同时也理解了中国对于文化教育注重的意义，并为中国人对古文明执著的追求精神所深深打动。
斯脱特司令告诉李济的第一件事情，就是关于“北京人”的消息。遗憾的是，他谈的消息却是一个很坏的消息———斯脱特对李济说：“盟军总部已查询东京帝大的教授，据他们的说明及答复，‘北京人’不在东京，也不在日本。”
“这……事情怎么会是这样呢？有两篇报道不都报道说，已经在日本发现了‘北京人’吗？怎么转眼间‘北京人’又不在东京，也不在日本了呢？”李济感到很是惊讶，甚至简直难以置信。但斯脱特司令官的话又说得十分肯定。从对方的口气中，李济明显感觉到，斯脱特的话决非儿戏，而是十分慎重。
“我也不希望事情变成这样，但目前我得到的情报就是如此。”斯脱特摊了摊手，有些无奈地说。
“斯脱特先生，我恳切地希望您再协助我们查证一下，如果事情果真如此，是一件非常令人遗憾的事情。不过，希望您能协助我们再找一找新的线索。您知道，‘北京人’对中华民族这样一个古文明国家来说，是很重要很重要的。”李济再次强调说。
“这我理解。放心吧，我会尽力的，李先生。”斯脱特满口答应，十分爽快。
李济先生与斯脱特道别后，接着就开始了对“北京人”的寻找。他当然清楚，要想在日本找到“北京人”的线索，首先必须找到日本东京帝国大学的长谷部言人和高井冬二。
然而，李济费尽周折，始终找不着长谷部言人和高井冬二。有关人士向他介绍说，这两个曾以学者身份多次反复出现在中国的教授，于１９４２年底返回东京后，便开始对从中国拿回的化石标本进行潜心研究。日本战败后，两位曾经风光一世的教授顿时失去了往日那种春风得意、霸领天下的“英雄气度”，很快变得神情恍惚、老态龙钟了。他们同所有参战和被战争所累所害的日本人一样，最终不得不受到了历史的严厉惩罚，进而陷入了战败后精神的巨大痛苦和绝望之中，不久便听说隐身于某个乡村角落里，再也无从寻找了。
真实的情况到底如何，李济难以作出判断，也无法判断，只能无可奈何地中止了对长谷部言人和高井冬二的查找。
李济随后又和号称“中国通”的盟军总部的美国史克门少校取得了联系。史克门少校于４月８日由上海返回东京后，４月９日便与李济会了面。由于他对中、日两国的历史文化有甚深的造诣，故二人的谈话开展得既快又顺利。
可惜的是，史克门少校同样否认了他们已经找到了“北京人”化石标本的事实。李济的希望再次落空。不过，在这次会晤中，史克门少校向李济表示了七点意见：
（一）京都大学的梅原末治教授想约我当面谈退还日本劫掠的中国古物问题，他很赞成并愿前往；
（二）盟军总部管美术品与纪念品物品的一组，保存有“珍珠港事变”后日本广播新闻的全份，其中有数条记载日本搬运中国古物的消息，可作中国代表团参考；
（三）现在总部所订的规则为：凡是有确实证据、并及容易辨认为日本战时劫掠的属于盟国的器物，总部均可代为搜寻并退还原主；
（四）在平时劫掠的美术品与古物，总部不拟办理；
（五）周口店上洞层的遗物，已由盟军总部保管，可以退还中国；
（六）中央图书馆的书籍现在东京，可以咨请盟军总部代索；
（七）要日本政府命令日本收藏家各编一完备的收藏目录送盟军总部及各国代表团作参考，可以考虑。
史克门少校的这七条意见，有几条是对一些问题的答复，有的则代表的是盟军总部已经采定的立场，大致与斯脱特司令所说类似。
少校谈完意见后，又与李济商量下一步如何查找的问题。由于东京除了沿皇宫区域及大学一带，大半都炸毁了，旧日收藏多已下乡或已散失，所以在那里可以说没有什么看头。而京都却完全不同，大战期间没遭任何轰炸，有关教育文化的事业更没停顿过，又为收藏家集中之地。因此，史克门少校提议，一起去京都走一趟，到那里好好查找查找，说不定在那里能找到“北京人”。李济满口答应，因为这也正是中国此次日本之行的计划内容之一。
史克门少校和李济一行当即赶往京都。他们在京都共住了七天，李济与史克门少校同住一个饭店，差不多朝夕相见，且同桌吃饭的时候甚多，李济便尽量利用这些机会与史克门少校多交换意见。史克门少校是一位爱好东方艺术的人，很富有收藏经验，对于中国抗战前的考古工作也甚为熟悉，并认识很多的东方学者，所以两人很谈得来，谈的范围也相当的广泛。自然，他们各自也都有必须保留的部分，对此都很理解，彼此心照不宣。但一般说来，史克门少校是很同情中国的愿望的。
在此期间，李济曾提出三个问题征询史克门少校的意见：
