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但是，在这些岁月中，摩尔根家庭生活中的最重要的事件——也是全家大小都参与实验室活动的唯一机会——是一年一度的从纽约到伍兹霍尔的转移。哥伦比亚大学课程结束那周启程，但得提前好几周准备，这当然是莉莲的任务。她肯定十分怀念她和汤姆结婚后头一年的生活。那时，学期结束那一周，他俩暂时凑合往在纽约家的书房里，在街对面的餐馆里吃饭，任凭那几间空着的屋子积满灰尘，他们却在看书，在为夏天要搞的研究做准备。在实验室里，他坐在桌子的一端，她坐在另一端。
现在，楼上有七、八个大箱子打开着，里面整整齐齐放着小儿的衣衫和尿布。有一个特大的箱子，装满了汤姆的书，令那几个搬运夫震惊，他们得从五楼的书房搬到街边的马车上，9月份还得从下面再搬回五楼。另有一只箱子半空着，因为临到出发时，汤姆又会想出半箱子要装的东西。
但收拾行装的工夫主要还是花在实验室里。他们小心翼翼地把果蝇放进玻璃瓶，在瓶里放上一点捣烂的香蕉，以供它们在旅途中食用。
假期的第一天上午，马车拉走了行李，全家步行至地铁车站。孩子、仆人、必须带的植物、金鱼、长尾小鹦鹉、还有一只兴奋得不听指挥的猎狗，简直是一片混乱。来自实验室的学生和同事，与安置在笼子里的小鸡、家鼠、野鼠及瓶子里的果蝇混杂在一起。孩子们稍长大一点，也分配几瓶果蝇给他们保管。出发时每个原种中总留若干在纽约，回来时也每一原种留下一些在伍兹霍尔。安全到达后，摩尔根做的第一件事就是给助手发一份电报，告知原种已经安置妥当。只有这时，留在家里的果蝇才能取出来或任其死亡，而不必再传宗接代。
从哈得孙河码头乘一夜船至科德角，再从那儿改乘火车到伍兹霍尔。在船上，大家从一个收拾得整整齐齐的食品盒里取吃的东西，听从莉莲的吩咐安静下来。摩尔根大多数时间都留在甲板上观察天色，提防有暴风雨来临，并不时检查一下他的小动物，看它们安全不安全。
在伍兹霍尔的生活作息同纽约相比变化不大。早饭后，摩尔根把自行车胎打足气，骑车去实验室。他中午回家，于是所有的人，不论是家里的人或是来客都必须遵照规定去游泳，只有摩尔根、他妈妈和妹妹三人例外——他们以后也坚持了这一传统。中饭是聚会的时间，大家坐在环绕这房屋三面的宽大走廊上，或是坐在15英尺宽的通向房后草坪的台阶上。这是和睦相处的时候，但不准闲聊或饶舌。一小时后，摩尔根又回到实验室。他回家吃晚饭，同孩子们玩一阵，然后看书或写作，直至深夜。
每年夏天，摩尔根的妹妹和他的父母都必定到伍兹霍尔这座大公馆里来看他。虽然这幢房屋修好时老查尔顿已在美国联邦税务局找到了固定的工作，只有短短的假期，但在这两周时间里，父子两人比以往相处得更愉快。查尔顿看见人们如此尊崇摩尔根，心里十分得意，而摩尔根又特地把父亲介绍给住在伍兹霍尔的一些南方人，尤其是介绍给一位知道查尔顿曾出任过领事的人。三个大孩子记得他们喜欢文质彬彬的祖父，但查尔顿在列克星敦病倒时，最小的孩子伊莎贝尔还在褪褓之中。四个月后，1912年10月10日，查尔顿与世长辞，妻子和女儿守在他身边。第二天，南军的老战士们纷纷赶来参加他的葬礼。他们为查尔顿·亨特·摩尔根举行了他生前万分珍视的军葬礼。
