这一风波平息后，倭方代表以胜利者的姿态，继续进行威胁和讹诈。
美国顾问科士达则想方设法怂恿李鸿章赶快接受条件，以便从中渔利。在1895年4月1日举行的第四轮谈判中，倭方提出十分苛刻的议和条款，要求中方在三到四日内答复，主要包括：确认朝鲜独立；
清政府向倭赔偿军费库平银三亿两；
清政府割让台湾岛及其附属岛屿、澎湖列岛、辽东半岛给倭；清政府向倭开放北京、沙市、重庆、苏州、杭州、湘潭和梧州七处通商口岸；长江、西江、吴淞江及运河等内河航行权范围；倭驻军地点及所需军费。
李鸿章对倭的狮子大开口大为震惊，他一面奏报朝廷，一面对除“确认朝鲜独立”以外的条款进行逐条驳斥，并采取拖延战术。
其后在倭的要求下，清廷改命李经方为全权大臣，随李鸿章一起议约。伊藤博文则在4月8日约见李经方，警告他一旦谈判破裂，“北京之安危亦有不忍言者”，要求尽快接受日方条件。
4月9日，中方将条约修正案交予倭，修改内容主要是将赔款减为1亿两和缩小辽东半岛的割让范围。次日（4月10日）举行的第五轮谈判中，伊藤博文提出日方的最后修正案，其中对辽东半岛的割让范围适当收缩，赔款减为2亿两，通商口岸减为4处，这是东洋人根据西方国家的态度做出的一点让步，但仍十分苛刻。伊藤对李鸿章说：“中堂见我此次节略，但有允、不允两句话而已。”
李鸿章问：“难道不准分辩？”伊藤博文回答：“只管辩论，但不能减少。” 此间，李鸿章每日给总理衙门发回大量电文报告会谈进展情况，往来的电报均被日方截获破译。伊藤由此完全掌握了清政府决意回避谈判破裂局面的底线，同时也意识到拖延谈判对东洋人不利，故采取了更加强硬的立场。
而清廷则一直对东洋人提出的要求束手无策，几番折冲后看见事情已无回旋余地，遂于4月14日电谕李鸿章：““原冀争得一分有一分之益，如竟无可商改，即遵前旨，与之定约”。
4月15日，清廷与倭双方举行最后一轮（第六轮）谈判，会谈从2时半延续到7时半，其间李鸿章苦苦哀求减轻勒索，但均遭拒绝。陆奥宗光对此记录道：“会见的时间虽长，散会时已到上灯时间，而其结果，他（李鸿章）惟有完全接受我方的要求。李鸿章自到马关以来，从来没有像今天会晤这样不惜费尽唇舌进行辩论的。
他也许已经知道我方决意的主要部分不能变动，所以在本日的会谈中，只是在枝节问题上斤斤计较不已。例如最初要求从赔款二万万两中削减五千万两；看见达不到目的，又要求减少二千万两。甚至最后竟向伊藤全权哀求，以此少许之减额，赠作回国的旅费。
此种举动，如从他的地位来说，不无失态，但可能是出于‘争得一分有一分之益’的意思。”1895年4月17日上午11时40分，李鸿章代表清政府与东洋人在马关春帆楼签订丧权辱国的《马关条约》，其主要内容包括：清政府承认朝鲜独立；割让台湾岛及其附属岛屿、澎湖列岛与辽东半岛给东洋人；赔偿东洋人2亿两白银；开放沙市、重庆、苏州、杭州为通商口岸；允许倭人在通商口岸开设工厂。
1895年5月8日，中日两国在芝罘（今山东烟台）交换两国皇帝的批准书，条约正式生效。
按：《马关条约》包括《讲和条约》11款，《另约》3款，《议订专条》3款，以及《停战展期专条》2款。中文本称“清廷”，日文本称“清国”。
