）的并肩合作，大西洋与喜马拉雅山脉被紧紧联系在了一起。有了罗马的资助以及波斯统治者的接纳，基督教本当成为不仅是欧洲而且是亚洲的主流宗教。但不幸的是，一场内讧爆发了。
一些主教认为教会的和解决议削弱了自己的地位，并开始指责教会某些领导人物不仅没有受过正规教育，而且也没有得到过任何正式任命。接着，基督教内部爆发了武装冲突，导致许多琐罗亚斯德教的神庙被焚毁。这使原本已经妥协的波斯国王不得不改变了态度：放弃宗教宽容立场，重新开始捍卫波斯上层贵族的信仰体系。这无疑是一种倒退，基督教未能顺利地迎接一个黄金时代的到来，反而将面临新一轮的挑战和迫害。
早期激烈的宗教争端大多是地方性的。公元4世纪君士坦丁堡主教、最杰出的早期基督教神学家之一圣格列高利（Gregory of Nazianzus）记载了他曾被诽谤者当面怒斥的情景。他写道，那些人朝着他号叫，像一群乌鸦。遭受攻击的他如同身处巨大的沙尘暴中，被各种猛兽围攻：“他们就像一群炸窝的黄蜂突然飞到你的脸上。”
相比之下，发生在5世纪中期的这次内讧波及范围更广、斗争更加激烈。内讧在西方的两个对立教派之间展开。一方是君士坦丁堡的宗主教聂斯脱里（Nestorius），另一方是亚历山大城的宗主教区利罗（Cyril），他们的主要争端在于耶稣究竟是神还是人。显然，此类问题并不能靠和平商讨解决。区利罗是个天生的政治家，为了赢得支持不择手段，比如大量的贿赂行径：给具有影响力的人物以及他们的夫人送上精致地毯、象牙座椅、高档桌布等奢侈品，有时甚至直接送现金。
东方基督徒对于如何解决这些争论感到束手无策。他们认为问题出在古叙利亚语翻译成希腊语的过程中，具体说来，是对“化身”（incarnation）一词的理解。事实上，争论的背后完全是一场两位教会首脑之间的权力斗争，最终只有一个人的教义会被采纳接受并因此获得荣耀。争论的焦点最后落到童贞玛利亚（耶稣之母）的身份上。在聂斯脱里看来，对她的描述不应该使用Theotokos（神的母亲），而应使用Christotokos（耶稣的母亲）——换句话说，耶稣只是个人类。
最终区利罗技高一筹，聂斯脱里遭到罢免。突然改变的神学立场破坏了教会的稳定。一个公会议上做出的决定或许会在其他公会议上遭到反对，因为对立教派会采取激烈的游说。争论的核心围绕着耶稣是不是神人二性的问题：二者如何神奇地融于一体，二者的关联又是怎样？耶稣和上帝的确切关系也是热议的问题，即耶稣是由上帝创造，因而处于从属地位？还是说耶稣也是万能的，故而二者互相平等、共同永生？这些问题在公元451年的卡尔西顿（Chalcedon）大公会议上引起了激烈的交锋。最终，会议确定了新的宗教定义，并且应当被整个基督教世界所接受。定义的附加条款警告说，任何持有异见者都将被逐出教会。
东方的教会马上对此提出强烈抗议。东方的主教说，西方教会的新教义不仅是错误的，而且有点接近于异端邪说。于是他们公布了新的信条，明确了耶稣的一元性，并威胁任何胆敢“认为或宣传我圣主受难与变化”的人都将被罚入地狱。连罗马皇帝都被卷入了这场争论。他关闭了一所位于埃德萨（Edessa）的东方基督教派学校，该校不仅以叙利亚语、埃德萨方言阿拉美语，还以波斯语和粟特语来教授经书和圣人的言行。与使用希腊语的地中海地区基督教不同，东方基督教从一开始就认为，想要吸引更多的新信徒，就得提供能够让尽可能多的族群看得懂的传教资料。