老查尔顿死后，摩尔根的母亲和妹妹同他家往来更为密切。莉莲对这两个女人极为亲热。这个和睦的家庭里，生活安适，但感情不易外露，很少谈及个人的事。孩子们一直生活在这种严肃的环境中，所以奶奶和内利姑姑的到来常使他们喜出望外。这母女俩都长得清瘦，讨人喜欢，眼睛像摩尔根的一样碧蓝。但她们两人不像莉莲那样持重。两个人的名字都叫内利。她们经常带来一些意想不到的玩意儿，例如，大大的礼品盒，打开后里面还有个小一点的礼品盒，再打开，里面又有一个，层层叠叠，每层都封得整整齐齐，层层都有精巧的礼物。她们给这个不讲究服饰的家庭带来大箱大箱的漂亮服装，另外还带来各种精彩的故事，有家史，有内战传奇，有当时通过地下铁路交通线途经列克星敦的黑奴的口述传说，有关于祖辈的文韬武略的故事，当然必定还有描述约翰·亨特·摩尔根越狱逃走的著名故事。
父亲死后，摩尔根同弟弟小查尔顿的关系有所改善。有一次，他不远千里来到伍兹霍尔。这位家里人很少谈及的神秘人物使孩子们十分着迷。他当时在亚拉巴马州伯明翰城开一家洗衣店。南方许多名门闺秀沿袭当地的习惯守着孀居的母亲而不出嫁（内利姑姑就是一例）。同样，小查尔顿的未婚妻玛丽·廷克莱波因为母亲有病，所以同他订婚二十年后才举行婚礼。在这期间，查尔顿立了个遗嘱，他的财产全归玛丽，但附有一个条件：她未结婚。待到她母亲去世，他们结了婚，但早已把遗嘱的事忘得一干二净。婚后不久，查尔顿于1935年3月死去，玛丽成了未亡人，但又无权继承遗产。虽然摩尔根兄妹俩都心甘情愿把自己分得的一份给了玛丽，但在法律上却招来好些麻烦。
1924年8月，摩尔根的母亲在伍兹霍尔期间生了病。后来，当其他人全都回到纽约以后，她仍留在伍兹霍尔，原因是她病势沉重，经不起旅途的颠簸。过了一阵，她回到列克星敦。女儿内利焦急不安地守在床前，直到次年1月15日她病逝为止。当地报纸为此发表题为《淑女》的社论，颂扬她的美貌与忠诚，“摩尔根夫人一生中，在列克星敦一直被认为是南军将士及其家属们的朋友与圣灵。她无限忠诚于其丈夫为之战斗、其家族为之牺牲的事业。她是所属的基督会教堂的忠实教徒，也是南部邦联妇女联合会的首任主席之一。”讣文也提及了她闻名遐迩的儿子。
汤姆和莉莲到列克星敦奔丧。有些住在肯塔基的表兄弟们才生平第一次见到托马斯·亨特·摩尔根其人。
摩尔根的妹妹小内利继续住在百老汇街的住宅里。自老查尔顿去世后，内利母女俩就把这幢房屋改成公寓出租。摩尔根不但定时给她母女寄钱，支付她们的医药费，而且老早就把房产税缴清了。内利小姐是位严格的房东，不过大多数房客（她们也都是些上了年纪的女人）成了她终生的朋友。有一次，她把一个年轻房客卡罗琳·斯科特博士赶走了。因为她大宴宾客，而内利的理由是斯科特博士的母亲和姑母如果知道了这种事情也一定不会赞同的。其实，应邀的客人都是名流，而宾客在11点半前就散了。内利小姐在列克星敦也是位杰出人物，特别是在基督会的教友中享有盛名。她的侄子、侄女以及后来他们生的儿女都喜欢她。
内利比她著名的哥哥活得长久。她在列克星敦一家私人医院里久病不愈，1956年1月24日去世，享年83岁。在一则简短的讣告里，既没有提到她哥哥托马斯·亨特·摩尔根，也没有提及她伯父约翰。亨特·摩尔根。不过，在同一版上，有一则占四分之一版的推销肯塔基威士忌酒的广告，画着一幅“南军雷神”的肖像。他们希望约翰丸十多年前的英雄业绩仍会有助于为威士忌酒打开销路。