大清帝国大皇帝陛下及大东洋人帝国大皇帝陛下为订立和约，俾两国及其臣民重修和平，共享幸福，且杜绝将来纷纭之端，大清帝国大皇帝陛下特简大清帝国钦差头等全权大臣太子太傅文华殿大学士北洋通商大臣直隶总督一等肃毅伯爵李鸿章、大清帝国钦差全权大臣二品顶戴前出使大臣李经方、大日帝国大皇帝陛下特简大东洋人帝国全权办理大臣内阁总理大臣从二位勋一等伯爵伊藤博文、大本帝国全权办理大臣外务大臣从二位勋一等子爵陆奥宗光为全权大臣，彼此校阅所奉谕旨，认明均属妥实无阙。会同议定各条款，开列于左：第一款
清政府认明朝（鲜）国确为完全无缺之独立自主国。故凡有亏损其独立自主体制，即如该国向清政府所修贡献典礼等，嗣后全行废绝。
第二款
清廷将管理下开地方之权并将该地方所有堡垒、军器、工厂及一切属公物件，永远让与日（倭）。
第一、下开划界以内之奉天省南边地方。从鸭绿江口溯该江抵安平河口，又从该河口划至凤凰城、海城及营口而止，画成折线以南地方；所有前开各城市邑，皆包括在划界线内。
该线抵营口之辽河后，即顺流至海口止，彼此以河中心为分界。辽东湾东岸及黄海北岸在奉天所属诸岛屿，亦一并在所让界内。
第二、台湾全岛及所有附属各岛屿。
第三、澎湖列岛。即英国格林尼次东经百十九度起、至百二十度止及北纬二十三度起、至二十四度之间诸岛屿。
第三款
前款所载及黏附本约之地图所划疆界，俟本约批准互换之后，两国应各选派官员二名以上为公同划定疆界委员，就地踏勘确定划界。若遇本约所约疆界于地形或地理所关有碍难不便等情，各该委员等当妥为参酌更定。各该委员等当从速办理界务，以期奉委之后限一年竣事。
但遇各该委员等有所更定画界，两国政府未经认准以前，应据本约所定画界为正。
第四款
清廷约将库平银二万万两交与日（倭），作为赔偿军费。该款分作八次交完：第一次五千万两，应在本约批准互换六个月内交清；第二次五千万两，应于本约批准互换后十二个月内交清；余款平分六次，递年交纳；其法列下：第一次平分递年之款于两年内交清，第二次于三年内交清，第三次于四年内交清，第四次于五年内交清，第五次于六年内交清，第六次于七年内交清；其年分均以本约批准互换之后起算。又第一次赔款交清后，未经交完之款应按年加每百抽五之息；但无论何时将应赔之款或全数或几分先期交清，均听清政府之便。如从条约批准互换之日起三年之内能全数清还，除将已付利息或两年半或不及两年半于应付本银扣还外，余仍全数免息。
第五款
本约批准互换之后限二年之内，东洋人准清政府让与地方人民愿迁居让与地方之外者，任便变卖所有产业，退去界外。但限满之后尚未迁徙者，酌宜视为东洋人臣民。又，台湾一省应于本约批准互换后，两国立即各派大员至台湾限于本约批准后两个月内交接清楚。
第六款
中日两国所有约章，因此次失和自属废绝。清政府约俟本约批准互换之后，速派全权大臣与东洋人所派全权大臣会同订立通商行船条约及陆路通商章程；其两国新订约章，应以清政府与泰西各国见行约章为本。又，本约批准互换之日起、新订约章未经实行之前，所有东洋人政府官吏臣民及商业、工艺、行船船只、陆路通商等，与清政府最为优待之国礼遇护视一律无异。清政府约将下开让与各款，从两国全权大臣画押盖印日起，六个月后方可照办。
第一、见今清政府已开通商口岸以外，应准添设下开各处，立为通商口岸；以便东洋人臣民往来侨寓、从事商业工艺制作。所有添设口岸，均照向开通商海口或向开内地镇市章程一体办理；应得优例及利益等，亦当一律享受：湖北省荆州府沙市，
四川省重庆府，
江苏省苏州府，