埃德萨学校的关闭加深了东西方教派之间的分裂，特别是由于许多学者被罗马帝国驱逐出境，最后都到波斯寻求避难。时间久了，麻烦越来越大，因为住在君士坦丁堡的皇帝们被认为理应捍卫“正统”教义，并镇压任何邪教和异端。公元532年，经过在高加索山脉的一系列冲突与动荡之后，罗马与波斯达成了一项和平协议，其中的主要条款是：波斯官员应该对那些违反卡尔西顿大公会议决议，或被罗马官方视作危险分子的主教和教士进行搜捕并关押。
试图调解教派之间的冲突是件费力不讨好的事情，东罗马帝国皇帝查士丁尼（Justinian）的做法就是再好不过的例子。查士丁尼曾几次三番地试图融合对立双方的见解，并于公元553年主持了由东罗马天主教和一性论派主教共同参加的特别大公会议，旨在结束由来已久、愈演愈烈的相互指责；同时他还亲自出席许多神职人员参加的小型会议，寻求解决问题的途径。在他死后，有人写过一篇文章，记录了人们如何看待他为寻求和解所做的努力：“他把局面搅得一团糟，却还在生前赢得了荣誉；但在死后，作为惩罚，他只能去到最底层（即地狱）。”其他人采取不同的办法，甚至为了平复争议，干脆就避免谈论宗教。
当西方还在为各种不同见解吵得不可开交时，东方教会却发起了一场有史以来最具雄心、最具深远影响的运动，一场在规模上可以和后来发生在美国及非洲的福音主义运动相媲美的活动：基督教在没有政治权力做后盾的条件下在新的地域迅速传播。
阿拉伯半岛最南端涌现出大批殉道者，表明宗教触角延伸之广，甚至连也门的国王都成了基督徒。一位会讲希腊语的旅人在公元550年去到斯里兰卡，发现了一个势力庞大的基督教群体，领袖则是一位由波斯任命的教士。
基督教甚至触及到草原部落的游牧民族，这让君士坦丁堡的官员们非常吃惊。作为和平谈判的条件之一，君士坦丁堡要向这些草原部落派遣人质。等到这些人质回国，大家发现有些人额头上居然刻着十字架的刺青。问他们原因，他们说，当时发生了瘟疫，人群中的基督徒建议这么做（以求上帝保佑），自那以后，那边的国家一直都安然无恙。
到6世纪中叶，亚洲腹地已拥有了自己的地区主教。巴士拉、摩苏尔、提克里特等城市聚集着大批的基督教信众。福音遍及的范围已经相当广阔，位于泰西封附近的科赫（Kokhe）都有不下五个主教辖区。像梅尔夫、贡德沙普尔等城市，甚至是中国的西部绿洲之城喀什，都比坎特伯雷更早拥有了自己的主教。这里的许多基督教中心在首批传教士抵达波兰和斯堪的纳维亚半岛几世纪之前就已存在。撒马尔罕和布哈拉（Bukhara，位于今乌兹别克斯坦）同样是大量基督徒的家园，比基督教进入美国早了一千年。事实上，即使在中世纪，亚洲的基督徒也比欧洲的多得多。毕竟巴格达、德黑兰、撒马尔罕这些地方到圣地耶路撒冷的距离，要比雅典、罗马、伦敦、巴黎近得多。只不过基督教在亚洲的成功长久以来被后人所遗忘。
基督教的传播要归功于波斯帝国萨珊统治者的包容和变通。国王库思老一世（Khusraw I，531—579年在位）以善待外国神学家著称。在当时的君士坦丁堡，他被人们誉为“文学爱好者和睿智的哲学家”。一位君士坦丁堡的学者对此颇有微词：这真是不可思议，前不久他还在反对历史学者阿加提阿斯（Agathias），现在一下子却变得这么聪明；他的讲话粗鲁野蛮，怎么可能理解哲学的精髓？
到6世纪下半叶，东方教会上甚至开始出现为波斯统治者祝寿祷告的场景。不久之后，人们还将看到波斯国王亲自组织新教区的选举，并鼓励他治下的所有主教：“快来……选出你们的领袖……在他的管理和领导下，让我主耶稣基督的圣坛和圣殿布满整个波斯帝国。”萨珊统治者已经从曾经的亚洲基督教迫害者变成了它的捍卫人。