莉莲·摩尔根把一天的生活安排得紧紧凑凑，加之家里还雇有三、四个佣人，所以在她生了孩子，甚至生了第二个孩子以后，仍然每天在实验室里工作几个小时。但她生第四个孩子时已超过不惑之年。从那以后她就退出了实验室。不过，阅读有关学科的文献仍未间断。她每天都在跟踪果蝇研究的进展。，她把大部分精力用来使摩尔根不致为家务和生活操心。孩子们的教育也主要由她负责。她教女儿们使用针线，教霍华德木工活。她年轻时就设计过各种家具，叫别人去做，现在她和霍华德亲手做了几件。两个小女儿，即小莉莲和伊莎贝尔，一直留在家里，直到一个七岁，一个已满九岁，才让她们一道去上三年级，主要原因是她认为冬天把孩子关在室内是件难受的事。孩子们都上私立学校。莉莲鼓励四个孩子都学音乐，虽然全家一致认为这一家人缺乏音乐禀赋——包拾他们的妈妈在内。不过，她一辈子始终坚持每周练小提琴，常有朋友弹钢琴伴奏。
在摩尔根家里，生活一直是舒适的。确也理应如此。摩尔根毕竟与约翰·皮尔庞特·摩尔根同属一个家族。除了薪金、版税和大笔大笔的讲课酬金之外，摩尔根夫妇还有股票和公债的收入。但摩尔根从不夸耀自己的富有。他有时穷得破破烂烂。即使是那些人们经常谈到的他慷慨解囊的事也是悄悄做的，通常不留姓名。这个家，一方面生活优裕，丰衣足食，佣人成群，另一方面也厉行斯巴达式的节约。比如，有个孩子回忆当年的情况，他们拖到圣诞节前夕才去买圣诞树，因为那时圣诞树已跌价了。
1920年，摩尔根享用在哥伦比亚大学的第一个体假年。夏天，他们到了座落在帕西菲克格罗夫的斯坦福大学霍普金斯海洋实验室；秋季开学时他到了斯坦福大学。翌年夏天，他是在伯克利的加利福尼亚大学度过的。自从十七年前汤姆和莉莲在帕西菲克格罗夫度过蜜月后，他俩从没有一道走过这么远的路程，也没在外面住过这么久的时间。孩子们更不用说了，他们的生活局限在伍兹霍尔与纽约之间，甚至连肯塔基的老家也没去过，这一次简直是大开服界。他们从阳光之乡加利福尼亚的纯朴的孩子口里，而不是从自己当博物学家的父母那儿获得有关生物学的知识，这还是破天荒第一遭。与此成对照，莉莲给他们的讲解往往深奥难懂。此外，新的生活也打破了一家过去刻板的作息制度，有了机会到新世界历险。他们到帕西菲克格罗夫后买了一辆奥弗兰牌轿车，霍华德同妈妈一起照着使用说明书学着开车。他很快就学会了，十四岁就成为正式司机。摩尔根本人对开车这类事既无时间，又无兴致。此外，他也知道，无论是哪个地方，只要他想去，都可以让他的太太或某个学生甚至某个同事为他开车。
有了车，对于莉莲和孩子们是做梦也没想到的方便和自由。这一年，住房是租来的，生活起居不同于往年，他们利用多次野营的机会认识加利福尼亚。他们的父亲只去野营过一次，那是一次精心组织的只有男人参加的野游。他平时推托不去，总说工作太忙，抽不出时间。不过孩子们有些怀疑，也许部分原因是他不愿打破自己的生活规律，喜欢家庭的安适环境，晚饭后个人坐在逍遥椅上（这椅子是谁也别想坐的）抽一支雪茄，晚上看看杂志，然后坐在灯下写他的文章。他也舍不得离开从哥伦比亚大学带来的学生和同事，他们许多人在这横越全美的旅程中始终跟随着他。
1921年回到纽约后不久，在他们的生活还没有完全恢复旧秩序之前，莉莲认定她的家不再需要她过问得太多。孩子们都上学了，家务安排得井井有条。于是她回到实验室，每天工作五小时左右，早上，孩子们上学去了，莉莲陪着丈夫步行至谢默霍恩大楼；中午，两入又一道回家，同两个最小的孩子共进午餐。