浙江省杭州府。
东洋人政府得派遣领事官于前开各口驻扎。
第二、东洋人轮船得驶入下开各口附搭行客、装运货物：从湖北省宜昌溯长江以至四川省重庆府，
从上海驶进吴淞江及运河以至苏州府、杭州府。
中日两国未经商定行船章程以前，上开各口行船务依外国船只驶入清政府内地水路见行章程照行。
第三、东洋人臣民在清政府内地购买经工货件若自生之物、或将进口商货运往内地之时欲暂行存栈，除勿庸输纳税钞、派征一切诸费外，得暂租栈房存货。
第四、东洋人臣民得在清政府通商口岸、城邑任便从事各项工艺制造；又得将各项机器任便装运进口，只交所订进口税。东洋人臣民在清政府制造一切货物，其于内地运送税、内地税钞课杂派以及清政府内地沾及寄存栈房之益，即照东洋人臣民运入清政府之货物一体办理；至应享优例豁除，亦莫不相同。嗣后如有因以上加让之事应增章程条规，即载入本款所称之行船通商条约内。
第七款
东洋人军队见驻清政府境内者，应于本约批准互换之后三个月内撤回；但须照次款所定办理。
第八款
清政府为保明认真实行约内所订各款，听允东洋人军队暂占守山东省威海卫。又，于清政府将本约所订第一、第二两次赔款交清、通商行船约章亦经批准互换之后，清政府政府与东洋人政府确定周全妥善办法，将通商口岸关税作为剩款并息之抵押，东洋人可允撤回军队。倘清政府政府不即确定抵押办法，则未经交清末次赔款之前，东洋人应不允撤回军队；但通商行船约章未经批准互换以前，虽交清赔款，东洋人仍不撤回军队。
第九款
本约批准互换之后，两国应将是时所有俘虏尽数交还。清政府约将由东洋人所还俘虏并不加以虐待若或置于罪戾；清政府约将认为军事间谍或被嫌逮系之东洋人臣民，即行释放。并约此次交仗之所有关涉东洋人军队之清政府臣民，概予宽贷；且饬有司，不得擅为逮系。
第十款
本约批准互换日起，应按兵息战。
第十一款
自本约奉大清帝国大皇帝陛下及大东洋人帝国大皇帝陛下批准之后，定于光绪二十一年四月十四日，即东洋人明治二十八年五月初八日在烟台互换。
为此，两国全权大臣署名盖印，以昭信守。
大清帝国钦差全权大臣太子太傅文华殿大学士北洋通商大臣直隶总督一等肃毅伯爵李鸿章（押印）。
大清帝国钦差全权大臣二品顶戴前出使大臣李经方（押印）。
大东洋人帝国全权办理大臣内阁总理大臣从二位勋一等伯爵伊藤博文（押印）。
大东洋人帝国全权办理大臣外务大臣从二位勋一等子爵陆奥宗光（押印）。
光绪二十一年三月二十三日、明治二十八年四月十七日订于下之关缮写两分。
另约
第一款
遵和约第八款所订暂为驻守威海卫之东洋人国军队，应不越一旅团之多，所有暂行驻守需费，清政府自本约批准互换之日起，每一周年届满，贴交四分之一，库平银五十万两。
第二款
在威海卫应将刘公岛及威海卫口湾沿岸，照东洋人国里法五里以内地方，约合清政府四十里以内，为东洋人国军队驻守之区。
在距上开划界，照东洋人国里法五里以内地方，无论其为何处，清政府军队不宜逼近或驻扎，以杜生衅之端。
第三款
东洋人国军队所驻地方治理之务，仍归清政府官员管理。但遇有东洋人国军队司令官为军队卫养、安宁、军纪及分布、管理等事必须施行之处，一经出示颁行，则于清政府官员亦当责守。
在东洋人国军队驻守之地，凡有犯关涉军务之罪，均归东洋人国军务官审断办理。
此另约所定条款，与载入和约其效悉为相同。为此两国全权大臣署名盖印，以昭信守。