这是波斯帝国自信心增强的一种体现。现在君士坦丁堡需要定期给波斯献上贡金，因为罗马人的军事和政治重点都转移到其他问题上了：草原部落略有消停，罗马正将精力放在收复和重建地中海地区曾经陷落的行省上。5世纪和6世纪是波斯的繁荣期：宗教的宽容带来了经济的增长。中央政府将越来越多的税收资金用于基础设施建设，无数的新城在波斯大地拔地而起。大型的水利灌溉工程，特别是在胡齐斯坦和伊拉克，极大地推动了农业生产，有些地方的供水系统可以绵延若干英里。复杂的政府管理机制从容运作，从黎凡特（Levant）一直覆盖到中亚腹地。
萨珊帝国在这一时期形成了高度的中央集权。国家的控制甚至深入到了集市上每个铺位的布局。有份文献记载了政府如何把商人的贸易组织成规范的行会，并指派专门官员亲自监督商品的质量及价格。随着财富的增长，长途的奢侈品贸易和贵重品贸易也在发展：在这一时期，成千上万的商品被敲上印章，作为出售或出口的许可；成捆的合同文件被存放在政府的档案机构。商品从波斯湾运到里海，然后又通过海路和陆路运往印度。与斯里兰卡和中国的交易量大幅上涨，与地中海东部地区的交易同样如此。自始至终，萨珊统治者们都对帝国境内境外的一切动向充满了兴致。
这些长途贸易的相当一部分是由粟特商人承担的。粟特人以其大型商队、精明的头脑和紧密的家庭关系著称，他们有能力在穿越中亚、进入新疆等中国西部地区的主要干道上从事商品贸易活动。奥莱尔？斯坦因（Auriel Stein）在20世纪初发现的一大批珍藏信件完整记载了粟特人的贸易模式、复杂的信贷体系、运输方式，以及所销售的货物。他们的商品中有很多是金银饰品，如精致的发卡和器皿，此外还有大麻、亚麻、皮毛、藏红花、胡椒、樟脑，但他们最擅长的是丝绸贸易。粟特人是连接城镇、绿洲和不同区域的黏合剂。他们在中国丝绸（深受罗马皇帝和贵族喜爱）抵达地中海东岸的过程中发挥了关键作用。同样，他们在返程中也会购买别的货物：在中亚各地都可以找到君士坦丁堡铸造的钱币，即使在中国腹地都能看到银质水罐这样的贵重物品——在6世纪中叶宁夏固原北周李贤的墓葬中发现了一个雕刻着特洛伊战争场景的银罐。
当各种宗教开始互相接触，借鉴便不可避免。我们很难深究其中的细节，但你会吃惊地发现，光环是印度教、佛教、琐罗亚斯德教和基督教艺术的共同视觉形象，它连接着上天和人间，象征着所有这些宗教中有关发光、照耀等最为重要的元素。在当代伊朗塔齐布斯坦（Tāq…i Bustān）有一座著名的雕像，纪念的是一位马背上的统治者，他被飞翔的天使所环绕，头上有一个光环，让这个地区的任何宗教信徒都非常容易辨认。另外，人物的手势造型也同样如此。佛教的毘怛迦手印（vitarka mudra）——右手拇指和食指相捏，其他手指微微伸开——被视为是和上天的沟通，特别为基督教艺术家们所推崇。
基督教沿着商道广泛传播，但也遇到过阻碍。世界的中心向来纷乱嘈杂，各种信仰、观念和宗教在这里相互借鉴，当然也少不了碰撞和冲突。精神权威地位的争夺变得越来越激烈。基督教和犹太教之间的紧张关系由来已久，双方的宗教领袖都在试图划清两者的界限：前者坚持反对异族通婚，有意更改了复活节的日期，以免和犹太教的逾越节相冲突。但这对有些人来说还不够。君士坦丁堡大主教约翰？克里梭斯顿（John Chrysostom）在4世纪初极力倡导礼拜仪式应要更加打动人心，抱怨基督教目前的状态很难和犹太教竞争，因为对方用的是戏剧场一样的教堂，礼拜的时候有大鼓、七弦琴、竖琴和其他乐器鸣奏，还有演员和舞者出来活跃气氛。
