利的宴会疯狂到了极点时，那是在占领后六、七个星期，这似乎是事实。
如上所述，贝茨博士认为，从二月六、七日左右开始，情况有所好转，可是，在美国驻南京大使馆秘书艾利森于二月十八日给当时在汉口的美国大使和国务卿拍电报（检证一九○六，未在法庭上宣读）时说：
据报告说，这两、三天南京情况有显著好转，感到高兴。大部分中国人从中国人所谓的“安全区”返回市区各地区他们以前居住的地方。关于反映日本军人秩序混乱和不法行为的报告，在数量上有实质性的减少。日本官宪保证，将努力改善居民的目前生活状况。
对外侨在行动上的限制逐渐放宽，美国的一所设施