１．中日的战争，应该从何年算起？２．日本军阀在中国毁坏的文物，日本应该如何赔偿（例如上海商务印书馆的东方文化图书馆、南开图书馆等）？３．未经中国政府允许（伪政府的允许当然不算），日本人在中国发掘器物，应如何处理？
关于第一个问题的答案，当时有四种不同的说法：即（１）从“珍珠港事变”算起；（２）从“七·七”事变算起；（３）从“九·一八”算起；（４）算到甲午战争那一年。对此，史克门少校认为，自“九·一八”起似乎最合理，但应该呈送到高一层的机关决定。毁坏的古物应该赔偿，盗窃的古物应该归还，这在原则上应无问题，但具体的办法仍应遵守“有切实证据的”及“可以辨别的”两个标准。
史克门少校的这些意见应该说大致符合中国代表团的期望，不过真正实行起来，盟军总部似乎也不是那么痛快，或者说显得很困难。至于何以如此，不得而知。
一日，盟军总部有一个叫鲍尔士（ＧｏｒｄｏｎＢｏｗｌｅｓ）的高级美国顾问，在京都碰见了李济。鲍尔士曾在哈佛大学研究民族学，也在西藏考过古，与李济是旧相识了。两人在日本相遇，自然都很高兴。当鲍尔士得知李济所遭遇的困难后，很坦诚地对李济说：“美国政府对于中国要求日本偿还劫掠的文物，是极同情的，但英国却不一定。他们对于‘劫掠’一词（斯坦因等在新疆、甘肃一带的行为）极为敏感，不一定会帮助中国。所以，我的意见这事最好就在盟军总部办理最好，不要推到ＡｌｌｉｅｄＣｏｕｎｃｉｌ去决定，那里是不会得到什么好结果的。”
听了鲍尔士的话，李济已心中有数。但可惜的是，他和史克门少校在京都寻找了整整一个星期，还是没有找到“北京人”。
在余下的日子里，李济依然坚持在日本四处奔波，八方打听，哪怕有一点点与“北京人”相关的线索，他也要亲自过问，亲自查询。但依然没有什么新的线索。
这是怎么回事呢？在日本找长谷部言人和高井冬二，本来是一件不应该成问题的事情，可有关人士却推说：“地址不明，难以查询”。再者，去年１１月１９日美联社就曾向世界发布了“‘北京人’遗骸在日本发现”的消息，今年１月１日英国路透社又发表了“‘北京人’将由日本归还中国”的消息，但现在，为什么以美国为首的盟军总部对“北京人”到底找到没找到，找到后到底在谁的手里，又避而不谈甚至干脆从根本上加以否定呢？很显然，“北京人”还在日本人手上，或者遗失在了别的什么地方，是完全可能的；但谁又可以断言，美国就一定没有从日本人手上将“北京人”揽入自己的腰包呢？
李济把有关寻找“北京人”的情况向中国代表团团长朱世明将军作了汇报。朱世明将军听了后，感到问题比较复杂，也很棘手，便当即给盟军总部发去一份《备忘录》，请求盟军总部继续协助查找“北京人”和其他人类学标本之下落。该《备忘录》原文如下：
备忘录
致威娄柏中将
参谋长助理主文：为送还周口店的人类学材料及中国猿人的研究记录
１．根据报告，以下各项物件在战时从北平中国地质调查所新生代研究室被送到日本：
（１）“北京人”标本，包括７个头骨，１２个下颌骨，一些牙齿及骨骼材料。
（２）周口店第１地点，第１５地点及山顶洞的石器、骨器及动物遗骸。
（３）关于周口店发掘的工作记录、照片和文件等。
（４）安阳发现的狗及狼等哺乳动物。
（５）步达生教授及魏敦瑞的关于人类学的书及单行本等。
２．已经知道，在发掘周口店的工作中及创办了新生代研究室时跟中国地质调查所合作的北平协和医学院曾经请求盟军总部查询上列失物。随后一些属于项目（２）和（３）的标本被送还了，现在是在盟军总部自然资源组保管。中国代表团李济博士应中国经济部的要求，请对这些高度重要的科学标本作更进一步的查询。经过请求从Ｃ．Ｉ．Ｅ．组已发现物件的清单。附在后面的是这个清单的抄件。
３．为此请求盟军总部指示文物保管处的外国及杂项财产部把重新找到的周口店人类学的标本和中国猿人的研究记录交给代表中国代表团的李济博士。更请盟军总部对那些还未发现的物品继续作进一步的搜寻。
４．恳切希望你们对于这些请求加以注意。
中国代表团团长朱世明
１９４６年４月３０日
很快，盟军总部与日方就劫掠中国物品问题，初步达成了如下几项协议：
１．“七·七”事变以后之劫掠品，有证据者即退还中国；
２．登记日本私人收藏目录以备检查；
３．已决定之事项为周口店遗物即时缴还代表团；
４．中央图书馆书籍即时预备送还。
然而，令人大失所望而又无可奈何的是，尽管李济先生在日本进行了一个多月的艰苦努力，对“北京人”前后共进行了五次寻找，最终还是没有找到“北京人”。
５月５日，带着一腔遗憾，李济先生离开了日本。
５月２４日，李济给裴文中复了一封信，并附了一份《备忘录》和物品清单。李济的信全文如下：文中先生：