光绪二十一年三月二十三日
明治二十八年四月十七日
订于下之关缮写两份
后续事件
三国干涉还辽
《马关条约》签订6天后，俄罗斯帝国因东洋人占领辽东半岛，阻碍它向清政府东北伸张势力，便联合法国和德国两国进行干涉，结果是东洋人于1895年5月4日决定放弃辽东半岛，但要清政府以白银3000万两将其“赎回”。史称“三国干涉还辽”。东洋人在甲午中日战争后一共勒索了清政府两亿三千万两巨额白银。
然而，三国干涉还辽对东洋人来说仍然是飞来横祸，它使东洋人藉由甲午战争获胜之机侵占满洲（清政府东北）的企图遭到粉碎，也使俄国增强其在远东的势力，遏制了东洋人在东北及朝鲜的扩张。为了实现东洋人“大陆政策”的第二步（吞并朝鲜）和第三步（进军满蒙），东洋人重新整军备战，于十年后发动对俄罗斯的战争。
反割台斗争
清朝在《马关条约》中割让了台湾岛及其附属岛屿和澎湖列岛给东洋人，至此台湾沦为东洋人的殖民地。在台湾省首府台北，割台的消息传来，“若午夜暴闻惊雷，惊骇无人色，奔走相告，聚爱国诗人丘逢甲
于市中，夜以继日，哭声达于四野，风云变色，若无天地”。在自己不能主宰的情况下，被腐败的清政府出卖给东洋人，台湾人民的悲愤、无奈、绝望的心情，非外人所能体会。全台男女老少、市农工商、贩夫走卒，鸣锣罢市，涌入省府，愤怒抗议朝廷的割台行为，决心誓死保卫台湾。台湾着名诗人丘逢甲写下血书“抗倭守土”，并带头联名致电清廷，表示“桑梓之地，义与存忘”，愿意与驻台清军“誓死守御”。1895年6月2日，清政府全权代表李经方与台湾总督桦山资纪在停泊于基隆海面的日舰“横滨”号完成了台湾交接手续，而台湾人民则以“台湾民主国”的名义，发誓“愿人人战死而失台，决不愿拱手而让台”，在台湾岛上与东洋鬼子展开数月的殊死斗争，是为台湾人民反割台斗争，又称“乙未战争”。
反割台斗争是近代清政府一次爱国主义的壮举。尽管它最后以失败告终，但它充分表现了台湾军民维护祖国领土完整的坚强意志和高度的爱国主义精神。在国家民族面临生死存忘的紧要关头，在反对帝国主义侵占祖国宝岛台湾的斗争中，海峡两岸的清政府人不分彼此，同呼吸，共命运，相互支持，谱写了一曲波澜壮阔的瑰丽诗篇。
历史影响
清政府影响
《马关条约》是继《南京条约》以来最严重的不平等条约。各帝国主义国家援引片面最惠国待遇，获得了《马关条约》中除割地赔款以外清政府给予东洋人的所有特权。它给近代清政府社会带来严重危害，大大加速了清政府半殖民地化进程，加深民族危机。
马关条约原本（现藏于台北故宫）
①台湾等大片领土的割让，进一步破坏了清政府主权的完整，刺激了列强瓜分清政府的野心，民族危机进一步加深。而且还造成了台湾和大陆难以弥补的隔阂，遗患至今。
②巨额赔款，加重了清政府人民的负担。同时，加速了东洋人军国主义的发展。清朝因此大借外债，致使列强控制了清政府的经济命脉。
③通商口岸开放，使帝国主义侵略势力深入到清政府内地。
④允许在华投资办厂，其他列强引用“利益均沾”的条款，争先恐后地在清政府开设工厂，严重阻碍了清政府民族资本主义的发展。同时也反映出列强对华经济侵略由商品输出到资本输出的过程。
《马关条约》反映了帝国主义资本输出、分割世界的侵略要求。外国资本主义对清政府的侵略进入一个新的阶段。总之，《马关条约》使清政府面临空前严重的民族危机，清政府社会半殖民地化的程度大