莉莲定会觉得有点不自在。在哥伦比亚大学，生物系的女研究生们的处境本来就够尴尬了，她们不是在蝇室里面那间外人不得擅入的房间工作，而是在外面一间打外围战。女研究生也从未应邀参加摩尔根每星期五晚上举行的生物学研读会，不过，似乎并没有因此就减少了她们对摩尔根的崇拜。而比起女学生来，莉莲的处境更为难堪。在实验室里，实际上根本没有她的位置。她不是学生，不是人们有时认为的那种丈夫的助手，也不是个真正的同事。她干工作是无偿的，而她之所以使用实验室的材料和设备，完全是靠一种默契。她的研究题目虽然与摩尔根或小组中某个成员的课题相近，但彼此互不相关。
1921年，她已五十开外，常板着一副面孔，头发往后梳得平平整整，戴着一副夹鼻眼镜。好些学生对她怀有敬畏，不知在实验室应该怎样同她打交道。但莉莲一心一意搞她的果蝇研究，而且十分在行。慢慢地，学生们认识到她本质的一面：心肠好，待人宽厚大方。她与丈夫不一样。摩尔根如果心情好，可以表现出南方人特有的平易近人，但如果碰上心绪不佳，他也可能表现为恶作剧的粗鲁无礼。莉莲呢，要同她接触一段时间才会对她产生好感。不过，她对有些学生的妻子简直像慈母般地关怀，特别是外国学生的妻子。除此之外，她同许多人结下了友谊。
虽然她同蝇室不存在那么正式的关系，但她积极参与这一奇特的老是乱哄哄的实验室中的信息交换。有一天，她发现她显微镜下那只果蝇是个新的突变，但这家伙一转眼就不见了。大家一起在地板上找来找去，以为果蝇被从玻璃片上碰了下来。但莉莲推断一定是麻醉剂药性已过，果蝇苏醒后飞走了。果蝇性喜光。于是她走到窗口，果然一下就把它认了出来——这件事说起来容易做起来可就难了。因为这间屋子任何时候都有好几十只果蝇在逃窜，甚至还有发酵香蕉和垃圾桶招来的野蝇。
这只果蝇经证明是个非常特别的雌蝇，因为它的后代违反了通常的伴性性状的交叉遗传方式。像人类的色盲和果蝇的白眼性状，一般是儿子从母亲那儿继承伴性基因，女儿可以从父亲也可从母亲那儿继承伴性基因。这一只雌蝇腹部是黄色，是同白眼一样的伴性隐性性状。同正常雄蝇交配，所有的雌性后代都同母本一样具黄腹，而所有雄性后代却与父本相同。这恰巧与预料的相反。最合理的解释是，这只雌蝇的染色体是XXY。两个调染色体连在一起，所以卵子有两种类型，一为XX，一为Y。这两种卵子可能与带X或Y的精子结合。YY不能成活，而XXX（超雌）生活力很弱，容易死亡。剩下的多半为两种：一种是XXY，雌蝇，它们没有从父本得到X；另一种是XY，雄蝇，它们的X来自父本，即X连锁基因。细胞学检查证实了杂交实验的结果。
这个实验也证实了布里奇斯的性决定平衡理论，即性别不仅仅取决于X或Y染色体的有无，而且取决于受精过程中X染色体与常染色体之间的平衡关系。摩尔根夫人在致友人的信中兴致勃勃地写道：
这是只黄腹雌蝇。看来，在细胞分裂的某一时期，亲本的黄染色体没有分为两半，于是产生了嵌合体。至今已经过三代，从未产生分离。这种解释是基于这样的事实：不论怎样交配，所有的雄蝇都同父亲相像，而所有雌蝇连续三代都具黄腹。如果我们的解释是正确的，那就可以预期F1雄蝇全部不育。而事实果然如此。出现了几只像布里奇斯先生的3XXX雌蝇，它们稍微有点“异常”，而且表现出黄色基因与来自父本的X结合而应产生的颜色。
在20世纪20年代，发现的新基因