犹太教的元老们对于吸纳新的信徒并不热衷。就像著名的拉比海亚（？iyya）说的：“不要去相信异教皈依者，因为他们仍心存罪恶。”另一位知名拉比赫尔伯（？elbo）则说，皈依的异教徒如无赖般让人恼怒、不易相处。波斯的犹太教对基督教的态度尤其强硬，认为他们属于入侵者，这在《犹太法典》（众拉比阐释犹太法律的文献汇集）里可以清楚地看到。与巴勒斯坦那版只略微顺带提及耶稣的《犹太法典》不同，这部巴比伦版的法典对基督教极尽所能的残暴以及福音中的教义、故事和人物统统发起攻击。比如，圣母诞子就被嘲笑为骡子生崽；耶稣复活的说法也同样遭到无情讽刺。他们编写了有关耶稣详细而复杂的负面故事，包括恶搞《新约》特别是圣约翰四福音书中的某些场景，试图表明基督教的入侵将是多么大的威胁。他们系统地论证了耶稣只是一个伪先知，说他被钉上十字架完全是由于他自己的过错——换句话说，不关犹太人什么事。犹太教徒试图通过这些粗暴的做法来抵抗以牺牲犹太教来获益的基督教。
当然，犹太教自身也开辟出了一些根据地。在阿拉伯半岛西南角的希木叶尔（？imyar）王国，即今沙特阿拉伯和也门的所在地，犹太教越来越占据主要地位——如近期在卡拿（Qana）等地发现的4世纪犹太教堂所示。事实上，希木叶尔对犹太教十分热衷，并将之定为国教。等到5世纪末，在拉比公会谴责基督教之后，当地的基督徒纷纷因信仰遭到迫害，其中包括大批修道士和主教。
6世纪初，一支实力平庸的埃塞俄比亚远征军穿过红海入侵希木叶尔，试图以一个基督徒傀儡取代当地的犹太统治者，结果导致一场针对基督教的严厉清算报复：教堂或被摧毁，或被改作犹太教堂；成百上千的基督教徒遭到驱逐和迫害——有一次，共计两百名基督徒被赶入教堂圣殿，全部被活活烧死。所有这些行动都作为喜讯报告给国王，国王向整个阿拉伯地区发布消息，庆祝这场由他发动的灾难。
对于基督教在萨珊帝国的发展，琐罗亚斯德教的祭司们也同样开始做出回应，特别是在数位当政权贵也转投基督教之后——这无疑又是一系列的报复和悲剧。另一方面，基督徒则开始通过道德故事鼓励人们坚定信仰，其中最出名的就是史诗般的“三月的传说”（Qardagh）。一个聪明的年轻人，狩猎时像波斯国王那样勇猛，争辩时如希腊哲学家那般敏锐，但他放弃了波斯行省总督这样的光荣职位而选择皈依基督教，结果被判了死刑。他逃出了囚牢，不料却做了一个梦，那梦告诉他：不必抗争，要为信念而死。执行石刑时，他的父亲朝他投掷了第一块石头。基督徒用一篇优美的叙事文来纪念他，以此鼓励其他人找到信仰、皈依基督。
基督教成功的秘诀部分在于它对宗教使命的执着和投入，但它也会适当地调和宗教热情与现实情况之间的矛盾。据7世纪初的文献记载，教士们曾花大量时间试图融合佛教的观点——这种做法也许十分费力，但至少会使问题简单些。一位抵达中国的传教士写道，圣灵的观念与当地人的信仰完全相符：“诸佛乘着一股慈悲之风（这便是圣灵）度化整个世界。”他接着说，上帝自创世之日起便掌管永生和长乐，因此“人们将永远崇拜佛祖”。他认为，基督教与佛教不仅仅是契合那么简单，从广义的角度讲，基督教就是佛教。
有些人试图规范基督教与佛教的融合，于是创造了一套混合的“福音”。它有效地简化了前者复杂的教义和故事，结合东方人熟悉并容易接受的元素，以便加快基督教在亚洲的发展。这种双重混合的神学理论通常被称为