５月２１日手示敬悉。弟于５月５日返国，因写报告各处信都未写。弟在东京找“北京人”前后约五次，结果还是没找到，但帝国大学所存之周口店石器与骨器已交出（弟已看过一遍，确是你们的东西），由盟军总部保管。弟离东京时，已将索取手续办理完毕。兹将致总部之《备忘录》抄奉，即可知其大概矣。一切详情容再谈。专此并颂撰安
弟济手启卅五．五．廿四
本来，此前裴文中曾致电在重庆的翁文灏，希望能随中国代表团亲自前往日本寻找“北京人”。但翁文灏不久回电说，国民政府已决定派考古学家李济随团赴日。所以，裴文中便给李济写去一封信，嘱他在东京寻找长谷部言人和高井冬二，向他们要回“北京人”的标本。李济从日本回国后，裴文中又迫不及待地给李济写去一信，询问在日本寻找“北京人”的情况。所以才有了李济的这封回信。
裴文中收到信不久，在北平见到了李济。当裴文中详细问及李济在日本寻找“北京人”的情况时，李济告诉裴文中说，在东京他曾通过中国驻日代表团要求盟军总部代找长谷部言人和高井冬二，向他们询问“北京人”的消息，但是盟军总部最后给他的回答是：长谷部言人已迁往乡间，住址不明；高井冬二可能在东京，但因住址不明，也查询不着。
裴文中听后颇感奇怪，长谷部言人和高井冬二在日本是两个响当当的人物，既有知名度，又有详细地址，怎么会找不着呢？他认为这实在是不可能的事情，显然是美军总部欺骗了李济。
就在裴文中焦急地等待李济在日本寻找“北京人”的消息的同时，远在美国的魏敦瑞也十分关注中国此次去日本寻找“北京人”的情况。当得知李济先生从日本回国后，魏敦瑞博士马上催促美国方面，赶紧与中国取得联系。
１９４６年７月１２日，裴文中收到了曾受美国国务院委托前往日本寻找“北京人”的美国著名地质学家怀特莫尔寄来的一封信：
尊敬的裴文中先生：
您大概已经收到了美国陆军当局在东京帝国大学找到的周口店的文件和标本。
在魏敦瑞博士的请求下我附上一张这些物件的清单。当去年冬天在东京的时候，我曾努力寻找中国猿人遗物的线索，但是不能这样做。
如果您对被日本人拿去的任何东西提供东京任何进一步的情况的话，我建议您和美国陆军中校善克联系。
你的亲爱的怀特莫尔
１９４６年７月１２日
怀特莫尔曾在１９４５年从美国动身去日本寻找“北京人”之前，就由军邮转给裴文中一封信。
他在这封信中对裴文中说，他将奉命去日本东京盟军总部工作，同时又奉美国国务院之命和接受洛氏基金会的委托，在日本东京寻找“北京人”遗骨，要求裴文中为他提供一些有关“北京人”的消息。裴文中当即给他回信一封，信中告诉他说，他可以到东京帝国大学人类学教研室找长谷部言人和地质教研室找高井冬二教授，他们二人是最后寻找“北京人”标本的负责人，他们可以供给他最后和最可靠的消息。但令人奇怪的是，裴文中去信后就没有收到怀特莫尔的回信，后来又去了两封信，还是没有收到怀特莫尔的回信，直到一年后的今天，才收到了怀特莫尔的这封来信？更令裴文中费解的是，怀特莫尔在信中说：“当去年冬天在东京的时候，我曾努力寻找中国猿人的遗骨的线索，但是不能这样做。”“但是不能这样做”这句话是什么意思呢？他为什么不说他在东京的寻找没有成功，或者说他在东京的寻找失败了，而偏偏要说“他不能这样做”？很显然，怀特莫尔有其苦衷和难言之隐，那么这苦衷和难言之隐是什么？
按理说，怀特莫尔是盟军总部军事地质组的代理组长，并受美国国务院之命和洛氏基金会的委托，在日本寻找“北京人”不仅没有什么问题，而且完全可以做到畅通无阻！可为什么他又“不能这样做”呢？是谁，或者是什么原因迫使他“不能这样做”的呢？为什么开始让他专程去日本“做”，后来又“不能这样做”了呢？这一变化，说明了什么？
而且，怀特莫尔在信中对他在日本询问长谷部言人和高井冬二的情况只字不提，这又是为什么？到底见没见长谷部言人和高井冬二？见着了，这两人对“北京人”的下落怎么说？若是没见着，为什么？难道也是像盟军总部回答李济一样，是“住址不明”吗？很显然，从寄来的清单来看，盟军总部已经从东京帝国大学索取到了许多有关“北京人”标本的研究材料，而要取得这些材料，就得找到长谷部言人和高井冬二；而找到了长谷部言人和高井冬二，“北京人”的下落问题就应该会有一个说法，即使长谷部言人和高井冬二避而不谈，怀特莫尔也非问个水落石出不可！但是，为什么怀特莫尔避而不谈有关长谷部言人和高井冬二的一点情况，而只简单而含蓄说他“不能这样做”？怀特莫尔这句很微妙的话，想表达的究竟是什么意思？而这句话的